历次战争结束后，战争中俘获的战俘都是潜在的情报来源，能够通过战俘获得敌方的计划和能力。不过，《日内瓦公约》为战俘提供了非常严密的制度保护。单个战俘一般只能提供非常有限的情报（例如姓名、军衔、序列号等），日内瓦公约的签署国在对待战俘问题上承担明确的义务和责任。
尽管如此，小布什和奥巴马政府仍然不把在美国反恐战争中俘获并关押的囚犯视为战俘，而是将这些囚犯定性为不受法律保护的地方战斗人员。这种做法的法律依据在于基地组织成员将平民作为袭击目标，不穿军装制服，而且不归属于传统意义上的军队。塔利班武装人员同样不被视为战俘，理由是他们并未服务于合法的政府。因为基地组织的武装分子未被定性为合法的敌方武装人员，美国方面判定不仅可以通过这些拘捕的武装分子获得比战俘更多的情报，还可以对这些武装分子采取更加严厉的审讯措施以榨取有价值的情报。
这些囚犯被关押在多个机构中，这些机构分布在世界各地，并且由不同的单位管理。在阿富汗坎大哈和巴格拉姆的美军基地是最新一批仍在运行的关押机构。在这些基地中，美军人员负责审讯这些囚犯。在一段时期内，坎大哈基地曾关押了500多名囚犯。最知名的关押地点位于古巴的关塔那摩湾，最初被称为“X区（Camp X-ray）”，后被称为“三角洲集中营（Camp Delta）”。最新的关押设施被命名为第四区。2005年6月，该地关押了500余名囚犯；2014年11月，此处关押着148名囚犯。
据报道，其他的囚犯被关押在位于印度洋的迭戈加西亚岛英美联合基地以及美国东北部的军事基地中。除此之外，美国中央情报局还管理了一批不为人所知的监狱设施（黑狱），2006年9月后有14名囚犯被转移至关塔那摩。2005年，有报道称在这些黑狱中关押着36名囚犯。2007年4月，美国中央情报局将另一名基地组织领导人移交给美国国防部，此人自2006年秋季起被中央情报局方面关押。有多个国家为美国中央情报局提供关押囚犯的设施，包括阿富汗（在喀布尔附近，代号为“盐坑”）、泰国（位于泰国皇家空军基地附近，最初命名为“猫眼”）、罗马尼亚（米哈伊尔·科格尔尼恰努机场附近，代号为“明亮之光”或“灯箱”，2006年5月关闭）、立陶宛（2006年5月关闭）、毛里塔尼亚和波兰（设在波兰中北部村庄旧凯库蒂的情报机构内，代号“石英”，2003年9月关闭）。摩洛哥曾计划建立一处监狱设施，代号为“孟买”（Bombay），但是未投入使用。有报道称，美国中央情报局在索马里安全局基地设有秘密监狱，在那里关押索马里极端组织“伊斯兰青年运动”（Al-Shahab）成员。
2001年至2013年关闭了多处黑狱后，这些囚犯最早被转移关押在美国海军的军舰（美国海军的“圣安东尼奥”号驱逐舰和“博克瑟”号驱逐舰）以及远离居民区的岛屿上（如赞比亚卡拉巴湖中的无人岛）。
囚犯是通过很多种方式捕获的。有些是在传统军事行动中被捕，其他的囚犯是被特种部队士兵（比如由突击队员和特种部队组成的战斧特遣队被派遣横穿阿富汗追捕基地组织和塔利班的领导人）抓捕的。也有一些囚犯是被美国中央情报局的特殊行动抓捕的，例如2003年8月，中央情报局与泰国联合行动抓捕基地组织在印度尼西亚分支机构伊斯兰祈祷团（Jemaah Islamiyah）的头目，或者中央情报局与巴基斯坦情报机构联合行动。除此之外，外国政府也会将逮捕的嫌疑人移送给美国方面。
这些被羁押和审讯的囚犯或具有极大安全威胁，或具有重要的情报价值。据一名原美军审讯人员介绍，基地组织在阿富汗的训练营训练了上万名武装分子，“有数百名武装分子都是匿名的，其中一部分危害较小，而另一些则危害极大。”有一些囚犯被羁押是出于搜集情报的目的，这些情报不是全部准确，但是能够反映恐怖分子的活动情况。例如有一名名为贾巴拉·穆罕默德·曼苏尔（Jabarah Mohamed Mansur）的加拿大籍公民，曾作为恐怖组织成员参与策划袭击驻新加坡的以色列、美国和澳大利亚大使馆。被关押于关塔那摩的人员中，有一名商人1971年至1987年居住在美国，被指曾为基地组织袭击美国目标提供帮助，还有一名在阿富汗被捕的囚犯被认定是参与“9·11事件”的20名恐怖分子之一。
