第二次世界大战促生了美国战略情报局（the Office of Strategic Service）的建立，这是美国第一个核心的中央情报机构，其职能包括：间谍活动、秘密行动（从宣传活动到破坏行动）、反情报行动和情报分析。战略情报局标志着美国情报活动的一次革命，不仅仅是因为情报的诸多职能与功效完全由单一国家机构执行完成，还因为情报范围的广度更加宽泛以及由专家学者完成最后的完整情报。第二次世界大战后，杜鲁门（Harry D.Truman）总统下令解散战略情报局，1945年10月1日正式停止办公。其秘密情报和反情报部门移交给美国陆军部，成立战略服务局，而其研究与分析部门并入美国国务院。
几乎就在下令撤销战略情报局的同一时间，杜鲁门总统授权进行战后美国对外情报机构和需求方面的研究。根据研究结果，成立美国情报局（National Intelligence Authority）及其行动部门中央情报组（Central Intelligence Group）。最初，中央情报组负责协调、综合军方情报部门和联邦调查局（FBI, Federal Bureau of Investigation）搜集来的情报信息，之后不久，就被赋予了秘密情报搜集职能和任务。
《1947年国家安全法案》（National Security Act of 1947），根据国家安全需求的综合考虑，在美国总统行政办公室（Executive Office of the President）之下，以独立机构的形式成立中央情报局。中央情报局取代了中央情报组，美国情报局被撤销。根据“国家安全法案”，中央情报局的五大职能为：
1.就政府部门和机构从事涉及国家安全的情报活动向国家安全委员会（National Security Council）提出建议；
2.就协调政府部门和机构从事涉及国家安全的情报活动向国家安全委员会提供建议；
3.综合并评估涉及国家安全的情报信息，并将情报信息在政府内部指定分送和使用，酌情分送一些部门和机构；
4.利用现有情报机构优势，集中、有效地执行国家安全委会员确定的共同关注的其他情报服务；
5.履行影响国家安全的其他涉及情报活动的职能和责任，国家安全委员会间或对这类职能与责任发出指令。
行动条款和准则留下了相当大的解释空间。因此，第五条和最终的行动条款长期以来一直被认定授权实施秘密活动。事实上，该条款规定仅授权间谍活动。秘密行动最主要的法律基础，是总统指令和国会批准行动计划资金。
无论1947年时美国国会最初的意图是什么，中央情报局的成立确实符合绝大多数人对行动法案的一致理解和解释。因而，中央情报局成为了美国政府首个主要情报机构，致力于情报分析、秘密的人力情报搜集和隐蔽秘密行动。之后，中央情报局也开始在侦察和运用其他技术搜集手段获取图像和信号以及测量和信号情报中发挥主要作用。
罗纳德·里根总统第12333号行政命令，目前仍部分有效：允许中央情报局在美国境内秘密地搜集“重大意义”的外国情报，只要这一切搜集活动不是以美国公民和企业在美国境内的活动为目标。这项总统令还授权中央情报局，在美国境内实施经总统批准的“特别活动”或秘密行动，只要这些活动意图不是影响美国政治进程、公众舆论或媒体。
中央情报局成立的法律基础，确立了中央情报主任的地位，是负责管理整个美国情报界的活动，同时指挥经营中央情报局。《2004年情报改革及恐怖主义预防法案》（Intelligence Reform and Terrorism Prevention Act of 2004）取消了中央情报主任一职，确立了国家情报总监（Director of National Intelligence）职位，全盘负责和指导美国情报界的一切情报活动。领导中央情报局的个人成为中央情报局局长。
总部位于弗吉尼亚州的兰利，地处华盛顿特区南部，中央情报局许多部门和办公室都分布在华盛顿特区地区，尤其是弗吉尼亚北部。1991年，中央情报局大约有20000多名雇员，但是由于20世纪90年代冷战后缩减，加之中央情报局的图像分析人员调转到美国国家图像与测绘局（National Imagery and Mapping Agency），致使雇员人数降至约16000。“9·11事件”促使中央情报局扩张；到2011年9月，其人员总数大概超过21000人的记录。中央情报局2013年财政年度申请的预算为147亿美元，大约五倍于1994年度的31亿美元。
图2.1 中央情报局组织架构图
