涅瓦河上，紧挨着皇太子的木筏，停着一艘从阿尔汉格尔斯克开来的大平底船，上面堆放着的陶瓷器皿像一座小山一样。船主是富商普什尼科夫，他是北方沿海的分裂派教徒，在自己的船上窝藏逃亡的隐姓埋名的旧教派人物。船尾甲板下面有一些跟仓房一样的小型木板船舱，农妇阿莲娜·叶菲莫娃就在其中的一个栖身。阿莲娜是个农家女，莫斯科制币匠、圣像破坏运动的拥护者马克西姆·叶列梅耶夫的妻子。圣像破坏运动的主要导师——理发匠福姆卡被焚时，叶列梅耶夫抛下妻子，跑到下游的城市去了。她本人既不是分裂派教徒，也不是东正教徒；捏着两个指头画十字，这是一个长老教她的，那个长老来到她那里，对她说“不要捏着三个指头向上帝祷告”；可是她却到东正教教堂去，向东正教的神职人员忏悔。虽然听到过有关彼得的可怕传闻，但她相信他真的是俄国沙皇，并且喜欢他。她祈求上帝能让她亲眼见见皇帝陛下。于是就来到彼得堡想要看看皇上。她一直有个想法：祈求上帝让沙皇彼得·阿列克塞耶维奇悔过，回到自己父辈的信仰上来，停止对旧教派信徒的迫害，能让那些人也跟东正教教会联合起来。阿莲娜自己专门编了一篇祈祷词，好让不同的信仰联合起来，她本来想要把这篇祈祷词告诉给神父，但是一直没敢这么做，“因为编得不好”。她云游过许多修道院；她在沃兹涅先斯克修道院和喀山圣母教堂为长老们念了六个星期的沙皇颂歌；她自己每天为他叩头两千，或三千。然而这些她还觉得不够，最后，她不顾一切，想出一个办法：让自己的侄儿、十四岁的男孩瓦夏把她编的关于沙皇彼得·阿列克塞耶维奇以及各种信仰联合的祈祷词写了一份，缝在一个小口袋里，挂在小十字架下面，然后交给乌斯宾斯基大教堂的神父，并没有告诉他秘藏的祈祷词。
在木筏上听了那番谈话之后，阿莲娜回到平底船上自己的单人居室，当她想起这天晚上所听到的关于皇上的一切，有生以来第一次产生了怀疑：关于沙皇的种种议论莫非都是真的，能为这种沙皇向上帝祈祷吗？
她在黑暗气闷的板棚里一动不动地躺着，大睁着双眼，一身冷汗，这样躺了很长时间。后来，她终于起来了，点燃一个小蜡头儿，把它放在墙角悬挂在木隔板上悲苦众生的圣母像前（这幅圣母像跟彼得在维纳斯雕像基座前拿给人看的那幅是一样的），跪下，叩了三百个头，开始祈祷，眼含热泪，一边叹息着一边绝望地祷告，祈祷词就是缝在乌斯宾斯基大教堂小十字架底下布袋里的那一篇：
“你听着，神圣的大教堂及其整个二级天使和六翼天使的供桌、先知和祖宗、逢迎者和受难者、福音书和福音书里所有的圣训——全都想想我们的沙皇彼得·阿列克塞耶维奇吧！你听着，神圣的使徒大教堂及其所有的圣像和有灵验的小十字架、所有使徒的书和神灯、枝形大吊灯和蜡烛、供桌罩布和袈裟、砖墙和铁栏、繁茂的树和鲜艳的花！噢，我也祈求美丽的太阳：向天上的沙皇为我们的沙皇彼得·阿列克塞耶维奇祈祷吧！噢，月亮，你这第二盏明灯，和所有的星辰！噢，苍天和云彩！噢，大雷雨的阴云和狂暴的飓风与旋风！噢，天上飞的鸟儿！噢，蓝色的海洋和江河湖泊！向天上的沙皇为我们的沙皇彼得·阿列克塞耶维奇祈祷吧！海里的鱼儿、田野里的牲口和橡树林里的野兽、田野和森林以及地上生长的一切，都向天上的沙皇为我们的沙皇彼得·阿列克塞耶维奇祈祷吧！”
一道木板墙把女人阿莲娜的小单间跟隔壁那间宽敞一些的净室隔开，科尔尼利长老带着他的门徒吉洪住在那里。吉洪在木筏上一言没发，只是听别人谈话，听得比任何人都精神集中。大家散去之后，长老乘一条独木舟上岸去会见其他一些分裂派教徒，和他们谈论将要发生在伏尔加河左岸凯尔仁涅茨森林里的一起集体自焚，将有一千多受迫害的旧教派信徒参加。吉洪独自一人回到那间浮在水上的净室，躺下了，但是也跟隔壁小单间里的女人阿莲娜一样，没能入睡，思索着那天夜里所听到的事。他感觉到，这些思想会决定他今后的前途，将会出现一个时刻，像一把刀一样把他的生活切成两半。“我现在就像是坐在刀刃上，”他自言自语地说，“我倒向哪一边，就向着那一边走去。”
他的过去也跟着未来一起展现在他的眼前。
