上文我们阐述了《讲疏》对《四库提要叙》“考镜源流”上的正误，此处再分析对《四库提要叙》“辨章学术”上的纠偏。
在辨章学术的过程中，学者不同的价值取向决定了各自不同的价值判断，不同的学术倾向又影响着他们对不同学派、学科、学术的评价。由于尊圣、崇经、忠君的立场，四库馆臣毫不掩饰自己“编录遗文”的目的，是“以阐圣学、明王道为主，不以百氏杂学为事”。他们认为经文“如日中天，无所容其赞述”，对经书只能信仰而不得怀疑，对“天裁”“圣谕”只能赞颂而不可否定，一切以“天裁”的是非为是非，以“圣谕”的好恶为好恶。尽管四库馆臣反复申言“参稽众说，务取持平”，不断强调“扫除畛域，一准至公”，可是由于特定的意识形态、政治态度及学术倾向，他们在月旦学人、论定学术、评价学派时，正如张先生所批评的那样，有时难免“逞爱憎之私，失是非之公”。他们在总叙小叙中所阐述和勾勒的学术史，有些部分像夸张变形了的“学术漫画”：有的学人被拔高圣化，有的学派学人又被贬损丑化。
先看四库馆臣对汉学、宋学的态度。他们主观上申明要“消融门户之见，而各取所长”：“要其归宿，则不过汉学、宋学两家，互为胜负。夫汉学具有根柢，讲学者以浅陋轻之，不足服汉儒也；宋学具有精微，读书者以空疏薄之，亦不足服宋儒也。”表面上看，似乎对汉学与宋学一碗水端平，而实际上正如《讲疏》所指出的那样，这些都是馆臣们的门面话，“然通观全书，于评定学术高下、审断著述精粗之际，仍多扬汉抑宋之辞。盖习尚移人，贤者不免”。《讲疏》还特地提醒读者说：“读是书者，宜知其论列古今，自不无偏袒之见也。良以纪昀学术根柢，仍在考证。江氏《汉学师承记》，取与江永、金榜、戴震诸家并列，以其治学趋向同耳。其撰述《提要》有所轩轾，不足怪也。”清从乾嘉开始，汉、宋之争形同水火，在《诗经》研究领域里，“攻汉学者，意不尽在于经义，务胜汉儒而已。伸汉学者，意亦不尽在于经义，愤宋儒之诋汉儒而已”。这两派名义上是论是非，而实际上是争胜负。《四库提要·诗类叙》两边各打五十大板，一边说对于两方的意见“全信全疑，均属偏见”，一边又说“至于鸟兽草木之名，训诂声音之学，皆事须考证，非可空谈。今所采辑，则尊汉学者居多焉”。从馆臣的取舍可以看出，他们对汉学、宋学的态度并不那么“持平”，张先生在汉宋之争中才真正能“消融门户之见”：
然余观朱子说《诗》，名虽废序，而阴本序说者实多。以意逆志，曲得诗旨。以视郑君牵于礼制、致纡曲而难通者，则有间矣。外此若吕氏（南宋吕祖谦——引者注）《读诗记》、严氏（南宋严粲——引者注）《诗缉》，悉能原本旧义，兼录时人说《诗》之言，无适无莫，实事求是。严书尤后出，集诸家之成，实能镕铸汉唐旧义，为一家言。自来说《诗》之书，未有善于此者。自清儒治经，大张汉帜，率屏弃汉人经说不观，迄于今三百年矣。平心论之，清儒惟考证名物之情状，审别文字之异同，足以跨越前人。至于引申大义，阐明《诗》意，不逮宋贤远甚。二三拘儒，遽欲以广搜博引，上傲宋贤，斯亦过矣。余早岁治《诗》，于陈氏《毛诗传疏》，读之三反，旁涉乾嘉诸儒考证之书，锲而不舍。及反而求之注疏以逮宋贤遗说，始于篇中之微旨，词外之寄托，恍然有悟，信足以发墨守而开疑滞，下视有清诸儒之书，直糟粕耳。虽然，训诂之不明，则大义亦无由自见。清儒发疑正读之功，亦岂可泯！顾以此为治经之功则可，若谓治经之事遽止于此，则隘甚矣。晚近说经之弊有二：上焉者，蹈袭乾嘉以下经生余习，以解字辨物为工；下焉者，则蔑弃传注，以游谈臆断相尚。舍大道以适荆棘，通经之效乃晦。