如图2.1所示，除直接向局长、副局长和常务副局长汇报的办公室和各人员和部门外，截至2015年3月，中央情报局设有4个主要处级管理部门。国家秘密行动处（National Clandestine Service）和科技处（Directorate of Science and Technology），这两个处全部或部分从事情报搜集活动；第三个是情报处（Directorate of Intelligence）负责情报分析；第四个处是后勤管理处（Directorate of Support），负责所有后勤支持和保障。
“国家秘密行动处”，此前为“行动处”（Directorate of Operation），更早之前是“策划处”（Directorate of Plan），负责情报秘密搜集和秘密行动。秘密行动处成立于2005年，将组建于20世纪90年代中期的国防部人力情报局（Defense Humint Service）的秘密情报人员接收进来，巩固加强了人力情报搜集活动。国家秘密行动处最高首脑是处长，被授权管理中央情报局的人力情报搜集和秘密行动计划，并负责在“美国情报界内协调和评估人力情报活动及解决冲突”。秘密行动处处长配有两名副手，一名负责行动处所属分支机构和中央情报局各中心的日常活动，另一名重点负责美国情报界内所有人力情报活动。后者，即专门负责美国情报界全部人力情报的秘密行动处副处长，监督管理“情报界人力情报协调中心”（Community Humint Coordination Center）和“国家人力情报需求任务中心”（National Humint Requirements Tasking Center），以及一个专责人力情报标准与实践的中心。
图2.1显示的是2015年中央情报局非机密组织机构图上秘密行动处的架构。图中注明若干个“技术支持处”的存在，或许是为了加强科技处的技术服务办公室（Office of the Technical Service）的工作。这些技术支持处的存在，最早可追溯到20世纪80年代，由时任行动处副处长的汤姆斯·特腾（Thomas Twetten）建立的技术小组。
秘密行动处的其他结构组成，包括7个地区处、1个负责全球行动的处和5个中心。国家资源处（National Resource Division）是1991年由外国资源处（Foreign Resource Division）和国家情报搜集处（National Collection Division）合并而成，其行动限于美国本土，在美国境内大约30个城市设有办公室。据报道，该部门因“为了行动原因”，已在2005年迁移到科罗拉多州的丹佛。
合并到国家资源处的两个部门成为该处的分支部门。外国资源处成立于1963年，当时是国内行动处，其任务是专门针对“（外国）秘密行动机构在美国境内实施的针对外国目标的秘密行动”。现在，外国资源部门（Foreign Resource Branch）负责锁定在美国居住的具备特定条件的外国人，并对他们进行招募，以使他们回国后（或调到其他外国）作为情报员效力中央情报局。为了锁定此类目标，外国资源部门与美国学术机构的大量研究人员，包括教职人员，建立了联系。这些研究人员对学生不进行任何招募试探，只是协助提供目标人的背景信息，有时作为中间人引见介绍。据一份报告透露，外国资源部门的关键行动（大约占据整个活动的30%），是对在美国的外国科学家、工程技术人员和企业高管实施招募，提供电信通讯情报，或协助美国情报界获取类此情报。根据该报告，这项计划现在，或过去，被命名为“最大范围”（MAXSCOPE）。
国家情报搜集部门（the National Collection Branch NCB），此前为国家情报搜集处，分为国内搜集处（Domestic Collection Division）和国内联系中心（Domestic Contact Center），专门负责做赴国外工作的美国公民工作，从他们那里获得情报信息，包括从目标地区回来的科学家、经济学家、技术人员和能源专家等。1982年，国内搜集处在美国290所大学，与大约900多人进行了接触。国家资源处的负责人（也许还包括国家情报搜集部门和外国资源部门的负责人）有权批准利用某机构员工或被邀请的人员，在美国境内利用展览活动、座谈会、小型研讨会或类似的商业或专业会议的机会，搜集重要和有价值的外国情报信息。此类活动仅对他们这类具备公开身份和角色的人开放，但对公众是不公开的。“9·11事件”后，该部门获得了额外资金，20世纪90年代被关闭的办公室得以重新恢复业务，使该部门的办公室总数达到30个。
