1999年，美国中央情报局训练并装备来自巴基斯坦三军情报局的近60名特种部队士兵，利用他们协助搜寻和击毙本·拉登。该项行动是克林顿政府与巴基斯坦总理谢里夫及其情报部门负责人共同运作的，以经济利益作为交换条件。谢里夫被军事政变推翻的当年，该计划被终止。继任谢里夫上台的穆沙拉夫将军拒绝继续实施该项目。通讯监听情报显示，相关的训练计划也受到了拖累。
近年来，在巴基斯坦实施的秘密行动主要是利用“捕食者”无人机携带地狱火导弹袭击基地组织领导人。“捕食者”无人机在2004年6月针对瓦济里斯坦省南部地区一次众所周知的空袭中，击毙了一名塔利班组织前指挥官纳·穆罕默德（Nek Mohammed）以及其他五人。2005年5月10日，阿布·法拉吉·利比的潜在权力继承人海赛姆·叶梅尼（Haitham al-Yemeni）在巴基斯坦被“地狱火”导弹击毙。2005年12月，美国方面确认的基地组织国际行动负责人哈姆扎·拉比耶（hamza Rabia），在巴基斯坦西部的一处安全屋内被“地狱火”导弹击毙。
2006年1月，情报反映本·拉登的副手艾曼·扎瓦希里（Ayman al-Zawahiri）来到巴基斯坦西北部地区的一个村庄。美国中央情报局试图使用“地狱火”导弹消灭扎瓦希里，并在1月13日中午12点30分袭击了达马多拉（Damadola）村中的目标。当地官员称，有18名平民在袭击中丧生，有至少11名武装分子被击毙（其中有7名阿拉伯游击队员，另有4名来自旁遮普省的巴基斯坦籍武装分子）。除此之外，巴基斯坦官方称，虽然死者中未发现扎瓦希里，但是至少可以确认打死了2至3名基地组织高级成员以及扎瓦希里的女婿。在死者中，有一人名叫米德哈特·穆尔西·萨义德·奥马尔〔Midhat Mursi al-Sayid Umar，又名阿布·哈巴布·马斯里（Abu Khabab Masri）〕，是一名爆破和毒物专家，曾被列入美国“头号通缉”名单。此人负责管理阿富汗东部的一处基地组织据点，并且编制了介绍如何使用生化武器的手册。另一名已确认死亡的人名叫阿布·奥贝达·米斯里（Abu Ubayda al-Misri），是阿富汗南部库纳尔省叛军行动负责人。扎瓦希里的女婿在该地区负责基地组织的宣传工作。
自2008年起，针对在巴基斯坦地区活动的基地组织和塔利班的头目及训练设施实施的无人机袭击数量逐渐增多，无人机袭击已经成为常用手段。2004年至2007年间，共实施了4次无人机攻击。2008年共袭击34次。2009年，仅在巴基斯坦境内已进行99次无人机袭击，使用的机型包括捕食者型无人机和收割者型无人机。2010年仅前9个月就实施了74次无人机袭击。有报道称，到2010年12月中旬，当年已经使用“捕食者”无人机实施了百余次空袭。无人机空袭架次增加的原因是在2008年进行了政策调整，新的政策获准攻击的范围扩大，不仅局限于原来已批准的目标，还可以根据“生命分析模式”（pattern of life analysis）进行攻击。
无人机攻击已经击毙了一批基地组织和塔利班的高级头目。2009年年初，有报道称基地组织的20名领导人中已有9名被击毙。无人机空袭持续不断地在击毙或抓捕基地组织负责头目的行动中取得成果。2010年5月，谢赫·萨义德·马斯里（Sheikh Said al-Masri）被击毙，此人是基地组织的重要领导人，据信是纽约地铁爆炸实施者纳吉布拉·扎西（Najibullah Zazi）的幕后指使，还向3名“9·11事件”中的劫机实施者提供资金。由于有情报反映存在针对欧洲的恐怖计划，美国方面在2010年10月加大在巴基斯坦部族地区实施无人机空袭的频率。这些袭击成功击毙了多名德国籍恐怖分子。一名名为伊木拉姆·阿马尼（Imram al Amani）的德国籍炸弹袭击者在10月初的空袭中被击毙。根据军方确认，2010年实施的117次无人机空袭共击毙581人。
2011年的无人机空袭击毙了多个武装派别的头目。2011年6月，“313旅”（313 Brigade）头目、巴基斯坦前特勤局成员伊利亚斯·卡什米里（Ilyas Kashmiri）在巴基斯坦南部的瓦济里斯坦被击毙，其领导的武装派别是基地组织领导的“基地组织的后援团”成员。当年8月，基地组织主要行动策划者阿亚提·阿布德·拉哈曼（Atiyah Hbd al-Sahman）在无人机空袭中被击毙。当年9月，被称为基地组织在巴基斯坦最高行动负责人阿布·哈夫斯·夏里里（Abu Hafs al-ShaririR）在同样的空袭中被击毙。在此之后，哈卡尼网络（Haqqani network）的高级领导人杨巴兹·扎德兰（Janbaz Zadran）也在瓦济里斯坦北部的空袭中被击毙。
2011年11月中旬至2012年年初，由于巴基斯坦方面在误炸等事件（一次误炸导致了24名巴基斯坦士兵丧生）的反应强烈，无人机空袭中止了一段时间，后在2012年1月起恢复空袭。在巴基斯坦西北部距离边境城市米拉木·萨赫（Miram Shah）1英里的一次空袭中，有4名嫌疑武装人员被击毙，当地是伊斯兰武装组织活动的主要区域。巴基斯坦塔利班组织最高领导人班达尔·曼苏尔（Bandar Mansoor）在当年2月的空袭中被击毙。3名哈卡尼网络的武装分子在当年4月的空袭中被击毙，同年6月的空袭还击毙了重要人物阿布·亚哈·利比（Abu Yahya al-Libi）。一份报告称，“此人被视为基地组织的二号人物”，而且是“基地组织最具才干的领导人”。
2013年初，穆阿维·纳齐尔（Mualvi Nazir）和五名随员在驾车经过巴基斯坦安哥安达地区（Angoor Adda）时遭遇空袭丧生。纳齐尔是瓦齐尔部落的领导人（Ahmadzai Wazir Tribe），其领导的武装人员经常穿越阿富汗边境参与袭击美军的活动。2014年9月和10月，美国中央情报局主导的一系列无人机空袭击在巴基斯坦多地毙了11名可疑武装分子。表16.1详细说明了空袭击毙的人员身份。
表16.1 空袭击毙人员身份