1987年4月16日，根据1986年11月的《国际公法99-661》，国防部长卡斯珀·温伯格在里根总统的授意下建立了美国特种作战司令部，以监督军事部门特种作战单位的活动，而这些特种作战单位成为了美国特种作战司令部的成员司令部。如今，这些兵种成员司令部包括陆军特种作战司令部（北卡罗来纳州布拉格堡）、海军特种作战司令部（加利福尼亚州科罗纳海军基地）、空军特别作战司令部（佛罗里达州赫尔伯特空军基地）和海军陆战队特种作战司令部（北卡罗来纳州勒琼基地）。美国特种作战司令部下属的还有位于布拉格堡的联合特种作战司令部（Joint Special Operations Command）。美国特种作战司令部的总部设在佛罗里达州的麦克迪尔空军基地。
除了成员司令部以外，还有下一级的联合司令部，其人员从各兵种成员司令部抽调，接受各联合作战司令官的指挥，包括南方特种作战司令部（佛罗里达州霍姆斯特德空军基地）、非洲特种作战司令部（德国斯图加特）、欧洲特种作战司令部（斯图加特）、中央特种作战司令部（佛罗里达州麦克迪尔空军基地）、太平洋特种作战司令部（夏威夷史密斯营）、韩国特种作战司令部（韩国龙山）和美国北方特种作战司令部（科罗拉多州彼得森空军基地）。
1997年，美国特种作战司令部预算约为30亿美元，共有4.7万名人员：其中3万人为现役，1.4万人为预备役和国民警卫队人员，3000人为文职官员。2007年，该司令部预算大约为80亿美元，人员大约有5.3万人左右。截至2014年，大约有2500人在美国特种作战司令部总部工作，而司令部的兵力有6.6万人，并计划扩充至69700人。2012年初时，其预算达到了105亿美元。各个独立的司令部已确认的兵力是陆军2.9万人、海军8800人、空军1.8万人和海军陆战队3000人。剩下大约有4700人属于联合特种作战司令部。到2013年3月，特种作战部队，包括在美国重点使馆中的特种作战联络官，常驻于全球75个国家。2015年，美国特种作战司令部获得了100亿美元的可用资金。
最初，美国特种作战司令部被指定了10项任务：直接行动、战略侦察、非常规战争、外国内部防御、民政事务、心理战、反恐、人道主义援助、战区搜索和救援，以及其他由总统或国防部长委派的行动。表6.1提供了对这些最初的活动的描述。1995年5月，在总统和国防部长的指示下，反扩散被加入了任务事项表中。最近，美国特种作战司令部的资料列出司令部17个不同的活动：民政事务、镇压叛乱、反恐、打击大规模杀伤性武器、直接行动、外国内部防御、人质救助和找回、封锁和进攻性打击大规模杀伤性武器、军事信息支持、环境的准备、安全力量援助、特种作战部队作战支持、特种作战兵种作战支持、特别侦察、稳定、对重大作战行动的支持和非常规战争。
表6.1 美国特种作战司令部活动描述
“9·11事件”之后，反恐成为美国特种作战部队的首要任务，尤其对于联合特种作战司令部的特别任务单位而言。联合司令部2008年的计划指定，美国特种作战司令部“领导、策划、共同行动和按照指示执行打击恐怖分子网络的全球行动”。特别组建的特遣部队搜寻阿富汗和巴基斯坦的基地组织、搜查伊拉克的大规模杀伤性武器、在伊拉克追捕扎卡维和萨达姆·侯赛因；一支海军特种作战部队实施了杀死本·拉登的突袭。除了在如哥伦比亚和菲律宾等国花费数年的计划，各部队还在也门和其他中东国家、非洲、中亚实施了行动计划，并在索马里加大了行动力度；一支特种作战部队在2009年实施袭击行动，击毙了所谓的基地组织东非分支负责人。
美国特种作战司令部的情报编制，由约有470人的情报处（J2）和隶属于该处的美国特种作战司令部联合情报中心负责。情报处的任务是提供全源情报“以支持全球反恐战争”。联合情报中心的任务被描述为“向（美国特种作战司令部）司令官、特种作战中心（Center for Special Operations）、特种作战司令部人员、成员司令部和下属单位提供情报；支持特种作战部队提出情报需求；与国家/战区情报机构进行对接；（监控/整合）增强情报能力以支持美国特种作战部队”。