地区处业务覆盖世界其他地区，包括中欧处、拉丁美洲处、欧洲处、东亚处、近东处和非洲处。自中央情报局成立之日起，这些部门就是秘密情报搜集活动的核心，指导着中央情报局各地区站的情报搜集活动，在情报站工作的特工人员负责招募和经营情报关系，并负责实施秘密行动。
负责全球行动的处——特别行动处（Special Activities Division），负责实施准军事行动，例如20世纪80年代针对尼加拉瓜桑地纳政府和苏联入侵阿富汗的行动，以及支持美国政府打击“基地”组织、推翻塔利班在阿富汗的统治和废黜萨达姆·侯赛因等行动。特别行动处有一个部门，就是“全球反应人员”（Global Response Staff）。这个部门的人员“现在或过去担任过中央情报局间谍的武装警卫”，在某些情况下，也为其他情报机构的人员提供安全保卫，“包括在冲突地区安装传感设备或窃听装置的国家安全局小组人员”。全球反应人员部的工作人员有可能还要对潜在的秘密会见地点进行安全评估，甚至可能首先与目标接触，以确保执行任务的专案项目官不会落入对方设置的陷阱。特别行动处的人员来自诸多前身机构，包括“国际行动处”（International Activities）、“准军事部”（The Paramilitary）、“缉毒局”（Narcotics Staff）和“军事与特别计划处”（Military and Special Programs Division）。
秘密行动处所属五个中心，其中的“反恐中心”（Counterterrorism Center）和“反情报中心”（Counterintelligence Center）是在威廉·凯西（William Casey，1981年至1987年在任）和威廉·韦伯斯特（William Webster，1987年至1991年在任）任职期间，作为“局长直接领导的中心”分别成立的。其目的就是将反恐和反情报任务置于高度重视的地位，同时将美国情报界不同部门的力量汇聚综合起来，共同完成反恐反情报的使命。1997年，反恐中心内部建立了一个“恐怖主义预警小组”（Terrorism Warning Group），旨在向军政高层领导就特定的恐怖威胁提出预警。早在1996年，反恐中心就建立了一支特别小组，大约有25名成员，奉命驻扎在亚历克站（Alec Station），专门追踪本·拉登及其高级助手的行踪。该小组于2005年末撤销。反恐中心本身自2001年9月11日恐怖袭击事件后，由300人左右逐步发展扩大至1100多名情报分析专家和行动人员。
2005年6月，中央情报局总监察长办公室（Office of the Inspector General）的一份报告对反恐中心在“9·11袭击事件”前的表现予以了批评：“中央情报局从上至下的官员们，为打击基地组织和本·拉登努力勤奋工作，”但是，“他们的工作却常常既没效率，也缺乏合作”。用该报告的话说，“在实施和处理关键流程、贯彻执行行动计划以及适当分享和分析至关重要数据等方面，出现多次失误”。这些评判，与“9·11袭击事件”前一个月总监察长办公室的另一份（秘密渠道）公布的报告，形成鲜明的反差。该报告的概要部分是这样开头的，“局长直接领导的反恐中心是一个完善管理经营的机构，执行完成中央情报局的反恐职责，成功获取并分析国际恐怖主义相关的情报，有效地打击和削弱了恐怖组织的能力。”大约10年后，2011年5月2日，反恐中心的分析专家“发现了一名信使的踪迹，使他们追踪到位于阿伯塔巴德（Abbottabad）的本·拉登藏身处”。2013年，反恐中心被形容为“美国在巴基斯坦、也门和其他地区——总统未来可能在这些地区挑起战争——实施定点清除行动的中心”。该中心专设巴基斯坦—阿富汗处，负责指挥在巴基斯坦和阿富汗的行动。也门和索马里的反恐行动进一步扩大，促使中心也成立了一个专门处，负责指挥管理在这些国家的行动。
反情报中心综合了“反情报局”（Counterintelligence Staff）、“外国情报能力局”（Foreign Intelligence Capabilities Unit，该机构成立于1983年，致力于发现外国情报机构旨在影响美国情报界观点和认知的任何企图）职责，以及主管安全行政办公室和美国情报界的其他功能。反情报中心的主任同时还被授权负责反情报行动副处长助理的头衔。反情报中心“分析外国情报机构的能力、企图和情报活动”。