他出身于扎波尔斯基公爵家族，这个家族以前曾显赫一时，但早已衰败没落。吉洪是个独生子，是这个家族最后的苗裔。父亲曾经是火枪兵的首领，参加了反对彼得的叛乱，站在米洛斯拉夫斯基一边，拥护旧的俄国和旧教派信仰。1698年大搜捕期间，他在主易圣容军团的监狱里受到审讯，在红场的克里姆林宫里被处决。八岁的吉洪成了无父无母的孤儿，由年迈的仆人叶美里扬·帕霍梅奇照管。这个孩子虚弱消瘦；患有癫痫症，不时地发作；他热烈而温情地爱着父亲。老仆担心孩子的健康，隐瞒了父亲之死，对吉洪说，父亲到遥远的萨拉托夫领地办事去了。可是孩子哭了，很伤心，在空荡荡的大房子里游荡，像个幽灵，心里感到了灾难。他终于忍受不住了。有一天，经过长时间的仔细询问之后，从家中逃了出来，想要到克里姆林去，他的伯父住在那里，向他打听父亲的情况。可是当时伯父已经不在人世，他和吉洪的父亲一起被处决了。
孩子在斯帕斯门附近遇到几辆大马车，只见上面满满地装着被处决的火枪兵的尸体，这些半裸的尸体都是随随便便扔到车上去的，像是从屠宰场拉出来的杀死的牲畜。这些尸体是运往义冢去的，也就是一个屠宰坑，把这些尸体跟一切脏东西一起一股脑儿地抛进去：沙皇就是这样下令的。从克里姆林宫城墙上的炮眼里伸出木杆，上面悬挂着无数的尸体，像是“肉柈子”——像是阿斯特拉罕咸鱼一捆捆地挂在太阳底下晾晒一样。
沉默无言的老百姓整天聚集在红场上，不敢走到刑场的近处，只能从远处观望。吉洪挤过人群，在宣谕台附近的血坑里看见几根又长又粗的原木，这是用来搭断头台的。死囚们相互拥挤着，有时是三十多人为一批，把头放在那上面，排成一行。那时，沙皇正在宫里饮宴，宴会厅的窗户朝着广场，他身边的一些大贵族、弄臣和宠宦在把人头砍下来。沙皇不满意他们的工作——不熟练的刽子手们的手发抖了——下令把二十名死囚带到他饮宴的餐桌前，在这里亲手把他们处决：在一片欢呼万岁声和乐曲声中，他喝一杯酒，砍一颗头；酒一杯接着一杯地喝，砍头声一声接着一声地响；酒和血流到一起，酒中掺了鲜血。
吉洪也看见了绞刑架，呈十字架形的绞刑架是用来处决火枪兵中的神甫的，打扮成宗主教的弄臣尼基塔·卓托夫亲自把他们绞死；还见到许多车裂刑具，只见车轮上绑着被车裂者的四肢；铁扦和尖木桩上插着半腐烂的头颅：根据沙皇的谕旨，不到完全腐烂，不准把它们摘下。空气充满臭味。乌鸦一群一群地在广场上空盘旋。
孩子仔细观察着一颗头颅。它在透明的蓝天和金色与玫瑰色的浮云衬托下变成了黑色：远处——克里姆林宫里大教堂的圆顶仿佛是在燃烧，闪着红光；传来晚祷的钟声。突然间，吉洪觉得，仿佛一切——天空、教堂的圆顶、他脚下的土地——都在晃动，他本人陷进深渊。那颗插在铁扦上的头颅被挖掉了眼睛，只剩下两个黑洞，他认出那是父亲的头。响起了鼓声。从拐角后面走出一连主易圣容近卫军，押解一些拉着新的牺牲者的大车。死囚们穿着白色尸衣，手执燃着的蜡烛，脸色平静。最前面有一个高个子的人骑着马。他的脸色也很平静，但令人恐怖。
这是彼得。吉洪以前从来没有见到过他，可是现在立刻认了出来。这个孩子觉得，已死的父亲的头颅正在用那双空洞洞的眼窝紧紧盯着沙皇的眼睛。就在这一瞬间，他失去了知觉。要不是一个名叫格里高利·塔里茨基的老人注意到他，他定会被惊恐拥来的人群给踩死。这个老人原来是帕霍梅奇的多年好友，他把吉洪抱起来，带回家。那天夜里，吉洪犯了癫痫，从来没有这么厉害。他勉强活过来。
格里高利·塔里茨基是个默默无闻的人，很穷，靠着抄写古书和手稿为生，他是第一批开始证明彼得是反基督的人中间的一个。后来在大搜捕中指控他“以反对反基督的狂热和值得怀疑的恐惧在老百姓中间用恶毒的语言辱骂皇上”。他写了一部题为《论反基督降临和世界末日》的书，想要把这部手稿付印，并“把这些书无偿地抛到老百姓中间去”。格里高利经常到帕霍梅奇那里去，跟他谈论沙皇——反基督和近期发生的种种事情。科尔尼利长老当时住在莫斯科，也参加了这些谈话。小吉洪听过三个长老谈话，这三个人像三只不祥的乌鸦，黄昏时聚集在一座空房子里，呱呱地叫道：“世界末日快要到了，一个凶残的时代来了，艰难的岁月来了：没有了真正的信仰，没有了石头墙壁，没有了坚实的柱子，基督教的信仰被扭曲了。反基督就在近期内降临：整个大地都将燃烧，并且由于我们无法无天而烧到地下六十肘深。”他们讲道，看见了“一条令人厌恶的和极其可怕的黑蛇，它在尼康派教堂举行祈祷仪式时趴在大主教的肩上取代了他们的披肩，一边爬一边咝咝地叫；或者夜间蜷曲在皇宫墙边，把头和嘴伸进皇宫里面，向沙皇耳语”。凄凉的谈话变成更加凄凉的歌声：
