1894年，中日甲午战争爆发，之后中国战败。战争的惨败促使光绪和一些有识之士积极图谋变法，珍妃力挺光绪，坚决支持光绪变法。
珍妃这么做等于是重蹈干政的覆辙，但作为一个女人她没有其他选择，她爱光绪，愿意为他分担忧愁。当时光绪的势力远远不如慈禧，只有一些维新派支持光绪，在宫里，光绪就更加势单力孤，只有珍妃是可以信任的人。
光绪戊戌变法除了富国强民，也是为了跟慈禧争权，珍妃介入此事，让慈禧格外恼怒。
戊戌变法失败后，慈禧大肆搜捕维新派，珍妃也未能幸免。光绪被囚禁在瀛台，珍妃被幽禁在钟翠宫一个偏僻的地方。从此以后，光绪和珍妃再也不能见面。
被囚禁没多久，珍妃就死了，年仅二十五岁。
关于珍妃之死，一直众说纷纭，有人说珍妃是投井而死，有人说是被李莲英杀死的，还有人说珍妃是被崔玉贵推入井中而死。
究竟珍妃是死于何因呢？
根据《清朝野史大观·清宫遗闻》的记载，八国联军攻入北京后，慈禧挟持光绪西逃，在出逃前，慈禧忽然想起了珍妃，让人把珍妃从北三所里释放出来，原本想带着她一起出逃，但是珍妃出来后，居然找到慈禧，再一次激怒了老佛爷。珍妃请求慈禧让光绪坐镇北京，与八国联军交涉。
听到这话，慈禧当即火冒三丈。珍妃这个提议是合乎情理的，当年咸丰出逃，让恭亲王坐镇北京，为什么慈禧听到珍妃的提议会如此生气呢？
其实，珍妃的意思很明显，她希望光绪借着这个机会将权力控制在自己手中，并在朝中树立起自己的威望。光绪自亲政后，实际上是个傀儡，现在是夺回权力千载难逢的好机会。
盛怒之下，慈禧秘密让亲信太监崔玉贵将珍妃推入贞顺门的井中。
作为一个太监，崔玉贵在宫中的地位仅次于李莲英，他是慈禧弟弟桂祥的干儿子，跟慈禧的关系也非常近。慈禧回到京城后，为了平息谣言，将崔玉贵赶出宫去。还对众人说，自己绝对没有要把珍妃推入井中的意思，当时只不过是在气头上说说而已，崔玉贵为了讨好自己，自作主张把珍妃推入井中。
光绪听说珍妃的死讯后，浑身颤抖。在那一刻，光绪的世界在崩塌，堂堂的大清皇帝，连自己心爱的女人都保护不了，光绪的精神深受打击。从此以后，光绪的内心世界充满了压抑，遭受政治和情感的双重打击，光绪原本脆弱的心灵已经变成碎片。
所以，光绪英年早逝也不是什么奇怪的事情。
据说，直到临终前，光绪身边一直带着一个盒子，盒子里装着珍妃的头发，真是一个痴情天子。光绪经常对着珍妃的头发发呆，恽毓鼎目睹光绪愁怨，写了一首诗歌颂光绪对珍妃的深情：
金井一叶坠，凄凉瑶殿旁。
残枝未零落，映日有辉光。
沟水空流恨，霓裳与断肠。
何如泽畔草，犹得宿鸳鸯。
1902年返京后，慈禧为了洗脱谋杀珍妃的嫌疑，对外宣称珍妃是一个烈妇，她之所以投井是为了避免被洋人玷污。为此，慈禧恢复珍妃的名誉，还晋封她皇贵妃。
珍妃的尸体在井里泡了一年多，恢复名誉后，她的姐姐瑾妃才敢恳请慈禧将妹妹的尸体打捞起来，慈禧恩准了。珍妃的尸体打捞上来后，被草草地埋葬于西直门外田村，这个地方有很多坟墓，主要是用来埋葬太监和宫女的。
慈禧死后，直到民国二年（1913年），瑾妃才将珍妃葬到光绪的崇陵里。