反扩散中心（Counterproliferation Center）2010年8月宣布成立。反扩散中心的关键部门就是过去属于秘密行动处的反扩散处（Counterproliferation Division）。这个机构成立于20世纪90年代中期，以应对跨国性大规模杀伤性武器扩散。反扩散处当时意图有利于中央情报局搜集涉及世界多个地区——如卡迪尔·汗（A.Q.Khan）的活动等——武器扩散或中止活动的情报信息，而无需动用若干个情报机构。反扩散中心由秘密行动处的一名秘密官员领导，负责中心的行动和情报分析，包括从情报处的“武器情报、非扩散和武器控制中心”（Weapons Intelligence, Nonproliferation, and Arms Control Center）获得的情报信息。
信息行动中心（Information Operation Center），成立于20世纪90年代后期，承纳了科技处（Directorate of Science and Technology）的秘密信息技术办公室（Clandestine Information Technology Office，成立于1996年）的部分功能。官方对该办公室职责的表述是：负责解决“不断涌现的信息技术的搜集能力”，现阶段包括网络。秘密行动处的第五个中心是“国家重新安置行动中心”（National Resettlement Operations Center），其成立的目的就是利用法律手段解决中央情报局在处理背叛者过程中出现的问题和漏洞，诸如维塔利·尤尔琴科（Vitaly Yurchenko）这样变节再叛变者。秘密行动处基本组织架构如图2.2中所示。
图2.2 国家秘密行动处大致的组织架构图
科技处（Directorate of Science and Technology），拥有超过5000的员工，成立于1962年，最初是附属研究处，负责中央情报局技术搜集系统的开发和运用，特别是U-2和A-12牛车（OXCART A-12）间谍飞机和“日冕”侦察卫星（CORONA）。1963年附属科技处正式成立，1965年科技处正式成立。
科技处经历了数次重组，多年来曾经拥有，也失去过权势。1963年，科技处获得了原属于情报处的科技情报办公室（Office of Scientific Intelligence）的控制权。1976年，所有科学与技术分析职能重新回归情报处管理。国家图像解读中心（National Photographic Interpretation Center）1973年划归科技处负责，到1996年，被并入新成立了的“国家图像与测绘局”（National Imagery and Mapping Agency）。2005年，公开渠道情报搜集职责，包括对外广播信息服务局（Foreign Broadcast Information Service）的活动，全部从科技处移交给国家情报总监办公室，虽然该服务局行政上归中央情报局局长负责。
“9·11事件”对科技处产生了一定的影响，其中包括海外业务的大量增加，到2008年10月约增加150%。还有一个影响是，与借助远程传感装置获得情报信息相比较而言，科技处对“近身”搜集方式获得的信息更加重视了。另外，负责科技处的副局长2008年曾声称，“‘9·11事件’后，对追踪和定位技术的需求呈爆炸式增长”。图2.1显示，科技处的某些机构前几年已被分离出去，包括“开发与工程技术办公室”（Office of Development and Engineering）、“特殊通信项目办公室”（Office of Special Communications Programs）和“系统工程及分析办公室”（Office of Systems Engineering and Analysis）。
开发与工程技术办公室的历史可以直接追溯到1963年成立的“特殊项目小组”（Special Projects Staff）。该部门负责中央情报局的卫星侦察业务，之后1965年改编为“特殊项目办公室”（Office of Special Projects），1973年成为现在的开发与工程技术办公室。它参与了重大的技术搜集系统的研制，如：KH-11成像卫星，“现在（以及过去）提供重要设备的全部系统开发——从设计工程的需求定义、测式和评估，到实施、行动，甚至后勤支援和维修”。1992年国家侦察局重组之前，开发与工程技术办公室属于该局的B计划；重组后，负责派出中央情报局常驻国家侦察局工作的工作人员。
