为了把赖昌星走私集团的走私要犯彻底钉在历史耻辱柱上，查私组领导上报海关总署同意，香烟组派出调查取证小组到境外调查。这又是赖昌星走私集团所万万没有想到的，也是他们无力堵塞的大“漏洞”。
富天船务所租用装载空箱假出口的船舶，向口岸各单位递交的申报资料中有不少航次注明“指运港”为“马尼拉”、“新加坡”，“消费国别”是“菲律宾”、“新加坡”。但搜集到的船舶航行资料却记载着许多航次的中转地或终点站是香港。
赴香港调查小组带着大量待查的资料到境外查阅那些船舶的航次在香港装卸货的情况。结果众多资料表明：海翔NO2等8艘船舶共计17个航次的实际终点站是香港，且在香港卸下的全是空箱。
同时，另一个境外取证小组，赴韩国釜山港、马山港调查“苏昌”、“青华”轮装载上船的到底是什么商品。在韩国关税署以及釜山海关和马山海关的配合支持下，直接调出了“苏昌”、“青华”轮5个航次装载香烟上船的证据。马山海关的关员还证实：从韩国保税仓库中提出商品装船靠泊马山港无需向海关申报，这是韩国海关法规定做法。但他们在码头见到的去中国厦门港的船舶装载的都是香烟。
境外证据的意义，是与国内历经艰辛所获取的书证、证人证言互相印证，证实了国内证据的真实可靠性。
香烟组19个办案人员，自1999年9月7日起，历经102天的艰难取证，从海关、外运、外代、商检、港监、码头、船务公司等部门和涉案企业调取资料，反复对照63个航次的几千份档案、上万张单证，还调查了30余家公司，查阅对比档案1770册，查问涉嫌走私人和知情人200多人次，做出300多份查问记录和谈话记录，最后立卷归档证据材料100余卷，终于查明厦门地区赖昌星走私集团走私香烟的全貌，查实了63个航次走私香烟的全部历程。
香烟案移送审理组后，又经4个多月的补充侦查，顺利进入移送起诉阶段。2000年11月8日，首批审判的案犯中，有19人被判刑。2001年2月27日，第二批审判的案犯中，又有多人受到严惩。因走私香烟罪被判死刑（包括死缓）的有黄山鹰等6人，被判无期徒刑的又有6人。
赖昌星犯罪集团为使其大量走私的香烟合法入境，注册了厦门远华进出口公司，1999年3月至1999年5月，远华走私集团由曾明娜负责资金调度，曾明育负责在境外组织香烟货源，并联系需要将香烟走私入境的货主，吴荣辉负责船务运输，利用所租用的船舶从韩国马山、釜山及新加坡、马来西亚巴生港向境内运输香烟。在装运走私香烟的船舶到达厦门港海天码头之后，邵嘉喜指使陈天德到码头具体办理进口集装箱的交接手续，将进口集装箱直接运到海鑫堆场。
运载走私香烟的集装箱运达海鑫堆场后，由侯小虎、侯占武负责走私货物的通关。在海关查验进口集装箱的货物前，由侯小虎、侯占武勾结所收买的厦门海关东渡办事处海鑫监管点的关员、厦门海关同安办事处关员，事先确定海关要抽查的集装箱箱号，之后将海关要查验的进口重箱的封签剪掉，搬出走私入境的香烟，装入已准备好的空集装箱内，并将事先已准备好的、与伪报品名相符的货物装入海关要查验的集装箱内，并封上侯占武提供的封签后，接受海关查验。
以上远华走私集团走私香烟共164万余箱，共偷逃应缴税额88亿人民币。