百日维新就这样开始了，发布了维新诏书，光绪就跑到颐和园里向慈禧报喜。
慈禧似乎没有太多的喜悦，只是面带微笑地点头，悠悠地说：“变法固然是好事，但是有三件事千万不能忘了。一、变法不能操之过急，任何事任何决策要深思熟虑之后才能行动；二、万变不能离其宗，再变也不能变天，不能变了江山；三、要多用那些老成持重的老臣，不要轻信那些哗众取宠的小臣。”
光绪唯唯诺诺地点头，心里却很反感那些守旧的老臣，特别是像李鸿章这种。光绪很明白，自己要站稳脚跟，必须提拔一批自己的人，除了康有为之外，还有后来的戊戌六君子。
光绪得到慈禧的允准，将康有为的册子复印多份，每个大臣发一份。这次改革可以说是非常激进的，几乎涉及国家的方方面面。经济改革有七十多项，政治改革有九十多项。
说实话，这么多新政接二连三地出台，就是连光绪自己都觉得眼花缭乱。看到这么多新政同时出台，慈禧感觉越来越悬，她担心的就是光绪的莽劲。
做一个有实权的皇帝就是爽，四天后，光绪罢免了对新政说三道四的礼部官员。要知道，慈禧在此之前叮嘱过光绪，二品以上官员的任免权必须由自己裁决。听说光绪敢私自罢免二品以上官员，慈禧很愤怒，光绪心里开始感到害怕。
慈禧决定给光绪一点颜色看看，慈禧首先免去帝师翁同龢军机大臣和内阁大臣的职务，让荣禄取代翁同龢。这一招非常阴狠，翁同龢是帝党的核心人物，罢免翁同龢等于是给光绪来个釜底抽薪。
慈禧此举给光绪心理造成了极大的震慑，他很担心慈禧接下来会搞掉自己。光绪紧急召见谭嗣同，让他将自己的困境转告康有为，让康有为出谋划策。康有为对光绪很是忠心，听说皇帝的困境，立即想办法，最后想出了四个主意：一、学习日本的明治天皇，皇帝应该在全国选一些忠心耿耿的勇士，由皇帝亲自统领，这些勇士既可以保护皇帝，在非常时期又能成为先发制人的武器；二、改戊戌年为维新元年，以此彰显朝廷变法之决心；三、减掉头发，更改服饰，以此动摇守旧派的心志；四、以巡幸的名义先到上海避避风头，防止慈禧出手。
这四条主意完全是一个书生的馊主意，根本是纸上谈兵，没有可行性。
眼看康有为也不能想出什么良策，光绪心情一天比一天焦躁，他仿佛预感到变法会流产，而自己也将失败。这段时间，光绪经常无缘无故地发脾气。
当时一个外国人这样描述光绪：“大清国皇帝陛下的容貌看上去要比他的实际年龄衰老许多，额部凹陷，脸色发黄。他的嘴角流露出的是悲伤的、疲惫的和带有孩子气的笑容。当他咧开双唇时，嘴里露出的是参差不齐的长长的黄牙齿，两侧脸颊上都出现了深深的凹坑。他的表情并非缺乏同情心，不过更多表现出的是麻木不仁。从他的容貌上看，我们看不到一点生趣。事实上，光绪皇帝给我的印象是：克制、冷漠、无趣、缺乏精力、疲惫不堪，整个人就像是半死不活的样子……好像生活对他来说已成为一种负担，这样的人必定在走下坡路。”
其实，在当时这种激进的变法确实让许多人感到困惑，连一向支持维新的袁世凯也觉得不妥。新政像雪花一样分发到各地，执行起来非常困难，而且各地官员基本都是传统的守旧派，对西方那一套根本一窍不通。官员们不懂新法，要让他们执行可以想象有多困难。
两江总督刘坤一的想法代表了大多数官员的思想，他说：“现在时事变幻莫测，一些思想离奇古怪，给人感觉像做梦一样，到底是怎么回事？可能是我年老昏聩吧，不懂其中的奥秘……”
百日维新这短短三个多月的时间里，光绪先后发布了一百八十多条新令，可见他心情之急迫。但欲速则不达，越急迫越办不好事情。
八月，京城里到处流传着谣言，说慈禧准备十月份带着光绪去天津阅兵，并在阅兵的途中趁机发动政变，废掉光绪。光绪听到这个谣言，更加恐惧。