特殊通信项目办公室目前已不复存在。它成立于2003年，其职能是为中央情报局，以及更大范围的国家安全委员会，在世界范围内提供不间断的数据传输，以支持美国以外地区的情报活动。鉴于担心国家侦察局越来越缺乏想像力和创造力，2002年，系统工程及分析办公室成立，在侦察卫星开发领域为中央情报局提供更加独立的情报搜集能力，以解决应对这一问题。
如图2.1所示，2015年初科技处的架构包括8个分处：任务资源处（Mission Resources）、技术情报官员开发处（TIO, Technical Intelligence Officer Development）、全球获取处（Global Access）、特别行动处（Special Activities）、技术搜集处（Technical Collection）、技术准备处（Technical Readiness）、技术服务处（Technical Service）和整合任务处（Integrated Missions）。其中，技术情报官员开发是科技处主要的一个职业发展机构（因为“技术情报官员”这一术语适用于科技处所有官员）。该部门下属的分支包括行动谍报技术、技术研究、技术开发和技术分析。
根据中央情报局关于“全球获取处”这一部门一份解密的描述介绍，该部门成立于2003年，旨在满足“……需求，综合行动、分析和工程技术，应对在世界范围遭遇最严峻的技术搜集挑战”。描述还重复声明，该部门“整合分析、技术和谍报技术攻击最棘手的目标，并在世界范围内提供技术搜集能力”。同一年成立的“特别行动处”为战术和战略行动提供技术、工程、研究和分析等专业技能和专业知识的支持。这两个部门都是在现有处级建制上成立的。
“技术搜集处”是由信号情报行动办公室（Office of SIGINT Operation）和特殊项目办公室合并而成。信号情报行动办公室负责“开发、运用和维护精密设备，用于执行搜集和分析任务”。技术搜集处人员将中央情报局的研究成果提供给“特殊手段搜集局”。信号情报行动办公室及其前身“电子情报办公室”（Office of Electronic Intelligence）参与了由中国和挪威操作使用的信号情报设备的建设，并在这些国家对其人员进行培训，在当地对设备进行维护。特殊项目办公室，其存在的最后期间，参与了一系列支持系统的开发和行动，包括安置专门搜集信号与测量情报、信号情报和核情报的传感系统。根据中央情报局一份文件描述，技术搜集处“针对特定的目标研制开发搜集系统”。它其中的一个部门被称为“秘密测量与特征信号情报行动协调中心”（Clandestine MASINT Operation Coordination Center），很有可能是负责监控预先安置的测量与特征信号情报传感装置。技术搜集处还曾与“美国法警署”（U.S.Marshals Service）合作开发一项技术，能用于飞机上，以便于追踪手机，获得这些特定手机的注册信息。
“技术准备处”，也是2003年在现有的处级建制基础上成立的，负责向科技处技术人员和海外技术设备提供支持，包括建设、行动、维护处内的设备。根据情报百科（Intellipedia）的条目介绍，“技术战备办公室管理实战所必需的一切设备”。另外，该部门还负责对中央情报局的设施和能力进行伪装隐藏，属于谍报技术的一项辅助行动。
“技术服务处”过去曾经是中央情报局行动处的技术服务科，1973年并入科技处。技术服务处的业务包括发明设计密写方法、加强录像录音技术和提供化学成像技术。1980年4月营救被困伊朗的美国人质之前，技术服务处就已发明了电池降落信号灯，可以在空中远程控制安放和开关。1988年9月“泛美103号”航班在苏格兰洛克比爆炸空难后，技术服务处将定时装置改装适用于针对利比亚的反恐行动，该装置其中一部分在爆炸中未受损。20世纪90年代初期，该处将一个信号装置安装在特为奥斯马·亚托（Osman Ato）准备的一副手杖里，此人是索马里军阀穆罕默德·法拉赫·艾迪德（Mohammed Farah Aidid）将军的军火供应商和财政支持者。美国三角洲部队作战人员利用这个信号装置在亚托开车通过摩加迪沙时将其擒获。1993年，技术服务处处长公布说，该处开发了一个定位系统，能够提供“特定目标的不间断实时地理定位信息”。
