同治的病本来稍有好转，但经过慈禧一番折腾，病情很快发生逆转。
十一月十八日，同治的生命进入垂危状态。第二天，同治的腰部红肿溃烂，露出两个溃洞，脓水源源不断地流出。
没多久，同治全身溃烂，大清国的皇帝已被病毒占领，这是一个象征，帝国被病毒占领，处于畸形和腐烂状态。
二十五日，同治的腰部和臀部已经连成一团腐烂的浆水，大清国的皇帝就快变成了一堆腐肉了，连太医看到皇帝都忍不住要恶心。
二十九日，同治凝聚最后一口气，召见诸臣。其实，也没什么要事，君臣之间只有一些简单的问话，双方心里都很难受。谁也不希望看到皇帝这样，当初皇帝混迹于花街柳巷，群臣们建议他保重龙体。同治不但不听，反而责骂大臣，想到这一节，他心里充满了悔恨。
同治并没有安排后事，在大臣们的安慰下，他依然相信自己的病有好转的一天。
三十日，同治的病情进一步恶化，病毒正在侵蚀他最后一点生命。十二月初一，同治已经不成人形；到了初三，他已经是个脓状体了。初五，病毒彻底征服了同治，他缓缓闭上年轻又死灰的眼睛，这眼睛在最后的时刻流出死气和一丝疑惑。这疑惑是对生命的疑惑，是对人性的疑惑。同治最后的念头是：这一切是宿命，老爸是这么死的，自己也是这么死的。
用我们现在的话说，基因，命运的力量，不可抗拒。
据说同治临死之前头脑也还清楚，他想效法老爸，搞个临终托孤的游戏。虽然同治没有“孤”，但为大清国托一下也不碍事，我们姑且理解吧！同治找的人是帝王师李鸿藻，当时皇后也在身边，同治先是问皇后：“我死后找谁来做皇帝呢？”
皇后哭道：“国赖长君，臣妾不愿弄个小皇帝像当今太后一样弄权。”
同治一听，目光转向李鸿藻：“爱卿啊，朕决定立载澍为储君，让他继承大统吧！”载澍是康熙长子允禔五世孙，后来过继给道光的第九子为嗣。
李鸿藻一听，“哦哦哦”地记下了同治的遗诏。这个李鸿藻是个精明人，他知道皇帝的遗诏是无效文件，未来储君的决策权在慈禧那儿。所以他前脚从同治那里出来，后脚就进入西太后的大门里，将皇帝临终顾命之事和盘托出。
太后听完后，将临终遗诏撕成碎片，扔进火炉里，口里还骂着：“这个混蛋儿子，还有那个小狐狸精，合伙来坑我。老李，你给我听着，让人把皇上的药给停了。”
这个传闻不知是真是假，不过可以肯定的是载澍当时只有五岁，并不是个长君。如果不是同治头脑糊涂，那么这个传闻就是后人编造的。
同治短暂又痛苦的一生终于结束了，他的一生，可悲又可叹，罪恶又无奈。留给皇后阿鲁特氏的是地狱，暗无天日的地狱，从此她将生活在黑暗女王慈禧的黑色魔爪之下。
皇后哭成了一个泪人儿，她有太多的理由去哭，她伤的不只是情，她伤的是性命。皇后，你真的伤不起，不如吟诵元好问的《摸鱼儿》吧：
问世间，情为何物，直教生死相许？天南地北双飞客，老翅几回寒暑。欢乐趣，离别苦，就中更有痴儿女。君应有语：渺万里层云，千山暮雪，只影向谁去？
横汾路，寂寞当年箫鼓，荒烟依旧平楚。招魂楚些何嗟及，山鬼暗啼风雨。天也妒，未信与，莺儿燕子俱黄土。千秋万古，为留待骚人，狂歌痛饮，来访雁丘处。
这首词是元好问十六岁时写的，当时元好问到山西太原参加科考，看到一个捕雁者捕了两只雁，一只雁脱网而去，捕雁人杀掉一只雁后，那只脱网之雁悲鸣不已，盘旋不肯离去，竟至撞地而死。元好问是一个很敏感的诗人，大雁殉情一下子打动了他，让他体会到爱情的永恒性。于是乎，写下了这首千古流芳的词作。
说实话，同治这么一死，除了皇后，没有人真正哀痛他。慈禧不用说，没准儿这会儿还在偷着乐，那些后妃们，要指望他们对皇帝有感情，很难。至于大臣们，难过归难过，毕竟相隔好多层，在他们眼里，皇帝毕竟只是一个位子，皇帝死了，还会有人来做。
皇后难过归难过，还不能像大雁那样殉情，同治无后，国事交给谁来处理呢？皇后决定挑起这个担子，皇后有责任心是好的，但这无疑是自找麻烦。
慈禧的意思是立载湉为储君，载湉是奕譞的儿子，慈禧准备把他过继给咸丰，自己继续当太后。皇后听到这个消息，那是非常悲愤的，同治死了，理应从宗族中挑选一个过继给同治，再由他入承大统，自己当太后，慈禧当太皇太后。没想到，慈禧直接为咸丰挑儿子，那意思就是撇开自己。
皇后找到慈禧，想做最后的抗争，皇后的第一句话就是：“不管怎样，不可以让大行皇帝无后。”
慈禧一听，冷笑道：“大行皇帝无后，你这媳妇倒有理了，如果有个争气的媳妇，说不定大行皇帝早就有后了。”
皇后一听，泪如泉涌：“是……是我的错，是我辜负了大行皇帝，但现在太后这么做又是怎么回事呢？”
慈禧暴怒：“立储之事由我跟东太后说了算，你不要进来搅和，小心说了不该说的话，哀家赐死你。”
皇后：“死就死，有什么了不起，我早就想死了，至少得为大行皇帝立嗣，我才能去死。就算死，我也是从大清门里抬出去。”
“你……”慈禧翘起兰花指，愤怒地说，“你敢羞辱哀家，你找死啊？来人呐，给这个贱人掌嘴。”
“慢着，”慈安赶过来说道，“姐姐不要动气，皇后她也是为了大行皇帝好，大家各让一步。”
皇后的父亲崇绮一看女儿跟太后对着干，担心她遗祸家族，竟然跑到慈禧面前说自己女儿这不好那不好的。慈禧冷笑道：“崇绮，我看你也是个聪明人，大行皇帝去世后，皇后悲痛欲绝，我们就遂了她的心愿，让她跟大行皇帝一块儿去吧！”
崇绮一听，连忙说道：“老佛爷英明。”
崇绮回去后，让人给女儿送去了一个食品盒，皇后打开一看，发现里面空空如也。顿时明白，父亲这是让自己绝食而死，以免连累家人。在同治去世后七十多天，皇后绝食而死，终年二十二岁。
皇后殉夫后，慈禧对外界声称：“皇后跟大行皇帝的感情很深，坤仪天下，加封为嘉顺皇后。”