此时的光绪彻底乱了方寸，连他的心腹大臣都不知道他想干吗，他们经常看到光绪莫名发火，有时又一个人偷偷地哭泣。在变法最紧要的关头，光绪急命康有为离开北京。光绪知道现在非常危险，在他心里，康有为是一个非常重要的人，变法很有可能流产，但只要康有为活着，将来或许还有东山再起的可能性。
接着，光绪又紧急召见袁世凯，说实话，在心理上，袁世凯是同情和支持光绪的。但光绪在这个敏感时期召见自己，他已料到事情非同小可，如果被慈禧知道了，可是大事。
光绪见了袁世凯后，也没有说套话，问他：“你的兵练得怎么样？”
袁世凯毕恭毕敬地回答：“士兵们已操练很久了，如果有战事，他们一定可以为皇上效力。”
光绪一听，面色稍有舒展，便问袁世凯平时是如何练兵的，袁世凯一一作答。光绪接着又说到变法的事，问袁世凯是怎么看的。袁世凯激动地说，皇上做的是利国利民的大好事！
看到袁世凯站在自己这边，光绪放心了。
接着，光绪忽然提到一个让袁世凯害怕的问题：“如果我把统领军队的重任托付给你，你能保证绝对效忠于我吗？”
袁世凯一听，知道光绪话里有话，连忙跪地：“微臣只要一息尚存，一定誓死为皇上效力。”
光绪没有多说，只是用一种奇怪的眼神看着袁世凯：“你明白我的良苦用心吗？我的处境你也是理解的。”
袁世凯抹着头上的汗水：“微臣一定见机行事，皇上的意思微臣完全明白。”
康有为听说袁世凯支持光绪，又给光绪上了一道奏折，请求光绪杀伐决断，干脆来个宫廷政变，包围颐和园，将慈禧轰下台。
没多久，朝中就有人弹劾康有为等人，光绪一听知道大祸临头了，他知道自己暂且不会有事，康有为只怕难逃一劫。光绪让人密告康有为，让他先逃到上海，康有为听到光绪的密谕，顿时眼泪流了出来，和爱国青年们抱头痛哭。
康有为说：“皇上处境这么艰难，还不忘关心微臣的安危，像这样的旷古明君世间少有，如果我这时候逃走了，我还算什么维新导师。大家一起来商量商量，看看怎么营救皇上。”
在这些青年中，有一个实力派人物，就是徐世昌，他是袁世凯的心腹好友。
几个热血青年说道：“我们也很想干一票，可惜我们手中没兵啊！”
康有为得意地拿出一封信，说道：“这是袁世凯给我的信，上面写着赴汤蹈火在所不辞，这不就有兵了吗？现在最关键的是找一个可靠的人去联络袁世凯。”
谭嗣同一听，立即站出来：“这个任务就交给我了。”
谭嗣同虽然是官僚家庭出身，但浑身上下有一股任侠豪迈之气，他找到袁世凯后，直接开门见山：“现在皇上处境危险，只有阁下手中有兵，你干还是不干？”
袁世凯虽然很吃惊，但心里是支持光绪的，他表示这个计划过于冒险，不如选择一个更稳妥的政变计划。根据袁世凯的意思，最好是等到慈禧和光绪到天津阅兵的时候再动手，自己到时以保护皇帝为名，当场诛杀荣禄，然后再囚禁慈禧，到时朝政就由光绪一人说了算。
谭嗣同一听，觉得袁世凯的话确实有道理，便将他的意思转告给康有为，康有为也同意了。
袁世凯那时是真心效忠光绪的，他回到天津后立即准备弹药和武器，准备大干一场。但袁世凯低估了对手的实力，光绪秘密召见他的事早已传入慈禧的耳中。
袁世凯在天津的所作所为似乎也为慈禧所知，慈禧给荣禄下了四道命令，让直隶提督聂士成带领一万七千人驻扎在陈家沟，如果袁世凯有异动，这支军队将第一时间进行阻挠袁世凯的行动。前后，慈禧调集了四万八千人拱卫京城，加上从山海关到北京的驻军，共计有十三万人。而袁世凯的新军不过七八千人，袁世凯看到慈禧的举动，明白了这个女人为什么稳坐江山几十年了。
光绪虽然授予了袁世凯直接杀荣禄的权力，还容许袁世凯杀完荣禄后直接取代荣禄为直隶总督兼北洋大臣。但袁世凯已经没有击败慈禧和荣禄的希望了。