异教徒案件由新成立的圣主教公会审理。
法庭判处逃亡哥萨克阿维尔扬卡·别斯帕雷及其亲姐姐阿库琳娜车裂，其余诸犯鞭笞、挖鼻，男犯流放苦役，女犯发配纺织场和关进修道院监狱。
吉洪由于受伤险些没有死在监狱医院里，从前的保护人雅科夫·威廉莫维奇·勃留斯把他营救出来。他把吉洪带回自己家，治愈了他的伤，在诺甫哥罗德斯式大主教费奥凡·普罗科波维奇面前为他求情。费奥凡对吉洪颇感同情，希望通过他表现出牧人对迷途羔羊的仁慈，这是他所宣传的：“对待教会的敌人应该采取宽厚和克制态度，而不应该像有些人那样采用激烈的言辞和进行排斥。”他还想要使吉洪脱离异端邪说，投入东正教教会的怀抱，从而给其他异教徒和分裂派教徒树立一个榜样。
费奥凡免除了他的鞭刑和流放，让他在自己身边进行悔过，并把他带回彼得堡。
彼得堡的主教会馆坐落在卡尔波夫卡河的药铺岛上茂密的森林中。房子的底层是图书馆。费奥凡发现吉洪对书籍的爱好，便委派他整理图书。图书馆的窗户直接朝着森林，由于天气炎热而经常开着，林中的寂静和藏书室的幽静融成一体，树叶的沙沙声和翻动书页的沙沙声谐调一致。不时响起啄木鸟的嘟嘟声和布谷鸟的咕咕声。偶尔可以看见一对犄角陡直的驼鹿跑到林中空地上来，它们是从当年还是完全荒无人烟的彼得罗夫岛被赶到这里来的。绿树掩映的室内，光线暗淡。空气清新，环境舒适。吉洪整天关在这里，钻到书中度时光。他觉得好像又回到了雅科夫·勃留斯的图书馆，四年的流浪生活只是一场梦。
费奥凡对他很好。没有急于让他回到东正教教会的怀抱，只是让他阅读几本德文的（由于没有俄文的）教义问答，空闲时间跟他谈谈读过的书，根据希腊-俄国教会的学说订正新教的错误。其余的时间让他自由支配，随便干什么都可以。
吉洪又研究起数学来。他在冷静的理性中休息，摆脱开疯狂之火，红死和白死的噩梦。
他也重读了笛卡儿、莱布尼茨、斯宾诺莎等哲学家的著作。想起了格留克牧师的话：“真正的哲学，如果浅尝辄止，会引导人离开上帝；如果深入地钻进去，则把人引向上帝。”
上帝对于笛卡儿来说是物质的第一推动力。宇宙是机器。没有爱，没有秘密，没有生命——除了理性之外，什么都没有，理性反映在各个世界里，犹如光线反映在透明的冰晶中。吉洪对于这死的上帝感到可怕。
“自然界充满生命，”莱布尼茨在其《单子论》中断言道，“我可以证明，任何运动的原因都是精神，而精神就是活的单子，单子则由理念组成，就像中心由角组成一样。”单子由上帝所规定的和谐结合成一个整体。“世界就是上帝的时钟。”又是机器取代了生活，力学取代了上帝——吉洪想，他又感到可怕了。
但是斯宾诺莎比所有的人都可怕，因为他比所有的人都说得明白。他说出了别人所不能说的。“断言上帝体现在人身上——如此荒唐，犹如断言圆吸收了三角形或四边形的本质一样。言语成了肉体——这是东方人说的话，对于理性来说不可能有任何意义。基督教区别于其他宗教的不是信仰，不是爱，不是圣灵的某些天赐，而仅仅是把奇迹当成了自己的基础，亦即愚昧是一切邪恶之根源，从而把信仰变成了迷信。”斯宾诺莎暴露了所有的新派哲学家的一个隐秘思想：要么与基督在一起，反对理性，要么与理性在一起，反对基督。
有一天，吉洪跟费奥凡谈起斯宾诺莎来。
“这种哲学的基础显然是最愚蠢的，”大主教以轻蔑的嘲笑口吻说，“斯宾诺莎用最秽亵的矛盾编织成一套空论，只用美丽而傲慢的言辞来掩盖自己的愚蠢……”
这种谩骂并没有使吉洪心服口服，也没有使他安心。
他在外国神学家的著作中也没有得到帮助，他们跟俄国大主教反驳斯宾诺莎一样，批判新的和旧的哲学家时十分轻率。
