除了以上所论及的人伦主题外，对陶渊明道德阐释的另一重要主题便是忠君。
颜延之以入仕新朝的身份自然不便于在《陶征士诔》中涉及陶渊明的忠晋问题，不过，他在诔文中称“有晋征士寻阳陶渊明”，不仅如陶澍所说的那样“隐示史笔”，而且也明示不当以陶渊明为宋人。沈约在《宋书·隐逸传》中载：“潜弱年薄宦，不洁去就之迹，自以曾祖晋世宰辅，耻复屈身后代，自高祖王业渐隆，不复肯仕。所著文章，皆题其年月，义熙以前，则书晋氏年号，自永初以来唯云甲子而已。”此说对后世影响深远，并成了历代论陶者聚讼的焦点。稍后萧统在《陶渊明传》中重复了沈说的前半部分：“自以曾祖晋世宰辅，耻复屈身后代，自以高祖王业渐隆，不复肯仕。”略去了沈约甲子纪年的那部分内容。沈说历齐、梁、陈、隋、唐几朝都没有引起争论，唐初《晋书》陶传未采其说，而《南史·隐逸传》又将沈说几乎一字不差地重复了一遍。
这种既无人提出异议也少有附和的现象，不见得就是这五个朝代的士人都赞同此说，倒很可能主要是以上几朝忠君观念在士林日趋淡薄，因而陶渊明是否矢志忠晋不像安史之乱以后的士人看得那么重，陶诗中是否甲子纪年问题也不可能成为人们注意的焦点。南朝的世家大族有固定而优越的政治、经济和社会地位，所谓“士大夫故非天子所命”，谁当皇帝他们都同样“平流进取，坐至公卿”，君统的变易和朝代的更替既然对他们的地位毫无影响，他们对此的态度也就苟且冷淡。在南朝频繁的“禅代废立之际，世家大族不是不预闻，便是帮助篡位，均以自己门第利益为转移”。如宋受晋禅时，便由东晋重臣谢安孙谢澹授玺，王导孙王弘等人转脸便成了新朝的佐命元勋。他们把禅代授玺看作不过是将一家物给于另一家而已。在这样一种“殉国之感无因，保家之念宜切”的士风中，沈约所提出的陶渊明拒仕新朝的政治操守之不被人重视就毫不足怪了，就是沈约本人也“历仕三代”，史家称其“昧于荣利，乘时射势”。隋朝和初盛唐时期，儒学在社会上尚未取得独尊的地位，儒家所强调的君臣观念也不可能得到重视和发扬，武周篡政不仅没有引起长期的道义反弹，甚至很快得到了士林的认可和合作。由于武氏不久便归政于李唐，李唐王朝又继续维持着帝国的强大和统一，人们一时还看不出忠君观念淡薄对唐王朝乃至对封建社会秩序所造成的致命危害。等到安史之乱中许多士人附逆和失节，随之又出现长期的藩镇割据，在国家和民族面临着分崩离析的历史关头，为了维护统一反对割据，尊王忠君和拥护正统的观念又重新复苏，并成为许多士人的一种道德自觉。在安史之乱中和乱后拥护正统和维护统一（这二者在当时是一回事）的颜真卿，对《宋书》中所谓陶渊明“不屈身后代”和甲子纪年反响强烈，并作了浓墨重彩的赞颂：
张良思报韩，龚胜耻事新。
狙击不肯就，舍生悲缙绅。
呜呼陶渊明，奕叶为晋臣。
自以公相后，每怀宗国屯。
题诗庚子岁，自谓羲皇人。
手持《山海经》，头戴漉酒巾，
兴逐孤云外，心随还鸟泯。
——《咏陶渊明》
颜真卿眼中的陶渊明不再是超然事外的“隐逸诗人之宗”，而是像张良、龚胜一流思报故国耻事新朝的忠烈。
到了宋代士人更看重忠君的出处大节，陶渊明因而更时常与张良、诸葛亮并列，如黄庭坚在《宿旧彭泽怀陶令》中说：“潜鱼愿深渺，渊明无由逃。彭泽当此时，沉冥一世豪。司马寒如灰，礼乐卯金刀。岁晚以字行，更始号元亮。凄其望诸葛，抗脏如汉相，时无益州牧，指㧑用诸将。平生本朝心，岁月阅江浪，空余诗语工，落笔九天上。向来非无人，此友独可尚。”朱熹在《向芗林文集后序》中也以张良比陶渊明，并且以纪逡、唐林、王维、储光羲失身于王莽、安禄山反衬陶渊明不仕异代的忠义：“张子房五世相韩，韩亡，不爱万金之产，弟死不葬，为韩报仇。