“9·11事件”后，第一批到达阿富汗坎大哈的中央情报局人员遭遇爆炸装置威胁，2001年末，技术服务处派出一个六人军械小组赴坎大哈帮助拆卸这些爆炸装置。该小组发现了一个重达2500磅的临时爆炸装置，并在它即将爆炸前成功将其拆除。
“整合任务处”成立于2009年，综合了系统工程和分析办公室（Office of Systems Engineering and Analysis）、IQT电信中心（In-Q-Tel Interface Center）和另一个部门的业务。根据科技处公布的内容，在过去的5年中，整合任务处各部门“为美国情报界面临的最棘手难解的问题提供了全新的解决方案、提高了我们行动的基础设施和骨干支柱的效率，并使我们拥有了最前沿的商业技术”。IQT电信中心发挥了中央情报局内外各机构间的联络作用。中央情报局1999年创立了IQT电信中心，属于内部非盈利风险投资公司性质，调用2850万美元的情报基金予以支持。到2012年为止，该中心已向180多家公司提供资金支持，在87家公司拥有投资组合，其中三分之一位于硅谷。
IQT电信中心投资的某个项目涉及一个商业搜索引擎，名称是“网鹰”（NetOwl），它是依靠适当关键词的自然语言处理进行信息查找。IQT电信中心的资金对开发“总统情报通报系统”（Presidential Intelligence Briefing System）起到了至关重要的作用，该系统用于制作《总统每日简报》（President\'s Daily Briefing）。该系统不是通过数百条网线对情报进行分类整理，而是将这些网线置于一个Lotus Notes数据库内，进行各式各样分类不同的搜索和分析，之后直接将简报内容置于笔记本电脑。IQT电信中心参与的第三个项目是提高改进一款名为“三角男孩”（Triangle Boy）的软件，可以保证使用者匿名检查网页。
IQT电信中心最近参与资助的一些项目，包括支持“耳鸣医疗公司”（Sonitus Medical）。该公司开发一种微小的无限双向通信装置，可以隐藏在人的口腔里；还有“无限Z公司”（Infinite Z），专门研究全息模拟技术。最近获得IQT电信中心资金支持的是“富鲁达和银尾系统”（Fluidigm and Silver Tail Systems），分别研究生产分析基因样本的芯片和侦测政府网络可疑活动的系统。另外一些近期获得支持的项目包括“Lens Vector公司”，专门开发研究微型照相机技术；“3VR公司”，专门研究生产录像跟踪设备，可以分析出人脸、车牌和其他图像；“NetBase公司”，专门研究开发语义化搜索能力，能够阅读网上的英语、西班牙语、法语和德语的各种贴子。2012年，时任中央情报局局长戴维·彼德雷乌斯（David Petraeus）报告说：“IQT电信中心支持的新兴公司正在实施的分析类项目，其实就是满足在全世界的社交媒体进行搜集和分析的需求，结合利用云计算或其他方法，对大数据进行深入挖掘和分析。”
科技处还参与秘密行动处所属“信息行动中心”（Information Operations Center）的一些活动。冷战结束后的数年间，情报处经历了一系列大规模重组，包括近期的2009年和2013年两次。自1981年以来，第一次主要的重组是在1996年进行的，当时从9个业务处减至6个。2009年之后，又有相当数量的业务处被取消（这些处的功能合并到其他机构），与此同时成立了几个新的办公室，其他业务部门更改名称以体现它们的职责与功能变化。被解散的业务处包括“犯罪与毒品中心”（Crime and Narcotics Center）和“跨国事务办公室”（Office of Transnational Issues）。犯罪与毒品中心由中央情报局、联邦调查局、国家安全局和国防部、国务院、财政部的分析专家们组成，专门分析和提供有关毒品走私和国际有组织犯罪方面的完整情报。犯罪与毒品中心成立于1989年，当时是局长直接领导下的反毒品中心；1994年更为现名，以体现其新增的搜集国际有组织犯罪情报信息的职能。
跨国事务办公室负责调查国际能源、贸易和金融相关的事务，以及诸如难民潮、食品安全、边界紧张局势等事务。该办公室的分析专家们还重点关注洗钱、非法资金流动、贪腐和违反制裁等。还有一些分析人员专门分析外国否认、预谋欺诈以及试图控制美国观念等行为。跨国事务办公室内部还设有“医疗与心理分析中心”（Medical and Psychological Analysis Center），负责对全球健康相关事务（如疾病暴发）和外国领导的健康的进行评估。
