《1961年对外援助法案》的《休斯-瑞恩修正案》要求，启动秘密行动时需要总统调查令。按照该修正案和后续立法的规定，调查令必须说明总统已经确定“在外国采取的行动，对于美国的国家安全是重要的”，然后要描述行动范围（被作为目标的某个国家或多个国家）和行动须知。调查令还必须详细说明将重点参与项目实施的每个美国政府机构以及是否有重点参与项目的第三方；调查令不可以授权违背宪法或美国的任何法规。自1991年以来，根据《国家安全法案》的标题五，总统调查令必须采用书面形式，而且不可以授权对秘密活动进行追溯，紧急时刻除外，因为此时的口头调查令只有最多24小时效力。图19.2显示了某调查令，其支持与伊朗“温和派”建立联系的尝试。
图19.2 关于伊朗的总统调查令
调查令最初由中央情报局的行动处来准备，这是行动处某个提议的结果，也是对中央情报局局长所提要求的回应，而中央情报局长反过来则要回应国家情报总监或总统的要求。1986年，中央情报局的《情报研究》上有篇文章称，任何一份被提交的调查令离开行动处之前，要经过秘密行动策划小组（Covert Action Planning Group, CAPG）的审查，该小组是由助理副处长、高层部门领导和那些实际负责调查令及其最终实施的个人组成的理事会。调查令得到秘密行动策划小组的批准之后，将被发送给中央情报局的最高管理层进行审核并提出意见，然后再发送给局长，最后再发送给国家情报总监。
里根政府执政时期，如果中央情报局长批准了提交的调查令，该调查令将被送至国家安全委员会的计划和协调小组（Planning and Coordination Group, PCG），该小组由国务院、国防部和国家安全委员的高层代表组成。如果计划协调小组支持该调查令，它会将赞同的意见发送给国家安全计划小组（National Security Planning Group, NSPG）。然后由该小组批准将最终产生总统调查令。第159号国家安全决定指令（National Security Decision Directive, NSDD）《秘密行动政策批准和协调程序》签发于1985年1月18日，指出了所有的情报调查令都要以书面形式上交给国家安全计划小组的8个成员传阅，然后才能生效。
小布什总统的第一份国家安全总统指令《国家安全委员会系统的组织机构》签发于2001年2月13日，维持了克林顿政府时期的国家安全委员会主管委员会（继承于前一届政府的）的存在，作为“影响国家安全的政策问题的跨部门研讨论坛”，这些问题中包含了秘密行动。正式成员包括国务卿、国防部长、财政部长、总统的办公厅主任，并由主管国家安全事务的总统助理担任委员会主席。
第1号总统政策指令《国家安全委员会系统的组织机构》签发于2009年2月13日，要求主管委员会“继续作为影响国家安全的政策问题的跨部门研讨论坛”。该指令还规定该委员会由国家安全顾问担任主席，其他成员包括国务卿、国防部长、能源部长、国土安全部长、财政部长、司法部长、管理和预算办公室主任、美国驻联合国代表、总统办公厅主任、国家情报总监和参谋长联席会议主席。