“别录”之体“语其大用，固在辨章学术，考镜源流”。“辨章学术”即张氏所谓“究其论证之得失，核其学识之浅深”。《别录》和《条辨》二书最精彩之处，就在于书中随处散落的对清代学人学术成就高下优劣的考辨与品评，我们能从中略窥张氏学问的渊博、识断的精审和思想的深刻。刘永济先生读完《别录》后称叹道：“非有渊博之学，弘通之识，不足以成此书。观其评骘学术，论而能断，即足见其有学有识也。况其文笔雅健，又非常人所能逮；今人具此根柢者甚罕，能读此书者已不多矣。”“考镜源流”在二书中主要包括三个方面：一是探寻清代学术的源头；一是比叙学者“家学、师承或友朋讲习之益”，“以见授受濡渐之迹”；一是追溯学术的“首创之功”，揭露学术剽窃之迹，阐述学术观点的发展演变过程。
关于清代学术的源头，自清至今便有多种说法，乾嘉学者多认为发轫于清初诸儒，只有纪昀说起于明代，清初顾、黄等人则称肇于宋学，后来和此说者有章学诚、皮锡瑞等。近人梁启超在《清代学术概论》中又独排众议，称清代学术是宋明理学的“反动”和“断裂”，是中国“文艺复兴”的开端：“‘清代思潮’果何物耶？简而言之：则对于宋明理学之一大反动，而以‘复古’为其职志也。其动机及其内容，皆与欧洲之‘文艺复兴’绝相类。”十几年后钱穆似乎是针锋相对，说清代朴学是宋明理学的延续，儒家文化在清儒中一脉相传，他在《中国近三百年学术史》中一起笔就写道：“治近代学术者当何自始？曰：必始于宋。何以当始于宋？曰：近世揭橥汉学之名以与宋学敌，不知宋学，则无以平汉宋之是非。且言汉学渊源者，必溯诸晚明诸遗老。”而清初“一世魁儒耆硕，靡不寝馈于宋学”，乾嘉“汉学诸家之高下浅深，亦往往视其所得于宋学之高下浅深以为判。道咸以下，则汉宋兼采之说渐盛，抑且多尊宋贬汉，对乾嘉为平反者。故不识宋学，即无以识近代也”。
张氏同样也认为清代学术源于宋明，但他所说的宋学内涵完全不同于钱穆，钱氏的宋学是指宋明理学，张氏的宋学则涵盖了宋明的人文科学、社会科学乃至自然科学，除宋明理学外，还包括宋明史学、子学、校雠学、小学和文献辑佚、天文历算、动植物学等。他说“大抵一代宗风，自必前有所承，非宋、明诸儒为之于前，亦莫由以臻清学之盛”。他早年在《广校雠略》中曾说：“有清一代学术无不赖宋贤开其先，乾、嘉诸师承其遗绪而恢宏之耳。”他在《条辨》中也说“清人治学途径，无不开自宋人”。清文廷式发现阮元的《研经室集》中，《诗经》研究的不少结论多与“宋人逸斋《诗补传》”“相合”，并认为“国朝人不喜宋、元经学，故未检耳”。张氏说芸阁（文廷式字）发现阮元的《诗经》研究其义发自宋人，表明了他的学术敏感，而以为二者的雷同是“失之未检”，则未免过于天真。“大抵清儒治学，名虽鄙薄宋人，实则多所剿袭。戴东原说《诗》，即多本朱传，其明征也。他如段若膺注《说文》，多阴本小徐《系传》之言，掠为己有。余昔有意一一录出而未暇为之。其他类此者甚多，又未暇悉数矣。况有清一代朴学，实两宋诸贤导夫先路，余早岁著《广校雠略》，已有专篇论之。乾、嘉诸师，动辄轻侮宋人，亦谈何容易耶！”经学研究、史部考订、文献辑佚、音韵训诂、校理诸子、目录校勘等清代取得骄人业绩的领域，无一不受惠于两宋诸贤，“清代朴学实源于宋，不足以傲宋儒”。这一观点在《别录》和《条辨》中数数言之，“宋人治学气象博大，所以启示后世而导夫先路者，至多且广，又不仅《说文》、考据、金石、校勘四端而已”，“宋儒有读书至多、学问极博者，已非乾、嘉诸师所能望，况道、咸以下耶”！钱穆和张舜徽虽都说清学源于宋学，但二公的侧重点各不相同。钱氏强调的是儒家文化血脉在异族统治下仍未中断，处处流露出肯认和维护传统文化价值的热肠；张氏则从学术的层面阐明宋学在各个领域对清学的影响，时时表现出对学术的虔诚与执着。
清代大多数学者都学有渊源，即使那些自学成才者也都无不如此，或来于父子相传，或得自师承授受，或由于友朋切磋，或因为乡贤影响。不少学者同时或先后生活在同一个地域，彼此之间的学术交流和学风熏陶，最后同一地域形成一种相同或相近的学术风尚，这使得清代学术具有明显的地域性特征，如吴派、皖派、湘派、浙东学派、常州学派等。无论是研究一个学派的学术风尚，还是分析一个学者的学术个性，我们都得了解学者的学术渊源。比如扬州学派是对皖派学术的继承和发扬，其中介就是皖派魁首戴震。扬州学派的骨干王念孙、焦循、阮元、刘文淇都与戴震有直接或间接的师承关系，王念孙为戴震及门弟子，其子王引之为再传，焦循自称“为学私淑休宁戴氏”，其子焦珽琥为再传；阮元“其言训诂，得之王念孙，而阐明义理，又与焦循为近”，为戴氏再传；刘文淇子寿曾“尝溯其家学所自，实渊源于江、戴，谓戴氏弟子，以扬州为盛”，文淇问学于阮元，为戴氏三传。