如图2.1所示，2015年初有6个特定地理区域。2009年时仅有一个按地域的业务处建制——俄罗斯和欧洲分析处——目前仍然未变。其他按地域的业务处：非洲处、拉丁美洲和全球事务处（承担跨国事务办公室的职责和功能）、东亚和太平洋分析处、伊拉克/伊朗/黎巴嫩/叙利亚分析处、北非、阿拉伯半岛和地区分析处和南亚分析处。
其他主要的业务处还有：反情报中心分析组（Counterintelligence Center Analysis Group）、信息行动中心分析组（Information Operation Center Analytical Group）、经济安全中心（Economic Security Center）、恐怖活动分析办公室（Office of Terrorism Analysis）、武器情报/防止扩散和军备控制中心（Weapon Intelligence, Nonproliferation and Arms Control Center）。反情报中心分析组侧重于反情报领域的两类特殊的威胁。第一类是跨国威胁，包括恐怖主义中的反情报部分，或由于新兴技术或技术变化而对美国政府、情报活动和美国政府信息系统构成的威胁。第二类是外国情报机构对美国构成的威胁。信息行动中心分析组对来自外国——不论是政府还是非政府——对美国计算机系统的威胁进行评估，尤其是至关重要的辅助支持基础设施。经济安全中心，最近成为情报处分析部门的附属机构，是彼德雷乌斯短暂担任局长期间（2011年9月—2012年11月）成立的。中央情报局没有发布任何有关这个中心职能的信息，但已显现出，除了其他职能外，该中心负责研究调查经济和与资源相关的事务以及对造成冲突和不稳定可能性的潜在影响。如果是这种情况，经济安全中心据说承担了原来分配给科技处和情报处联合成立的“气候变化和国家安全中心”（Center for Climate Change and National Secruity）的职责（已于2012年解散），其任务包括研究调查沙漠化、海平面增高、人口迁徙和不断加剧的自然资源竞争等造成的影响。
恐怖活动分析办公室，属于国家秘密行动处反恐中心的分析部门。这个部门的分析人员追踪监控恐怖分子和资助他们的国家，分析评估他们的致命弱点，研究分析他们的意识形态、目标、能力以及他们的联盟和位置。分析人员还分析世界范围恐怖威胁相关的情报信息，试图发现蛛丝马迹，以便对计划中的恐怖活动提出预警。另外，他们要想方设法发现和确定新兴的和非传统意义的恐怖组织以及恐怖组织之间可能存在的联盟。最后，该办公室还参与“确认、中断、阻止支持恐怖组织网络和行动的国际金融交易”。
武器情报/防止扩散和军备控制中心，其核心部分是1991年9月成立的中央情报局局长直接领导的“防止扩散中心”（Nonprofiferation Center）。当时，伊拉克生产核武器及其他大规模杀伤性武器能力曝光，充分说明，美国情报界对伊拉克核项目的多样化和进程都有所低估。到1999年，防止扩散中心集聚了200多名情报分析专家和秘密行动人员，大约四分之一到三分之一的人员来自中央情报局以外的情报机构。该中心在世界范围针对核武器、化学和生物武器以及最先进的常规武器的生产技术、设计、零部分和整个军事建制的发展和收购行为进行监控。
防止扩散中心还制定战略方案，帮助指导美国政府应对武器扩散问题，并向情报搜集部门和执法部门提供相应的支持。该中心同时也开发情报搜集平台，并进行“差距”分析，以查找确定（涉及武器扩散的）情报搜集活动中的缺陷和不足。此外，防止扩散中心获得授权审查美国情报界在防止武器扩散活动方面的表现，并就相应的预算提出建议。
武器情报/防止扩散和军备控制中心，成立于2001年3月，是由防止扩散中心、“军备控制情报处”（Arms Control Intelligence Staff）和原属于跨国事务办公室的“武器情报处”（Weapons Intelligence Staff）合并而成。其职责：（1）“分析研究所有类别的威胁，从大规模杀伤性武器……到诸如激光、先进爆炸装置、装甲车等先进的常规武器以及各类各式导弹”；（2）“为美国政府致力的防止武器扩散、降低威胁和武器控制的努力提供情报支持”。
