“溯学术之流派”这一主旨，同样也体现于《通释》对学派与学派之间亲缘关系的深入探讨，对学派自身发展与变异的缜密考辨。前者是从异中见同，发现歧见百出的学派之间原属“近亲”；后者是从同中辨异，追踪同一学派的前后变化。
历史上有些学派彼此视若寇仇，好像势同水火，可实际上这些学派可能原先属于同一个家族，后来才分道扬镳；有些思想知识看似判若胡越，相互毫无瓜葛，其实这些表面上针锋相对的思想知识，本质上可能具有深刻的内在联系，它们的最终目标也可能殊途同归。
孟子力辟杨、墨的名言，许多人都耳熟能详：“圣王不作，诸侯放恣，处士横议，杨朱、墨翟之言盈天下。天下之言，不归杨，则归墨。杨氏为我，是无君也；墨氏兼爱，是无父也。无父无君，是禽兽也。”被后世尊为亚圣的孟子骂墨子是“禽兽”，儒、墨似乎是天生就势不两立，可《通释》在《墨子》一书的叙录解题中断言“墨学实出于儒”：“其学盛行于战国之世，故《韩非子·显学篇》曰：‘世之显学，儒墨也。儒之所至，孔丘也；墨之所至，墨翟也。’可知二家在当时，并见重于世。顾墨学实出于儒而与儒异者，《淮南·要略》云：‘墨子学儒者之业，受孔子之术，以为其礼烦扰而不说，厚葬靡财而贫民，久服伤身而害事，故背周道而用夏政。’此论甚精，足以明其不同于儒之故。”墨子开始也是受孔子之术的，只是学习过程中发现儒家的许多弊端，如礼仪过于烦琐而不易施行，厚葬无谓浪费钱财而使人贫困，长久服丧更伤身误事。不过，墨虽从儒入却不从儒出，但儒、墨的差异并不如孟子所夸张的那样大，二者有许多思路相通甚至相同。孟子为何要声讨墨家“兼爱”呢？《通释》对此也做了间接的阐释：“大抵墨学宗旨，兼爱乃其根本，而尚贤、尚同、节用、节葬、非乐、非命、尊天、事鬼、非攻诸端，皆其枝叶。”打蛇要打七寸，批判对手当然要点要害。儒学的核心是仁爱，墨学的根本是兼爱。仁爱是一种以血缘为中心向外扩展的爱，是一种有亲疏有等差的爱，兼爱则是不以血缘为基础的爱，因而这种爱没有亲疏等差之别，兼爱对儒家仁爱这一核心命题的冲击在当时是可想而知的，难怪孟子要声嘶力竭地讨伐了。儒、墨后来虽越走越远，但他们渊源上“一百年前是一家”。
道家主张无为而治，法家强调严刑峻法，这两家在治国思路上可谓针尖对麦芒，而远在西汉的太史公偏将老、庄与申、韩合传，后世不少文献学家有的将某书列入道家，有的又将同一书列入法家，有的则用互著法将一书并列两家，为什么会出现这种情况呢？《通释》阐明了个中原因。《汉志·诸子略》中“法家”类收入“《慎子》四十二篇”，班固注说“名到，先申、韩，申、韩称之”。此书宋王应麟已称亡三十七篇，现只存七篇。《通释》对此书的叙录说：“《史记·孟荀列传》：‘慎到，赵人；田骈，接子，齐人；环渊，楚人；皆学黄老道德之术。因发明序其指意，故慎到著十二论。’……观史公所论，则慎子所著十二论，乃道家言。”既然慎到是学“黄老道德之术”，《汉志》为什么把他的书列入法家呢？张先生指出二家的渊源关系说：“法家之学，本出于道。故史公以老庄申韩同列一传，而谓申韩皆原于道德之意也。疑十二论原在已佚之三十七篇中，今则不可考矣。”《通释》在《韩子》一书的叙录中对“法道同源”的思想阐述得更为透彻：“非之学虽为法家之集大成者，而实深于黄老无为之旨。今观其书，非特《解老》《喻老》，所以发明五千言者至为邃密，即如《主道》《大体》《扬权》诸篇，皆道论之精英也。史公称其‘喜刑名法术之学，而其归本于黄老’，可谓谛当。”
儒与道的关系同样也纠缠不清，如《汉志·诸子略》的“儒家”中收录了“《内业》十五篇”，并注明“不知作书者”。王应麟和马国翰都认为《汉志》中收录的《内业》即《管子》第四十九篇《内业》，马国翰还将《管子》中的《内业》重新厘为十五篇，正好吻合《汉志》所标明的篇数。过去研究思想史的学者很少关注《内业》，偶有论及此文的又将它附会“唐宋理学诸儒复性、主静之说”。张先生在《汉志》所收《内业》的叙录解题中指出：“余尝反复籀绎遗文，始悟是篇所言，皆为君道而发。举凡后起附会之说，悉非此文本旨也。今取《心术》上下及《白心篇》，与是篇彼此印证，则其所言乃人君南面之术，昭昭甚明。《管子》虽为糅杂之书，而言人君南面之术者，往往在焉。若《心术》上下、《白心》、《内业》四篇，其尤著者也。”张先生还从文字学上阐释了《内业》篇名的旨意，“内犹心也，业犹术也”，《内业》不仅与《管子》中《心术》二文篇名义近，二者“所言亦表里相依”，“其间精义要旨，足与道德五千言相发明”，同为“主术之纲领，道论之菁英”。