清儒治《诗经》“足以跨越前人”之处在“考证名物之情状，审别文字之异同”，宋贤治《诗经》之所长在阐述“篇中之微旨，词外之寄托”。在张先生看来，前者只能算“治经之功”，只是治《诗经》的基础和准备，后者才是治《诗经》的目的，它代表一个时代对《诗经》理解和体验的深度。朱熹通过对《诗经》义的深心体贴和对《诗经》艺的细腻感悟，能够“以意逆志，曲得诗旨”。郑玄的《毛诗传笺》以《礼记》解《诗经》，自然有很多曲解和附会，所以说他“牵于礼制”致使“纡曲而难通”。难怪张先生将朱熹《诗集传》置于郑玄《毛诗传笺》之上了。其实，郑玄是张先生一生都非常景仰的大师，推崇他“学术渊湛，识断精审”，晚年还撰写《郑学丛著》以总结郑学的成就，该著可以说是郑学集大成的著作。景仰他却不偏袒他，这才说得上是“惟求义理之安，不存门户之异”，“一准至公”，平视汉、宋。
在《四库提要叙》中，扬汉抑宋的学术倾向随处可见，如《春秋类叙》交代其审断标准说：“虽旧说流传，不能尽废，要以切实有征、平易近理者为本。其瑕瑜互见者，则别白而存之；游谈臆说，以私意乱圣经者，则仅存其目。”由于主其事者纪昀的学术根基在于考证，那些“切实有征”的著作容易受到四库馆臣的青睐，而那些“游谈臆说”一类的东西则被打入另册。《四库全书总目·春秋类》末的《案语》称：“征实迹者其失小，骋虚论者其失大矣。”从学理上讲，“征实迹”的史实考证和“骋虚论”的理论阐释不可偏废，古人将这二者分别名为“考据”“义理”，这两种学术路数都各有其优劣，“失小”“失大”更是难见分晓，尚义理者容易失之空疏，尚考据者容易失之琐碎。当时“达人显贵之所主持，聪明才俊之所奔赴”多在名物、训诂、考证，纪昀等馆臣的观点不过是乾嘉学界主导学风的反映。《四库全书总目·凡例》就揭明了全书的取舍标准：“谢彼虚谈，敦兹实学。”张先生对汉学与宋学无所偏心，因而对汉学与宋学的评价也就无所偏见。在《诗经》研究上，他认为郑玄不及朱熹；在三礼的研究上，他又认为郑玄远过宋贤：“郑氏遍注三礼，为世所宗。”“宋人于名物度数，不能与之立异，惟力诋郑氏好以纬候说经……要之，三礼自是郑学。其于勘正文字异同，疏说名物情状，厥功不细，非可妄议，未宜以其小疵掩其大醇也。”同时，他也肯定宋儒治礼的独到之处：“汉儒说礼，考礼之制；宋儒说礼，明礼之义，各有攸长，自可兼采。”“持论归乎至平，立义期于有据”，是张先生一生奉行的学术准的。他不薄汉学也尊重宋儒，所以他在清儒的汉宋之争中能不偏不倚。
