6月23日，来自圣埃尔莫要塞的炮声沉寂了。经过近一个月的激战，圣埃尔莫要塞终于陷落。当天，奥斯曼兵像雪崩一样涌入要塞，防守方所有人被当场砍下头颅，连伤员也未剩下一个。
听说留下了10名骑士，但等待他们的是更加惨烈的死法。他们被活活剥去人皮，绑在原木上扔进了大海。海流经过圣埃尔莫要塞前方流进海湾，把这些骑士冲到了圣安杰罗要塞所在的海边。奥斯曼方面估计到了这样的结果，才采用了这样的行刑方法。
紧接着，奥斯曼陆军司令穆斯塔法帕夏派使节往见拉·瓦莱塔，说：“如果骑士团团长不想也这样死去，就请接受我的建议。我会像罗得岛攻防战时苏莱曼许可的那样，同意你们体面地撤走。”
拉·瓦莱塔对使者说：“回去告诉穆斯塔法，他在马耳他所能得到的土地只有他的葬身之地。”
拉·瓦莱塔估摸着使者把话转告给穆斯塔法帕夏的时间，采取了以下行动。他把迄今俘虏的所有奥斯曼兵全部带到敌人看得见的城墙上，一个一个地砍头让敌人看。然后把他们的头颅当作炮弹射进奥斯曼阵地。马耳他攻防战就这样以牙还牙、以眼还眼地持续着。
马耳他骑士团在钢铁意志的团长率领下岿然不动，而奥斯曼军却开始动摇。攻防战已经超过了向苏莱曼许诺的一个月时间。
经过一个月的进攻，本该高高飘扬在马耳他全岛的红底白色半月旗只在圣埃尔莫要塞上空飘扬。圣安杰罗和圣米凯莱两座要塞是正殿，在那里猎猎飘扬的仍然是骑士团的红底白色十字旗。
皮里亚帕夏对进攻打法提出了批评。他本该待在海上却登上陆地，事事与陆军司令穆斯塔法帕夏唱反调。穆斯塔法当然不会高兴。士兵们成天看着他们两人骑马并行，争论不休。士兵的厌战情绪开始抬头。
两位非凡的将领不如一位平凡之将。在把不同任务交给两个司令官时应该考虑好，把最终决定权交给谁，任命时即应明确。苏莱曼好像疏忽了这一点。
况且，马耳他攻防战时奥斯曼方面的这两位将军实在不是什么非凡之将。
穆斯塔法帕夏战争经验丰富，但那些展开大军战斗的战场都是在多瑙河沿岸的匈牙利、美索不达米亚等辽阔的平原。他并不习惯于在狭小且地形复杂的马耳他岛，尤其是在岛上狭窄且遍布岩石的地带作战。他完全被拉·瓦莱塔制定的把敌人调集到这种地带一决胜负的战略套了进去。
而皮里亚帕夏则连平凡都谈不上，遑论非凡。
首先，他被授予近200艘船舰的指挥权，却不懂得有效利用。封锁通往西西里的海路以阻止来自西西里的援军这种念头，似乎从未在他脑海中闪现过。于是，马耳他骑士团的5艘舰船直到攻防战末期都一直无所事事。
更加严重的失职是，他根本没有尝试从海上攻击圣安杰罗和圣米凯莱要塞。圣埃尔莫陷落后，奥斯曼船便可以自由出入海湾了。如果把船驶进海湾，用船上的大炮轰击，这两座要塞都将遭到来自海陆的两面炮击。然而，船舰在皮里亚帕夏指挥之下，一直在远离要塞的湾内安全海域下锚停泊。就连奥斯曼兵自己也在相互议论，说他一心只想把苏丹岳父托付的海军一艘不失地带回伊斯坦布尔。
虽然如此，皮里亚帕夏坚持说进攻迟缓的责任在穆斯塔法帕夏，对这位经验丰富的年长武将一步不让。两人的关系很像经过野战锻炼的司令官与参谋本部的精英参谋之间的关系。然而，这种时候后者往往更加盛气凌人。
坚守方马耳他骑士团的境况也越来越差。尽管他们在坚忍不拔地坚持战斗，但战斗力却在不断减弱。和威尼斯共和国一样具有当时最高水准的骑士团医师们，也只能眼睁睁地看着伤员断气，伤员被运来时已无法施救。不论是被炸飞了一条腿，还是箭深深扎进腹部，只要还能动他们就在坚持战斗。
一个多月过去了，翘首以待的西西里援军迟迟未到。西西里传来的消息只有一句话：募集不到士兵。
