2003年1月发表的国情咨文中，布什总统宣布在中央情报局的组织架构之外建立恐怖主义威胁情报集成中心（TTIC），直接向中央情报主任汇报工作。随后，中央情报主任指令（DCID）第DCID 2/4号指令发布，正式建立了恐怖主义威胁综合中心，并规定了它的具体职能。2003年5月1日，该中心正式开始运营，50名工作人员分别来自美国国务院、国防部、司法部、国土安全部以及情报界各个部门。在2004年5月搬入新的办公地点之前，该中心工作人员的数量将有望达到数百人，新的工作地点也将与联邦调查局的反恐部门以及中央情报局的反恐怖主义中心共同使用。
恐怖主义威胁综合中心共有四项重要任务：一是向美国国家领导人提供恐怖主义威胁的评估报告，二是确保各部门间的信息共享，三是整合与恐怖主义威胁有关的国内外情报信息，四是要优化反恐信息、技术和能力的使用，更好地完成恐怖主义威胁分析，指导情报搜集战略。到2003年12月，恐怖主义威胁综合中心每天都会制作一个恐怖主义威胁模型，向管理层提供一份恐怖主义威胁报告，一份反应恐怖主义势力现状的报告，焦点问题评述，恐怖主义威胁警示，情报系统评估以及一份特别分析报告。
恐怖主义威胁综合中心发布的其中一份报告促成了布什总统的行动。由前任国家安全顾问布伦特·斯考克罗夫特率领的专家小组起草了这份报告，并在报告中向布什总统建议，应在现有的中央情报局反恐怖主义中心的基础上，扩大成员规模，建立一个独立的国家反恐怖主义中心，该中心应向中央情报主任汇报，并对联邦政府负责。该报告中还描述了许多应当赋予该中心的职能，包括搜集、分析和分享所有与恐怖主义相关的海外情报，无论该情报来源于国内还是国外。恐怖主义威胁综合中心主任将在中央情报主任的领导下负责日常运营，并就海外情报搜集要求和情报优先级提出要求。
现在使用的“恐怖主义威胁情报集成中心（TTIC）”这一名称是在斯考克罗夫特所率领的专家小组的建议下提出的。国家恐怖袭击委员会的一个重要的建议出现在2004年7月份的报告中，当时他们建议在恐怖主义威胁情报集成中心的基础上设立国家反恐怖主义中心，在国家恐怖袭击委员会（National Commission on Terrorist Attacks）的预想中，新成立的中心将不仅仅是联合情报部门，还应是联合行动部门，工作人员由来自中央情报局、联邦调查局和其他机构的人员组成。
在情报方面，委员会表示，“国家反恐怖主义中心（NCTC）应领导战略分析、整合各种源头的国内外情报，包括与在全球范围内有影响力的跨国恐怖组织有关的情报。”国家恐怖袭击委员会认为，国家反恐怖主义中心应该进行经评估，将恐怖主义组织的能量与美国国防水平和反制措施进行对比，向联邦政府提出警示，并在国内外提供用于情报搜集的便利条件。
国家恐怖袭击委员会建议，国家反恐怖主义中心（NCTC）的职能应包括将任务职责分配至不同的部门，例如国务院、中央情报局、联邦调查局、国防部、作战司令部以及国土安全部。虽然国家反恐怖主义中心不直接负责指挥实际行动，但仍然跟踪各部门的任务完成情况，除此之外，该委员会还时刻关注国内任务与国外任务的差别以及不同部门完成任务的差别，以便及时按照实际情况改进任务方案。
应国家恐怖袭击委员会的建议，布什总统于2004年8月下旬发布了一项总统行政命令，建立了国家反恐怖主义中心，并责成中央情报主任对该中心进行监督管理。在国家恐怖袭击委员会的建议下，国家反恐怖主义中心将作为联邦政府的重要组织，分析和整合除“纯国内反恐情报”以外的联邦政府所掌握的一切反恐情报。此外，该委员会还建议，国家反恐怖主义中心将负责制定反恐怖主义行动战略，并将行使智库的职能，将所得信息进行分享，供其他部门参考。
两个月后，国会通过了《情报改革与防范恐怖主义法案》，这实际上将国家反恐怖主义中心从之前的中央情报主任办公室转变成为了国家情报总监办公室。根据《法案》规定，国家反恐怖主义中心的主要任务与总统行政命令中所要求的内容基本一致。不同的是，在反恐行动计划方面，国家反恐怖主义中心要向总统直接汇报；而在反恐中心的预算、计划和情报理事会的活动等问题上，该中心将向国家情报总监汇报。
