李鸿章原本已退居幕后，八国联军攻入北京后，慈禧再次起用他，让他担任直隶总督兼北洋大臣，代表清廷与列强谈判。所以说，李鸿章是一个非常可悲的人，别人搞出事来，总让他去收拾烂摊子，结果必然是做卖国贼背黑锅。
也就是在这个时候，许多有识之士恳请李鸿章就任中国大总统，支持者不乏像张之洞、刘坤一这样的实力派。李鸿章也不是没考虑过，但是他始终还是一个传统的士大夫，始终不敢挑起大梁。
接下来，李鸿章与列强签订了《辛丑条约》，这个条约是非常不平等的，中国要赔偿十亿两白银，据说李鸿章签字的时候当场吐血。
《辛丑条约》签订后，只有慈禧一个人是高兴的，全国人民都陷入了巨大的悲痛中，都在骂李鸿章是卖国贼。
不久，李鸿章就在悲愤中离开人世，临死前李鸿章反复念叨着：“毓贤误国。”
据说李鸿章临死前，给慈禧和光绪上了一道奏折，在奏折中他给慈禧推荐了自己的接班人，李鸿章说：“环顾宇内人才，无出袁世凯右者。”
慈禧接受了李鸿章的意见，让袁世凯担任署理直隶总督兼北洋大臣。此时，袁世凯俨然成为大清国的脊梁柱。在当时的中国，只有两个人是真正的实力派，一个是张之洞，另外一个就是袁世凯了。张之洞把湖南、湖北经营得不错，给自己的军队自强军装备了德国新式武器；袁世凯的新军比张之洞的军队更强，不仅配备了新式武器，还接受了严格的西式训练。
1901年10月，慈禧决定返回京城。到达直隶境内时，袁世凯听说慈禧进入直隶，立即准备了盛大的欢迎仪式。他将保定的行宫布置得极为奢华，慈禧离开直隶的时候，袁世凯为她准备了当时中国最豪华的专列，慈禧和光绪各用一节车厢，车厢内用豪华黄缎铺饰，慈禧用的瓷器和杯盘都是精心制作的。
就这样，袁世凯让慈禧无限风光地坐上了驶往北京的列车，慈禧很高兴，回到北京后赏给袁世凯一件黄马褂，允许他在紫禁城里骑马。
慈禧回京后，表示对义和团绝不姑息，袁世凯奉命征剿义和团，义和团大股势力基本被扑灭。后来，一个叫景延宾的人收拢义和团的残余势力，又打出“扫清灭洋”的口号，将清政府和洋人都当成敌人。袁世凯命令段祺瑞搜捕景延宾，一个月后，景延宾领导的义和团被扑灭，景延宾本人被凌迟处死。
袁世凯办事确实很利索，慈禧很满意，1902年6月，正式授予袁世凯为直隶总督兼北洋大臣。
经过这次劫难，慈禧也知道必须推行新政了，她让奕劻、刘坤一、袁世凯等人推行新政。新政的内容包括整顿吏治、改革官制、改定刑律、兴办学校、派遣留学生、成立警局、奖励实业、军队改革等等。