在清朝时，新疆是一块是非之地，动乱频繁。
1864年，新疆爆发了反清武装起义，整个新疆陷入动乱和割据之中。1865年，浩罕汗国在英国的支持下，派遣大将阿古柏入侵新疆。阿古柏进入新疆后，先后剿灭新疆的割据势力，自封为“洪福之王”。之后，阿古柏又攻占了吐鲁番，翻越天山后，又占领了乌鲁木齐。
阿古柏还和英国、俄国勾结。1871年5月，趁阿古柏北进之机，沙俄入侵伊犁，并放话说伊犁永远归俄国管辖。左宗棠就是在这样的情况下，受命收复新疆，当时左宗棠已经六十多岁，而且身体还有病。左宗棠是一个战神，国家有战事，怎肯托病推辞？
1876年，左宗棠率领三路清军向新疆进发。进入新疆后，左宗棠制定了“先北后南，缓进速战”的战略，先收复了乌鲁木齐及其周边地区，然后开始攻打吐鲁番，战神出手，果然不凡，不到半年时间，左宗棠就收复了北疆大部分地区。
进入南疆后，左宗棠号召新疆各族人民拿起武器，共同进击侵略者。1877年，阿古柏被左宗棠打败，兵败身亡。1878年，左宗棠又收复了和田，处决了勾结外敌的金相印。至此，除了伊犁外，新疆全境已收复。
晚清史是一段屈辱史，左宗棠西征总算给清廷打了一针兴奋剂，收复了新疆一百多万平方公里的土地。左宗棠能立下这么大的功劳，不光是因为他善于用兵，更是因为他有一股强烈的爱国精神。在出征的时候，左宗棠让士兵抬着自己的棺材，由此可见他战死沙场的决心。
左宗棠很清楚，征途还没完，新疆还有一座孤城等着他收复。这次，左宗棠面对的是俄国人。年近69岁的左宗棠开始整顿兵马，指挥三军再出玉门关，将大军部署在哈密，准备跟俄国人大战一场。
俄国当时正在克里米亚地区作战，看到左宗棠兵临伊犁城下，觉得如果跟左宗棠硬拼可能讨不到好处。左宗棠军队的锐气沙俄是亲眼看到了，事到如今，他们觉得还是谈判为妙。
1878年6月，清廷派遣吏部右侍郎崇厚前赴伊犁和俄国谈判，崇厚根本不是谈判的料，在狡猾的俄国人面前，他一再被愚弄，于第二年10月2日和俄国人签订了《交收伊犁条约》。根据条约，清廷赔偿俄国五百万两白银，并将伊犁以南和以西的土地割让给俄国，允许俄国商人到新疆和蒙古经商并全部免税，还必须允许俄国人经过新疆到天津、汉口和西安通商……
这个条约签订后，清廷上下一片沸腾，慈禧一怒之下将崇厚革职查办，刑部判定为“斩监候”。随后，清廷照会俄国：崇厚没有权力签订这个条约，条约无效。清廷决定另派代表和俄国谈判，这次派遣的人是曾国藩次子曾纪泽。清廷一面让曾纪泽去谈判，一面让左宗棠调兵备战。
俄国人好不容易忽悠崇厚签订了《交收伊犁条约》，听说清廷宣布条约作废，顿时恼羞成怒。俄国公使闯进总理衙门，对着清廷官员叫嚣：“你们敢撕毁条约，我们就动武。”
1880年7月，曾纪泽抵达彼得堡。双方开始了一场艰苦的谈判，俄国代表坚称条约不能作废，不仅不能作废，连修改都不行，甚至还要中国将沿海地方作为通商港口，还要清廷增加赔偿，否则就用武力说话。
为了给谈判增加筹码，俄国向伊犁增兵，还在黑龙江以北、乌苏里江以东部署重兵。曾纪泽在出发前，李鸿章就叮嘱他：“通商的事好商量，但是领土一定要保全。”曾纪泽毕竟是曾国藩的儿子，虎父无犬子，经过半年艰辛的谈判，1881 年2月，双方在彼得堡签订了《伊犁条约》。根据新条约，中国收复伊犁和特克斯河流域的两万多平方公里土地，俄国商人可以在新疆自由贸易，不需要缴税，此外给俄国赔偿五百多万两白银。
虽然这也是个不平等条约，但相比上一个条约要好许多，在中国四面楚歌的境地下，能够争取到这样的利益已经很不容易了，所以我们也不能苛求曾纪泽，谈判毕竟还是要用国力说话的。
《伊犁条约》签订第二年，清军就入驻伊犁。左宗棠担心新疆会再次出乱子，奏请刘锦棠出任新疆巡抚，受陕甘总督节制。在左宗棠和刘锦棠的努力下，新疆再次成为中国领土不可分割的一部分。