天上的王基督说：
唉，你们，我的子民
你们赶快跑进荒原，
跑进森林和山洞里。
分散开，我可爱的人们，
像棕黄色的沙粒一样，
像沙粒，像灰烬一样，
你们死去，我可爱的人们，
你们要是不死而复生，
就无法走进天国！
吉洪特别贪婪地听那些关于伏尔加河左岸密林和平原里秘密居民的故事，关于亮峪湖上的隐形城基捷日的故事。那个地方好像是荒无人迹的森林。可是那里也有教堂和房舍，也有修道院和居民。夏天的夜里，湖面上可以听到钟声，清澈的水中映出教堂的圆顶。那里是真正的人间天国：安宁、寂静、永远快乐；圣父们在那里像百合花一样盛开不衰，像柏树和椰枣一样永远常青，像珍珠一样宝贵，像天上星辰一样永世长存；出自他们嘴中向上帝的不断祈祷，像神香一样芳香，像手提香炉一样卓绝；而每逢夜幕下垂，他们的祈祷有时可以看得见，如火星四射的火柱；光辉明亮，不点蜡烛也可读书写字。主爱他们，像是保护眼珠一样保护他们，伸出自己的手掌把他们遮盖，让别人看不见他们，直到世界终结。他们不知道来自反基督那头野兽的痛苦和悲伤，只是为我们这些罪人日夜忧伤——因为我们和整个俄国都退却了，竟使反基督统治着俄国。通向这个隐形城市只有一条小径，称作拔都路，穿过不见天日的林莽，周围有各种妖魔鬼怪和吓人的毒蛇猛兽，而且任何人都找不到这条小径，唯有上帝亲自引导，才能走向这个安宁的栖身之处。
吉洪听着这些故事，向往到那里去，到茂密的森林和荒原去。他怀着无法形容的悲苦和甜蜜，跟随着帕霍梅奇一遍一遍地重复着关于青年隐者亚瑟王子的古老诗句：
美丽的荒原母亲哟！
我要穿过森林，越过沼泽，
我要翻过高山，钻进洞穴，
我，年轻的王子亚瑟，
将搭一个小小茅舍，
在翠绿的橡树林中游荡，
乐得个逍遥自在。
布谷鸟儿在林中鸣叫，
射出那动人的目光，
对我进行谆谆教诲。
荒原呀，我的亲娘，
你那里有腐烂的倒木——
对于我却是天堂的食品，
又香又甜，丰美而可口；
处处都有冰凉的河水——
那是比蜂蜜还甜的饮料。
吉洪从很小的时候起就不时地，尤其是在癫痫病发作前夕，出现一种奇怪的感觉，这种感觉什么都不像，既令人恐惧得无法忍受，同时又很甜蜜，经常都是既新鲜又熟悉。这种感觉里既有恐惧和惊奇，也有回忆——仿佛是对另一个世界的回忆，但更多的是好奇，是希望，希望应该发生的事尽快发生。他从来都没有对任何人说过这种感觉，而且也不会用任何言语来表述这种感觉。后来，当他已经开始思考和认识世界的时候，这种感觉在他身上跟世界末日、第二次降临的思想融为一体。
那三个老人最不祥的呱呱叫声有时也使他漠不关心，而一些偶然的、瞬息间的东西——色彩、声音、气味——却以一种突如其来的力量唤醒了他的这种感觉。他家的房子坐落在莫斯科河南岸麻雀山的山坡上；花园直抵悬崖，从那里可以俯瞰整个莫斯科——只见一堆堆黑色的房子，使人想到砍断的原木，在这一切的上方是克里姆林宫的白石围墙和无数的教堂金色圆顶。吉洪往往站在悬崖上长时间地观望壮丽而又可怕的落日景象，这经常发生在暴风雨的晚秋季节。在死气沉沉的蓝色的、紫色的、黑色的，或者火红色的，好像是被鲜血染成的云彩中，他觉得，时而出现一条巨蛇，把莫斯科盘了起来，时而出现一头长着七只脑袋的怪兽，一个淫荡的女人骑在上面痛饮下流无耻之杯，时而出现天使的大军，在驱赶魔鬼，用火焰击毙它们，结果是天上血流成河，时而出现光辉灿烂的锡安山，由未来的主率领降临人间的隐形城。某些日常生活琐事也能在他身上唤起这种感觉，例如闻见烟草味；再如看见第一本落到他眼里的根据彼得的谕旨在阿姆斯特丹用新发明的“活字”印刷的俄文书；看见德国人集居区里新开店铺的某些招牌；奇特的假发发型，打着一绺绺可笑的发卷，长得像犹太人的长鬓发，或者像狗耳朵；不久以前还是大胡子的年老的俄国人，刚刚把脸刮光，面部表情异常奇特。