在慈禧眼里，戊戌变法是光绪用来跟自己争权的一个把戏，所以她不惜一切代价掐灭戊戌变法。八国联军攻入北京后，她才明白变法是唯一的宿命，不变法的话中国就要落败，自己的生死就操控在外国人手中。
变法最关键的一步是成立一支现代化的军队，这个任务非袁世凯莫属了。袁世凯一直热衷于维新，并且时时以改革派自居。在他担任山东巡抚期间，创办了济南大学堂，这便是山东大学的前身。袁世凯还在山东创办了商务总局，任命好友唐绍仪为总局局长。
袁世凯当上直隶总督兼北洋大臣后，红透半边天，直隶总督兼北洋大臣就相当于一国的总理了。1902年，袁世凯又身兼督办政务处大臣、练兵大臣、督办商务大臣、电政大臣、铁路大臣等职务，号称一身兼任八大臣。
袁世凯是在天津小站练兵发家的，这次手握大权，重中之重还是进行军事改革。在练兵上，袁世凯主要借鉴德国和日本的经验，综合制定了一套严格的训练方法。首先在兵源上，袁世凯就要求得非常严格，第一要求身体素质好，第二要求是良民，有固定的户籍。袁世凯不收游民，不收流氓，因为这些人不守纪律很难管理，再说了袁世凯准备提高士兵待遇，选择良民的话直接将士兵的工作与家庭的生活挂钩，不怕他们不认真。
在我们印象里，当兵的似乎很牛，但其实清朝的士兵境况并不好，工资待遇不高，社会地位不行，退伍后往往还会受到地痞流氓的欺负。对这些问题袁世凯也很清楚，他想出了一系列的解决办法。首先，他提高士兵的待遇，将士兵的每月工资分成两部分，一部分交给士兵，一部分寄给士兵的家里。同时，袁世凯还让各地方官善待士兵的家属，免除他们一部分徭役。
袁世凯专门成立了军政司，负责处理练兵事宜。同时，他还将军队分成常备军、续备军和后备军三种。
此外，袁世凯还对军营编制进行了一些改革。清军一般是以营为单位，袁世凯却建立了近于现代化的军队编制。他以两镇为一军，一个镇相当于一个师，每镇统辖步队二协、马队一标、炮队一标、工程队一营、辎重队一营，全镇官兵共12512人。统率一军的叫总统或军统，统率一镇的又叫做统制或翼长。
袁世凯将自己新建立起来的军队称为北洋常备军，王士珍担任第一协统，相当于旅长。第二支新兵练好后，冯国璋担任第二协统。袁世凯还有一个干才叫段祺瑞，袁世凯是很看好段祺瑞的，可惜段祺瑞是武人出身，不会笔试，尽管袁世凯很想让他当上第三协的协统，可惜他就是考不上。
根据袁世凯的规定，只有考试通过的人才有资格担任这个职位。段祺瑞的军事才能是得到袁世凯肯定的，可惜过不了笔试这关，怎么办呢？袁世凯后来想了个办法，将试题提前泄露给段祺瑞，就这样，段祺瑞当上了协统。
王士珍、冯国璋、段祺瑞就是所谓的北洋三杰。
由于袁世凯过人的练兵能力，朝廷精选出三千八旗子弟兵，让袁世凯训练。袁世凯将这三千八旗兵设置为京旗常备军，还提议让满人铁良带领这支军队。
当袁世凯把这支训练有素的军队交给铁良时，铁良深为佩服袁世凯，袁世凯这个人不仅会练兵，还会做官。他深知树大招风的道理，知道随着自己的崛起，慈禧一定会猜忌自己，所以千方百计让满人掌管京旗常备军。
随后，朝廷又命令各省督抚派人到天津学习袁世凯的练兵技术，这对袁世凯来说绝对是个好消息。但老于世故、久经官场的袁世凯多了一个心眼，他在想，慈禧让各省的人跟自己学习练兵，难道她不担心自己门生故吏满天下吗？所以保险起见，应该建议朝廷设立一个专门练兵的地方，由庆亲王奕劻提这个头，自己以顾问的身份来练兵，这样就可以避免太惹眼。