清代地方政区名称仍沿用明制，官方也曾采用承宣布政使司名称，但习俗上都称为省，当然南京这一名称随着明亡而废除了，改为江南省，南京城改为江宁府，江宁与上元两个附郭县也依旧。后来江南省一分为二，江苏以苏州府与江宁府为治所，安徽治所则为安庆府(今为市)，与今苏、皖两省辖境相差无几。同样，由陕西分置甘肃，湖广则分为湖北、湖南。除甘肃包括今宁夏及青海的一小部分外，其他新设三省范围都与今者大体相同。与明代相比，已由15个省增加为18个省。就全国而言，清代所控制的范围则比明代大。《清史稿·地理志》曾说：“辟地至数万里，幅员之广，可谓极矣。”当时东北地区，远及外兴安岭，包括黑龙江出海口两侧及库页岛在内，北部边界在贝加尔湖南端附近，西到巴尔喀什湖西南；西藏的西界也远达克什米尔东部。
省下设州县也与明一致。清代的州也分直隶州与散州(属州)两种，和明代相同，但清代的散州下不统县，则与明代不同。以四川的巴州(今巴中县)为例，明、清皆属保宁府(今阆中县)，都是散州，但明代巴州领通江与南江两县，而清代则无属县。保宁府的另一个属州剑州(今剑阁县)明代下辖梓潼县，清代梓潼县改属绵州直隶州(今绵阳县)，也无属县。这是明清两代政区中通名一样而内容却有差异之处。
此外清代在政区通名中又多出了一个“厅”的名称，这是明代所未见的，是清代新创的制度。厅也有直隶厅与散厅二种，直隶厅与府及直隶州平行，散厅则与散州和县平行，其职官为同知或通判。厅一般设于边远的少数民族地区或内地一些情况复杂地区，前者如雍正时期设在长城附近并控制口北广大地区的“口北三厅”，包括厅治在张家口的张家口厅，厅治在独石口(河北沽源、赤城间)的独石口厅与厅治在多伦诺尔(今内蒙古多伦县)的多伦诺尔厅，均直属于直隶省。又如四川省西北部设松潘、杂谷(后改理番，今理县)等直隶厅，在东部设石砫〔zhu柱〕直隶厅(今石柱土家族自治县)，都直隶于四川省。至于散厅则为数更多，仍以四川省为例，属叙州府(今宜宾市)的有雷波厅(今雷波)、马边厅(今马边)。属雅州府(今雅安市)的有打箭炉厅(今康定)，属重庆府(今重庆市)的有江北厅(今江北)，属绥定府(今达县市)的有城口厅(今城口县)等等，其中后二者则与少数民族无大关系。清代在贵州境内所设的厅有一些是改土归流后设立的。“改土”指改变土司制，“归流”是指推行流官制。土司是一些少数民族地区的大小不一的土皇帝，虽然接受朝廷的封号，但他们世袭的统治权未变。归流则是指革除土司后，换上由上级委派的地方官。这一措施明代已经实行，到清代由云贵总督进一步推行。例如八寨厅(今丹寨县)、丹江厅(今雷山县)、都江厅(今三都水族自治县东部)、台拱厅(今台江县)、清江厅(今剑河县)等等都是改土归流后设立的。云南省境内的威远厅(今景谷傣族彝族自治县)、思茅厅(今思茅县)等都是如此。
18省外，陪都盛京辖奉天与锦州两府，下辖厅、州、县等，与内地大体相同，设内大臣、副都统及八旗驻防，内大臣后来又改称为镇守奉天等处将军。吉林、黑龙江将军辖境则与今范围差异颇大，吉林北部远至黑龙江口左侧并包括库页岛；黑龙江则北至外兴安岭。吉黑之间界线也与今天有很大不同。嘉庆二十五年(公元1820年)吉林将军辖境划为五个副都统辖区，黑龙江将军辖境划为三个副都统辖区和呼伦贝尔的副都统衔总管辖区，事实上都是军事区划兼为政区。吉林将军驻地曾由宁古塔(今黑龙江省宁安)改到吉林，黑龙江将军驻地也曾由黑龙江城(原爱辉，在江东岸；后移西岸今黑河市南)迁到墨尔根(今嫩江)，再迁至齐齐哈尔。
蒙古地区的内蒙古部分，除察哈尔部曾附明抵抗遭受毁灭性打击，余部被安排在冀、晋两省长城外编为八旗驻牧外，其他各部各旗划分为哲里木、卓索图、昭乌达、锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭六盟。所谓盟是指由各部、各旗约定于会盟地点共同商讨彼此之间的一些事务与问题而得名。这一名称，在目前仍在使用，有的盟名也未改动，还设立了一些新的盟、旗。清代还有两个不设盟的旗：一个是阿拉善旗，一个是额济纳旗。准噶尔部首领噶尔丹称汗以后在沙俄支持下，不断向外侵略扩张，额鲁特部土地被占，其酋长率部逃到近边，“上书求给牧地，诏于宁夏、甘州边外画疆给之”(《清史稿·地理志》)。这就是阿拉善额鲁特旗的由来，今简称为阿拉善旗，也有人认为阿拉善一名是贺兰山的讹称。额济纳旧土尔扈特一旗原来牧地也在今新疆塔城附近，“明季为准噶尔所逼，往居俄境”，后来一部分人“入藏礼佛，准噶尔阻其归路，乃款塞乞内属，赐牧包尔腾，旋定牧额济纳河”(《清史稿·地理志》)，定名为额济纳旧土尔扈特部一旗。所以额济纳旗的由来更为曲折，这两个旗在1949年以后都有了新的发展，阿拉善旗现分为左右二旗，与额济纳共同组成新设的阿拉善盟，生产不断发展。其迁居俄境的其他土尔扈特部，居住在伏尔加河下游，备受沙皇苛待，后来在乾隆年间也跋涉万里，回归祖国。清代讨伐准噶尔的叛乱先后历经三朝，现在称新疆北部的盆地为准噶尔，也是因其地为准噶尔部活动的范围而得名。