八十岁的老爷爷叶列美伊奇住在他们家的果园里养蜂，有一天在城关卡被沙皇的警察抓去，被强行剃掉胡子，长袍也按照一定尺度给剪短，剪到膝盖处。老人回到家，像个孩子似的大哭一场，不久就病倒，最后一命呜呼。吉洪很喜欢这个老头，很可怜他。但是看见胡须被剃掉和衣服被剪短的老人号啕大哭，他却止不住笑，这笑声如此奇怪和不自然，帕霍梅奇吓了一跳，以为他又犯了癫痫。在这笑声中有一种末日的恐怖感。有一年冬天，出现了彗星——拖着大尾巴的星星，如帕霍梅奇所说的。这个孩子早就想要看看这颗怪星，可是却不敢瞅它；故意扭过脸去，眯起眼睛，以便不看见它。可是却偶然间看见了，当时是晚上，帕霍梅奇抱着他去浴室，穿过一条被积雪给封住了的胡同。在胡同尽头，在黑色房子中间，在白雪覆盖的大地上空，在蓝黑色的天际边缘上闪耀着一颗巨大的亮星，稍稍有些倾斜，仿佛是奔向无限广阔的空间。它并不可怕，而是令人亲切，使人觉得可爱，是人所希望的，他看着这颗星，看也看不够。那种熟悉的感觉比任何时候都强烈，使他兴奋和惊恐，心都收缩了。他的整个身躯向着这颗星伸去，好像是刚刚睡醒，脸上露出朦胧的笑容。就在这一瞬间，帕霍梅奇感到他的身体一阵痉挛。从孩子的胸部发出一声叫喊。他的癫痫病第二次发作了。
当他年满十六岁的时候，像其他贵族子弟一样，被送进“数学和航海技艺学校”。学校设在苏哈列夫塔里面，雅科夫·勃留斯将军在那儿从事天象观测，此人被认为是魔法师和巫师：一个在第二市民街卖渍苹果的斜眼女人看见，一个冬夜，勃留斯骑着望远镜从他那个塔顶上直接往月亮飞去。假如不是把孩子们强行拉去，帕霍梅奇说什么也不会让吉洪到那个鬼地方去。
这些贵族青年从自己的庄园给押解到学校，关在里面与外界隔绝，有的已经结婚，三十，甚至四十岁，和真正的孩子同坐一张书桌，同背一本书，书中有一幅图画，画着一个先生用一束树条抽打一个趴在凳子上的学生，文字说明是：每人皆应安心学习。所有的启蒙课本都装饰着这一类的诗句：
上帝呀，为这些小树祝福吧，
他们靠着树条抽打才能成材。
白桦树条能打动小孩子的心，
橡木棍棒能使成年人更坚强。
沙皇的谕旨规定：“从近卫军退役兵丁中挑选优秀者，每室配备一人，令其在学习时间手持树条；学生中有胡作非为者，皆应受到鞭打，不论犯过失者出身何种家庭。”
然而，往脑袋里灌输科学——小孩子用树条抽打，成年人用皮鞭和棍棒——可是不管如何，他们都同样学习很糟。他们有时在绝望时刻唱着“巴比伦囚歌”。岁数大的人用不规范的嘶哑的男低音开始唱道：
学校的生活我们受不住，
一天之内要挨五次鞭打。
岁数小的人用尖声细气的童高音接着唱：
咳，命苦，倒霉！
天天都要挨鞭打。
童高音和男低音汇成和谐的大合唱：
柳条抽打大腿，
板子敲打双手。
无缘无故挨嘴巴，
脊背剥下一层皮。
几何得学好呀，
稀菜汤也得喝。
咳，命苦，倒霉！
天天都要挨鞭打。
叫人讨厌的墨水！
我们的心被吸干。
纸呀，还有笔，
把我们全给毁了，
要是有个英雄好汉，
就能把学校砸乱。
咳，命苦，倒霉！
天天都要挨鞭打。
要不是有一个姓格留克的教师注意到吉洪，他会学不到很多东西。格留克是柯尼斯堡的德国人，天主教牧师，向一个逃亡的波兰僧侣学会半通不通的俄语，来到俄国教授莫斯科少年，“把他们当成柔软的可以随意捏成任何形状的黏土”。但他很快就失望了，与其说是对这些少年本身，不如说是对俄国的训练方法，“训练他们就像训练茨冈马一样”，用鞭子往他们头脑里抽打科学。格留克虽然是个酒鬼，但为人聪明和善良。他忧伤就喝酒，因为不仅俄国人，就连德国人也认为他是个疯子。他绞尽脑汁写文章，给牛顿的《启示录》注解写了注解，根据不久前出版的牛顿的《自然科学的数学原理》所阐述的万有引力定律，用最精确的天文统计数字证明了基督教关于世界末日的预言。
他在自己的学生吉洪身上发现了非凡的数学才华，像爱自己亲儿子一样爱他。
