一六四四年五至六月，大顺政权领导集团经由山西太原、平阳（今临汾）返回西安。由于兵力不足，对畿辅和山东地区已经无力顾及，所以把防御重点放在山西、河南一线。五月中旬，李自成对山西一带的防务作了具体部署：晋北大同地区由制将军张天琳统领一万多名士兵镇守；晋中太原地区由文水伯陈永福带领兵马一万镇守；晋东南长治地区由平南伯刘忠镇守，兵员数字不详。李自成离开太原时亲自召见了陈永福，“授以坚壁清野之计”。为了加强山西的防务，又留下右营大将、绵侯袁宗第以兵万人屯于临汾挂甲庄。在河南卫辉府一带也留下刘汝魁等部大顺军镇守。
为了巩固对山西、河南等地的控制，大顺政权还采取了措施打击和防范各地官僚豪绅的叛乱活动。大顺军主力西撤以后已无法有效地镇压河北、山东的叛乱，而在山西、河南则仍然采取了有力的对策。对于已经发生的叛乱，坚决用武力平定。五月上旬，大顺军从河北撤入山西时，山西平定州（今平定县）、榆次县和太谷县的官僚劣绅背叛大顺政权，关起城门，不让义军进城，甚至填塞冰井，给军队饮水造饭制造困难。李自成等人当即下令攻城平叛，把参与叛乱的分子处以死刑。五月中旬，山西定襄发生了大顺政权的饷银被明朝官僚组织的“游兵”劫去、典史被害的事件，该县县令密报省城太原，当即派来大顺军三千多名平定了叛乱，并由镇守忻州的大顺军将领“兼辖定襄”。大顺军在力所能及的范围里坚决打击叛乱活动，在一段时间里遏制了河北、山东官绅地主叛乱活动的蔓延，使山西、河南等地的大顺政权得以暂时稳定。
为了同样目的，大顺政权还采取了一项重要的防范措施，即在六月间下令把山西、河南等地的明朝官绅，强制迁往陕西各地重新安置。如五月间，河南滑县举人王良翰、程见周等绅衿，定盟“起兵，将斩伪令以待王师”。相邻的濬县（今浚县）明典史李化桂也勾结当地士绅，秘密策划逮捕大顺政权县令马世聪。这两起阴谋败露后，首恶者都被处死。滑县令刘三晋还具疏奏请“李自成，欲一网打尽”。六月，大顺军将领刘汝魁带着兵马来到，把濬县、滑县、长垣三县的明朝官绅押往陕西，“各安置边远州县”。大顺政权山西巡按也奉命把全晋之缙绅，“其未死与潜匿者，票催尽解西安。”河南辉县一带的“大小乡绅、举贡，则尽并其家属押解陕西。”顺治二年清都察院的揭帖中说，“河南、山西官绅为贼逼勒西行，甚有合家颠连，求生不能，求死不得者。”这种大批迁徙明朝官绅的目的，在于使这些地头蛇脱离故土，无从发挥他们的反革命能量。
关于李自成等大顺政权的领导人为什么没有在山西就地组织固守，伺机反攻，而是径直返回西安的问题，由于其失败后档案被毁弃一空，我们无从知道李自成等人当时是怎样商议和决策的。看来主要是因为西安是大顺政权立国的地方，称为西京。一些史籍曾经记载大顺军渡河东征时，中央机构仍然留在西安，李自成统兵所到的地方称为行在，六政府各选一侍郎从征。此外，李自成的妻子高氏从来没有在北京露过面，可以肯定这位皇后一直留在西安。这就意味着，大顺军占领北京期间，实际上存在着两京制度。北京失守以后，西安就成了大顺政权的政治中心。另一个原因可能是当时西北地区的大顺军队比较多，李自成需要亲自去组织反攻力量。然而，李自成在西撤过程中，没有尽可能地把较多的主力部队留在山西，也没有任命一位高级将领统筹山西防务，回到西安后又没有及时地从陕西调集兵力加强山西的驻军，这在战略上似乎是一个比较严重的错误。
李自成回到西安以后，确实很快就开始了反攻的准备工作。顺治元年七月，清大同总兵姜瓖在一件塘报里，提到了大顺永昌元年七月初七日发出的行牌，其中有“长安二府田（指田见秀），绥德、汉中高、赵（指高一功，赵光远）从西河驿过河，统领夷汉番回马步兵丁三十万，权将军刘（指刘宗敏）统兵十万过河从平阳北上。又报皇上（指李自成）统领大兵三百五十万，七月初二日从长安起马。三路行兵，指日前来。先恢剿宁武、代州、大同、宣府等处，后赴北京、山海，剿除辽左。至叛逆官兵尽行严洗，顺我百姓无得惊遁”等语。这个行牌为了先声夺人，在兵力数字上不免有所夸张，但表达了大顺政权领导人有整兵渡河、同清军再决雌雄的意向。行牌中宣布以田见秀、高一功、赵光远（原为明朝汉中总兵）统兵三十万为先锋，也值得注意。他们在大顺军进军北京时分别留守西安、绥德和汉中，养精蓄锐，兵马齐整，计划中让他们打头阵，安排也是合理的。大顺政权还加紧了反攻的其他准备工作，如筹集军用物资，在平阳府属各县“派征钢、布、翎毛”等物；在山西泽州、潞安（今晋城、长治地区）“打造盔甲”；在河南怀庆地区也积极征集制造箭翎的羽毛。