张氏在《别录》中一一列出扬州学者的师承关系，既使我们明了皖学在扬州学派的承续，又使我们得知清学由精向通的嬗变过程，也使我们懂得由精而通的主要原因：扬州学者学有渊源却不争门户，深得师传而又不事依傍。同一地域的学者群，张氏除了交代他们的师承授受、友朋切偲之外，还特别注意乡贤和地域对他们的共同影响。如宝应康熙、乾隆年间学者“王懋竑、朱泽沄研精朱熹之学，而俱以经史实学植其基，以泛观群书博其趣”，不仅二人“以学问相切劘”，两家也“易子而教”，“懋竑之子箴传曾受业于朱泽沄，泽沄之子光进复问学于懋竑”，这样既使自己的子弟续承其业，也深深影响了乡里继起的后学如刘台拱、朱彬、刘宝树、刘宝楠等人的学术取向。“台拱自年少时，得其乡先辈王懋竑、朱泽沄之遗书读之，始为程、朱之学，以饬躬行。”交游中如段玉裁、王念孙、汪中、邵晋涵等皆乾嘉经史名家，所以“一生以宋贤之义理涵养身心，而以汉儒之训诂理董经籍”。朱彬“为泽沄族孙，又与刘台拱为内外兄弟，又以王懋竑表彰朱学，独为醇正，服膺不衰”。刘宝树、宝楠兄弟是刘台拱的族孙，学术上也与“台拱同趣”。仅《别录》中所论及的家学、师承、友朋、同门等各种各样的学术联系就多达一百多处，从中可以看到清代学者的学术渊源、学术交往，像一张纵横交错的网络，清代学术像血脉流注而又纷繁复杂的有机体，并由此可以看到一个学者成长的来龙去脉，一个学派学术风尚的具体成因。在其他体式写成的学术史中，很少也很难像《别录》这样如此详细地辨析学者的师友渊源，如此深入地阐述各自的“授受濡渐之迹”。
在追溯学术渊源的过程中，张氏十分注意追踪学术的“首创之功”，绝不因创始者的小疵而掩其大善。如乾嘉学者常指责郑樵“卤莽”“粗疏”，王鸣盛在《蛾术编》卷十三《通典通志通考》条中说：“《通志》于‘三通’为最下。”张氏则认为《通志》“与杜、马之书，体殊广狭而功有难易，奚可相提并论耶？无识者徒见三书同以‘通’字立名，遽取而合刊之，泯其畛域，肆起讥弹，此固郑氏所不任咎也。况郑氏有志修前史，合为一编，其用心可谓勤笃。后以困于多病，赍志以没。今所流传之二百卷书，悉由病中匆遽编成，固未能自致于全美也。后人如徒据其未定之书，而忘其创始之艰；摘其纂述之疏，而没其义例之善，亦太失是非之平矣”。又如清卢文弨、严元照先后批评宋徐楚金的《说文系传》“立说多穿凿无当”，并说“楚金于小学非有真知者”，严还“摘举七目以攻楚金之失”。张氏说这简直是“吹毛索瘢，无乃已甚。然其书实不可废者，非特据小徐《系传》可正大徐本之失已也。吾尤服其每说一字，多因声以求义，往往曲得古人造字命物之意。段玉裁为《说文注》，多阴本其说而敷畅之，甚或一字不易，掠为己有。余新注《说文》，遇此等处，皆一一标明楚金之说，所以尊创始之功耳”。再如评丁寿昌这位清代并不太著名的学者，特意指出“《释榖后序》一篇，发明物名大小之例，大意谓凡物之大者曰王、曰蜀、曰戎、曰胡……物之小者曰童、曰妾、曰婢……皆古人比事属词，非有异义于其间云云。所说甚通，实开近世王国维《尔雅草木虫鱼释例》之先”。与尊重学术“首创之功”相联系，张氏随时揭露学术中的剽窃之迹，他多次强调学者应具备“为公非为私”的胸怀：“按读书有得，前人已有先我而言者，则必舍己从人，称举前人之说。若此说已有数人言及者，则必援引最先之说，所以尊首创之功。”段玉裁是张氏心仪的清代学者，但对他将宋人徐楚金《说文系传》的成果“掠为己有”的行为，多次不留情面地给予谴责。晚清今文经学学者廖平“敢于独申己见，发前人所未发，不啻为经学树一革命旗帜”。康有为“始于光绪十六年，晤面于广州安徽会馆，读平所著书，而深服之，窥其大义，加以引申。本其《今古学考》《古学考》，以作《新学伪经考》；本其《知圣篇》，以作《孔子改制考》”。张氏通过比较和考证后断言：“康氏之书，实出于平，不可掩矣。”不管本人有多大的成就，也不管本人有多大的名气，只要有或明或暗的抄袭现象，他都会对有违学术公德的行为进行曝光和声讨。张氏在考镜源流时也很注意辨析某一学术观点的发展演变过程，如“引书注卷数”一事，张氏一一列出前人的考证发现：首先是余仲林说始于宋程大昌和辽僧行均，钱大昕接着说始于唐王悬河，后汪远孙说始于梁皇侃，近人余嘉锡又在前人基础上探本穷源，称《左传》《国语》引《尚书》就已举其篇名，“此自古相传之法，不始于六朝、唐人”。张氏说这一学术传统的开端，学者从辽、宋、唐、六朝而上溯至先秦，“可谓愈推愈密”，“考证之事，后出者胜，信矣”。