老格留克本人在心灵中也是个孩子。他跟吉洪谈话时，尤其是喝得微醉的时候，把他当成自己唯一的成年知心朋友。给他讲解新的哲学学说和假说，讲到培根的《伟大的复兴》，斯宾诺莎的伦理学，笛卡儿的“旋风”，莱布尼茨的单子，但是讲得最振奋人心的则是——哥白尼、开普勒、牛顿的天文发现。这个孩子有许多东西不理解，可是却怀着极大的好奇心来听他讲述各种科学奇迹，犹如听那三个老者讲述隐形城基捷日一样。
帕霍梅奇认为德国人的科学，尤其是那些“星象术”“机智术”都是违背神意的。
“可恶的哥白尼，”他说，“跟上帝对抗：把沉重的大地举到空中去。只有他才在梦中看见太阳和星辰不动，而大地旋转，违背《圣经》。神学家都嘲笑他！”
“真正的哲学，”格留克牧师说，“对于信仰不仅有益，而且是需要的。许多神父通过哲学科学而达到完美的境界。自然科学并没有背离基督教的律法；努力研究自然科学的人，也了解上帝，崇奉上帝；关于生物的科学议论会弘扬造物主，如经书中所写的：天空宣扬主的荣耀。”
可是吉洪却以其模糊的敏感猜测到，在科学与信仰的这种一致中并非一切都像格留克所想的那么简单，有一些他本人也不明白，尽管他努力去想。难怪老人醉酒后就世界的多元性、宇宙空间的不可思议等问题和自己进行学术争论的末尾，有时竟然忘记学生在场，好像是疲惫不堪，把秃头伏在桌子边上，假发滑向一侧——他觉得头特别沉重，与其说是由于酒劲，不如说是由于那些令人晕头转向的形而上学思想，他低沉地呻吟着，重复着牛顿的一句名言：
“噢，物理学，帮我摆脱开形而上学吧！”
有一次，吉洪——他当时已经十九岁，在学校已经毕业，能流利地阅读拉丁文——偶然打开放在老师桌子上的从荷兰带来的手抄本斯宾诺莎书信集，读了首先映入他的眼帘的几行：“在人与上帝的本质中间很少有共同之处，犹如在大犬星座和作为会吠叫的动物的狗之间一样。如果三角形能说话，它就会说，上帝不是别的，不是完美的三角形，而是圆——上帝的本质是最圆的。”另一封信里——谈到圣餐仪式时说：“噢，没有头脑的少年！是谁把你们迷惑了，你们竟然遐想，似乎可以把神圣和永恒吞进肚里，神圣和永恒似乎就是在你们的肚子里？你们教会的神秘主义有多么可怕：它们与健康的思想相矛盾。”吉洪合上书，不再读了。他有生以来第一次由于思想而体验到那种感觉——世界末日的恐怖，以前只是由于外在印象才能体验到。
雅科夫·威廉莫维奇·勃留斯在苏哈列夫塔里有个丰富的图书馆和一个办公室，收藏有数学、力学和其他的工具仪器，还有各类实物——动物、昆虫、植物的根、各种矿物、古董复制品、古代钱币、奖章、石雕、面具和国内外的各种奇珍异物。勃留斯委托格留克牧师整理所有的物品和图书并登记造册。吉洪协助他，整天关在图书馆里。
有一次，一个晴朗的夏日傍晚，吉洪在图书馆里坐在带轮子的折叠式移动梯子的最顶端，面部朝墙，梯子从上到下全都摆满了书，他往书脊上贴编号标签，把新的登记账跟旧的进行核对，旧的登记账里错误百出，所有的外文图书的书名全是用俄文字母拼写的。高高的窗户上铅色的窗格里镶着小块圆形玻璃，跟古老的荷兰房子里一样，阳光透过窗户上的玻璃斜射进来，形成一道充满灰尘的光柱，落到一架架闪闪发亮的铜质机器上——有天球、星盘、罗盘、矩尺、两脚规、比例尺、水平尺、望远镜、显微镜，落到各种野生动物和鸟类标本上，落到巨大的猛玛头骨、面目狰狞的中国偶像和爱琴时代诸神美丽的假面具上，落到一排排无尽头的摆满单调的皮面图书的书架上。吉洪喜欢这项工作。在这里，在图书的王国里，舒适而宁静，犹如在森林里或者在被人遗弃的受到阳光宠爱的古老坟地。只有从马路上传来的晚祷钟声，使人想起基捷日的钟声，还可听到从隔壁房间敞开着的门里传来的格留克牧师和勃留斯谈话的声音。他们吃过晚饭以后，坐在那里一边抽烟喝茶，一边闲谈。
吉洪刚刚给一些四开本和八开本的书贴完新的编号，在旧的登记账里编号473的下面写着：“弗朗西斯·培根的哲学，英文，三卷”；编号308：“笛卡儿的哲学原理，荷兰文”；编号532：“艾萨克·牛顿的自然科学的数学原理”。他把这些书放到书架上，在书架的里边摸到一本躺倒的八开本书，便抽出来，原来是一本很古老的书，被老鼠啃过，编号461，“列奥纳多·达·芬奇论绘画，德文”。这是l582年在阿姆斯特丹第一次出版的德文译本，原文是：Trattati della pittura。书中有单幅插页，木刻的达·芬奇像。吉洪仔细观看这张奇怪而陌生的面孔，但同时又仿佛是很熟悉，在一次难忘的梦中见到过，他觉得在空中飞翔的西门-玛格大概也正是生着这样一副面孔。