既然《内业》内容上与《老子》五千言相发明，为什么《汉志》将它列入“儒家”呢？张先生对此进行了推本求源的阐述：“余则以为周秦诸子之言南面术业，莫不原于道德之意。此《淮南·齐俗篇》所谓‘道德之论，譬犹日月也，江南河北，不能易其指；驰骛千里，不能易其处’者是也。观仲尼论政，有曰：‘为政以德，譬如北辰，居其所而众星拱之。’又曰：‘无为而治者，其舜也与！夫何为哉？恭己正南面而已矣。’叹尧之民无能名，唯能则天；称仲弓居敬行简，可使南面。可知孔子之言主术，亦无以远于道德之论。则《汉志》儒家有《内业》，不足怪也。先秦诸子之学，皆前有所承。故《庄子·天下篇》叙述诸子源流，每云古之道术有在于是者，某某闻其风而悦之。则百家之说，多非所自创，亦明矣。”老庄鄙弃仁义，儒生又诋毁老庄，儒与道似乎是冰炭不可共器，但实际上二家却有非常深远的精神渊源。
过去，一提到春秋战国时期百家争鸣，大家印象中的图景是当时各家彼此毫不通融，各自站在自家立场上相互对骂，《通释》对各家各派学术源流的考溯，才为我们还原了历史的真实景观：当时各家往往你中有我、我中有你，既相互影响借鉴，又彼此争论不休，激烈争论的两家或许还系出同源，更甚至可能“似二而实一”。假如诸子百家没有这种剪不断理还乱的复杂关系，百家之间就肯定井水不犯河水，不可能出现百家争鸣的热闹场面。
考辨同一学术流派自身的发展与变异，也是《通释》“溯学术之流派”题中应有之义，只是这里不是上溯渊源而是下寻流变。我们先看看《通释》对《汉志·诸子略》“儒家”类收录的《孙卿子》（即《荀子》——引者注）一书的叙录：“孟荀同为儒学之宗，咸归于师法圣人，诵说王道，大张仲尼之说于后世。顾儒学自有孟荀，道遂分而为二：孟主于尊德性，荀主于道问学。论其终诣，则孟子多卫道之语，荀子有传经之功。其后两千余年儒学，皆二途并骛，争议遂多。孟荀之说，实其先导。孟荀二家之书，在汉世并列诸子。自宋以后既入《孟子》于经，《荀》犹与百家伍，而学者遂妄分轩轾矣。其实《荀子》三十二篇，多与两戴《礼记》相表里。如《小戴礼记》之《三年问》，全出《荀子·礼论篇》；《乐记》《乡饮酒义》所引，俱出《乐论篇》；《聘义》贵玉贱珉语，亦与《法行篇》大同。《大戴礼记》之《礼三本篇》，出《礼论篇》；《劝学篇》即《荀子》首篇，而以《宥坐篇》末见大水一则附之；哀公问五义，出《哀公篇》之首。可见其书醇粹以精，直与传记比重。唐人杨倞始为之注，乃谓‘荀子之书，羽翼六经，增广孔氏，非诸子之言。’良不诬也。”儒学发展至孟荀便出现不同的精神向度：孟子主张以先验道德主宰人的感性而提出人性善，荀子则强调以礼义去克制和改造人的自然本能而提出人性恶；前者因人性善而“主于尊德性”，后者因人性恶而“主于道问学”；因尊德性而高扬人的“浩然之气”，因道问学而首重劝学修为。孟荀也是后来儒学家所谓“内圣”与“外王”的分野，宋后士人精神的内在转向，出现了十分偏激的扬孟抑荀思潮，遂使《孟子》尊为经而《荀子》仍居于子，也使后来的士人精神严重失衡。“儒学自有孟荀，道遂分而为二”，此论的确切中了儒学流变的脉搏。
儒学精神内涵与价值取向在其发展过程中也不断发生变异，《通释》在阐释《诸子略·儒家》小序时对此作了深刻的辨析：“自汉武帝罢黜百家，表章《六经》以后，儒学始居诸子之上，以‘祖述尧、舜，宪章文、武，宗师仲尼’者为儒。故《淮南·俶真篇》高诱注云：‘儒，孔子道也。’是即汉人之所谓儒耳。若汉以前之所谓儒，乃术士之通称。故秦之坑儒，实坑术士也。汉人多以濡柔释儒，流于懦弱无能。而孔子与鲁哀公论及儒行，则谓‘非时不见，非义不合’；‘见利不亏其义，见死不更其守’；‘可亲而不可劫，可杀而不可辱’；‘身可危也，而志不可夺也’；其刚毅有守如此。是岂自汉以下褒衣博带、张拱徐趋、柔弱不振之所谓儒乎？故论儒术崇卑广狭，自必上溯其原，以校其异同；而未可拘于一隅，以汉为断也。”先儒不仅追求“可杀不可辱”这种精神的刚毅，也重视射、御以锻炼身体的强壮，更追求经纶宇宙拯世济民等外在事功，汉代的儒生将《周礼》中“五射”“五御”当成赳赳武夫的粗事，甚至把济世这类外在事功视为“粗迹”，以峨冠博带、打躬作揖为文雅，儒学的这一转向越到后世越趋于极端，使得后世的儒者柔弱得力不胜衣，弘毅刚烈的士风日渐衰颓。儒学精神自汉以后由崇而趋卑、由广而变狭，《通释》所言可谓一语中的，既有溯学派流变的学术价值，也有警醒社会的现实意义。