西西里全岛不可能募集不到腓力二世承诺的1.6万名士兵。身居“副王”高位、受西班牙国王之托统治西西里的唐·加尔西亚，在确定奥斯曼军要来进攻时曾亲自到访马耳他，与拉·瓦莱塔共商防御大计。当时他对派遣援军相当积极。但他是西班牙国王手下的官僚，敏锐地感觉到腓力二世已被欧洲战争所吸引，对马耳他的关心开始淡薄。于是，他对驰援马耳他变得消极起来。如果他仍像以前一样态度积极，他可以呼吁同样地位的拿波里“副王”，很容易募集到1.6万人。
拉·瓦莱塔已经不再固执于1.6万这个数字，请求能募集多少就派多少。他甚至传过话去，将派骑士团的5艘舰船护卫西西里援军由海路来马耳他。可是，唐·加尔西亚的暧昧态度并未因此稍有改变。
就这样，7月过去了，时间进入了8月。海上刮来了东南风，混杂着撒哈拉沙漠沙子的黄风还带来了海上大量的湿气。奥斯曼兵不适应这种气候，大受其苦。奥斯曼式的军服适合冬季穿着。军装也是一种文化，不会为适应作战地区而改制。罗马帝国的军团兵在北欧作战时，穿的也是裸露着手臂和脚部的军装。
奥斯曼军士兵的粮食充足，但看着存粮日减，也会令人产生匮乏感。在战场上，这种感觉会导致对饥饿的恐慌。乘船回祖国的海路需时两个月，这让不安萦绕在他们心头。
绝对缺乏的是新鲜水。地中海南部的夏天几乎不下雨。在原本就缺少绿色的马耳他岛上，没有天然泉水。缺少新鲜水导致了疫病的发生。奥斯曼士兵因病而亡的人数在增加，比来自两个要塞的炮击和骑士经常性的游击行动所造成的牺牲还要多。这使得奥斯曼士兵的士气更加低落。
穆斯塔法帕夏真的急了。从抵达马耳他的5月18日算起，被拖在马耳他已经有3个月了。如果想打开战局，就需要改变战术。
奥斯曼军第一次把船队开进了两个要塞所在的海湾，他们想从海上发起进攻。可是，从船上炮击后士兵却不能登陆。要塞面海的一侧只有巴掌宽的地带围着高耸的城墙。穆斯塔法命令士兵在这巴掌宽的地带登陆，然后用绳梯攀爬城墙。这不是一个海军将领的打法，他毕竟只是一名陆战将领。
这个动向早被骑士团发现。拉·瓦莱塔命令，在参战的马耳他岛民中特别挑选农民出身的士兵，在狭长地带上布阵，任务是袭击登陆上岸的奥斯曼兵，砍掉他们的脑袋。他们常年饲养牛羊，即使不习惯挥剑，也惯于使用短刀。海上攻击没有收到穆斯塔法希望的效果。
进入8月以后，奥斯曼军向两个要塞发起的总攻都没有取得成果。骑士团以一当十，牺牲自然很大。奥斯曼军先投入了1.5万人，接着投入2万人，但回到营地的最多只有2/3。穆斯塔法帕夏指挥总攻后回到帐篷，皮里亚帕夏喋喋不休地责备他。这种情形士兵们已经司空见惯。
防守的骑士已经奄奄一息，但奥斯曼方面的情况也在不断恶化。就这样，进入了这年9月。
9月7日，穆斯塔法帕夏正在指挥总攻，连水手都动员了起来。他自己也数不清这是第几次总攻了。这时，他收到了一条来自皮里亚帕夏的消息，说载着西西里援军的船队在马耳他的5艘船护卫下渐行渐近。
正在防守阵地指挥作战的拉·瓦莱塔更早地收到了这条消息，是马耳他5艘舰船的统帅罗梅加斯发来的。他写道，援军不足6 000人，而不是1.6万人。
但拉·瓦莱塔却宣布道，1.6万人的援军将陆续抵达，然后把写有援军将到的字条绑在箭上大量射进奥斯曼阵营。
这一招彻底摧毁了穆斯塔法帕夏最后的斗志。主要战斗力3万人，加上其他人员共5万人的奥斯曼军因战斗和瘟疫已损失了2万人。
穆斯塔法帕夏命令全军上船。皮里亚帕夏同意了这道命令。士兵们也一定不愿再在马耳他多待一刻。帐篷被迅速叠起，登船速度之快令人吃惊。
然而，已经离去的奥斯曼军两天后于13日又返回来了。不知他们是在哪里又是怎样得到的消息，说抵达马耳他的西西里援军不是1.6万人，而是不足6 000。心有不甘的穆斯塔法帕夏认为还可以再战，于是命令全军掉头返回。
西西里援军在马耳他岛北部登陆，开始奔向战场，他们不到6 000人。奥斯曼军纵然有1万人，但却斗志丧尽，在穆斯塔法帕夏眼前被打得屁滚尿流，奥斯曼军司令只得命令再次登船。这回奥斯曼军是真的离去了。