据美国国防部新闻稿披露，这名所谓的劫机恐怖分子名叫穆罕默德·卡赫塔尼（Mohamed al-Kahtani）。在关塔那摩关押期间，此人不仅指明了制造脏弹的何塞·帕迪拉（Jose Padilla）以及使用鞋子炸弹的理查德·雷德（Richard Reid）与基地组织的关系，提供了关于基地组织派遣恐怖分子通过防范薄弱的边境地区渗透的路线和方法，解释本·拉登是如何逃脱抓捕，并且提供了本·拉登本人身体状况的有关情报，还提供了关于本·拉登的30名保镖的详细信息。除此之外，据称有两名被关押人员曾辨认出本·拉登信使〔化名阿布·艾哈迈德·科威特（Abu Ahmed al-Kuwaiti），其真名为艾库威提·库威蒂〕身份，其中一名就是此人。辨认出本·拉登的信使是确定其藏身位置关键情报，之后，本·拉登于2011年5月被击毙。
在美国中央情报局黑狱中关押的人员被视为“高价值目标”，也可以说是除了基地组织高级领导者之外的潜在重要情报来源。这些情报可能通过那些负责后勤的或参与训练的武装分子获得。根据国家情报总监办公室的一份简要记录，事实上，2006年9月已送至关塔那摩的14个高价值目标多为技术辅助人员：阿济兹阿里（Ali Abd al-Aziz Ali，一名巴基斯坦基地组织的技术人员）、艾哈迈德·哈勒凡·盖兰尼（Ahmed Khalfan Ghailani，基地组织的伪造技术人员，并帮助运送恐怖分子）、汉巴里（Hambali，印度尼西亚伊斯兰祈祷团的负责技术工作的头目）、穆斯塔法·艾哈迈德·哈萨维（Mustafa Ahmad al-Hawsawi，负责财务管理）、穆罕默德·纳齐尔·本·（汉巴里的重要助手之一）、马吉德·汗〔曾受哈立德·谢赫·穆罕默德（Khalid Sheikh Mohammed）/Archive指使负责领导设计向美国多处水库投毒的方案等工作〕、阿布德·拉希姆·侯赛因·穆哈默德·阿布（阿拉伯半岛基地组织的行动负责人）、阿布·法拉兹·利比（Abu Faraj al-Libi，是本·拉登的对外联络人）、阿布·祖贝达（Abu Zubaydah，据信是基地组织高级行动官员，后转为提供辅助工作）、拉姆齐·本·希布赫（Ramzi bin al-Shibh，是“9·11袭击”中重要的辅助人员）、祖贝尔（Zubair，伊斯兰祈祷团的行动策划者，受汉巴里领导）、瓦利德·本·阿塔希（Walid bin Attash，行动策划者）、哈利德·谢赫·穆罕默德（KHalid Sheih Mohammed）、以及古尔德·哈桑·康拉德（伊斯兰团结组织在摩加迪沙后勤网络的负责人）。
审讯人员被授权在心理战术之外采取非正常的审讯方式，以达到从关押人员身上获取情报的目的。2006年秋天以前，美军审讯人员训练手册中主要有16种基本的审讯手段，但是禁止使用刑讯手段。但是，这些训练手册并不能约束美国中央情报局的审讯人员，而且手册中也未就何种情况构成刑讯进行定义。美国中央情报局改进了审讯技术，并授权在反恐项目中应用（代号为“灰石”）。这些审讯方式包括坐水凳和水刑（这两种方式都是让被讯问者感受溺水的绝望）、剥夺睡眠、单独隔离、抑制睡眠、流质饮食、压迫体位、停供止疼药等。表11.1描述了相关细节。
据当时的审讯人员透露，有一名关押在坎大哈基地的囚犯供述了“关于德国汉堡基地组织分支的重要情报，出卖了很多武装分子，揭发了以前从未掌握的基地组织与北非伊斯兰团体联系情况”。另一名囚犯供出了曾经参与过策划对美国驻罗马大使馆投毒的袭击计划，根据该情报提供的线索抓获了8名摩洛哥人（这些摩洛哥人最终被无罪释放），并发现了8.8磅氰化物、一份美国大使馆游客地图以及多份大使馆周边地下管线设施位置图。还有另一名囚犯提供了基地组织在欧洲招募人员的名单、行动计划、以及本·拉登卫队的情报。
