1969年，中央情报局和美国海军协议同意，成立“水下侦察局”，作为与国家侦察局相匹配的机构，由海军部长约翰·沃纳（John Warner）担任首任局长。该机构的职责是实施潜艇情报任务行动。这些行动涉及打捞沉没的潜艇（苏联K-129）、截听苏联海底通讯电缆〔常春藤钟声计划，（IVY BELLS Program）〕、海底绘图以及通过潜艇进行图像情报和信号情报搜集。美国海军的某些秘密行动据说是在非前苏联国家领土的海域内实施的，有些行动获准允许，如瑞典，目的是检验国防。国家水下侦察局的存在自其成立之初就属于机密，直至今天。
除第二章中讨论的国防部所属国家情报机构外，国防部本身还有其自己的情报机构——国防情报局，作为国防部长和参谋长联席会议主席和军事指挥官的行动支持，并直接参与情报的编写与制作。国防情报局在其组织内部设有人力搜集、技术搜集和情报编写与制作部门。