岂止是对知识类型的价值估价上表现得十分“另类”，郑樵在《通志·艺文略》中“对于四部四十类成法”同样进行了“彻底破坏”，“对于小类节目之分析，不惮苛细，其胆量之巨，识见之宏，实旷古一人”！他的“胆量之巨，识见之宏”又岂止表现于对“四部成法”的“彻底破坏”，还体现在他对古代知识系统的重新建构。由于《艺文略》中少数书目时见两出，有的典籍归类偶有舛误，个别议论稍嫌偏颇，招来许多学者的鄙视和讥评，人们总是盯着他身上的几处瘢瘕，忘记了激赏他那出群的气度；喜欢指责他细节上的讹谬疏漏，全然忽视了他在文献校雠上的匠心独运。就像章学诚所指出的那样，“夫郑氏所振在鸿纲，而末学吹求，则在小节”。《通志二十略》不失为文献学的“巨制鸿编”，《艺文》《校雠》《图谱》《金石》四略之可贵在其“发凡起例”和“绝识旷论”。
郑氏所振之“鸿纲”就是他通过文献学的“类例”原则，在重新确立典籍分类系统的同时，也重新建构了我国古代的知识系统。从《别录》《七略》到《汉书·艺文志》，标志着我国第一次知识系统建构的结束；从《汉书·艺文志》的六略到《隋书·经籍志》的四部，标志着我国第二次知识系统建构的完成。《汉书·艺文志》中的六略虽然突出六经与诸子的地位，推崇形而上之“道”，但“兵书略”“术数略”“方技略”独立于经、子之外，这些形而下之“器”尚有其存在的空间。至《隋书·经籍志》确立典籍四部分类的统治地位后，我国古代知识系统的建构发生了结构性的变化。原先《七略》中与经、子并存的“兵书”“术数”“方技”，由于它们属于形而下的“器”与“技”，各自没有单独成为一类的可能，全部被并入“虚论其理”的子部。在媒介相对单一的古代社会，书籍是知识最重要的载体，书籍的分类与知识的分类是完全同一的。在经、史、子、集四部分类的知识系统中，“除史部性质较近专门外，经、子与集颇近丛书”，即使“较近专门”的史部也包罗了不少非“史”的因素，经、子、史、集都不是根据学科来划分的知识类型。而且四部之中，“经”为准绳而“垂型万世”，“史”载史事而彰善瘅恶，“子”尚义理而自成一家，“集”摛辞藻而叙事抒情，它们全都属于人文科学知识的范畴，诸如地理、天文、农家、算法、医方等属于自然科学的知识，和刑法、礼制、职官等属于社会科学的知识，在四部系统内都没有单独成类的资格。它们或者被并入史部之内，或者淹没于子部之中。四部分类系统突出地暴露了四库馆臣在知识类型上的价值偏见，在知识类型上他们都尚“虚”而不务“实”，只看重“务说”的“道”与“理”而鄙视“务行”的“技”与“艺”。
郑樵以其过人的胆识，根据自己尚“实学”而薄“空言”的知识价值标准，打破了四部分类所建构的知识系统，并在当时已有的知识类型基础上，依据自己的“类例”原则，重新建构了我国古代的知识系统：“《七略》者，所以分书之次，即《七略》不可以明书。欲明天者在于明推步，欲明地者在于明远迩，欲明书者在于明类例。噫！类例不明，图书失纪，有自来矣。臣于是总古今有无之书为之区别，凡十二类：经类第一，礼类第二，乐类第三，小学类第四，史类第五，诸子类第六，星数类第七（《艺文略》中名为‘天文类第七’——引者注），五行类第八，艺术类第九，医方类第十，类书类第十一，文类第十二。经一类分九家，九家有八十八种书，以八十八种书而总为九种书可乎？礼一类分七家，七家有五十四种书，以五十四种书而总为七种书可乎？乐一类为一家，书十一种。小学一类为一家，书八种。史一类分十三家，十三家为书九十种，朝代之书则以朝代分，非朝代书则以类聚分。诸子一类分十一家，其八家为书八种，道、释、兵三家书差多，为四十种。星数一类分三家，三家为书十五种。五行一类分三十家，三十家为书三十三种。艺术一类为一家，书十七种。医方一类为一家，书二十六种。类书一类为一家，分上、下二种。文类一类分二家，二十二种，别集一家为十九种，余二十一家二十一种书而已。总十二类，百家，四百二十二种，朱紫分矣。散四百二十二种书可以穷百家之学，敛百家之学可以明十二类之所归。”“十二类，百家，四百二十二种”，不只囊括了当时所有的知识类型，还对这些知识类型进行了重新建构，另起炉灶构架了知识系统的“鸿纲”。这一新建构的知识系统最大的优点，是将人文科学知识、社会科学知识与自然科学知识“朱紫分矣”，让许多知识类型剥离经、史、子单独成为一类，让“道”与“器”、“理”与“艺”比肩而立，在一定程度上实现了他抑“空言”而扬“实学”的价值目标，更体现了他“敛百家之学”的雄心。明人胡应麟也充分肯定他对知识的建构和对典籍的分类，更由衷赞叹他总群书敛百家的宏大气魄：“郑氏《艺文》一略，该括甚巨，剖核弥精，良堪省阅。”的确，郑氏所建构的知识系统，“鸿纲”构架既“该括甚巨”，局部子系统也“剖核弥精”。
