不能称之为“诞生”，而要称“登场”的圣约翰骑士团，在第一次十字军之前半个多世纪就已经存在于耶路撒冷了。因此它并非在12世纪初从零起点开始创立的。但在第一次十字军的时期，这一骑士团最终发展为真正意义上的战士集团。可以说，它向战士集团的转型，来自圣殿骑士团的刺激。而谈起圣约翰骑士团的创立，则与圣殿骑士团迥然不同。圣殿骑士团由法国骑士集结而成，而圣约翰骑士团则是由意大利商人创立。
意大利的诸多滨海城邦，如阿玛尔菲、比萨、热那亚、威尼斯四国，都在中世纪的地中海上纵横航行，与穆斯林和拜占庭帝国进行大宗贸易。其中最早的一个，是阿玛尔菲。
阿玛尔菲今日已然是南欧风景秀美的旅游胜地，而在1000年前却是积极与近东开展贸易的海上强国。其中有一位以与穆斯林贸易而致富的商人毛罗，得以通过购买埃及产的高级布匹，转售罗马高级神职人员，而与埃及的哈里发结成友好关系。
毛罗告知哈里发，希望其许可在埃及治理下的耶路撒冷建立起一座诊所，以帮助前往圣地的基督徒朝圣者。
对穆斯林来说，去往麦加朝觐，是人生当中最为重要的事件。固然穆斯林和基督徒信仰不同，但对朝圣的理解是彼此相通的。而毛罗则以商人的手段在哈里发的眼中获得了信誉。
最终得到哈里发许可的毛罗，与阿玛尔菲的其他商人一起，在耶路撒冷设立了西欧人最初的一座诊所。此时的诊所还未成为宗教骑士团，而只被称为“医院”，完全不是后来的武装集团。但从此，这座医院就成为了后世著名的圣约翰骑士团的雏形。骑士团的成员身着带有十字的服装，十字的形状和阿玛尔菲纹章中的十字图案相同。
圣约翰骑士团是为朝圣者提供医疗服务而设立的。而与之相反，圣殿骑士团设立的目的则是为朝圣者提供“武装服务”。
为了提供医疗服务的目的，圣约翰骑士团的总部“医院”，就设立在朝圣者进入耶路撒冷的雅法门和城中最重要的基督教圣所圣墓教堂之间的路上。对于没有必要接受医疗服务的健康基督徒来说，也可以在进入圣墓教堂之前，到医院内洗手沐足，或休憩片刻。
而对于医疗设施来说，医生是不可缺少的。在阿玛尔菲附近的萨勒诺，开设了西欧最古老的医学院。在这所医学院内，有着中世纪欧洲罕见的不问教师与学生宗教和民族出身的风气。无论基督徒、犹太人还是穆斯林，都能平等地在其中担任教职，或接受教育。
毛罗和其他阿玛尔菲商人很可能请了萨勒诺医学院毕业的医生前往耶路撒冷，并为朝圣者提供了医疗设施。倘若这一情况属实，在从阿玛尔菲启航，前往近东的帆船上，就会有萨勒诺医学院毕业的年轻医生出现在意大利商人和水手之间。
通过给予毛罗建立医院许可的法蒂玛王朝哈里发的统治时间，我们大约可以推测出，西欧基督徒在耶路撒冷建立的最早的医院，开设于1050年前后。
过了半个世纪，十字军来到了耶路撒冷。在此期间，最初由世俗商人开办的医院，渐渐交由修士和神职人员来运营。
转手的原因有两点：其一，阿玛尔菲的国力在此期间衰落了；其二，与有其他事业的世俗商人相比，修士更适合从事带有慈善性质的工作。
圣约翰医院骑士团的纹章
最终，到了十字军进攻耶路撒冷的时候，城内基督徒的医院，已经完全由修士来运营了。
十字军攻陷耶路撒冷的1099年，虽然穆斯林总督流放了城内全体基督徒，圣约翰修会医院内的修士依然留居城内。由于医院的修士们不仅治疗基督徒，对守城的穆斯林来说，留下他们十分必要。
