蒙古政权的建立，标志着成吉思汗已经成为漠北草原的主宰，这个新兴政权要想得到巩固与发展，不仅要肃清各种反对势力，继续进行征服战争，而且要建立比较完善的国家机构，创立一套适应历史发展的政治、经济、军事制度。
在以征服战争为职业的蒙古国，军队是国家政权的主要组成部分。因此，成吉思汗在统一蒙古草原以后，第一件大事就是大封功臣、宗室，在整个蒙古高原普遍推行千户制，把蒙古国的军队和民众，融成以军事单位和行政单位为一体的组织形式——千户制，统统置于大汗的严密控制之下。早在1204年，成吉思汗在他当时控制的部分地区已初步建立了千户制，为其统治和征战起了很大的作用。蒙古建国后，成吉思汗把在战争中已经实行的千户制进一步发展完善和制度化。成吉思汗将全蒙古国的部众划分为95个千户，分配给开国功臣88人担任千户长。根据论功行赏的原则。蒙力克、博尔术、木华黎首先受到封赏，名列前茅。蒙力克为第一千户，并于大汗的帐隅特设一座，或一年，或一月，请蒙力克坐在那里共议军国大事。博尔术为第二千户，居众人之上，赦九罪而不罚。并封他为右手万户，管辖西面直至阿尔泰山一带的百姓。木华黎为第三千户，居于上位，直至子子孙孙，并为左手万户，管辖东面直至兴安岭的百姓。第二批受封的是豁儿赤和术赤台。成吉思汗实践了他当年的诺言，任命豁儿赤为林中百姓的万户长。术赤台被封为第六千户，统领4000无鲁兀惕人，并将自己的妃子亦巴合别乞赠给术赤台。第三批受到封赏的是成吉思汗的“四狗”。忽必来被封为第八千户，“如今但凡军马事务，忽必来为长者”。哲别、速不台、者勒蔑也被封为千户，并允许他们组成千户军。月伦母亲的4个养子，“四俊”和“四杰”中的博尔忽也分别被封为千户。对于有救命之恩的锁儿罕失剌、巴歹、乞失里黑，成吉思汗不仅封他为千户，还赐予他们许多特权，忠于故主，为人忠诚的纳牙阿被任命为中军万户，统率怯薛军。同时，成吉思汗把千户长及其管辖的兵民，当作他“黄金家族”的私有财产，分配给自己的家属。据《蒙古秘史》记载，成吉思汗的母亲和幼弟翰惕赤斤共得1万户，二弟合撒儿得4000户，三弟合赤温之子阿勒赤歹得2000户，异母弟别勒古台得1500户，长子术赤8000户，次子察合台8000户，三子窝阔台、四子拖雷各5000户。
在千户以下设百户长，百户长以下设十户长。千户的规模大小不一，因地制宜，多达4000户，少则1000户不一。这样，通过万户长、千户长、百户长、十户长，成吉思汗及其“黄金家庭”牢牢地控制了国家的政治、经济、军事等各项大权。
早在1204年，成吉思汗初步建立的千户制就已证明，千户制具有瓦解氏族部落结构，加速各氏族融合，防止旧氏族贵族复辟以及军民兼融，平战结合等优越性。千户制的正式建立，标志着许多部落和氏族的最后瓦解。成吉思汗所编制的95个千户绝大多数打破了原来氏族的界限，消弱了各氏族、部落的力量。另外，对于战争中的被征服者，成吉思汗故意打破氏族界限，以投降或俘虏的人们重新编制，并对有功人员进行赏赐。这样以血缘关系组成的原始氏族就变成了按地域编制的集政治、军事、经济三位一体的制度。首先，成吉思汗按十进位编制，把蒙古族的成年男子编入十户、百户、千户中，有利于统一指挥和统一调动。而成吉思汗的诸弟、诸子侄及被分封的各级那颜即各级军事长官，则处于绝对的支配地位，成吉思汗是这支军队的最高统帅。第二，这种千户又是一种行政组织。人民按千户、百户来区分并分配给千户长和百户长，登入特置的薄册子中。所辖的居民在指定的范围内居住、生活，不准变动。千户长是地方上的行政长官，同时，千户又是一种经济组织。成吉思汗按千户分配驻牧的范围，以千户、百户、十户为单位进行养牧、狩猎，收纳贡赋和征服徭役。这种千户制全民皆兵，平战结合，从15岁到70岁的男子既是生产的牧民，又是作战的骑兵。平时屯聚牧养，战时则自备马匹和兵器，随军出征。这对于以征服战争为职业的游牧民族来说，千户制是一种具有多种效益的制度。为成吉思汗后来进行的大规模的扩张战争，奠定了坚实的基础。