费奥凡有时让吉洪抄写圣主教公会的文件。《宗教管理条例》的誓词中有一段话使他震惊：“我宣誓：奉全俄国的君主，我们最仁慈的皇帝为一切宗教机关的最高裁判者。”皇帝成了教会的首脑，皇帝取代了基督。
“用来称呼国家的巨兽列维坦，是人为之作和人为的人。”他想起了英国哲学家霍布斯的《列维坦》一书中的话，这位哲学家也断言，教会应该是国家的一部分，巨兽列维坦，即庞大机器的部件——国家岂不就是《启示录》中所说的按照野兽神的形象所创造的野兽像吗？这个死的上帝的死的教会不禁向吉洪扑来一股理性的寒气，对于他来说也跟疯狂的火，跟红死和白死的人一样，成了致命的。
已经定下了日子，要在三位一体大教堂给吉洪举行敷膏油仪式，这将标志他回到东正教教会的怀抱。
头一天的夜里，一些客人到卡尔波夫主教会馆来进晚餐。
费奥凡在他用拉丁文写的书信中把这种集会叫作风雅之夜，这就是其中的一次。人们一边吃着大主教的腌制和熏烤食品，喝着管家神甫盖拉西姆久负盛名的啤酒，一边谈论着哲学，自然事物和自然法则，多数情况下气氛是自由的，甚至如某些人所说的，是“无神论的”。
吉洪站在连接图书馆和餐厅的玻璃长廊里，从远处听他们谈话。
“聪明人之间不可能发生信仰问题的纷争，因为他人的信仰完全与聪明人无关，他根本不在乎——是路德派，加尔文派，还是多神教，他不是看信仰，而是看行动和习俗。”勃留斯说，“不应该打听一个好人的信仰和祖籍，就跟不应该询问如何酿造好的葡萄酒一样。”费奥凡表示赞同。
“禁止哲学的人不是愚昧之徒，就是阴险的僧侣。”矿务局长瓦西里·尼基季奇·塔季谢夫指出。
学识渊博的修士司祭玛尔凯尔证明说，许多圣徒传就其真实性来说都是很贫乏的。
“很多都是骗人的，很多都是骗人的！”他重复着费多斯卡的名言。
“我们这个时代没有奇迹。”布留蒙特罗斯特医生同意修士司祭的意见。
“前几天，”彼得·安得烈耶维奇·托尔斯泰冷笑着说，“我有机会到一位朋友家去，在那里看见了两个士官。他俩争论起来：一个肯定上帝的存在，另一个否定上帝的存在。否定的人说：‘这点儿小事有什么可磨牙的，上帝是没有的！’我插嘴问道：‘是谁告诉你的，没有上帝？’‘伊万诺夫少尉昨天在客栈说的！’‘可算是找到地方了！’”
大家都笑了，他们感到很开心。
可是吉洪却觉得很可怕。
他觉得，这些人开始走上一条行不通的道路，迟早有一天要使俄国走到欧洲已经达到的地步：要么与基督在一起，反对理性；要么与理性在一起，反对基督。
他回到图书馆。坐在窗前，身旁是一垛堆放得整整齐齐的书墙，这些书清一色是皮封面的，他看了看黑色的云杉上方的白色夜空，只见它空空荡荡，死气沉沉，叫人害怕，于是他想起了斯宾诺莎的话：
“上帝和人之间的共同点很少，犹如大犬星座和作为会吠叫的动物的狗之间一样。人能够爱上帝，可是上帝却不能爱人。”
好像是在那死气沉沉的天空上有一个不能爱人的死的上帝。说根本就没有上帝岂不是更好。也许是没有吧？他想，感到惊惧，就像不久前，当伊万努什卡哭起来，而向他举起刀的阿维尔扬卡却笑起来的时候那样。吉洪跪下了，开始祈祷，望着天空，只重复着一个词：“主哇！主哇！主哇！”
可是天空一片寂静，心里也是一片寂静。无尽无休的寂静，无尽无休的恐惧。
突然间，在这最寂静的深处，有人回应了，说了该怎么办。
吉洪站起来，走进自己的净室，从床底下把行李拖出来，从中拣出自己破旧的旅行法衣、皮腰带、念珠、僧帽、索菲娅赠送的神智索菲娅圣像，脱下长袍和其余的德国衣服，穿上从行李中拣出来的衣服，挎上背包，拿起一根棍子，画个十字，神不知鬼不觉地从房子里走出来，进入森林。
第二天早晨，到了该到教堂去举行敷油膏仪式的时候，开始寻找吉洪。找了很久，可是没有找到。他失踪了，毫无踪影。