除了授权国家安全委员会实施误导性情报行动之外，里根总统还批准美国中央情报局采取削弱利比亚卡扎菲政权的秘密行动。该行动计划的主要内容是中央情报局援助北非和中东地区反对卡扎菲的国家。1985年秋的一份总统指令提出，该项目的首要目标是干扰、阻挠卡扎菲的恐怖破坏活动计划，并采取先发制人行动。在这些计划之外，中央情报局还希望能够引诱卡扎菲对其他国家实施冒险性举动或者恐怖行动，以此为利比亚军队中逐渐成长的卡扎菲反对派势力提供夺取权力的机会，或者诱发阿尔及利亚、埃及等国采取军事报复行动。中央情报局实施的另一个秘密行动代号为“TULIP”，其主要内容是援助“利比亚全国拯救阵线”（National Front for the Salvation of Libya）等反卡扎菲的流亡运动以及埃及等国家的反卡扎菲行动。
1988年，美国中央情报局开始利用美国训练的利比亚人突击队开展秘密行动，以达到破坏卡扎菲政权稳定的目的。该项目在里根总统任期内的最后几个月内开始实施，主要是利用乍得首都恩贾梅纳郊区的军事基地为600名原利比亚军队士兵提供军事援助和训练。这支利比亚人的武装主要由1988年利比亚与乍得边境冲突中被俘的利比亚士兵组成。不过，这些突击队从未真正实施过严格意义上的军事行动。乍得政府1990年12月下台之后，该武装转移至扎伊尔，后又转移至肯尼亚。这支武装在离开乍得前就被解除了武装，最终是被永久解散。
虽然美国与利比亚的关系在卡扎菲2003年宣布终止核武器研发计划后显著改善，但是在卡扎菲2011年镇压反抗组织期间，美国中央情报局获准为利比亚的反抗组织提供援助。中央情报局向利比亚局部地区派遣了工作人员，为美军和联军实施空中打击提供情报，并与反抗组织建立联系。