联合司令部结构方面的最大变化，是2001年9月11日恐怖袭击发生之后建立了北方司令部（NORTHCOM）。袭击发生之后不久，即出现了这个想法，得到了美国军方高层人士的支持。该司令部建立之前，有许多问题需要解决，包括该指挥部是否要控制自己的军事力量或是依赖于其他司令部提供军事力量以及对于以执法为目的地使用军事力量的法律限制。早在比尔·克林顿执政时期，建立这样一个指挥部的构想曾被提出过，但这个想法受到美国公民自由主义者和（据有关报道称）右翼民兵组织的抗议之后就被终止。
2002年4月17日，美国国防部宣布成立美国北方司令部，将其他军事组织正在实施的国土防御和其他公民支持任务汇集到一个司令部。该司令部与北方航空航天防御司令部（Northern Aerospace Defense Command）一起驻扎在科罗拉多州彼得森空军基地，于2002年10月1日具备了初始工作能力。
美国北方司令部有两个主要任务：
●实施行动，探测、预防和打击针对美国、美国领土和特定职责区域利益的威胁和所有侵略行动，其中包括通过空中、陆地和海洋方式到达美国大陆、阿拉斯加和周围约500海里的水域以及墨西哥湾、波多黎各和维京群岛；
●在总统或国防部长的指令下，提供对文职部门的防御支持，包括后果影响控制。
在任务的执行过程中，美国北方司令部“实施海上行动以阻止恐怖行动和预防针对美国及其盟国的攻击”。关于地面行动，司令部“安排和布置军队以制止和预防攻击”。2004年大选期间，美国北方司令部为边境安全工作提供帮助，实施机场隐患评估，并应国土安全部的要求部署受过辐射探测训练的军队。
除总部所属部门外，美国北方司令部还包括4个兵种成员司令部：美国舰队司令部（弗吉尼亚州诺福克）、美国海军陆战队北方司令部、美国空军北方部队（佛罗里达州廷德尔空军基地）以及美国陆军北方部队（得克萨斯州休斯顿堡基地）。一个特别行动队于2013年成立。
此外，美国北方司令部下辖4个联合特遣部队。位于阿拉斯加州艾尔曼多夫空军基地的阿拉斯加联合特遣部队负责与其他政府机构协调，“阻止、预防和探测在阿拉斯加联合作战区域内的威胁”。北方联合特遣部队，位于得克萨斯州布里格斯堡陆军机场，“职责是支持联邦执法机构制止在美国大陆和通往美国大陆沿途的疑似跨国威胁”。华盛顿特区的麦克奈尔堡是国家首都地区联合特遣部队的总部，“负责陆基国土防御，对民政当局的防御支持……和国家首都地区的事件管理”。第4个特遣部队是总部位于弗吉尼亚州尤斯蒂斯堡的联合特遣部队文职支持组织，“策划和整合国防部对负责国内核生化爆（CBRNE）后果管理行动的支持”。
美国北方司令部的情报处（J2）同时也是北方联合情报行动中心。它的使命是“整合国防部和国家情报机构的能力，并启动作战空间的联合情报准备，为北方航空航天防御司令部和美国北方司令部策划、整合、指导、共同执行和管理持续性的情报行动”。如图6.6所示，它由5个部门组成：恐怖主义分析和预警、战略威胁、情报行动、墨西哥和任务支持。其中3个部门负责情报编制，而情报行动部门负责策划、协调和执行北方司令部的反情报和人力情报行动。
图6.6北方司令部情报处的组织架构图
情报行动处下属的是美国北方司令部联合侦察中心，是ISR（包括敏感侦察行动）职能对口单位，并且负责突发事件感知和评估的协调、计划、执行。