2003年1月，根据《2002年国土安全法案》，国土安全部成立，承担着对22个不同机构的管理责任。国土安全部下属的机构包括美国海关和美国特工处（来自财政部），移民和归化局的一部分（来自司法部），动植物卫生检验局的一部分（来自农业部），美国海岸警卫队和运输安全管理局（来自运输部）和联邦紧急事务管理署。
国土安全部的最初组织结构曾包括一个信息分析和基础设施保护处，负责“整合和分析来源于多个渠道的有关国土威胁的情报和其他信息”。这些来源包括了情报界成员（如中央情报局和国家安全局）和政府的其他部门（如海关和运输部）。该处利用这些信息来“识别和评估当前和未来的国土威胁，标记对现阶段漏洞的威胁，签发及时的警告信息，并立即采取或启动正确的预防与防护行动”。这个处还负责评估国家的重大基础设施的漏洞，包括食品和水系统、应急服务、运输、能源和国家的名胜古迹。
一次重组产生了一个新的职位，即主管情报和分析的国土安全部助理部长，领导情报和分析办公室。随后，该职位升格，因此情报和分析办公室现在由国土安全部主管情报和分析的副部长负责管理。这位副部长除了指挥管理该办公室之外，还负责在组成国土安全部的若干个其他情报单位之间“协调和加强整合”，包括特工处、海关和边境保护局、移民和海关执法局以及运输安全管理局。
2009年9月，主管情报和分析的副部长，通过与其他机构的合作，确认该办公室在情报分析的4个重点领域：对大规模杀伤性武器的分析（与联邦调查局合作）、对暴力激进主义的研究（与国家反恐中心合作）、对国内恐怖主义的分析（与联邦调查局和其他执法机构合作）和对卫生安全的分析（与卫生事务办公室和其他几个组织合作）。
2010年，据该副部长称，“我们的分析人员与国家反恐中心和联邦调查局合作，共同应对来自国际和国内恐怖组织和恐怖分子对国土的威胁，同时也对恐怖分子的策略、手法和步骤进行分析，并通知相关部门从而改进国内的防范措施。”她还评论说，“情报和分析的首要职责是和情报界一起分析、评估针对国土重要基础设施的威胁，并将结果广而告之于相关部门。”她补充说，边境办公室和安全分析人员“不光要关注那些对美国边境附近的恐怖威胁，还要应对有关旅游、庇护和难民问题的趋势以及影响西南部边境的不断上升的暴力和不稳定因素”。与他们一起合作的另一些分析人员支持“对以游客身份进入美国的恐怖分子进行识别、跟踪、阻止和预防”的工作。在网络问题上，该办公室的分析人员“向网络安全的重要客户提供一个全国性的情报分析框架”。
如图5.6所示，向该副部长汇报的是主管情报和分析的首席助副部长以及负责该办公室所属13个部门的3位助理副部长。情报和分析办公室2013财政年度预算需求为885名人员提供28433.2万美元经费。
主管计划、政策和绩效管理的助理副部长监管项目绩效管理部（Program Performance Management Division）、战略、计划和政策部（Strategy, Plans&Policy Division）、信息分享和情报机构管理（Information Sharing&Intelligence Enterprise Management）。主管职责和任务支持（以前是行动）的助理副部长则监管5个部门：知识管理；任务支持；搜集和需求；外部行动；反情报项目。
图5.6 国土安全部情报和分析办公室组织架构
搜集和需求部审核对诸如国家侦察局、国家安全局和中央情报局等机构提出的情报搜集需求，并将这些需求提交给情报界中负责向搜集系统分派任务的机构。国土安全部一份2005年1月至7月的情报和信息需求报告，将需求归纳为6大类：国土安全；爆炸材料、催化剂、建造简易爆炸装置（IEDs）组成部分的获取、移动（通过陆运、海运或空运）或实验的迹象；恐怖主义；恐怖组织和个人；对恐怖主义的支持；对美国基础设施的网络威胁。具体的分类和解释则占用了10页纸。反情报项目建立于2007年1月，“负责侦察和阻止外国情报机构、恐怖分子和外国犯罪集团带来的不断增长的威胁”。
搜集和需求部工作的一个特别之处是运作“跨部门遥感协调组织”（Interagency Remote Sensing Coordination Cell），其成员包括，但不局限于：联邦紧急事务管理局（Federal Emergency Management Agency）、海关和边境保护局、陆军工程兵部队（Army Corps of Engineers）、民间空中巡逻队（Civil Air Patrol）、美国地质调查局（U.S.Geological Survey）、农业部、北方司令部和国家侦察局。其职责包括协调、同步、跟踪遥控数据获取行动和能力；确保“第一责任人、各州紧急事务主管和联邦政府的信息需求得以确立和解决”，并改进“对联邦遥感行动的管理”。
情报和分析办公室的分析工作由主管分析的助理副部长管理，由5个部门分担：网络基础设施和科学，生产管理，实时情报，连接安全，国土反恐。首席助理副部长直接领导的还有州和地方项目办公室主任，该办公室支持州、地方、部落和联邦执法伙伴机构间的信息共享，包括72个联合中心，并协调来自国土安全部所有机构的支持。
2005年秋天，“9·11委员会”成员理查德·本·沃尼斯特（Richard Ben-Veniste）在众议院国土安全委员会和众议院特别情报委员会的小组联合听证会上，声称“目前几乎所有人都相信（情报和分析工作）还没达到要求”，还无法成为国土安全部的首要情报部门。所有问题中，最重要的是国土安全部没有一个集中和整合本部情报的数据库。作为补救这种状况的一次尝试，情报界高级官员查尔斯·艾伦（Charles Allen）被任命为该部的总情报官，他曾担任过主管预警的国家情报官和中央情报局主管搜集的助理局长。艾伦随后建立了国土安全情报委员会（Homeland Security Intelligence Council），由该部内部的情报单位的领导组成。到2014年9月，最新的意见则变成了“国土安全部高层官员的大批离去釜底抽薪地削弱了应对众多新兴威胁时的领先能力，这些威胁包括潜在的恐怖分子打击和网络攻击”。