郑氏政权传至第三代郑克塽〔shuang爽〕，由于内部争权夺利，宗派矛盾加剧，严重阻碍了台湾经济文化的发展；加之与大陆长期隔绝，海峡两岸人民饱受骨肉离散之苦，民心思归。1683年(清康熙二十二年)，福建水师提督施琅奉诏率大军渡海攻台，郑克塽众叛亲离，被迫降清，台湾重新纳入大陆中央政权的统辖之下。次年，清政府改承天府为台湾府，下辖台湾、凤山、诸罗三县，置于福建省台湾厦门道管辖。由此，台湾经济文化进入了一个新的快速发展的历史时期。
清政府统一台湾后，继续实行严厉的海禁政策，限制海峡两岸人民的正常往来，但大陆东南沿海的汉族人民为生活所迫，不顾清廷的种种禁令，成群结队涌入台湾，形成历史上前所未有的大规模移民高潮。到1811年(清嘉庆十六年)，台湾汉族人口猛增到200多万，光绪年间达到300多万，使台湾有史以来地旷人稀、劳动力严重缺乏的状况大为改观。
当时，大陆移民自发组成许多大小不一的拓垦集团，“相率移垦”。到雍正年间，台湾广阔的北部平原和南部的大部分地区都已得到开垦，“大小村庄星罗棋布”(蓝鼎元：《平台纪略·经理台湾第二疏》)，城镇逐渐兴起，一派兴旺景象。乾隆年间，拓垦地区已扩展到交通不便的丘陵地带。嘉庆以后，台湾全岛只剩下南端的琅峤(今恒春)和东部的山后一带，由于清政府严禁汉人进入而尚未开发。
随着土地的大量开垦，兴修水利的热潮在全岛各地掀起，耕作制度和耕作技术亦在不断摸索中逐步改进，台湾的主要农作物水稻和甘蔗的单位面积产量大幅度提高。“所出之米，一年丰收，足供四、五年之用。”(黄叔璥：《赤嵌笔谈》)甘蔗产量的增加又直接刺激了台湾制糖手工业的发展。康熙末年，台湾、凤山、诸罗三县年产糖已达10800多万斤。当时，台米、台糖大量运销大陆，成为商品化程度很高的大宗农产品。
经济的繁荣和贸易的发展，使岛内出现了许多富甲一方的大地主和大商人，他们靠募众垦殖或从事贸易起家，经济实力雄厚。这说明台湾的封建地主经济和商品经济已有了相当程度的发展。
汉族移民的大量增加和经济的发展，大大加速了汉族人民与土著居民之间的融合过程。其中聚居在西海岸的平埔人与汉人接触最早，因而他们的经济文化发展水平也最高。到19世纪上半叶鸦片战争以前，平埔人的生活、生产、风俗习惯和心理状态等方面都已发生了显著变化。他们普遍学会了牛耕，使用铁制农具，懂得了灌溉、除草、施肥等耕作方法；在居住、饮食、服饰、器具、婚丧习俗等方面处处模仿汉人；许多人读汉文书籍、说汉话、姓汉姓，开始接受汉族的先进文化。其他原住民各族群也有程度不同的进步。他们和汉族移民和睦相处，共同为开发祖国宝岛贡献力量。
随着经济的飞跃，台湾的文化、艺术、教育等等也以前所未有的发展速度赶上了大陆的前进步伐。
清政府统一台湾后，依照大陆学制，台湾各府、县在成立的一二年后均设立府、县儒学。发展速度居全国各省之首。在此期间，台湾的学校大致分为以下六种形式：(一)“儒学”，大多设于各府、县的文庙，是地方政府的官办学校，入学资格限于曾由学政主考及格的秀才。平时并不开课讲学，学生自己进修，但须按规定时间应考以求晋级。因此儒学乃是主要负责晋级考试的教育机构。(二)“社学”，也属官办，1684年(康熙二十三年)，台湾知府蒋毓英创建于府城东安坊(两所)和凤山县土墼埕〔jicheng基呈〕。后因故废置，演变为文人结社集会的场所。(三)“义学”，俗称“义塾”。初为官办，多设于各府、县的街村内，专收贫寒子弟入学，不收学费，学生多为6—14岁的少年，由生员担任教职。后民间也纷纷捐资兴办，其中最著名的是芝山文昌祠义塾(在今台北士林)，和枋〔fang方〕桥的大观义学(在今台北板桥)，这两处义学至今遗址犹存。(四)“民学”，纯属私立，俗称“私塾”、“书房”、“学堂”等，大多招收有钱人家子弟就读。入学年龄约在七八岁之间，修业期限依各人需要，并无固定时间。(五)“书院”，属于“公有的私人学校”，分府、县两种。台湾最早的书院是1683年(康熙二十二年)由施琅创建的“西定坊书院”，而1704年(康熙四十三年)创建的“崇文书院”则是台湾第一所规模较为完善的书院。据统计，到1895年(光绪二十一年)，台湾先后共创建有44所规模不等的书院。可见，台湾教育事业的发展速度的确十分惊人。(六)“土番义学”，是设立于各个番社(主要在“熟番”社)的一种“社学”，专收“番童”就读，延聘汉人执教。这种“土番社学”仅在雍正年间即设立有50多所，使通汉语、识诗书的“番童”日渐增多，这对于传播汉文化、促进原住民各族群文化的发展，起了积极作用。