隔壁房间里谈话的声音更响了。勃留斯就什么问题跟格留克争论起来。他们讲的是德语。吉洪在牧师那里学会了这种语言。有些个别的词使他震惊；他好奇地听了起来，手里还拿着达·芬奇的那本书。
“当牛顿写作《启示录》的注释时，他的思想不健全，我尊敬的，您何以看不清这一点？”勃留斯说，“况且就连他本人在1693年9月13日写给本特莱的信中都承认这一点：‘我失掉了思想的联系，感觉不到从前那种坚定的理性。’很简单，就是说，垮了。”
“阁下，我倒是希望和牛顿一起发疯，觉得胜过跟其他的两条腿动物在一起！”格留克兴奋地说，从杯子里喝了一大口。
“关于趣味是不能争论的，可爱的牧师，”雅科夫·威廉莫维奇继续说，干笑起来，那笑声激烈，好像木头发出的声音，“可是更有意思的是：就在艾萨克·牛顿先生写作自己的注释的同时，在世界的另一端，具体来说，就是此处，在我们这里，在莫斯科，一些被称为分裂派的狂热教徒却也写自己的《启示录》注释，几乎是跟牛顿得出了同样的结论。等待着世界的末日和第二次降临，他们中间一些人躺进棺材里，给自己唱挽歌，另外一些自焚。他们因此受到迫害，被追逐；可是我却要用哲学家莱布尼茨的话来谈论这些不幸者：‘我不喜欢悲剧性事件，希望世界上所有的人都生活得好；至于那些平静地等待着世界末日的人的迷误，我则觉得这种迷误完全是无辜的。’我说，这也就是最有意思的：在这些启示录式的妄想中，西方和东方走到一起来了，最大的开化和最大的愚昧也走到一起来了，这也许确实会使人产生一个想法，世界末日在临近，我们大家都得很快见鬼去！……”
他又笑起来，笑声还是那么激烈，好像木头发出的声音，然后补充一句，但吉洪没有听清，显然是思想很偏激的，因为格留克平时每逢吃完晚饭，总是假发滑向一边，脑袋里轰轰地响，可是现在却突然愤怒地跳了起来，把椅子推向一旁，想要从屋里跑出去。但雅科夫·威廉莫维奇制止住了，说了几句好听的话就使他安静下来。勃留斯是格留克唯一的保护人。他由于格留克无私地热爱科学而喜欢他和尊敬他。然而，他是个怀疑论者，甚至如许多人所断定的那样，是个彻头彻尾的无神论者，因此不能不看见可怜的牧师扮演“天文学界的堂·吉诃德”角色，不能不戏弄他，不能不嘲笑他那部招灾惹祸的《启示录》注释和把科学与信仰的调和。勃留斯认为必须二者选一——要么是要信仰，不要科学；要么是要科学，不要信仰。
雅科夫·威廉莫维奇把格留克的杯子斟满，为了让他开心，开始询问牛顿的《启示录》的详情细节。老头起初不太高兴回答，可是后来却入迷了，于是转述了牛顿在1680年跟朋友们关于彗星的谈话。有一次，人们问牛顿关于彗星的问题，他没有回答，而是翻开自己的《原理》，指着一处，只见那里写着：恒星由于彗星的陨落而恢复。“您为什么关于太阳没有像关于星星那样开诚布公地论述过？”“因为太阳跟我们的关系更密切，”牛顿回答道，然后又笑着补充说，“对于那些希望了解的人来说，我说得够多了！”
“彗星陨落到太阳上，就跟飞蛾扑进火里一样，”格留克激动地叫道，“由于这一陨落，太阳的温度就要升高到这种程度，地球上的一切都烧焦！经书中说：天轰隆地降下，大自然燃烧起来而毁坏，地和地上的一切东西都将烧毁。到那时，两个预言都将应验——信仰宗教的人的和从事科学的人的。”
“我不想编造假说！”他兴奋地重复着牛顿的伟大名言。
吉洪听着——于是很久以前那三个未卜先知的老者乌鸦般的呱呱声，对于他来说，与科学最精确的结论吻合起来。他闭上眼睛，看见了那条偏僻的被积雪给封住了的胡同以及出现在胡同尽头黑色房子中间白雪覆盖的大地上空蓝黑色天际边缘上的那颗巨大亮星。跟童年一样，那种熟悉的感觉压迫他的心，兴奋和惊恐得使他难以忍受。达·芬奇的书从他手中掉下去，把星盘上的管子碰到地上，发出哐啷的响声。格留克跑过来。他知道吉洪患有癫痫症。看见他在梯子顶上浑身发抖，脸色苍白，便向他奔了过去，一把抱住他，搀扶着他，帮他爬下来。这一次没有发病。勃留斯也过来了。他们关切地询问吉洪。可是他沉默不语：感觉到不能跟任何人谈及此事。