四库馆臣不仅常常扬汉抑宋，还往往尊古卑今甚至是古非今。来看看《乐类叙》对古乐今乐的评价：“顾自汉氏以来，兼陈雅俗，艳歌侧调，并隶云韶。于是诸史所登，虽细至筝琶，亦附于经末。循是以往，将小说稗官，未尝不记言记事，亦附之《书》与《春秋》乎？悖理伤教，于斯为甚。今区别诸书，惟以辨律吕、明雅乐者，仍列于经。其讴歌末技，弦管繁声，均退列杂艺、词曲两类中。用以见大乐元音，道侔天地，非郑声所得而奸也。”《讲疏》分析了馆臣所谓“雅俗”之所指和其评断之所失：“苟非兼陈雅俗，断不至繁杂至此，故《四库总目叙》痛斥之。而必谓为悖理伤教，失之过激矣。”馆臣为什么如此偏激呢？除了他们的审美偏好外，更主要的是他们“明王道”的政治立场，使他们把审美趣味上的雅俗，混同于政治上的是非和道德上的邪正——凡雅者必正，凡俗者必邪，于是便咬牙切齿地骂俗乐“悖理伤教”。《四库全书总目》将那些所谓“讴歌末技，弦管繁声”都视为是淫荡的“郑声”，将它们全部剔出“乐类”，归入“杂艺”或“词曲”二类中。“杂艺”被人鄙视自不待言，“词曲”在四库馆臣眼中同样“厥品颇卑”，将流行的“弦管繁声”退出“乐类”而归于“杂艺”和“词曲”，就是把这一类音乐打入另册。从知识类型上看，无论是“律吕雅乐”还是“弦管繁声”都是音乐，将前者收入乐类，后者贬入杂艺，完全不顾知识分类和图书分类的基本原则。张先生不同意馆臣将所有“弦管繁声”“皆目为郑声”：“大抵事物之兴，古简而今繁；古代朴素而后世华靡；万类皆然，无足怪者。太古之乐，惟土鼓、蒉桴、苇龠而已。后乃益之以钟磬弦管，亦有来自域外以补国乐之所不足者，于是音乐始臻极盛。如但一意尊古卑今，举凡今之所有而古之所无者，悉目为不正之声，概加屏弃，则违于事物进化之理远矣。此学者辨艺论古，所以贵能观其通也。”《讲疏》敏锐地指出馆臣是以音乐产生时代的早晚来判定音乐本身的尊卑——但凡古乐必尊，但凡今乐必贱。这既“违于事物进化之理”，也悖于音乐社会学的常识，充分暴露了四库馆臣意识形态上的傲慢和知识社会学上的偏见。
这种意识形态的傲慢在子部各类小叙中表现得更为明显露骨。我们来看看《法家类叙》：“刑名之学，起于周季，其术为盛世所不取。然流览遗篇，兼资法戒。观于管仲诸家，可以知近功小利之隘；观于商鞅、韩非诸家，可以知刻薄寡恩之非。鉴彼前车，即所以克端治本，曾巩所谓不灭其籍，乃善于放绝者欤！”说来令人无法相信，法家在四库馆臣眼中仅仅具有反面教材的价值。其所以不销毁法家典籍，就是为了让世世代代的人知道法家“近功小利”的狭隘及“刻薄寡恩”的冷酷，了解狭隘与冷酷给民族和国家造成的灾难。《四库全书总目·凡例》称对那些“离经叛道、颠倒是非者，剖击必严”，也许馆臣们觉得法家“离经叛道”吧，所以才对这一学派彻底否定。《讲疏》批驳了这种对法家的否定性论述：“此儒家正统之见，未足以为定论也。诸子之言，皆主经世。各有所偏，亦有所长。苟能取其长而不溺其偏，自能相辅为用，有益治理。”接下来从理论价值和历史作用两个方面阐述了法家的历史地位：“若管仲、商鞅、韩非，皆古之大政治家也，其言治国之理，至明核矣。吾尝以为载籍极博，而独乏系统阐发政治理论之书。惟周秦法家于富国强民之道，生财教战之方，以及黜华崇实、肃化明纪诸端，言之兢兢，自成体系。管仲以之治齐，商鞅以之治秦，雷厉风行，悉奏肤功。