教育事业的发展带来了文艺的兴盛与繁荣。台湾统一后，随着汉族人民的大量移入，大陆的许多地方戏曲、音乐、民歌、雕塑、建筑艺术等相继传入台湾，并逐渐在台湾生根、开花、结果。专门从事艺术活动的民间艺人和社团日渐增多，空前活跃；文人墨客、饱学之士愈来愈多，在台湾统一以后的200年间，台湾艺苑群星闪烁，人才辈出，其中比较著名的如主持修纂方志的高拱乾、刘良璧、周钟瑄(由他主撰的《诸罗县志》被后世公认为全台各种志书中的最佳范例)等；以诗文著称的陈鹏南、陈维英、郑用锡、吴德功、吴子光等；另有宦游来台著述颇佳的季麒光、郁永河、蓝鼎元、姚莹、林鹤年等。
1840年鸦片战争后，由于外国资本主义势力的入侵，台湾经济文化的发展和祖国大陆一样，呈现出新的特点。
五口通商后，大量廉价“洋米”倾销到我国市场，使台米在大陆的销量锐减，价格猛跌，造成台湾农业生产的凋蔽，大批农民破产。另外，输入到台湾的鸦片大量增加，烟毒日盛，白银大量外流，使台民的生活日益贫困。特别是1860年(清咸丰十年)第二次鸦片战争后，台湾的主要港口安平、淡水、基隆、高雄也相继被辟为通商口岸，外商纷纷在台设立洋行。他们倚仗不平等条约，攫取了我国海关的管理权，使台湾传统的大宗出口物资如樟脑、砂糖、茶叶、硫磺等，以及进口货物，都被外商所控制和垄断。他们进行不平等贸易，大肆掠夺台湾的财富。这样，使台湾的封建经济逐渐转变成为半封建半殖民地的经济。
外国侵略势力还加紧对台湾进行文化渗透，派遣大批传教士到台湾从事传教活动，到处修筑教堂，引诱台民信奉“洋教”。此外，还出版报刊、创办教会学校，先后创办了“长老会神学院”、“理学院大书院”、“淡水女学院”、“男子长老会中学堂”、“女子中学堂”等，一时间兴起一股创办“西学”之风，使台湾的文化教育受到相当程度的影响。西方文化在台湾的传播，较之荷兰殖民时代更为深广了。
外国资本主义势力的入侵虽然严重破坏了台湾封建经济的发展，但同时也刺激了台湾资本主义经济的成长，由于台湾人民的辛勤劳动，经过刘铭传改革，台湾的经济文化以较快的速度向前发展，并取得了十分引人注目的成就。
鸦片战后，大陆汉人移居台湾的热潮仍方兴未艾，特别是1875年(光绪元年)清廷解除开山禁令，招募大陆人民赴台开垦，并给应招者以种种优待，首次以官方名义有组织有计划地对台湾进行垦殖，大批汉人前往应招。1885年(光绪十一年)中法战争后，台湾升格为省，清廷采纳首任台抚刘铭传的建议，在台设“抚垦总局”，主持土地开垦和有关原住民的各种经济、行政事宜，更使台湾的垦殖事业向纵深发展。
在刘铭传抚台期间(1885—1890年)，台湾挟大陆提倡“洋务”之风，大刀阔斧地采取了一系列促进台湾近代化的革新措施：(一)行政方面，为适应土地日辟、人口剧增的实际需要，全台增设为三府一直隶州十二县五厅，以中部彰化为省会，划疆分守，奠定了今日台湾地方行政区划的基础；(二)国防方面，大力整顿军备，修筑新式炮台，购置西式大炮。设军械机器局制造枪弹、炮弹。设火药局、水雷营，并设团练局等；(三)经济方面，设煤务局、脑磺总局、煤油局，采用新法采煤、熬制樟脑、硫磺、开采石油等；(四)交通运输方面，设“全台铁路商务总局”，集资修筑基隆至新竹铁路，敷设海底电线、架设陆上电报线，还修通了一条横贯中央山脉的大路。同时又设立邮政局，实行新式通邮。设立轮船公司，开辟上海、香港、西贡、新加坡等地航路；(五)财政方面，设立“清赋总局”，清理田赋，大力整顿税收；(六)文化教育方面，大力提倡新式教育，创办西学堂，聘请西人教习讲授英语、法语、数学、理化、测绘、历史、地理等课程。中国教习讲授汉文课程。全部费用由政府供给，首批招收学员64名。设立电报学堂，学习电讯专门技术。又设立“番学堂”，招收“番童”入学，授以汉文、书算、官话、台湾话和起居礼节等。由此，台湾教育迈入了新的历史时期，涌现出一批通晓中西文化的新型知识分子。
刘铭传的改革范围相当广泛，大多数措施都卓有成效，到19世纪末日本侵略者占据台湾前，台湾经济文化的发展水平已一跃成为全国最先进的省区之一。