相较于美国对盟国的间谍活动，引起更大争议的是自2001年9月11日袭击事件后美国在反恐战争中所采取的一些行动，尤其是使用强化审讯技术。包括奥巴马总统在内，有些人将某些审讯手段称为折磨。另外，利用无人机实施定点清除的一些行动也引起了强烈反对。
为了从三名基地组织领导人获取口供，美国使用了水刑。这些领导人包括“9·11事件”的主谋哈立德·谢赫·穆罕默德和行动指挥阿布·祖贝达。前中央情报局局长帕内塔以及熟知使用强化审讯手段的中央情报局官员，包括何塞·罗德里格兹，断言他们获得了有关基地组织的有价值的信息。罗德里格兹指责道，“几乎每个否定强化审讯手段的批评者，都是过去和现在从没有接触到审讯被拘留者所获全部成果的人”。
使用强化审讯手段的批评者包括前中央情报局军官、联邦调查局特工、作家和社会活动家。他们反对的根据是实效和道德。参与审讯的前联邦调查局特工阿里·索芬认为，得到批准的审讯手段甚至更严酷的审讯手段并不能得到所期望的结果，因为“恐怖分子受过抵抗折磨的训练……即他们预料的一旦被独裁国家逮捕所受的那种折磨”，包括“狗咬、鸡奸以及当面强奸其亲属”。因此，以索芬所见，“用剥夺睡眠和裸体对付一个正规的恐怖分子都难以奏效，更不要说对付祖贝达那样有气度和经验的人”。索芬写了一本有关联邦调查局应对恐怖活动的书。他完全否认有那种定时炸弹即将爆炸的情景，认为实施折磨的正当性是电视剧或电影所为。他认为，“那种情景过去从未发生过”。
对于水刑或其他严酷手段究竟产生了多少有价值的情报，不同的版本有不同的说法，尤其是中央情报局官员已经销毁了那些劝降录像。可以确定的是，有些被羁押者愿意交谈，而另一些则更易对亲善温和的态度做出回应。也可以认为，在一地应付一大群被羁押者时，避免使用严厉手段会产生“更好”的总体效果（以质量和时效来衡量）。
然而，出于强烈的意识形态信念，许多批评者表示折磨根本不起作用，因此说他们不愿认可强化审讯技术手段的成功根本就是错误的。的确，参议院情报特别委员会对中央情报局拘留和审讯所做的既耗时又有诸多争议的报告，证明中央情报局的强化审讯方案没有获得可用情报，这种推论远非显而易见。正如中央情报局及几位前任局长和一些参与此方案的官员的反对而产生了有价值的情报，以及该报告因偏见而存在致命缺陷（包括该委员会主席戴安·费恩斯坦的偏见），这些都遭到忽视。
偏见的一个迹象是，即便在参议院情报特别委员会的报告公布之前，当然也在供评析之前，该报告的预期结论就在相当程度上获得毫无保留的接受。同样是一些有充分理由不愿接受费恩斯坦参议员再次肯定国家安全局实施大规模搜集情报的人，却毫无异议地支持她及其助手对中央情报局审讯方案的说法。
极度缺乏客观证明的更多疑虑，来自那些批评使用强化审讯技术的难以置信的说法。一个难以置信的说法是，如果恐怖分子了解某些审讯手段或更严厉的审讯手段，他就会有抵抗力。其实预知将要发生的事与亲自体验，二者是有差异的。恐怖分子明了审讯者的心理诡计可令其少受伤害，有人认为这个论点更可信。不存在定时炸弹即将爆炸情景的说法同样令人难以置信。在这个星球上（而不是在另一宇宙空间策划的科幻场景），每起有开头、中间和结尾的阴谋，不管是驾驶劫持飞机撞击或者在伦敦或马德里引爆炸弹，都是包含某种意义的情景。
说利用那些审讯手段所获的信息完全不可靠也不可置信。许多信息是可能得到证实的，例如某恐怖分子身藏何处，拼凑爆炸装置的制作地点，某人在何处跨越边境以及下一个袭击目标等。坚称强化审讯手段或更强硬手段对恐怖分子不起作用，并且这些手段并不能获得可靠信息，只能说明提出此论点的批评者是出于对这些手段的憎恶或专业性反对，而且接受毫无评判的支持这种观点的主张。
无人机打击行动也引发了另一个争议话题。它涉及无辜者丧生，打击的标准和特定时机以及针对美国公民等。众多报道都指出，美国政府宣布的平民死亡数字和其他团体宣布的数字存在差异。在美国希望尽量减少平民死亡及估计死亡人数，而遭到无人机打击的团体尽量扩大估计伤亡人数的情况下，两者的宣布都无法确定。但在无人机打击行动增加和目标扩大的情况下，平民死亡人数肯定会上升。
针对美国人目标的问题尤其棘手，同时也提供了事例，说明政府律师试图变换词汇令这一政策显得符合法律规定。一些批评者质疑总统是否有权批准定点击杀美国公民，如安瓦尔·奥拉基。他们反对类似行动，认为其违反了宪法所规定的正当程序。为简便起见，奥巴马政府宣称总统考虑过击杀个人的法律意义，因此符合正当程序规定，尽管没有涉及司法程序。
另一个与之相对应的观点是，某人加入了正在与美国打仗的恐怖组织，移居到不易被引渡或抓获的某地（即不会对美国人员造成显著威胁或有逃离拘留的可能），参与了支持该恐怖组织的实际行动，那么他就丧失了正当程序的权利。可以设想的相似事例是，美国某核科学家在1941年移居德国并为德国的核武计划效力。那么，处死该科学家与处死现在参与基地组织实际行动的美国人是否或多或少可以接受呢？
另一个更有价值的反对观点是关注美国政府有关无人机打击行动法律文件对“迫切性”的定义。这些文件将迫切威胁与现存威胁混为一谈，也就是说，被指定的任何基地组织或恐怖组织官员在任何时候都是迫切威胁。按照这一对“迫切性”的定义，何时发动或不发动无人机打击都会产生难题。按情报机构所指，在无辜人群中的某基地组织官员正要拨通导致恐怖袭击的电话号码，即可视为迫切威胁，由此而丧失某些无辜者性命可视为正当。然而，如果情报机构没有指出此人正要打电话，据此无人机打击就可推迟。因推迟打击而丧失无辜者性命是无法确定的，而发动打击行动则必然会丧失无辜者性命。