虽博浪之谋未遂，衡阳之命不延，然卒借汉灭秦诛项，以抒其愤……陶元亮自以晋世宰辅之孙，耻复屈身后代，自刘裕篡夺势成，遂不肯仕。虽功名事业，不少概见，而其高情逸想，播于声诗者，后世能言之士，皆自以为莫能及也……纪逡、唐林之节非不苦，王维、储光羲之诗非不悠然清远也，然一失身于新莽、禄山之朝，则其平生之所辛勤而仅得以传世者，适足为后人嗤笑之资耳。”到元代吴澄又将陶渊明与屈原、张良、诸葛亮相提并论：“予尝谓楚之屈大夫、韩之张司徒、汉之诸葛丞相、晋之陶征士，是四君子者，其制行也不同，其遭时也不同，而其心一也。一者何？明君臣之义而已。”
显然，这是论陶者把自己的忠君观念带入了对陶渊明的理解中，因而对他忠晋的这一面作了夸张的阐释。处身朝代废立之际，目睹种种奸诈、虚伪、阴谋和杀戮，像陶渊明这样敏锐的诗人不可能木然无所感，也不可能完全没有个人的感情向背。如《述酒》一诗就表现了对被害的晋恭帝的同情，甚至有“流泪抱中叹，倾耳听司晨”这样动情的诗句。可是即使在这首被人赞为悼晋祚之终、伤君父之难的诗中，诗人仍在诗的后半部分十分超然地说：“朱公练九齿，闲居离世纷。”他既不想像张良那样为韩刺秦，更不想像诸葛亮那样灭魏复汉，他只想远远离开这个尔虞我诈的血腥之地。在晋宋易代这场残酷的政治角逐中，只有强弱而没有是非，陶渊明的感叹唏嘘与其说是矢志忠晋还不如说是出于对弱者的同情，否则就不会有“离世纷”这种抽身事外的高举远蹈了。
然而，那些满脑袋君臣大义的接受者几乎在陶渊明所有的诗文中都读出了黍离之悲和忠君之节。抒写“思亲友”的《停云》诗被理解为“皆匡扶世道之热肠，非但离索思群之闲悰也”“乃难冀之世，复难冀之朋”。抒写“游暮春”之乐的《时运》被理解成“处桓、刘之时，故慨同夷、叔”。《岁暮和张常侍》不过抒写岁月易逝人生苦短，可清代的接受者竟然读出了“虽坐视晋亡而不能救，犹以命自安，而有养晦待时之意”。《始作镇军参军经曲阿作》也只是写其初入刘裕幕为参军时的心理感受，而此诗的接受者却从中看出了诗人试图与幕主一试高低：“宋公以镇军终，我亦以参军终，苟或不然，即我之返期矣。此诗全在占地步……以吾之田园山泽，当彼之曲阿，以吾之班生长庐，当彼之镇军府。然以吾班生庐，当彼之镇军府，亦第暂当之耳，实是以吾之田园，当彼之曲阿；以吾之山泽居，当彼之镇军府，而姑留班生庐别有所当也。”诗人并没有诗论家这样意气用事，更没有自觉地去与“宋公”对着干，他入刘裕幕的初衷绝不是要去与幕主比个高下，他之所以发誓要“终返班生庐”，全是由于留恋早年“委怀在琴书”的恬淡生涯，厌倦这种“投策命晨装”的仕途奔竞（《始作镇军参军经曲阿作》）。接受者吴氏本有陶忠晋拒宋的成见，这才把诗人想象成一开始便与后来篡晋自立的“宋公”为敌，因而诗中所抒写的远仕途而念山泽、恶外荣而亲琴书的超脱情怀，都被理解或曲解成了与幕主宋公势不两立的敌对情绪。甚至连《读山海经十三首》这一抒写诗人奇情异想的组诗也被接受者读出“眷眷王室”之心和“矢志社稷”之愿。其实这一组诗不过写读《山海经》时的种种快慰、好奇、幻想和感慨，从文本的字面上绝然见不出诗人有什么“诛强贼”或“叹忠义”这类严肃的政治意图。