在军事方面也采取了一些措施，如清兵部右侍郎金之俊在顺治元年六月上的奏疏中说：“臣接易州道塘报，流贼尚在太原，日事招练。又询之真定副将王燝云，伪将马总兵（当即大顺军大将马重禧）径倚固关以蔽我。且连日据守门官军盘获流贼奸细，供称来京探信，实繁有徒。可见逆闯包藏祸心，固未尝一刻忘东向者。”七月间，大顺军还曾派出部队东出固关，一度占领了河北井陉县城。八月，奉南明弘光政权之命前往北京同清政府和谈的左懋第也在奏疏中说：“然道路传闻，闯贼盘据晋中，以多寇守紫荆、倒马、井陉等关，似贼不甘心于（虏）而与为难者。”九月间，高一功部也曾经一度由陕北攻入山西。然而，这些措施毕竟属于准备工作和局部行动，大规模的反攻始终没有成为事实。我们不大清楚李自成在部署反攻时遇到了哪些困难。从一些迹象来看，内部的不稳定是个重要的原因。不稳定的因素包括：一、当时在西北地区的明朝投降将领还掌握着部分兵权，清王朝则利用各种社会联系对他们广为招徕，而他们的态度也或是暖昧难明，或是跃跃欲试；李自成为了防范可能发生的武装叛变，不得不在战略要地分驻大顺军旧部，这就必然要牵扯相当一部分力量。这年六月，大顺军绥德守将高一功和延安守将亳侯李过，突然把镇守榆林的确山伯王良智（即李自成进攻西安时开门投降的明朝守将王根子）处死，由高一功接管了榆林的防务。王良智为什么被杀，没有见到能够说明当时情况的材料。上面曾经提到，清廷写给“西据明地诸帅”的书信曾送到了他手里。此后他同清方是否有来往不得而知，但不能排除这种可能性。更明显的一个例子是：上文说到七月间大顺军组织了一次反击，由山西出固关占领了河北井陉县。正待扩大战果时，投降大顺政权的明都司崔有福，突然在晋西永宁州（今离石）叛变。他聚集乡兵逮捕了大顺政权的州牧，占领州城，并且骚掠接境的临县、宁乡（今中阳）二县。大顺军被迫“移兵围州城”，直至八月二十五日才攻克。这次叛乱虽然平定了，反攻的部署却被全盘打乱。二、在文职官员当中，原明朝投降官僚以至一部分没有出仕明朝的封建文人，在大顺军遭到重大挫折时也阴萌异志。《豫变纪略》记载了牛金星在西安时对其亲戚说的一席话：
“一日，出为贡生置酒，饮间忽叹曰：‘人生乱世，贵贱何足道，孽报耳！’因指其首曰：‘保此物大难。我在祸网中，或庶几可以幸免，即不免而砍之悬于市曹也亦宜。君死网中胡为乎？幸即出居他所，卒有变，利有逃匿，保此头颅。’遂呜咽流涕而罢饮。”
李自成还惩办了一些朝廷和地方官员，如刑政府尚书耿始然、户政府侍郎李天笃以及平阳防御使张爌等。有的固然是因为贪赃枉法，有的则是同政治态度有关。上述迹象表明，大顺军败回西安之后，内部矛盾有逐渐激化之势。在这种情况下，要想全力对敌就不大可能了。
最后，我们还要着重指出一点，即从一六四四年六月李自成返回陕西到下一年正月放弃西安，经过了半年的时间，大顺政权当时管辖的地方还相当广阔，处理着好几个省的政治、经济、军事日常事务。从现存的非常有限的一些材料可以说明，大顺政权在西安期间不仅做了大量的工作，政策上也作了相应的调整。如在财政政策上就作了重大的改变，停止了追赃助饷，改而实行按土地数字征收赋税的政策。上文说过，李自成在北京时就感到大规模地追赃助饷对大顺政权的稳定不利，四月初八日曾亲自出面干预，把拘留在营中追赃的明朝官僚全部释放。然而，当时只是停止了在北京对明廷官员的追赃助饷，其他地方则仍在继续进行。回到西安以后，便“通行免追比”。全面停止追赃助饷的原因固然比较多，但主要原因还是避免对官绅地主打击过分而不利于后方的稳定。
追赃助饷一经停止，各地政权便失去了财源，势必要用其他方式来代替。我们至今还不清楚大顺朝廷是否规定了统一的征税制度，但从各地的零星材料来看，从一六四四年六、七月起，许多地方确实开始了征收赋税。如顺治元年七月，清国子监司业薛所蕴启本中谈到，大顺政权在他家乡河南辉县，“每地一亩五分，追比急如星火。又按亩征解阔布，花缺布贵，敲朴就毙，人相枕藉。又科派雕以充箭翎，臣乡此鸟最少，乃至死鸱一只，费银十两有余。又派打造盔甲。”曾任明朝兵部尚书、投降大顺政权不久又降清的张缙彦也说：“雕翎、鱼胶，尽派穷民；钢铁、牛角，亦入地亩……。初诱百姓以三年免征，后辄百端催科。”史料还记载，陕西麟游县大顺政权曾经“踏勘荒熟”，征收税粮，“计当时共坐阖县熟地一千五百一十六顷四十五亩，按地该粮一千八百八十三石。”这些史实都说明在形势逆转的情况下，大顺政权被迫提前改变了赋税政策。只是由于满汉地主阶级相勾结已成大势所趋，局面已无法挽回了，财政政策的改变并没有收到什么效果。