从这个知识系统的“鸿纲”构架来看，郑氏所分的十二大类对当时所有知识几乎囊括无遗，既表现了他极其开阔的学术视野，更显露了他难能可贵的学科意识。譬如，别“礼类”“乐类”“小学类”于“经”之外，出“天文类”“五行类”“艺术类”“医方类”“类书类”于“子”之中，就显示了郑氏的卓识。“礼”在古代是随时而异的礼仪法制，自然不能与亘古不变的“经”类同条，“小学”是古代人人须要诵习的文字，当然不可与深奥的“经”类共贯，“医方类”属于治病救人的“技”，“诸子类”属于立言明道的“理”，四部将“医方类”并入“诸子类”有何理据？“艺术类”表现人类感性的直觉与想象，“诸子类”表现的是人类理性的抽象与思辨，将“艺术类”与“诸子类”合而为一岂不更为荒唐？郑氏所分的十二大类中，除“经类”和“类书类”属于丛书性质外，其他十大类已具有现代意义上的学科知识特征。姚名达在《中国目录学史》中说：“向来目录之弊，惟知类书，不知类学。类之有无，一依书之多少而定。司马谈分思想为六家之旨，后世徒存其遗蜕于《子部》，而不能充之于各部。乃至以不成学术之名称，猥为部类之标题，自《七略》《七录》已不能无其弊，《隋志》以下抑又甚焉。”“惟知类书，不知类学”的根源是文献学家没有学科意识，四部中的“经”“子”“集”三部都不是学科名称，而完全是三种丛书，“史”虽然在现代是一级学科，但四部中的“史”部十分庞杂，依旧是部类而不能算学科。郑樵以十二类取代四部成法，在进行学科重新分类的同时，也建构了全新的知识系统，可惜它在学术史上的意义至今还没有被人们所认识。
从这个知识系统的局部子目来看，像《艺文略》将“天文类”别出“诸子类”，天文类再分为“天文”“历数”“算术”三小类，其中“天文”又细分出“天象”“天文总占”“竺国天文”“五星占”“杂星占”“日月占”“风云气候占”“宝气”八子目；“历数”又细分出“正历”“历术”“七曜历”“杂星历”“刻漏”五子目；更精细的是“算术”小类又分出本土的“算术”与“竺国算术”二子目。从现在的知识分科和图书分类来看，把“算术”置于“天文类”当然欠妥，但在宋代天文与算术可谓互为表里。郑氏在《校雠略》中清楚地认识到：“有历学，有算学。……不知《唐志》如何以历与算二种之书相滥为一，虽曰历算同归乎数，各自名家。”后来的大部分文献学家及四库馆臣，只知道批评郑樵《艺文略》中个别书籍的错出和少数的纰漏，全然看不出他对各类知识“剖核”的精当，如《明史·艺文志》仍然荒谬地把“算术”归入“小学”，《四库全书》还是把“天文算术”强并“子部”。非常难得的是，郑氏重新建构的知识系统中广泛容纳异域新知，《艺文略》既存传统古籍以溯知识之源，又标“天竺”新书以明知识之变。
在通过类例重新建构知识系统这一点上，将郑樵与章学诚这两位杰出的文献学家做一比较，就更能显出前者过人的胆识。对自己文史校雠极为自负的章学诚，在文献校雠领域一辈子都未能跳出《七略》和四部的掌心——不被《七略》所囿，便被四部所限，他的思维一直在《七略》和四部二者之中打转：“《七略》之流而为四部，如篆隶之流而为行楷，皆势之所不容已者也。”他把从《七略》流为四部当作一种文化发展的必然，好像除了《七略》或四部之外，古代典籍不可能再做其他分类，文化系统也不可能进行重新建构：“四部之与《七略》，亦势之不容两立者也。《七略》之古法终不可复；而四部之体质又不可改。”他神往《七略》古法，但“《七略》之古法终不可复”；不满意四部成规，可“四部之体质又不可改”。章学诚被逼到了墙角，他似乎只能被动接受现成的四部，他可能连想也没有想过打破四部的框架，更没有像郑樵那样说出“《七略》所分，自为苟简，四库所部，无乃荒唐”的气魄和胆量。章学诚之所以不能像郑樵那样彻底打破“四库所部”，另起炉灶重新部次典籍，重新建构知识系统，是由于他没有像郑氏那样确立自己的“类例”原则，因而也就不能对典籍进行重新分类，还由于他没有郑氏那样的学科意识，只知“类书”而不知“类学”，这样就不能对学科重新进行分类，因而也就不能对知识系统进行重新建构。