当十字军攻城时，圣约翰修会的成员也参与了守城一方的抵抗。总督要求他们在城墙上向十字军投掷石块。
但他们毕竟是基督徒。在十字军攻城时，这些身着僧侣服装的医生并没有投掷石块，却向城下扔下了面包。
总督看到基督徒修士们的行为，当即命令将决定投掷面包的修会领袖杰拉尔多以下的全体成员处斩。
但当修士们就要被杀的时刻，十字军冲进了城内，收复了这座圣城。未被处刑的圣约翰修会医生们，马上投入到紧张的工作当中，治疗十字军攻城战中产生的大量伤员。
由投掷面包事件而著称的杰拉尔多，在鲍德温二世即位两年之后病亡。
其后继承圣约翰医疗修会会长职位的，是一位生于法国南部的骑士，名叫雷蒙·杜·布伊。这位贵族因为和教皇代表阿德马尔主教的亲戚关系，成为了圣约翰修会的领导人。到1118年，最初以为朝圣者提供医疗服务为目的而成立的圣约翰修会，转变为一支宗教骑士团。
它不再是单纯提供医疗服务的集团，而成为对异教徒斗争的战士集团。
在18世纪人的肖像画中，1118年之前担任圣约翰医疗修会会长的意大利人杰拉尔多·萨索，和之后担任圣约翰骑士团团长的雷蒙·杜·布伊，有着完全不同的身姿。这两幅画反映了该时期修会的变迁。
以面包代替石头投掷给十字军的杰拉尔多，身着修士的僧袍，而雷蒙·杜·布伊则身穿甲胄。
第二代团长雷蒙·杜·布伊
第一代团长杰拉尔多
圣约翰骑士团的直属上司罗马教皇，在其从修会转变为骑士团之后，正式为之授予了象征战团的军旗。这面军旗以红底白十字图案，区别于白底红十字图案的圣殿骑士团旗帜。
若将其与圣殿骑士团对比，圣约翰骑士团明智的一点是没有将杀死异教徒作为成员的行为准则。毕竟，圣约翰骑士团成立的明确目的，还是以医疗服务为核心，保护朝圣的基督徒。
随着只知道作战的骑士大量加入圣约翰骑士团，这一组织的战士集团色彩变得越来越浓。尽管如此，这些骑士必须每周履行一天为医生担任助手的义务。后来，圣约翰骑士团从耶路撒冷搬到了罗得岛，后来又到了马耳他，改名“马耳他骑士团”，但骑士的这项义务始终没有改变。
此外，在十字军历史上不可或缺的两大骑士团之间，还有一点风格上的差别。
圣殿骑士团是在耶路撒冷国王鲍德温二世的敕令下成立的，其总部在耶路撒冷的东半部分，穆斯林生活区的中心位置。
追溯到古代，此处建立的是所罗门王的圣殿，而在中世纪伊斯兰化之后，圣殿遗址上建起了著名的阿克萨清真寺。从阿克萨清真寺向北，又有一座以金色圆顶著称的圆顶清真寺纳入今人的眼帘。
中世纪的穆斯林，常以耶路撒冷的东半部作为自己的圣地。
当第一次十字军在耶路撒冷建都以后，昔日的伊斯兰化为基督教化所取代。圆顶清真寺一度变成了基督教堂，而阿克萨清真寺则成为耶路撒冷国王的宫殿。
这两座建筑一直保持着恢弘雄伟的风貌。而鲍德温二世将圆顶清真寺和阿克萨清真寺附近一半以上的广场，提供给圣殿骑士团作为其总部。古犹太国时代的王宫，变成了“所罗门的马厩”——对骑士团来说，马是必需品，而在开阔的广场上，便利地拴着许多马匹。这大概就是鲍德温二世将这片广场赠予圣殿骑士团的原因。
十字军统治下的耶路撒冷城市图
随着耶路撒冷成为十字军王国的首都，逐渐有少量穆斯林回到城内居住。虽然第一次十字军在“解放”圣城时将城内穆斯林屠杀殆尽，为了发挥其都市机能，穆斯林回城居住十分必要。毕竟，陆续前来的朝圣者，大都在朝圣巡礼之后返回了西欧。而逐渐地，穆斯林也不会遭到基督徒的残杀了。