而秦皇之一统宇内，立邦治法，一遵韩非之说，此其尤大章明较著者也。后世若霍光、诸葛亮、王猛、魏徵、王安石、张居正之流，皆实本其学以治天下。立法施度，勇毅能断，莫不有法家精神，是岂迂阔儒生所逮知哉！”张先生还引证司马谈《论六家要旨》中对法家的论述，阐明“西汉学者，已于法家之学，早有定评”，由此可知，法家的历史地位“何可一概抹杀”？我们在这里要特别补充的一点是，四库馆臣对管仲的评价比孔子还要尖刻严苛，孔子的确说过“管仲之器小哉”！但孔子也多次赞赏管仲的仁爱和功德。当“桓公杀公子纠，召忽死之，管仲不死”，孔子的学生子路和子贡先后指责管仲“非仁”时，孔子对这两位学生说：“桓公九合诸侯，不以兵车，管仲之力也。如其仁，如其仁。”“管仲相桓公，霸诸侯，一匡天下，民到于今受其赐。微管仲，吾其被发左衽矣。岂若匹夫匹妇之为谅也，自经于沟渎而莫之知也？”管仲因其巨大的功业使广大人民“受其赐”，这种博施广济的大仁大爱竟然被四库馆臣说成是“近功小利”，比起管仲来，馆臣们真的是“匹夫匹妇之为谅也”；比起孔子的通达来，馆臣真的显得“器小”。《讲疏》并以西汉政治为例，说明中国历代统治者都是王霸杂施或儒法合用，“旷观历代兴亡，亦何尝专任儒术足以致治者乎”？这些议论表明张先生不只摆脱了意识形态的魔障，其见识境界也远逾清儒，显示了他对法家乃至古代政治的深刻思考。
忠君观念和政治态度也导致《四库提要叙》对学人、学派、学术评价的偏颇。譬如，《集部总叙》评论钱谦益时，就因政治态度而泯灭了学术良知：“至钱谦益《列朝诗集》，更颠倒贤奸，彝良泯绝，其贻害人心风俗者，又岂鲜哉！”无庸讳言，钱氏为人可訾议者很多，不只降清一事大节有亏而已。不过，张舜徽先生认为，论及《列朝诗集》时就应桥归桥路归路，从学术立场来论述该著的学术成败：
尝集有明一代之诗为《列朝诗集》八十一卷。起洪武讫崇祯，共十六朝，凡二百七十八年。分为甲乙丙丁四集。上而列与诸王之诗，则入之乾集；下而僧道、闺秀、宗潢、妇寺、蕃服之诗，则入之闰集。而自元末至太祖建国，凡元之亡国大夫及遗民之在野者，则别编为甲前集。入选者一千六百余家。是书广揽兼收，无分男女贵贱，朝野华夷，以逮沙门道士。但录其诗，不论其人。逸篇零什，赖以保存者不少。在总集中为创格，于征文考献，不为无补。后人徒以谦益为两朝人物，节概行事，多可訾议，故论者多鄙薄之。然吾尝读其《初学集》《有学集》，知其湛深经史，学有本原，论议通达，多可取者。当时阎若璩以学问雄海内，而生平最钦服者三人，自顾炎武、黄宗羲外，则谦益也。又曾列谦益之名冠十四圣人之首。其推崇之至此，夫岂阿其所好哉！
《列朝诗集》不仅“广揽兼收，无分男女贵贱，朝野华夷”的收录标准上，“在总集中为创格”，为后世保存了不少“逸篇零什”，有助于文史研究的“征文考献”，而且《列朝诗集小传》中纵论明代各家各派诗歌的优劣得失，视野宏阔而又议论精警，不失为一部系统而又透辟的明代诗歌史论。这部既具诗史价值又有理论价值的总集，却招致馆臣“颠倒贤奸，彝良泯绝”如此之重的恶评，真不知从何谈起。《讲疏》载钱氏《初学集》《有学集》“在乾隆时，以语涉诽谤，版被禁毁。