在清律中，刑法是重要组成部分，它集历代刑法的大成，但有其明显的特点。
犯上罪是反对封建专制统治的行为，被认为是“法不容宽”的罪行，一律加重处刑。凡谋反、谋大逆，不分首从，皆凌迟处死。同时，还扩大谋反罪的适用范围，凡上书奏事犯讳、奏疏不当，以反逆论罪。乾隆年间连异姓人订盟结拜兄弟也要按谋叛律治罪。顺治年间严禁“盟社”，违者治罪。清律还规定凡触犯皇帝尊严，蔑视皇帝权威，构成大不敬罪。不依药方为皇帝“合和御药”，造御膳误犯食禁，御用车舆服饰保管不善，制造御用舟船不符标准等，都要以危害皇帝安全罪，处杖刑和徒刑。清律中沿用明律中的“奸党”罪规定，严禁内外官交结朋党。一经发现查获，本人处斩，妻流2000里。这是为防备八旗诸王与地方官勾结，威胁皇权所作的规定。
乾隆二十六年(公元1761年)首次规定这个罪。凡是滨海或沿江行劫客船者，为江洋大盗，只要得财，不论首从，皆拟斩决。到嘉庆、道光年间，对江洋大盗防范更严，处刑更重，一经查获，立斩枭示，如拒捕杀人者，凌迟处死。此外，清律对强盗罪处罚也十分严厉，凡已实施犯罪并未得财者，杖100，流3000里，得财者不论首从，皆斩。对窃盗、侵占田产等侵犯财产的犯罪，处刑都比较重。
清嘉庆朝以后走下坡路，农民起义兴起，他们利用宗教形式组织群众，进行反抗。清律设这个罪名，显然是针对起义的农民。嘉庆六年(公元1801年)条例规定，凡传习白阳、白莲、八卦等邪教的为首者处绞刑。
雍正七年(公元1729年)清政府第一次颁布了禁烟令。后来在嘉庆年间先后颁布10余道有关禁烟的法令，主要规定了吸食鸦片的罪名和罚则。道光十九年(公元1839年)颁布了《严禁鸦片烟草章程》39条，规定贩卖、吸食鸦片烟者，处杖刑；私开鸦片烟馆引诱良家子弟吸食者，处绞刑，从犯杖100，流3000里；船户、地保杖100，徒二年；失职的地方官交部严加议处。然而，由于清政府上下官吏多卷入吸毒行列，加上西方资本主义国家政府支持国际贩毒集团向中国倾销鸦片，造成“法愈严而贩毒者愈多，吸食者越众”的状况。鸦片战争失败后，上述禁烟之法也成了废纸。
清代的刑罚制度沿用笞、杖、徒、流、死五种法定刑罚。另外，创设了“发遣”，即将罪犯发往边疆地区，为驻防官兵充当奴隶。类似明律中的“充军”刑，但比充军刑重。林则徐就曾被道光皇帝“发遣”到新疆。在死刑中除斩、绞之外，还设有凌迟、枭首、戮尸等残酷刑罚。随着司法镇压的加强，清代扩大了斩、绞刑的适用范围，在同治九年(公元1870年)最后修订的《大清律》，有关绞斩的律例723条，适用斩、绞的罪名有1000个以上。这充分暴露了清朝统治者的暴虐和对人民反抗的残酷镇压。此外，清朝的贵族官僚之家普遍采用私刑，甚至把奴仆打死也不犯罪。雍正在上谕中说：“凡旗下奴仆违犯教令，家主依法决罚致死及过失杀者，仍照例不论。”从而肯定了私刑的合法性。
惩罚“异端”思想，大兴文字狱，是清律和清代法制的重要特点。清代推行文化高压政策，惩治所谓“异端”思想，即以反对封建专制主义为主要内容的启蒙民主主义思潮和具有民族意识的社会舆论，突出表现在大兴“文字狱”。
康熙年间，庄廷〔LONG龙〕从明朝宰相朱国祯的后人那里，买得一部《明史》中的《列朝诸臣传》尚未刊行的稿本，连同他自己所补写的崇祯历史，刊刻发行。书中称努尔哈赤为建州都督，不写清帝年号，而写南明年号。此书被归安知县吴之荣告发。当时，庄廷已死，清朝下令开棺戮尸，其兄弟、子侄及刻书者、读书者、保存该书者70余人，全部处死。
乾隆时的文字狱达到顶峰，次数多，处刑残酷。例如，公元1755年，胡中藻在《坚磨生诗钞》中有“一把心肠论浊清”、“与一世争在丑夷”、“斯文欲被蛮”等句，被指责为在“清”的国号上加“浊”字，有夷、蛮等字样，犯了诋骂满人的罪行。胡中藻因此被处死。又如，乾隆四十三年(公元1778年)徐述夔写的《一柱楼诗》中，有“大明天子重相见，且把壶儿搁半边”，“明朝期振翩，一举去清都”等句，徐和儿子被戮尸，孙及校对人被处死。此外，著名诗人沈德潜，因他的《咏黑牡丹》一诗中有“夺朱非正色，异种也称王”的句子，也被剖棺戮尸。从冯王孙所著《五经简咏》一书中，找出“飞龙大小见，亢悔更何年”；从石单槐所著《茶园诗钞》中找出“大道日以没，谁与相维持”；从祝庭舒所著《续三字经》中，找出“发被左，衣冠更。难华夏，遍地僧”等语，说他们反清复明，分别被戮尸、凌迟处死，子孙坐斩，家属发遣为奴。康熙、雍正、乾隆三朝的文字狱有百余起之多，以“莫须有”的罪名横加杀戮，株连之广，惩罚之严，是历史上少见的。
文字狱是清朝统治者挑剔文字过错兴起的大狱，是专门对付文人的“特刑庭”，是统治者进行政治镇压、钳制思想，巩固其独裁统治的手段。文字狱造成了政治局面和学术思想沉寂窒息，加深人民的不满，这是清王朝衰落和灭亡的一个重要原因。