但是，不管“还原生命历程”如何原创，也不管“触摸诸子体温”如何奇妙，离开了“对诸子文本作‘全息’的研究、考证和阐释”，这一切就只是纸上的画饼。在“诸子还原系列”的三个关键词中，“全息”虽然只是实现“还原”“生命”的方法和手段，但在学术研究中，就像生命历程比结局更为重要一样，研究方法和论证过程有时比研究结果更有价值，因为学术原创常常就体现在研究方法和论证过程之中。
杨义先生给“全息研究”下的定义是：“所谓全息，起码应该包括诸子书的完整真实的文本与诸子全程而曲折的生命，以及上古文献、口头传统、原始民俗、考古材料所构成的全时代信息。这一系列信息源之间相互参证、相互对质、相互阐发、相互深化，用以追踪诸子的生存形态、文化心态、问道欲望、述学方式，由此破解诸子篇章的真伪来由、诸子思想的文化基因构成、诸子人生波折在写作上的投影、诸子著作错杂编录的历史过程及具体篇什的编年学定位。”就像通过全息成像后能得到多维图像一样，经由全息研究的“诸子还原”能让人看到诸子的“全貌”——诸如诸子的生命历程、心路历程、血缘基因、文化基因、述学方式、价值取向、篇章真伪……新的研究方法自然会成就一种新的学术形态，创造一种新的学术格局与境界。
当然，设计这种全息研究方法固然不易，将它成功付诸实践更加困难。先秦诸子与我们的时空距离很长，而留给我们的文献又很少，当年孔子对殷、夏曾有“文献不足征”之叹，现存的诸子文献就更不足征了。作者对此的感受比孔子还要强烈：“由于诸子的家世、生平资料在先秦两汉载籍中缺乏足够的完整性，存在着许多缺失的环节，历史留下的空白远远大于历史留下的记载，这就使得诸子生命的还原成为学术史上难题中的难题。”譬如墨子，虽然他开创了“世之显学”，战国后期的韩非还将孔墨并称，但由于墨家学派后世无传，有关墨子生平的史料少得可怜，比较可信的只有《史记》中一两句零星的记载，而且都是在他人传记中顺便提到他，《孟子荀卿列传》说墨翟是“宋之大夫，善守御，为节用。或曰并孔子时，或曰在其后”。《鲁仲连邹阳列传》说“宋信子罕之计而囚墨翟”。另外，《汉书·艺文志》“《墨子》七十一篇”后，附有“名翟，为宋大夫，在孔子后”的小注。仅凭这两三条记载要想还原墨子的生命历程，说它是“学术史上难题中的难题”没有半点夸张。且看作者是如何因难见巧的。从《墨子》和其他文献中多处记载墨子居鲁，《吕氏春秋》汉高诱注也称墨子为鲁人，他断定墨子“当为鲁人”。从墨子在楚王面前自称“北方之鄙人”，推断墨子不是“鲁国上邑人士，而是其边鄙之工”。从《墨子·鲁问》中“鲁之南鄙人有吴虑者，冬陶夏耕，自比于舜。子墨子闻而见之”句，推断墨子的居地也“靠近鲁之南鄙”。从《鲁问》“子墨子出曹公子而于宋”，《墨子·公输》墨子“归而过宋”，推论“墨子并非居宋，或者并非宋人”。作者还从《墨子》中找到另一墨子为鲁之南鄙人的内证：“墨子也只有居地靠近鲁之南鄙，才有《非攻中》所说的‘南则荆、吴之王，北则齐、晋之君’，‘东方有莒之国者’的方位感觉。”再从墨子里籍在鲁之南鄙，“从发生学上厘清墨学作为草根显学的思想文化资源”，考证“鲁南鄙之东夷文化” “给墨子思想嵌入哪些文化基因”，并由此为墨子后来的“草根显学”奠定了基础。接下来作者从《墨子》的《所染》《三辩》《公孟》中，找到墨子“近儒脱儒之造士过程”的内证。《淮南子·要略》这段话则构成墨子脱儒归墨的外证：“墨子学儒者之业，受孔子之术，以为其礼烦扰而不说，厚葬靡财而贫民，（久）服伤生而害事，故背周道而用夏政。”仅这几节有关墨子里籍的考辨、文化基因的追溯、学脉的考察，就涉及历史地理学、人文地理学、民俗学、史学、文献学、思想史等方面的知识，可见，做好全息研究必须具备广博的知识和开阔的视野。