“可怜的孩子！”雅科夫·威廉莫维奇把格留克领到一旁，对他说，“我们的谈话把他吓坏了。他们这里人人都是这样——只想世界末日。我发现，最近一个时期，某种疯狂像传染病一样在他们中间流行。上帝知道，这个不幸的民族最后结果会是如何。”
吉洪离开学校以后，本来应该像所有贵族子弟一样去军队服役。帕霍梅奇逝世了。格留克准备受勃留斯委托去瑞典和英国采购数学器具。他邀请吉洪与他同行，吉洪这时忘记了童年时的恐惧和帕霍梅奇的警告，越加热爱数学，潜心研究。他的身体健康了，癫痫没有复发。早就具有的好奇心吸引他到远方去，到“玻璃国”去，他觉得那个国度几乎是跟隐形城基捷日一样神秘。由于雅科夫·威廉莫维奇的奔波，航海学校的学生扎波里斯基和另外一些“俄国青年”一起根据沙皇谕旨被派往海外深造。他们和格留克一起于1715年6月初抵达彼得堡。吉洪年满二十五岁；他跟皇太子阿列克塞同年，但看起来还像个孩子。几天之后一艘商船从喀琅施洛特起航，他们应该驶往斯德哥尔摩——“玻璃国”的都城。
突然发生变化。彼得堡的面貌完全不同于莫斯科，使吉洪大为震惊。他整天在马路上闲逛，一边观看一边感到惊奇：无尽头的水渠、笔直的大马路、排列整齐的房舍——这些房子都建在打进沼泽地泥淖里的木桩上，排列成行，根据命令，“行列之外不得有任何建筑”——树林中和空地上简陋的抹泥小屋按照楚赫纳人的方式用草皮和树皮篷盖，“普鲁士风格”的宫殿建筑独出心裁，凄凉的驻军营房、仓库、带有荷兰式尖顶和自鸣钟的教堂——所有这一切都平淡无味，庸俗不堪，单调无聊，同时又很像是梦。有时在阴暗的早晨，在肮脏的黄色雾霭中，他觉得整个这座城市与雾一起腾空而起，像梦一样飘散。在基捷日城，存在的东西——看不见，而在这里，在彼得堡则相反，看见的却是没有的；但这两座城市同样都是透明的。于是他重又产生了那种可怕的感觉——末日感，他已经很久没有体验到了。可是这种感觉跟以前一样，没有使他产生兴奋和惊惧，而是以无限的忧伤压迫着他。有一天，他在三位一体广场“四艘三桅战舰”咖啡屋附近遇到一个身穿皮衣的高个子荷兰船长。当年在莫斯科红场宣谕台附近插在铁扦上的父亲的头颅曾经用那对空洞洞的眼窝紧盯着沙皇的眼睛，现在也正是这样——吉洪立刻认出了他：这是彼得。令人生畏的面孔仿佛是向他解释清这座可怕的城市：这个人和这座城市打着同一个印记。
那一天，他也遇到了科尔尼利长老，很高兴，把他当成亲人，以后便寸步不离。他在长老的净室里过夜，在木筏上，在平底船里和那些逃亡的隐姓埋名的人一起度过一个个白天。听他们讲述在遥远的北方，在波莫瑞、奥涅加和奥隆涅茨森林里修行的伟大神父们的生活，科尔尼利长老曾经离开莫斯科在那里住了多年，听他们讲述那里可怕的数千人集体自焚。科尔尼利长老来自那里，现在要到伏尔加河的凯尔仁涅茨去宣传“红死”。
吉洪的学习没有白费。这些人相信的许多事情，他并不相信；他的想法跟他们不一样，但感觉却是相同的。最主要的——末日感——是他和他们共有的。他从来没有对任何人讲过的事，有学问的人中间无一人能够理解，而他们却理解——他们正是靠着这个而生的。他很小的时候从帕霍梅奇那里听到的一切，如今在他的灵魂里突然以新的力量复生了。森林、荒野、隐秘的修行地、“宁静的避难所”重新又强烈地吸引着他。在涅瓦河广阔的水域上，在白夜里，随着荷兰自鸣钟的响声，他又听到了基捷日的钟声。他又怀着悲伤和甜蜜之感一遍又一遍地重复着关于亚瑟王子的诗句：
美丽的荒原母亲哟！
我要穿过森林，越过沼泽，
我要翻过高山，钻进洞穴……
