1991年9月27日，美国总统布什宣布解散战略空军司令部（Strategic Air Command），并创建两个新的司令部接管其职能。战略空军司令部的飞机行动将由空军作战司令部（Air Combat Command）负责指挥管理，而核目标锁定计划被划归新的美国战略司令部（U.S.Strategic Command）指挥。和战略空军司令部一样，战略司令部也位于内布拉斯加州奥马哈市奥福特空军基地。
2002年6月底，国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德宣布了改革战略司令部的想法，使其吸纳另一个联合司令部——建立于1985年的美国太空司令部，太空司令部的职责是为美国军事（而不是侦察）太空活动提供全面指导。之前对联合司令部计划的评估曾经考虑过这一举措，因为这两个司令部都有在全球支持地区司令官的任务。2002年10月1日，合并如期生效。国防部一份新闻稿解释称，“战略司令部的任务（指挥军事太空行动、信息战、计算机网络战、太空作战规划）和战略司令部（核力量的指挥和控制）已经发展到某个时点，通过合并两家为一个单一实体以消除指挥结构的冗余并简化决策过程”。
如今，战略司令部负责战略威慑、全球打击和运作国防部全球信息网络。它还提供战略预警；综合导弹防御；全球指挥、控制和联络；打击大规模杀伤性武器的措施；情报、监视和侦察（ISR）。
诸多兵种成员司令部、职能司令部和特遣部队隶属于战略司令部。军兵种成员司令部包括空军全球打击司令部（Air Force Global Strike Command）、美国陆军战略司令部（U.S.Army Forces Strategic Command），舰队司令部（Fleet Forces Command）、海军陆战队司令部（Marine Corps Forces Strategic Command）和空军太空司令部（Air Force Space Command）。职能司令部包括美国网络司令部（U.S.Cyber Command），全球打击联合部队作战司令部（Joint Forces Combatant Command）、太空联合部队作战司令部、综合导弹防御联合部队作战司令部、情报、监视和侦察联合部队作战司令部、美国战略司令部反大规模杀伤性武器中心、清除行动各常设联合部队总部和联合作战分析中心。其下属的特遣部队负责空中联络、潜艇行动、战略轰炸机和侦察飞机、洲际弹道导弹、空中加油。
战略司令部的高级情报官是J2的情报主任，同时也是战略司令部联合情报行动中心（STRATCOM Joint Intelligence Operations Center, STRATJIOC）的负责人，其组织结构如图6.11所示。表中，该中心的行动主任负责行动部、可重置战略目标部和区域部。第1个负责实时情报，情报、监视和侦察，并运作一个监视办公室。SRT部则负责提供不同区域的目标情报，这个目标可能是美国打击计划的对象。其他的情报分析是由区域部完成的，并制作有关大规模杀伤性武器和太空/网络问题的情报。直接向战略司令部联合情报行动中心主任汇报工作的是反情报和人力情报部，该部门负责与战略司令部相关的任务分配行动和冲突化解行动。