1986年2月28日，由总统罗纳德·里根任命的美国国防管理特别委员会提议，建立一个单独的联合司令部，整合全球的空中、陆地和海洋的军事运输。4月1日，里根签署了国家安全决定第219号指令“落实总统的国防管理委员会的建议”，指示国防部长在禁止这类司令部的立法被废止时，“采取那些必要的步骤建立一个联合司令部，提供全球的空中、陆地和海洋运输”。
1986年末，《国防部重组法案》命令国防部长考虑建立一个联合运输司令部（Unified Transportation Command, UTC），并废除了阻碍这一举措的法律条款。1987年10月1日，美国运输司令部（U.S.Transportation Command, TRANSCOM）由联合运输司令部更名而得，在伊利诺伊州斯科特空军基地成立，拥有50名工作人员。1992年2月14日，国防部长强化了美国运输司令部的职责，使其“为国防部提供空中、陆地和海洋运输，无论在和平时期还是战争时期”。美国运输司令部的成员司令部包括陆军的地面部署和分布司令部、海军的军事海运司令部和空军空中机动司令部。另外，联合实现能力司令部也隶属于美国运输司令部。
图6.11 战略司令部联合情报行动中心组织架构图
运输司令部的情报处（J2）同时也是美国运输司令部联合情报行动中心（JIOC-TRANS）。如图6.12所述，该中心设有四个主要部门：情报行动、计划和项目、实时情报及反情报和人力情报。
情报行动部“实施全源的、多学科的情报分析和制作”，为美国运输司令部司令官和司令部成员组织提供支持。该部门编制的情报成品包括“联合特别报告，专题分析，信号灯规划图、GEOPORT（那些依赖于图像和其他数据的商业海港相关的产品）、商业海港基础设施信息”。计划和项目部负责美国运输司令部联合情报行动中心对军事情报计划内情报来源进行策划、设计和制定预算；它还编制和提交美国运输司令部联合情报行动中心年度情报计划目标备忘录。
实时情报部门负责实时情报、迹象和预警，“向运输运营者和策划者提供每周7天每天24小时可操作的全面实时情报、迹象和预警、威胁识别、态势感知和武装力量保护信息，以支持美国运输司令部的全球行动”。反情报/人力情报部的职能包括所有反情报/人力情报行动的冲突解决，协调司令部的兴趣区域内反情报/人力情报组织的任务分配，并确保“反情报/人力情报的需求清晰地表达了美国战略司令部的情报架构计划的发展”。
情报处主持美国运输司令部的季度威胁小组的工作，负责“分析和评估（运输司令部）在全世界范围内的行动受到的全方面威胁，确保其人员和资产的安全”，并分送评估结果、报告或其他成果。
图6.12 运输司令部情报处组织架构图