2007年2月6日，小布什总统公布了建立一个统一作战司令部负责非洲大陆的计划（埃及除外，因为埃及被保留在中央司令部的管辖范围）。国会研究处的一份研究认为，这个新的非洲司令部“之所以产生，部分原因是出于对国防部将非洲职责分配给3个区域司令部的担忧，据说这种分配会带来协调方面的挑战”。除此之外，据说伊拉克战争和阿富汗战争对欧洲和中央司令部提出了过高的要求。
非洲司令部2007年10月1日成立时，是欧洲司令部的下一级司令部，于2008年10月1日变成了完整运作的司令部。根据其任务描述，“（司令部）与跨国机构和国际伙伴合作，应对危机，阻止和打击跨国威胁，发展美国的国家利益，促进地区的安全、稳定和繁荣。”2014年3月，非洲司令部司令官在参议院军事委员会作证时，确认了该司令部的“当务之急”是打击暴力极端主义和增强东非的稳定，打击暴力极端主义和增强北非、西非的稳定性，保卫美国公民和设施的安全，增强几内亚湾的稳定，打击圣主抵抗军。
非洲司令部总部位于德国斯图加特的凯利军营，由于非洲司令部负责的大多数国家以前由欧洲司令部负责，因而大多数负责非洲事务的人员都驻扎在斯图加特，还有一个原因是，非洲领导人不接受在非洲建立司令部。大约有2000人被派往这个司令部，包括军人、联邦文职雇员和承包商人员。他们当中有1500人在总部工作。其项目通过设置在大约38个国家的安全合作办公室和武官办公室进行协调。司令部联络官员还有驻扎在位于埃塞俄比亚的非洲联盟总部、位于尼日利亚的西非国家经济共同体总部和位于加纳的科菲安南国际维和部队培训中心。
非洲司令部的成员司令部包括了总部在意大利维琴察的美国非洲集团军和位于意大利那不勒斯的美国海军非洲部队。海军部队的主要任务是提升海上安全能力和非洲伙伴的能力。还有两个军事机构位于斯图加特的美国空军非洲部队和美国海军陆战队非洲部队。最后两个成员司令部是有2000人的非洲之角联合特遣部队，其总部位于吉布提的雷蒙尼营，以及位于斯图加特的美国特种作战司令部所属的非洲特种作战司令部。
情报和知识发展处（Intelligence and Knowledge Development Directorate, J2）是非洲司令部总部的机构，组织结构如图6.1所示。其总部位于斯图加特，分部分别位于英国的莫尔斯沃思、佛罗里达州坦帕和华盛顿特区。该处“执行情报行动；为非洲司令部总部、下属机构和特定的伙伴机构管理情报搜集、分析、编制、分发和知识发展”。有200人被派往位于斯图加特的J2，253人被派往莫尔斯沃思。欧洲司令部的联合情报中心也位于此地（直到其迁往克劳登皇家空军基地，预期将于2016年开始联合情报中心的建设）。坦帕分部显然是与美国特种作战司令部的情报中心协作工作。
图6.1 非洲司令部J-2组织机构