不同的研究目的决定了不同的研究方法，不同的研究方法又要求研究者不同的知识结构。要还原诸子的生命历程，就得以全息的方法进行全方位研究，因为一个人的生命历程触及人生的方方面面，如果只从一个角度研究一个侧面，其结果必然和盲人摸象一样片面和偏颇，而要进行全息研究，就得有多方面的知识和多方面的才能。作者在《庄子还原·序言》中交代自己研究庄子的知识和方法时说：“我们采用了地域文化学、人文地理学、姓氏谱系学、深层心理学、自然生态学、历史编年学、地方志研究等领域的知识和方法。”已经出版“诸子还原四书”和已经发表的《〈论语〉还原初探》，每部每篇都是少见的大文，每本“还原”都探讨和破解诸子十余个问题和谜团，这种全息研究有点像古代的车轮战法，要让研究对象八面受力。与之相应，研究者必须熟悉学术上的“十八般兵器”，掌握学术上的“十八般武艺”，要擅长考辨，还得擅长思辨；要成为版本校勘的专家，还得成为田野调查的能手；要精通历史编年，还得善于心理分析；当然还得有细腻的感觉，更得具备敏锐的直觉。
作者在论及自己的诸子还原研究时说：“透过历史烟尘和历代学术的曲折，去弄清诸子是谁，不仅是血缘上‘他是谁’，而且是文化遗传、文化基因、文化脉络上的‘他是谁’。这是发生学研究诸子为道之本的关键点。”可是，要透过历史的重重迷雾破译诸子的血缘基因和文化基因，非具备敏锐的直觉和思想的穿透力不可。没有敏锐的直觉再有用的材料也会视而不见，没有思想的穿透力就看不清材料之间的蛛丝马迹。譬如，《史记·老子韩非列传》交代：“韩非者，韩之诸公子也。”依战国时期惯例，称“韩之诸公子”的人不是某国王之子便是某国王之弟，那么，韩非是哪位国王之子或之弟呢？在现存史料中找不到只言片语的相关记载，传统的考证方法对此束手无策，难怪过去从来没有人追问这个问题，但这一问题不仅事关韩非子的血缘基因，也涉及韩非子的“文化脐带”，翻不过这个“峭壁”还谈什么“韩非子还原”？作者以他对材料的敏感与洞察力，让冷冰的材料“告诉”我们“韩非是谁之子、谁之弟”这一千古之谜。作者梳理《韩非子》全书涉及韩国历代君主的近二十则材料，通过排除法一个个否定无关的记载，而在《韩非子·说林下》一则材料中感觉到了韩非对韩釐王的特殊态度：“韩咎立为君，未定也。弟在周，周欲重之，而恐韩咎不立也。綦毋恢曰：‘不若以车百乘送之。得立，因曰为戒；不立，则曰来效贼也。’”据文献载，当时虮虱在楚不在周，那时周也没有力量纳虮虱入韩，所以文中的“弟”并非虮虱。而周室虽然力量衰微，但仍是天下共主，册封诸侯还得周天子下诏书。周室“恐韩咎不立”，这不正说明周室认可韩咎的合法性吗？作者从这一直被人忽视的话中“读出”了韩非的身世：“以春秋笔法给韩咎即后来的韩釐王加分，这是其他韩君未有的‘礼遇’。”《韩非子》一书记录历代韩君止于韩釐王，对韩釐王的记述又别有深意，作者由此推断“韩非应该是韩釐王之子、桓惠王之弟、韩王安之叔辈，在这三王时期都得列为‘韩之诸公子’”。《韩非子·说林下》中这则材料如果属于信史，而且它的确出自韩非手笔，杨义先生无疑为我们破译了韩非的血缘基因。要能破解这种“学术史上难题中的难题”，至少必须具备丰富的历史知识，熟知古代的“春秋笔法”，尤其离不开对材料的特殊敏感。