图6.9和6.10显示了2010年情报处和特种作战司令部联合情报中心的组织架构。图中那些以“SOC”（特种作战司令部）开头的方框说明了有关部署在各地的美国特种作战司令部所属单位的一个关键事实：他们在战区命令的指挥控制下执行任务（如中央司令部或欧洲司令部的司令官），而不是美国特种作战司令部司令官。组织架构图上还出现了全球任务支持中心和战略分析部。后者专注于对实施行动的战略环境进行评估，而不是对恐怖组织或大规模杀伤性武器所带来的威胁进行评估。
图6.9 美国特种作战司令部情报处2010年组织结构
图6.10 特种作战司令部联合情报中心的组织架构图
重要的情报活动，包括人力情报和秘密的信号情报，是由联合特种作战司令和其成员司令部中的某些单位来完成，包括第1特种部队三角洲行动分遣队（三角洲部队，也被称为战斗应用小组和陆军独立部门）、海军特种作战开发小组（原海豹突击队第6分队）、第75游骑兵团、第160特种作战航空团、第24特别战术中队，可能还有任务支持机构（Mission Support Activity，以前的情报支持机构ISA和美国陆军安全协调分遣队）。
联合情报旅（Joint Intelligence Brigade）属于联合特种作战司令部的情报单位，位于布拉格堡，有数百名分析人员，并对情报进行评估以支持联合特种作战司令部的特别任务单位（比如三角洲特种部队）。联合特种作战司令另一个情报成员机构是位于弗吉尼亚州罗斯林的情报危机行动中心（Intelligence Crisis Action Center），据称它有50名雇员，并向联合特种作战司令的情报和安全处汇报工作，该处处长是联合特种作战司令部的首席情报官。除了联合特种作战司令部的情报能力，三角洲特种部队的行动支持队（Operational Support Troop）负责提前进入某个国家并收集相关情报。
一个特殊单位曾多年被称为情报支持机构（Intelligence Support Activity, ISA），最初于1980年成立时是外国行动组（Foreign Operating Group），以应对伊朗的人质危机；它负责实施秘密人力情报、信号情报搜集工作和其他行动，以支持各特种作战部队，尤其是联合特种作战司令部所属秘密单位。ISA的代号一直变更——在最近的代号中有中心尖刺（CENTRA SPIKE）和灰狐狸（GREY FOX），它自成立以来至少实施了9种不同类型的活动：（1）情报搜集；（2）探路任务；（3）外国领导安保；（4）安全和情报评估；（5）打击前的侦察；（6）行动支持；（7）对外国人员的培训；（8）人质救援；（9）获取外国武器系统。灰狐狸人员作为第20特遣部队的组成部分，参与了搜捕萨达姆·侯赛因的任务。显然，该单位最新的名称是任务支持机构，但它也被称为橙色特遣部队（Task Force Orange）。其总部设在弗吉尼亚州贝尔沃堡。
2005年8月，海军作战部长批准建立了两个单位，为海军特种作战行动提供情报支持：海军特种作战第1组支持机构（加利福尼亚州科罗纳多海军基地）和海军特种作战第2组支持机构（弗吉尼亚州小溪海军两栖基地）。建立第1组支持机构是为了向海军特种作战第1组及其海豹小队（1队、3队、5队、7队）提供情报支持。建立第2组支持机构是为了向海军特种作战第2组及其海豹小队（2队、4队、8队、10队）提供情报支持。据称，这两个机构能够实施人力情报、信号情报、测量与特征信号情报行动。
2011年初，两个支持机构重新组合，与海军特种作战任务支持中心一起，新建了一个特种作战组，即海军特种作战第十组。这两个机构被更名为海军特种作战支持机构一和海军特种作战支持机构二，以“解除它们对某个特定海军特种作战组的依附关系”。