忠义在封建社会后期被视为出处大节，也是判定一个人人格高下尊卑最重要的价值尺度，因而称陶渊明“忧时念乱，思扶晋衰，思抗晋禅，经济热肠，语藏本末，涌若海立，屹若剑飞”便是对他最高的肯定。于是，接受者在读解陶诗时便不自觉地牵强附会，“闻渊明耻事二姓，高尚羲皇”，便“逐景寻响，望文生义，稍涉长林之想，便谓采薇之吟”，竭力使其“字字句句皆关君父”，处处“曲为辩说”“胶绕牵合”，连封建时代的诗论家也觉得“几无复理，俱足喷饭”。明许学夷在《诗源辩体》卷六中也指出：“靖节诗，惟《拟古》及《述酒》一篇，中有悼国伤时之语，其他不过写其常情耳，未尝沾沾以忠悃自居也。赵凡夫云：凡论诗不得兼道义，兼则诗道终不发矣。如谈屈、宋、陶、杜动引忠诚悃款以实之，遂令尘腐宿气勃然而起。”
我们再回到上文引到的《宋书·隐逸传》中关于陶“不肯复仕”和“甲子纪年”的记载。史家记载这两件事自然意在表明陶矢志忠晋，拒仕新朝。
先看他“不肯复仕”的真正原因。历代赞同沈说的不乏其人，宋王质在《栗里谱》卷首说：“元亮高风，发于宋、晋去就之际。君曾祖事晋，懋著勋劳。自宋武帝芟玄复马，逆揣其末流，即不出。武帝将收贤士，以系人心，见要，亦不应。”葛立方认为陶辞官归隐“委身穷巷，甘黔娄之贫而不自悔者，岂非以耻事二姓而然邪”！吴仁杰在《陶靖节先生年谱》中解释辞官的原因说：“方是时，刘寄奴自以复鼎于桓氏窃取之余，规模所建渐广，决非臣事晋者，故先生见几而作耳。”一直到清陶澍同样认为陶之辞彭泽令“其实闵晋祚之将终，深知时不可为，思以岩栖谷隐，置身理乱之外，庶得全其后凋之节”。恽敬虽然说沈约“未悉当日事势”，但仍然肯定“耻复屈身后代”之说“得先生之心”，陶渊明是“微窥”刘裕心怀“异志”，眼见“晋室之安无可望”以后，才不得不“脱然远去，永遂其不臣二姓之志”的。事实上，陶渊明辞彭泽令在义熙元年（公元405年），距刘裕篡晋的元熙二年（公元420年）尚有十六年，他怎么会提前一二十年便“遂其不臣二姓之志”呢？《宋书》本传所谓“自高祖王业渐隆，不复肯仕”云云。方东树在《陶诗附考》中说陶彭泽解归之年：“刘裕始以下邳太守拜都督，镇京口，而谓王业已渐著而不可待乎？”方氏此处偶误，是年春刘裕领“徐青二州刺史”，不久“受命解青州，加领兖州刺史”。无论就其职称还是就其行迹来看，此时的刘裕既说不上“王业渐隆”也看不出有何“异志”。出身寒素的刘裕早年不大可能有龙袍加身的梦想，死后他的孙子孝武帝刘骏还有些轻薄地说：“田舍公得此，以为过矣。”方东树认为“后人妄测不仕异姓，欲为荆轲、子房者，皆瞽说也……要之刘裕未篡而公早已不仕，及裕篡未久而公已殁，则复仇之义，不仕异姓之节，皆非事实”，这的确是当时难得的通达之论。
再看所谓“甲子纪年”问题。《宋书》本传对此本来就说得含糊不清，且不论它是否与史实相符，仅从文字表述本身而言就存在问题：陶所著文章“义熙以前则书晋氏年号，永初以来唯云甲子而已”，从东晋义熙元年到元熙二年（公元405—420年）这十六年，陶所著文章是“书晋氏年号”还是“唯云甲子”呢？唐人可能发现了史臣的疏漏，五臣注《文选》卷二十六陶诗《辛丑岁七月赴假还江陵夜行涂口》题下注：“潜诗晋所作者皆题年号，入宋所作者，但题甲子而已。意者耻事二姓，故以异之。”五臣把时间从沈约的“义熙以前”改为“晋”，又将“所著文章”改为“潜诗”，虽然从字面上看再不像沈说那样含糊，但二者所陈述的内容同样都经不起史实的检验。北宋僧思悦首先辩“甲子纪年”之妄：“考渊明诗有题甲子者，始庚子距丙辰（公元400—416年），凡十七年间，只九首耳，皆晋安帝时所作也……晋禅宋，恭帝元熙二年也。岂容晋未禅宋前二十年，辄耻事二姓，所作诗但题甲子，以自取异哉？矧诗中又无标晋年号者，其所题甲子，盖偶记一时之事耳。”后来左袒并补充思悦其说的人不少，如宋曾季狸，元吴师道，明宋濂、郎瑛，清傅占衡、方东树等，综合他们的要点如下：（一）晋时所作诗文有十几首并未“书晋氏年号”而仍“题甲子”的；（二）入宋所作诗文也有未“题甲子”的；（三）渊明所著诗文有的标年月有的未标，并非“所著文章皆题其年月”。