人数不多的基督徒，就这样在穆斯林占多数的中近东地区建立了十字军国家。在耶路撒冷为基督徒攻陷之后19年，为了满足经商、役使佣人和翻译等需要，城内的穆斯林逐渐增多。担任18年耶路撒冷国王的鲍德温一世，也以怀柔的政策，促使原来居住在城内的穆斯林返回。鲍德温一世还承认了基督徒男子与穆斯林女性的通婚。
到了鲍德温二世统治的时期，这座基督教的首都内已经居住了相当数量的阿拉伯和突厥穆斯林。在他们眼里，从圣殿阿克萨清真寺里招摇而出的，是白色胸衣上画着大红十字的骑士集团。而这些骑士的行为准则里，则堂而皇之地写着对异教徒格杀勿论的要求。
以被西欧人简称为“神殿”或“圣堂”的伊斯兰教圣所为基地的圣殿骑士团，并不能认真遵循其创设之初的规定了。
而圣约翰骑士团的医院勤务们，穿着的是带有白色阿玛尔菲十字的黑色僧袍。在出征时，骑士们会在印有红底白十字图案的黑色僧衣之上覆盖自己的甲胄，一变而成战士的集团。但圣约翰骑士团一直没有离开阿玛尔菲商人所建的医院。他们以收容病人为优先，不会把拴马桩当作最重要的设施。
因此，与圣殿骑士团并称的圣约翰骑士团，得到了“医院骑士团”的别名，而给人们留下了深刻的印象。在穆斯林看来，“圣殿”之称会联想起阿克萨清真寺，而“医院”的称呼则引发了对与自身信仰相同的哈里发和苏丹所作所为的联想。
以圣殿骑士团和圣约翰骑士团为代表的身兼修士与骑士两职的宗教骑士团，是十字军的产物。换句话说，如果没有十字军的话，这样的修会或骑士团是不可能存在的。
而这一现象，以在第一次十字军时代出现而引人注目。毕竟，率领第一次十字军的诸侯，是拥有与法国国王属地一般大小的广阔领地的大领主。而他们属下的骑士，也从一开始没有领主的局面，变成了洛林公爵或图卢兹伯爵的部下。
“解放”耶路撒冷时的西欧诸侯，并未想到在东方成立骑士团。而此后以十字军精神自诩的骑士们，逐渐从西欧来到了东方。在这里，他们为圣殿骑士团和圣约翰骑士团所吸收。
以战斗集团而肇始的圣殿骑士团，全体创始成员都来自法国，而从医生集团转变而来的圣约翰骑士团，也以法国来的骑士为主。这自然与参加第一次十字军的诸侯部队大都来自法国有关。那些未紧紧跟随诸侯的骑士们，为了生计最后都被迫加入了宗教骑士团。
圣殿骑士团的骑士（左）与圣约翰骑士团的骑士
因此，在守势中承担十字军国家防务的鲍德温二世，面对长期兵力不足，需要向外借兵的状况，不会忘记大力扶植宗教骑士团的发展壮大。
而宗教骑士团的本质是以军事行动为目的的修士集团。修士们既然决心一生侍奉上帝，就要以毕生精力投入上帝所期望的军事行动之中。
于是鲍德温二世有了能够致力于防御中近东十字军国家的常备军事力量。可以说，这两支骑士团就是十字军国家的常备军。
然而，圣殿骑士团和圣约翰骑士团都采取的是志愿兵制度。从西欧前来的骑士们，要担负被穆斯林从北、东、南三个方向围困的十字军国家的防务，一直到其死亡为止。这两支骑士团从未有过兵力强大的时期，最多的时候不过300～500人，而时常以100骑的兵力投入战斗。在研究者看来，骑士团的作用，相当于现代军队中的“特种部队”。
但即便是100骑，对鲍德温二世也有很大的帮助。圣殿骑士团和圣约翰骑士团的活动区域，一般不出耶路撒冷周边的范围，而在鲍德温二世需要时，他会委托两大骑士团守卫耶路撒冷，自己率领部众御驾亲征。