附属的情报业务处包括如下的办公室：情报编制和分送办公室（Analystic Production and Dissemination）、企业资源办公室（Office of Corporate Resources）、搜集分析与战略办公室（Collection Analysis and Strategies），以及“舍尔曼·肯特情报分析学院”（Sherman Kent School for Intelligence Analysis）。搜集分析与战略办公室协助情报处的分析专家充分利用各类搜集系统，并对未来搜集系统的开发提供指导。更明确地说，该部门的职责与功能包括向总统和其他最高层政策制定者通报美国情报搜集能力及其他情报搜集相关的事宜、管理特殊手段搜集行动、对当前搜集能力的运用和价值进行评估、指导未来搜集项目的发展以及为中央情报局行动中心的情报搜集活动提供24小时的支持。
后勤管理处下辖业务处和办公室包括企业经营办公室（Corporate Business）、设备支持办公室（之前称为全球基础设施）（Facilities Support-Global Instrastructure）、全球服务办公室（Global Services）、医疗服务办公室（Medical Services）、任务整合办公室（Mission Integration）、业务促进办公室（新建）（Business Acceleration）、人力资源办公室（Personnel Resources）以及安全办公室（Security）。所有这些部门中，历史最悠久的应属医疗服务办公室，长期以来一直负责中央情报局官员及随从人员赴海外执行任务的医疗检查和免疫以及保健教育、紧急医疗服务和心理精神保健。该部门还协助制定心理评估方案，以便于中央情报局招募、确定最佳人选，并参与编写完成涉及心理和医疗的情报信息。
安全办公室曾被分拆为分别负责人员安全和人身安全的两个处，现在重新合并，专门负责调查所有可能违反安全的行为和隐患，确保中央情报局设施和资产安全。后勤管理处所属其他各办公室，为中央情报局的行动提供方方面面的支持，发挥着关键性辅助功能作用，包括提供保障中央情报局总部与海外通信联络的设备、物流与运输、设备维护与维修、行动经费支付和确定情报人员的需求以及他们的教育与培训。后勤管理处负责管理和经营中央情报局的培训机构，包括位于弗吉尼亚州佩里营的军事实验培训基地（Armed Forces Experimental Training Facility）和位于北卡罗莱纳州贺福特的哈维点国防检测基地（Harvey Point Defense Testing Activity）。中央情报局的某个武器仓库，据推测，应属于后勤管理处的资产，设计名称为“中西部仓库”，似乎就设在得克萨斯州圣安东尼奥的美军斯坦利营仓库（U.S.Army Camp Stanley Storage Activity）。
2015年3月初，中央情报局局长约翰·布伦南（John Brennan）宣布一项重要的重组方案，涉及诸多要害部门的更名、10个混合行动中心的成立以及一个新处级机构的产生。特别是，情报处可能变成分析处，而国家秘密行动处可能恢复其从前的名称——行动处。此外，这两个处还是招募与培训的主要机构。所有分析与行动的职能（包括联络）和活动将转到10个中心（由助理局长分别负责管理），其中7个中心按地区分类，3个按职责功能分类。新组建的“数据创新处”（Directorate of Digital Innovation）将重点开发最先进的计算机技术和通信技术。
除七个地区中心外，按功能分类的中心中，有两个是在现有机构的基础上加以扩大组建——反扩散中心和反恐中心——第三个，很可能是反情报中心。数据创新处将接收秘密行动处的公开资源中心和信息行动中心。这个新组建的机构，还将协助中央情报局寻求运用数据方法说服目标提供秘密情报。另外，它还将帮助中央情报局官员在海外使用电话、计算机和自动取款机时规避侦察。
布伦南在解释新组建的这些中心时表示，“这些部门具备……优秀的团体精神，但确实有些故步自封，故而闭门造车”。他还表示，涉及美国威胁的关键数据仍然可能因部门不同而被贻误或张冠李戴送错地方。关于新组建的数据创新处，他强调指出，“数据世界在我们业内无所不包无所不在”，中央情报局在迎接数据间谍世界的挑战方面亦然行动迟缓。
这项宣布留下一系列未解的问题，不是因为保密原因，而是因为布伦南暗示，重组已在进行中，可能需要数月时间完成。问题是：它将如何影响科技处和后勤管理处的组织架构（这两个处仍保留其名称）？国家秘密行动处所属各部门机构将会怎样（指那些无法确切地适合于某个地域的部门，如特别行动处、国家重新安置行动中心）？国家资源处是否划归某个地域中心？反情报中心是否成为第三个任务中心？