如图17.4所示，国家反恐怖主义中心的两个重要官员分别是中心主任和常务副主任，该中心除情报理事会和国家情报管理办公室（Office of National Intelligence Management）外，还有其他三个理事会。
国家反恐怖主义中心主任的其中一项工作，就是对恐怖主义威胁的问题做定期的涉密或非涉密评估。例如，2011年9月，中心主任向参议院国土安全委员会和参议院政府事务委员会作报告《“9·11事件”十周年：我们比以前更加安全了吗？》，内容包括恐怖主义威胁的演变、基地组织分支的形成，以及国家反恐怖主义中心的角色定位、活动和其所面临的挑战。
情报理事会（Directorate of Intelligence）负责“指挥美国联邦政府反恐怖主义形势的分析和整合”。主要内容包括评估恐怖主义势力的安全港、分析支持恐怖主义活动的国家、推进全球反恐合作以及分析地区公布注意组织等，这些工作的开展都要求整个情报系统的相互协调配合。
图17.4 美国国家反恐怖主义中心组织结构图
追击小组（Pursuit Group）是情报理事会的一个部门，于2010年1月创建。该小组主要负责追踪恐怖主义行踪，尤其侧重于那些有可能威胁到美国或其在海外利益的恐怖主义行踪。追击小组的分析师们追踪“恐怖主义威胁与美国之间的不明显的或不明原因的联系，辨别未知的、已知的或有嫌疑的恐怖分子，并深究那些看上去并不重要的细节，以防止其对美国利益产生危害”。除此之外，情报理事会的组成部门还包括（或曾经包括）：激进或极端信息小组，武器、战术与目标小组以及基地组织和逊尼派极端主义小组——这些小组内部都活跃着很多曾在情报系统各个机构工作过的分析师们。
战略行动计划理事会（Directorate of Strategic Operational Planning）负责指导联邦政府的计划——动用国家的一切力量抗击恐怖主义威胁。国家反恐怖主义中心主任于2011年表示，该委员会整合了计划周期的全部过程——提出计划、监督实施、评估其有效性与资源分布情况——并创造了协调整合计划并实施计划的利益共同体。行动支持理事会（Directorate of Operational Support）负责向反恐怖主义部门提供全天候的情报作战视图（common intelligence picture），以帮助各部门了解反恐态势、恐怖分子威胁以及对全球、全国突发事件的跟踪报告。
恐怖分子身份资料理事会（Directorate of Terrorist Identities）（前身为信息共享与发展理事会）巩固了其作为信息资源库的职能，主要负责搜集全球恐怖分子的身份信息，并确保联邦政府机构能够获取他们需要的恐怖分子身份信息。国家反恐怖主义中心（NCTC）在2012年5月发布的名为“信息共享规则与渠道”的文件中规定，国家反恐怖主义中心将与共同致力于反恐怖主义活动的兄弟机构共享资源信息。
恐怖分子资料理事会的一份文件描述了2013年实施完成的两项任务，即：成功地建立了100万人的恐怖分子资料数据库环境（Terrorist Identities Datamart Environment）和Kingfisher图片处理库源代码扫屏工具的扩展，该工具“可以综合大量数据的格式以有助于提高现有恐怖分子资料信息的用途”。国家反恐中心还指定恐怖分子资料理事会负责向波士顿马拉松爆炸案的调查提供支持，并为生物鉴定报告的制作提供支持，以及帮助恐怖分子资料数据库环境的进行分类指导。这些都是国家反恐中心所取得的成就。
国家情报管理办公室（Office of National Intelligence Management）的前身为情报任务管理理事会。该办公室现在主要负责与反恐怖主义情报和任务有关的战略管理，并决定情报分析和搜集任务的优先级，同时负责间谍情报技术的分析与培训，并制定战略计划、评估计划完成效果与安排预算。
国家反恐怖主义中心还与国土安全部和联邦调查局共同参与了联合反恐评估小组（Joint Counterterrorism Assessment Team）。联合反恐评估小组建立于2013年4月，前身是2007年成立的跨部门恐怖主义威胁评估协调小组。联合反恐评估小组的指责是产出联邦协调情报，内容涉及“有可能影响当地或地区公共安全状况的重大国际恐怖主义事件”。