作者曾将他“全息研究”的诸子还原方法，归纳为“于文献处入手，于空白处运思”。这是因为先秦诸子留下的材料中，断裂处和空白处实在太多，要是研究者不能从空白处运思，不能从断裂处找到连续，还原诸子的生命历程根本就无从着手。如果我们不了解诸子的部族、家族，不了解他们生活的地域、民俗、传统，我们就不可能读懂诸子，也不可能走进诸子存在的深处。譬如一本《老子》就给人留下许多谜团：“一、《史记》是为老聃作传，还是兼为老莱子、太史儋合传？司马迁是提示后人不要把三人搅混，还是他本人就辨析不清？二、老子故乡苦县赖乡的山貌水文、氏族状态、原始风俗信仰，为《老子》写作输入何种文化基因？三、老子是出生在陈、楚边缘之地的母系氏族吗？何以《老子》书中有那么明显的女性生殖崇拜，又把父系称为‘众父’？……”作者一连提出了这样九个一直没有解开的谜团。这些谜团有的长期被人忽视，有的被人越搅越乱。如果去读读《老子还原》，看看作者是如何抽丝剥茧，理清一团一团乱麻，看看作者如何追踪老子的文化基因，如何考索老子的出生部族，我们就不得不佩服作者读书有间，能从“无”中发现“有”，从“断”处看到“续”；不得不承认作者心细如发，思致缜密，整理乱麻丝丝不乱；不得不赞叹作者的史学与史识，精于考辨也精于识断。
还原诸子的生命历程，既要求作者识断精审，也要求作者视野开阔。清代中后期不少治诸子的学者擅长文献考辨和文字训诂，甚至将此发挥到学术的极致，但他们除了盯着文字文献之外，对民俗民风基本不屑一顾，对口头传说也不加采信，他们只满足于“四部之学”而轻视“四野之学”，这束缚了他们的胸襟，限制了他们的视野，这使他们只能读懂诸子著作纸面上的文字，却不能领悟诸子书中纸背后的“意思”，更不能明了“意思”深处所隐藏的“历史”与“故事”。“诸子还原系列”正好弥补了清儒这方面的缺憾，作者在还原诸子生命的过程中，也使用了大量的“边角材料”和民间传说，这极大地加强了读者在与诸子对话时的“互动”。
全息研究法中有历史考证，也有理论阐释，或考证中有阐释，或阐释中有考证。作者在《庄子还原》中说：“不停留于考证的考证，才是具有深刻的文化价值的考证。考证的真义，在于穿透文献，直指深层的文化意义。我们的考证，应该具有这种‘穿透—直指’功能，使考证牵引出诸子的体温和生命。”这段话并不是无的放矢。有些治经和治子的清代学者，精于考证但又累于考证，终生囿于名物、度数、训诂、章句之间寻行数墨，以此为学问的极致和终点，始终没有认识到考证只是求“道”之具而非“道”本身，将手段颠倒为目的。“诸子还原系列”在考证的精细上学习清儒，而在考证的文化特性上又超越了清儒。如《墨子还原》第四节《篇目辨伪与过程意识》，通过对《墨子》中一些篇章的文献学辨伪来凸显墨子的生命历程，这种文献学思路清儒大概闻所未闻。清儒的辨伪就终止于辨伪，《墨子还原》的辨伪则能触摸墨子的体温，甚至能直探墨子的灵魂。
章太炎先生曾说“治经与治诸子不同法”，据说胡适曾为这一断语所困。我倒是认为，能够继承古人治经治诸子的“家法”当然很好，但要是因循古人的家法可就很糟。既然一代有一代之文学，同样也一代有一代之学术。就像胡适先生当年“截断众流”一样，杨义先生为新时代的诸子研究开启了新的学术理路，在子学史上给出了完全属于他“自己的说法”。