与徐爱同舟论道，王守仁还对《大学》所谓的“格物”做了重新的训诂。
《大学》讲格物致知，究竟“格物”是什么意思，其实我们找不出确切的解释。以现代学术的标准，我们应当拿出文字学的证据，罗列几种可能成立的解释，将“正确答案”悬置不论，留待将来的考古新证。古人却不这样想问题，因为这在他们而言与其说是学术问题，不如说是意识形态问题，意识形态问题一定要黑白分明，哪能存而不论呢？
朱熹训“格”为“至”，“格物”的意思因此就是“穷至事物之理”，即穷究事物背后的终极原理。王守仁另辟蹊径，认为这个“格”应当与《孟子》“唯大人为能格君心之非”的“格”同一个意思。
孟子的原话，从上下文可以推断出确切的意思，是说“只有大人才能纠正国君的错误思想”。“格”在这里显然是“纠正”的意思，这个义项在《尚书》和《论语》里也可以找到佐证。王守仁本着“存天理，灭人欲”的原则略略做了引申：
“格物如《孟子》‘大人格君心’之‘格’，是去其心之不正，以全其本体之正。但意念所在，即要去其不正以全其正，即无时无处不是存天理，即是穷理。天理即是‘明德’，穷理即是‘明明德’。”（《传习录·上》）
概言之，所谓“格物”，就是一种自我反省的功夫，心里每动一个念头，只要其中含有不道德的（或者说属于“人欲”的）成分，都要立即纠正；只要无时无处都这样做，“人欲”就会彻底消失，心中满满充盈着天理，这就是所谓的“穷理”，即《大学》三纲领之一的“明明德”。
王守仁所宣讲的“格物”理路是，人心具备全部的天理，即具备十足的“至善”，只不过被不同程度的人欲遮蔽住了，所以只要时刻留意，刚有人欲闪现就把它扼杀，久而久之，人欲就被清理净尽，天理或“至善”便会完全显露出来。
王守仁后来常用镜子来做比喻：我们的心天生就是一面明镜，只是被尘土遮蔽了光明，而朱熹版的格物说只是教人在“照”上用功，拿这面镜子东照一物、西照一物，殊不知镜子本身又脏又锈，再努力又能照出什么？正确的格物方法是在“磨”上用功，一点点清理灰尘和锈迹，使镜子恢复光彩照人的本来面目。这一面无瑕的镜子，也就是心之本体。“至理匪外得，譬犹镜本明。外尘荡瑕垢，镜体自寂然”（《郑伯兴谢病还鹿门雪夜过别赋赠》三首之二），王守仁以诗说理，这四句诗就是最简要的概括。
这一下子让我们想到神秀和慧能那两个著名的佛偈。神秀说的“身是菩提树，心如明镜台。时时勤拂拭，休使惹尘埃”，与王守仁的镜论如出一辙，而慧能说的是“菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃”，禅宗从此南北分途，神秀在北方推行渐修，慧能在南方宣传顿悟。神秀禅法自唐末以后便一蹶不振，后来的禅宗全是慧能的天下。
成王败寇的法则在佛教界一样适用，禅宗谱系于是以慧能为六祖，全然没了神秀的位置。以至于在王守仁的时代，提起禅宗，人们只想到慧能一脉。当时不少人批判王守仁的学说流入禅学，王守仁和他的门人子弟当然都不服气，但今天当我们以思想史的眼光跨出王守仁那个时代的“时代局限性”，就会发现那些批评者的结论其实没错，只不过这禅学不是慧能的禅学，而是已似空谷足音一般的神秀的禅学。
这样的修养说来简单，修起来却着实辛苦。幸而古人的生活环境自有其有利的一面，单以性意识而论，女人一般大门不出、二门不迈，即便出门，也会穿戴齐整，更不至于像今天这样天天都有男男女女同挤公交车的场面，尤其没有可怕的互联网，所以使人“动邪念”的诱惑远不似今天多。而反过来讲，今天要想奉行王守仁的这套修养方式，对任何一个身心健康的人来说都难如登天。
当然，即便在明朝人看来，王守仁的磨镜修养也嫌苛刻了些。对比一下春秋时代的君子，曾子的修养方式是每天“三省吾身”，仅就关键事项做几次反省罢了，王守仁却教人时时处处提高警觉，拔除每一个刚刚露头的人欲萌芽，这该需要何等惊人的毅力啊。