为《宋书》本传之说辩护的人当然更多。宋谢枋得在《碧湖杂记》中辩解说：“元兴二年（公元403年），桓玄篡位，晋氏不断如线，得刘裕而始平，改元义熙，自此天下大权尽归刘裕。渊明赋《归去来兮辞》实义熙元年也。至十四年，刘公为相国，恭帝即位，改元元熙，至二年庚申，禅于宋。观恭帝之言曰：‘桓玄之时，晋氏已亡，天下重为刘公所延，将二十载。今日之事，本所甘心。’详味此言，则刘氏自庚子得政至庚申（公元400—420年）革命，凡二十年，渊明自庚子以后题甲子者，盖逆知末流必至于此，忠之至，义之尽也。思悦、裘父，殆不足以知之。”即使庚子岁“大权尽归刘裕”，即使渊明“逆知”二十年后刘裕将篡晋自立，他无论如何不至于提前二十年就抛弃司马氏年号而预题甲子，假如他真的看重年号与甲子之别，并且又矢志忠于司马氏的话。清朱鹤龄在《陶潜论》中肯定“叠山之论固核”后补充说：“彼夫刘裕之猜忌，傅亮、谢晦诸人之卖国，不难以司马天子为几上肉。其肯容晋室遗臣，傲然削新朝之帝号，而优游以羲皇上人终老耶？……故其诗之止书甲子者，所以存其耻事二姓之心，书甲子而始于二十年以前者，又所以泯其不书年号之迹”“然后可以逍遥容与，卒全此生于东篱北牖之间，不然而洵如沈约所称，其有不婴宋氏之网罗几希矣”。为了要在二十年后不书“新朝之帝号”，便提前二十年不书晋氏年号，朱氏笔下的陶渊明与其说是一位诗人，毋宁更像一位能预知二十年后天下事的先知，也像一位深谙韬晦之略的政坛老手。晚清的陶澍不忍“先生之隐衷与史氏之特笔几为所汩”，起而为“史氏”沈约辩解说：“《五柳传》云：‘尝著文章自娱，颇示己志，’则其集必有自定之本可知。约去先生仅十余年，必亲见先生自定本可知。窃意自定之本，其目以编年为序，而所谓或书年号，或仅书甲子者，乃皆见于目录中，故约作《宋书》，特为发其微趣……而沈约云文章皆题其岁月者，当是据录之体例为言。至唐初，其录尚在，故李善等依以作注，后乃亡之，遂凌乱失序，无从校勘耳。”陶澍何以凭“尝著文章自娱”这一句话便可断定“其集有自定之本”呢？他又何以知道“自定之本其目以编年为序”呢？
方东树在《陶诗附考》中通过对陶集中书晋氏年号与题甲子的作品进行统计考辨后得出结论说：“渊明之不仕，其本量高致，原非为禅代之故。其诗文或书年号，或书甲子，本无定例隐义。”陶渊明在《归去来兮辞序》中说：“质性自然，非矫励所得。饥冻虽切，违己交病。”他几次入仕时都反复申述过类似的话：“目倦川途异，心念山泽居。望云惭高鸟，临水愧游鱼。真想初在襟，谁谓形迹拘？聊且凭化迁，终返班生庐”（《始作镇军参军经曲阿作》），“商歌非吾事，依依在耦耕。投冠旋旧墟，不为好爵萦。养真衡茅下，庶以善自名”（《辛丑岁七月赴假还江陵夜行涂口》），他在《归园田居五首》之一中也说：“开荒南野际，守拙归园田。”很明显，陶渊明归隐园田为的是“养真”与“守拙”，不是要使自己成为东晋王朝的政治殉葬品，而是要在“淳风日尽”（《扇上画赞》）的人世守护人的真性。陶渊明的人生境界自高，何必借书甲子以为佳话？其归隐“自得于其性之本量，亦不必定以不仕异代为节”。封建社会之所以许多诗论家为陶所谓不仕异代和甲子纪年之说强为之辞，是由于他们“视不仕异代，固为无上高节，故以此美渊明，自谓得之，岂知向上更有至道”。陶诗的接受者既以“不仕异代”“为无上高节”，必以为“耻复屈身后代”便是对陶渊明无上的赞美，“仅有此一副见识”和“眼孔”，也就不可能“向上”窥知渊明更高的境界了。