里根总统时期，“伊朗门事件”是国家安全委员会授权实施的一次秘密行动，受到广泛关注。但是这次行动只是无数次针对伊朗实施的秘密行动中的一次。美国中央情报局在里根政府和老布什政府期间，受命对伊朗准军事组织和流亡组织提供援助，以反制苏联对伊朗的影响，并且准备在应对霍梅尼政权垮台问题上发挥作用。最初阶段的目标是将流亡组织以及仍在伊朗国内的支持者整合为一个联盟，待时机成熟，将该联盟打造成影响伊朗未来发展的重要力量。
该行动内容包括向活动在土耳其东部地区的伊朗流亡组织提供数百万美元。最大的准军事组织人员规模在6000至8000人，由伊朗前海军司令少将艾哈迈迪·马达尼（Ahmad Madani）指挥，此人曾被巴列维王朝的军事法庭认定为“从事反政府行为”，后出任霍梅尼政府的第一任国防部长。第二大的准军事组织人员数量不到2000，由巴列维王朝时期的陆军参谋长巴赫拉姆·阿里亚纳（Bahram Aryana）将军指挥。按照行动计划，这些准军事组织能够发挥两方面作用：一是如果苏联入侵伊朗，这些军事力量能够袭击苏联军队的侧翼；二是如果伊朗爆发内战，这些组织能够进入伊朗支持和保护中间派力量。有报道称，美国中央情报局为伊朗流亡组织提供资金支持，这些组织大多在法国和埃及活动。美国方面不仅支持左翼势力〔但不包括阿伯尔哈桑·巴尼·萨德尔（Abolhassan Beni Sadr）〕，也支持右翼势力（不包括君主主义分支）。
美国中央情报局出资在埃及建立了广播台，用于播放反霍梅尼的信息。1987年，该台定期播放的内容包括排长队购买食品的报道、反对派以及针对神职人员和革命卫队的小规模暴动、政府的刑讯和迫害行为、伊朗共产党和苏联特工的活动等。1986年9月，美国中央情报局提供了便携式的小型电视信号发射器，以帮助巴列维国王的儿子从事秘密电视播放。当年9月5日晚上9点，该设备播放的信号持续干扰伊朗国家电视台达11分钟。
除此之外，美国中央情报局还秘密向伊拉克提供情报，引导伊拉克轰炸伊朗石油管道和发电站。1984年，有人担忧伊朗会颠覆伊拉克政权，而此时美国提供的情报使伊拉克具备了使用芥子气攻击伊朗地面部队的能力。1985年年初，伊拉克开始从美国方面定期获得空中侦察情报，尤其是在伊拉克袭击伊朗输油管道之后。但是，目前还不能确定伊拉克方面是否通过卫星照片获得了准确的情报。不管怎样，1986年8月，美国中央情报局建立了绝密级的华盛顿至巴格达联络渠道，向伊拉克方面提供更加准确的空中侦察情报。伊拉克方面因此能够在实施轰炸后几个小时内评估破坏程度，并计划后续的袭击。至1986年12月，伊拉克方面已经能够使用“锁眼”KH-11卫星和SR-71黑鸟战略侦察机拍摄的相关照片。据报告记载，由于当时苏联军队在伊朗边境地区部署力量不断扩大，美国方面为坚定伊拉克方面进攻的信心，故意提供部分不完整或者经过篡改的情报和图像。
近年来，美国针对伊朗的秘密行动项目主要着眼于迟滞其开发核武器的进程。其中一项行动是关于阻止向伊朗出售铀浓缩离心机使用的高质量真空泵（详见第十一章）。这些真空泵在德国生产，第一手买家是橡树岭国家实验室和洛斯阿拉莫斯国家实验室，但是后来经过调试会在运行情况下发生故障。2010年的一项研究认为，伊朗的离心机只有20%的运行效率。一份国际原子能机构的报告认为，纳坦兹地区在运行的铀浓缩离心机有3936台，但是未运行的有4592台。从土耳其购买的发电机也是破坏行动的牺牲品。2006年，伊朗在纳坦兹地区的核设施安装的发电机组导致了50台离心机发生爆炸。
另一项行动的目标是在伊朗获取发展核武器所必需的部件——TBA-480点火器过程中掺杂伪劣材料。苏联的核武器项目使用该型号点火器引爆核弹。美国中央情报局反扩散部在1996年9月发现并招募了一名具有核武器研发背景（主要是电器工程和引爆器方面）的俄罗斯移民，利用此人向伊朗核武器研发项目提供“帮助”。当年11月，美国中央情报局接触了一名可以发挥管道作用的对象并且招募成功，代号为“梅林”（MERLIN）。该对象在代号为阿尔扎马斯-16（Arzamas-16）的核武器研制绝密实验室工作。
美国中央情报局计划向伊朗方面提供有瑕疵但是技术前景较好的点火系统情报，以实现浪费伊朗核武器研发时间和资金的目的。这些具有瑕疵的技术方案是在美国能源部下属多家国家实验室专家的支持下完成制定的。一份备忘录记载，国家实验室一名工作人员认为，“需要花很长时间才能认识到这个先进的设计方案不适用于简单的武器。”这句话的意思是，伊朗计划制造的引爆装置适用于苏联制造的先进武器，而不适用于伊朗制造的“初级”核弹。
在此项欺骗计划实施后的几年中，美国中央情报局将一批伊朗人员和机构列为欺骗计划的目标，实施了有针对性的方式方法。例如，以这名俄罗斯移民的名义为伊朗核武器研究项目提供情报。2000年3月，“梅林”向伊朗方面提供了有大量设计图纸，并向伊朗驻国际原子能机构代表团提供了一封信件。根据美国中央情报局的记载，伊朗方面非常重视这些情报，并且把这些资料带回国内。一份已经解密的2003年3月的中央情报局备忘录标题为“为某保密项目使用一号途径监视A市伊朗人员”。不过，“梅林”在伊朗派驻国际原子能机构代表团露面后，伊朗国内就没有再接触“梅林”。
2009年，小布什总统授权针对与伊朗核武器项目相关的电力系统、计算机系统以及其他网络实施破坏性的秘密行动。该行动的成果之一是美国与以色列联合实施的计算机网络攻击，代号为“OLYMPIC GAMES”，制造了著名的“震网”蠕虫病毒。该病毒是针对伊朗离心机设计的，能够改变离心机的马达转速，使马达转速时快时慢，从而导致离心机产生强烈振动变形，进而损坏离心机。这种蠕虫病毒还能够破坏西门子公司的软件系统，摧毁工业控制软件系统，不仅感染了伊朗60%的计算机，也感染了印度、印尼甚至美国的计算机。
其余针对伊朗的秘密行动主要是在伊拉克境内实施的。有报道称，2011年，美军和情报机构高层成功争取到了一项旨在削弱伊朗在伊拉克影响力的秘密行动计划授权。行动方案计划加强在伊朗和伊拉克接壤地区的封锁，阻止伊朗方面的武器走私活动。
2011年和2012年，白宫批准由美国中央情报局负责训练伊拉克反恐局（Iraq\'s Counterterrorism Service），该工作原由美军负责。伊拉克反恐局由从伊拉克国防部和内务部抽调的精锐部队组成。中央情报局负责训练的决定，是希望在美军撤出伊拉克后，“仍由美国方面秘密帮助伊拉克提高其实施反恐行动的能力”。一名官员称，“采取这种做法的目的是提高伊拉克独立应对其国内恐怖威胁的能力，改变完全依靠美军或中央情报局的局面。”