修《四库全书》时，既未著录其著述，撰叙文者，又假论及《列朝诗集》，而抨击加剧，非定评也。逞爱憎之私，失是非之公，学者于此，必有辨矣”。原来如此！钱氏因其著作“语涉诽谤”，于是馆臣便剧加抨击以取悦龙颜，“逞爱憎之私”还说得太客气，四库馆臣们根本不敢有自己的爱与憎。作为极一时之选的四库馆臣，何尝不知道钱谦益的学问与地位，何尝不明白《列朝诗集》的学术价值，但他们只能以时君的爱憎为其爱憎，以朝廷的是非为其是非。
四库馆臣在“评定学术高下、审断著述精粗”中时见偏颇，并非全是政治态度、意识形态和学术倾向的原因，其中有一部分是由于识有未逮之所致，如《正史类叙》称：“盖正史体尊，义与经配，非悬诸令典，莫敢私增，所由与稗官野记异也。”我国古代史书最常用的编年体和纪传体，此前并没有人将它们分出学术上或文体上的尊卑。《讲疏》考证了“正史”之名的来由和本义：“‘正史’之名，唐以前未有也。自唐设馆修史，然后名朝廷诏修之史籍为正史，亦犹唐初诏修五经义疏为《五经正义》耳。”张先生这里可能记忆偶误，“正史”之名始见于南朝梁阮孝绪的《正史削繁》，它以《史记》《汉书》等纪传体史书为正史。因为唐代官修的几部史书都拟司马迁、班固的纪传体，此后纪传体史书虽然常被说成“正史”，但“正史”之名并没有为纪传体所独占。张先生还举例说：“刘知几《史通》有《古今正史篇》，叙列所及，并举纪传、编年，初未尝专宗纪传。嗣《唐志》列纪传为正史，而编年别成一类，宋以后皆因之。”不过，“宋以后皆因之”的说法也并不准确，《明史·艺文志》仍将编年、纪传都作为正史。以纪传体为“正史”绝非定论，“顾如晁公武《郡斋读书志·史部叙》曰：‘编年、纪传，各有所长，未易以优劣论。而人皆以纪传便于披阅，独行于世，号为正史，不亦异乎！’章学诚《史考释例》亦曰：‘编年之书，出于《春秋》，本正史也。乃班马之学盛，而史志著录，皆不以编年为正史。纪传、编年，古人未有轩轾；自唐以后，皆沿唐志之称，于义实为未安。’可知自来学者，偶言及此，亦递有是非。必如《四库总目叙》所云：‘正史体尊，义与经配。’揆诸情实，夫岂其然”。无论是从史学实情来看，还是从簿录体例着眼，将编年体和纪传体分出尊卑，既是意识上的偏见，也是认识上的偏差。
四库馆臣的认知偏差也表现在对方志的理解上，《地理类叙》说：“古之地志，载方域山川风俗物产而已……王士祯称《汉中府志》，载木牛流马法；《武功县志》载织锦璇玑图。此文士爱博之谈，非古法也。”《讲疏》对这一说法给予异常直率的批评：“斯论甚陋，不可为训。大抵方志取材，以社会为中心，与正史但详一姓之成败兴替者不同。举凡风俗习惯、民生利病、物产土宜、奇技异能，一切不载于正史中者，方志皆详著之。其足裨益国史，亦即在此。《汉中府志》载木牛流马法，《武功县志》载织锦璇玑图，实有其物，足资考证，笔之于书，有何不可！以文士爱博之谈斥之，非也。”馆臣对方志的特征与功能缺乏深刻的理解，加之他们常患食古不化的毛病，要求每一种簿录体例僵守陈规，只能“因”而不能“创”，因而，才有对方志载“木牛流马法”和“织锦璇玑图”的不满，才有对方志这一体例的陋识。