根据奥巴马总统的要求，无论是何种机构负责管理的审讯机构，都只能获准使用美军基地手册中的审讯技术。另外，按照奥巴马的要求，还建立了一个名为“高价值关押者审讯小组”（High Value Detainee Interrogation Group）的机构，负责管理对这些囚犯的审讯工作。该小组包括5个机动的审讯团队，相关人员主要是从联邦调查局抽调，也有中央情报局和国防部的人员参与。2010年4月19日，国家安全委员会还为该机构制定了章程，称之为“高价值囚犯审讯小组执行章程”。
11.1 强化审讯技术
在刑讯措施改革实施之前，有一名叫做阿布·祖贝达的著名囚犯受到刑讯。根据一名美国官员的说法，此人在被抓捕后被运至“猫眼基地”，经审讯提供了很多被证明为“颇具价值”的情报。祖贝达提供的情报帮助美军在2002年抓捕了约瑟·帕迪拉（Jose Padilla），此人被指控计划使用脏弹袭击美国城市。经过此人的供述，还确认了哈利德·哈里发·默罕默德（Khaild Sheikh Mohammed）是“9·11事件”的幕后策划者，其提供的情报帮助抓获了“9·11事件”中的策划者拉姆兹·本·希布赫。中央情报局的一份评估报告称，“阿布·祖贝达确认了基地组织主要的策划者和辅助人员。”穆斯林祈祷团的行动负责人汉巴里向中央情报局的审讯人员供述称，基地组织计划在曼谷袭击美国人管理的两所酒店以及使用国际机场的航班。这些情报促使相关航班调整了时间表。
中央情报局一份评估报告称，哈利德·哈里发·默罕默德在波兰被捕并经受水刑拷问，“供述了关于基地组织的行动计划、能力、人员身份和地点以及隶属的恐怖组织和网络”。根据哈利德的供述，中央情报局还掌握了大量基地组织“9·11事件”之后在西方国家招募人员的“面貌特征”细节。通过其供述，中央情报局了解了基地组织如何监视在美国境内的潜在目标。另外，此人还提供了有关如何利用穆斯林祈祷团在西方行动网络的情报，根据相关情报“释放了多名扣押人员，还抓捕了除汉巴里、汉巴里的兄弟以及多名穆斯林祈祷团的核心行动人员”。根据哈利德和其他几名被关押人员提供的情报，美国方面了解到，在“9·11事件”之前，有一名“踪迹难寻的行动人员”受命袭击美国东海岸主要城市的金融机构。根据2003年由被关押者提供的情报，挫败了一起企图劫持希思罗机场起飞的商用航班的恐怖袭击计划。
叛逃者或被关押者提供的情报在2006年6月击毙阿布·穆萨布·扎卡维（Abu Musab al-Zarqawi，基地组织在伊拉克的负责人）的行动中发挥了重要作用。该来源供述称，扎卡维经常与一名名为哈里发·阿布都·拉希德·拉赫曼（Sheikh Abdel Rashid Rahman）的宗教指导师会面。因此，拉赫曼的行动是在人力情报、电子情报以及空中监视等手段监控之下的，其中前两种方法可能是由“任务支援单位”（Mission Support Activity）的特遣小组执行实施。最终，美国的特种部队确定了扎卡维停留在哈比卜村的一处房屋，该村距离巴格达以西8英里。美军向该房屋投掷了重达500磅的炸弹，将扎卡维击毙。
2010年5月，毛拉·阿卜杜尔·哈尼·巴拉达（Mullah Abdul Ghani Baradar）被关押在巴基斯坦，此人在当年1月被巴基斯坦部队逮捕，是目前被关押的塔利班组织的最高领导人。此人向中央情报局情报人员提供了关于毛拉·奥马尔（Mullah Omar）谈判策略的情报，并说明了塔利班用以避免平民损伤的新指挥密码。根据一份报告称，在第二年经过了在美国“博克瑟”号舰船上关押后，艾哈迈迪·阿卜杜尔·卡迪尔·瓦萨米（Ahmed Abdulkadir Warsame）“滔滔不绝”地向审讯人员提供了他与安瓦尔·奥拉基（Anwar al-Awlaki，奥拉基在一次无人机空袭中被击毙。）会面的情况，以及谢哈布（al-Shahab）与基地组织在阿拉伯半岛进行大宗军火交易的情况。他还提供了关于两个恐怖组织的架构和能力的情报。一份报告称，他的供述可以作为“情报的分水岭”。2013年10月，另一名基地组织领导人，纳齐赫·阿卜杜勒-哈迈德·鲁盖〔Nazih Abdul-Hamed al-Ruqai，其真名为阿布·阿纳斯·艾尔-利比（Abu Anas al-Liby）〕在利比亚被捕，并在美国“圣安东尼”号舰上受到审讯。