必须做出决定，必须在两条道路中选择一条：一条是永远回到世俗世界去，像所有的人那样生活，为杀害他父亲的那个人服务，这个人也许将要使俄国毁灭；另一条是永远离开世俗世界，当乞丐，流浪者，逃亡的隐姓埋名者中的一员，“不要真正的城市，追求新的未来”。是跟随格留克到西方去——到玻璃国去，还是跟随科尔尼利长老到东方去——到隐形的基捷日城去。他要选择哪一条路，到何处去？他自己还不知道，犹豫不定，迟迟不能做出最后的决定，仿佛是在期待着什么。可是这一天，在木筏上听了关于反基督彼得的谈话之后，他感到不能再拖延了。赴斯德哥尔摩的船明天就起航，科尔尼利长老受到被告密的威胁，明天应该逃离彼得堡。他叫吉洪跟他一起走。
“我现在仿佛是在刀刃上，”他又想，“倒向哪一边，就往那一边去。一边是生，一边是死。一步迈错，第二步已无法挽回。”
然而，他同时又感到没有力量做出决定，两种命运如同死亡绳索的两端合拢在一起，紧紧地勒着他，使他喘不过气来。他站起来，从书架上拿下一本书——《圣伊波里特关于第二次降临的预言》，为了休息一下，什么都不想，在圣像前亮着的神灯的灯光下开始看书中的插画。其中的一幅画着：左面神坛上坐着反基督，身穿主易圣容近卫军的绿军装，红色翻领，铜纽扣，头戴三角帽，腰挎佩剑，脸型很像彼得·阿列克塞耶维奇，一只手指向前方。右侧，在他面前是主易圣容和谢苗诺夫近卫军排成一排向黑暗森林中间的修道院走去。上面是一些修士在带有三个山洞的山顶上祈祷。士兵由蓝色魔鬼率领沿着山坡往上攀登。底下是文字说明：“往山里和洞穴里派遣魔鬼的军队去寻找那些躲开他的人，并把他们带来向他跪拜。”另一幅画上是一些士兵开枪射击被绑着的长老：“倒在魔鬼的枪弹下。”
隔板墙那边的板棚里，女人阿莲娜还在叹息和哭泣，为沙皇彼得向天上沙皇祈祷。吉洪放下书，跪倒在圣像前。可是却不能祈祷。悲伤向他袭来，他还从来没有体验过这种悲伤。燃尽的神灯闪动最后一次，熄灭了。一片黑暗。有一个东西在黑暗中向他爬来，用热乎乎和毛茸茸的大爪子抓住他的喉咙。他喘息起来。出了一身冷汗。他又觉得是在迅速地飞翔，飞向漆黑的无底深渊——那头野兽的大口。“随便，”他想，他的头脑里突然像出现一道耀眼的光辉，闪现一个思想：随便他在两条道路中选择哪一条，走向何方——东方还是西方；这里，那里，东方或西方——都是一个感觉，一个想法：末日很快到来。即使是闪电出现在东方，可是在西方也能看得见，人子就要降临。仿佛是在他身上闪耀着这最后一道闪电。“看哪，我主耶稣！”他惊叫道，就在这一瞬间，在净室的一端，闪现一道可怕的白光，响起震耳欲聋的轰隆声，仿佛是天塌地陷。正是这道闪电吓坏了彼得，他不由得把手中的圣像扔在维纳斯的基座下。女人阿莲娜透过暴风雨的呼啸声和隆隆的雷声听见了令人恐怖的非人的叫喊声：吉洪的癫痫病发作了。
他犯病的时候被人抬出气闷的净室，等到醒来时发现自己躺在船尾。已是清晨。上面是蓝色的天空，下面是白色的雾霭。东方有一颗星透过晨雾在闪闪发亮，这是金星。在彼得堡区凯乌萨尔岛的大贵族街上，在布屠尔林居住的房子穹隆下面，巴克科斯的漆金雕像在晨曦的照耀下，像一颗火红的血红的星在雾中闪耀，仿佛是天上的星和地上的星在交换着神秘的目光。雾霭变成玫瑰色，仿佛给那些白色幽灵的躯体注进了活的血液。涅瓦河畔中央长廊里维纳斯女神的大理石躯体变得温暖了，成为玫瑰色，仿佛是活了。她为太阳发出永恒的微笑，好像是为太阳在这极北的半夜中升起而高兴。女神的躯体也像雾霭一样轻柔，也是玫瑰色的；雾霭——也像女神的躯体一样——成为活的和温暖的。雾霭是她的躯体——一切都集中在她的身上，她也在一切之中。
吉洪想起了自己夜里的想法，心中感觉到了平静的决心：不回到格留克牧师那里去了，跟随着科尔尼利长老逃跑。
他所在的这艘平底船被暴风吹动，船尾直抵夜间进行关于反基督的谈话的那个木筏。伊万努什卡已经睡醒，仍然坐在夜间坐的那个地方，还是唱着那支歌。传来乐曲声，或者说只是乐曲的幻影——被雾霭给压低了的小步舞曲的声音：
丘比特，射出你的箭吧。
我们已经不是没有伤痛——
这歌声跟伊万努什卡那凄凉的拖长的歌声汇到一起，他望着东方——那一天开始的地方，向着永恒的西方——白天结束的地方唱道：
棺材呀，我的橡树独木棺，
你们是人人永久的住宅！
白昼结束，傍晚临近，
太阳在西方就要落山，
叶落终究要归根哪，
最后的时代已来临！