诚然，《朱子晚年定论》本可以成为一件无往而不胜的武器，然而问题在于，王守仁可以说是一位思想家，却称不上治学严谨的学者，故纸堆里的寂寞事业从不是他的强项。这三十四封书信是否真属于朱熹晚年的手笔，王守仁很有一点考证失实。今天我们可以用陈来的《朱子书信编年考证》来做参照的标准，而早在王守仁的时代，就已经有人从考据上提出过质疑了。
最重要的质疑者非罗钦顺莫属。罗钦顺，字允升，号整庵，是当时一位能与王守仁分庭抗礼的学者。罗钦顺有着很朴实的哲学观，最能贴近今天的日常思维。他虽然站在朱子阵营里，却对理气二元论不以为然，而这恰恰就是朱熹当初没能说清楚的一个问题。
在朱熹看来，在房子尚未被人发明之前，就已经存在着建造房子的理，罗钦顺就是对这一点不满，他认为建造房子的理一定是随着房子的出现而出现的，不可能凭空悬在什么地方。这样的观点在今天看来就属于“唯物主义倾向”，所以任继愈《中国哲学史》将罗钦顺的著作《困知记》评价为“是一部直接批判王守仁的主观唯心主义的唯物主义哲学著作”。我们只要去掉这句话里的“时代局限性”，还是能够借以理解罗、王立场之别的。
罗钦顺针对《朱子晚年定论》的批评主要是考据上的，事实不比观点，对与错可以有简明而唯一的标准，王守仁在铁证面前不能否认，于是回信说：
……某为《朱子晚年定论》，盖亦不得已而然。中间年岁早晚，诚有所未考，虽不必尽出于晚年，固多出于晚年者矣。然大意在委曲调停以明此学为重，平生于朱子之说如神明蓍龟，一旦与之背驰，心诚有所未忍，故不得已而为此。“知我者，谓我心忧；不知我者，谓我何求”，盖不忍牴牾朱子者，其本心也；不得已而与之牴牾者，道固如是，不直则道不见也。执事所谓决与朱子异者，仆敢自欺其心哉？夫道，天下之公道也；学，天下之公学也，非朱子可得而私也，非孔子可得而私也。天下之公也，公言之而已矣。故言之而是，虽异于己，乃益于己也；言之而非，虽同于己，适损于己也。益于己者，己必喜之；损于己者，己必恶之。然则某今日之论，虽或于朱子异，未必非其所喜也。君子之过，如日月之食，其更也，人皆仰之，而小人之过也必文，某虽不肖，固不敢以小人之心事朱子也。……（《答罗整庵少宰书》）
大意是说，自己确实考订不精，但《朱子晚年定论》收录的那些书信毕竟多数都是朱熹晚年写的；自己之所以汇编这部书，实在是因为平生视朱熹为神明，一旦与他的意见不合，心里总是不忍，所以不得已而为此。接下来的话可以套用亚里士多德的名言，吾爱朱熹，吾更爱真理。这封信似乎透露了一个耐人寻味的事实，即王守仁虽然以《朱子晚年定论》来证明自己的主张和朱熹并不矛盾，但心底还是认为彼此存在着无法跨越的鸿沟，而鸿沟对岸的朱熹显然站错了位置。
时代稍后，朱子阵营里出现了一名干将，即陈建，字廷肇，号清澜，于嘉靖二十七年（1548年）著成《学蔀通辨》，从观点上力证王守仁之非，简言之，朱熹和陆九渊各自都有明确的理论体系，不可强作混同。专务虚静、玩养精神，这是陆九渊的定论。主敬涵养，以立其本；读书穷理，以致其知；身体力行，以践其实，三者不偏不废，这是朱熹的定论。朱熹有时候只讲三者之一，那只是因人施教、对症下药的缘故罢了。如果单独点出涵养为朱熹的定论，那就不对了。
以今天的眼光来看，罗钦顺和陈建显然都击中了《朱子晚年定论》的要害，但在阳明心学掀起波澜之后，这两人的声音或多或少都被湮没了。及至明清易代之际，顾炎武惊奇地发现，当时的学者大多相信《朱子晚年定论》，却并不了解罗钦顺和陈建的说法。