崇祯九年七月高迎祥的被俘，只是当时农民军中最强的一支遭到重大挫折。就明末农民战争的全局来说，仍然在继续高涨。李自成等部活跃于陕西、宁夏，甘肃；张献忠、革·左五营、罗汝才、刘国能、李万庆等大部起义军则驰骋于河南、湖广、安徽的广大地区。起义军行如飙风，使明政府地方当局顾此失彼，应接不暇，处处陷于被动状态。朱由检感到需要挑选一个有反革命才能和魄力的官员担任兵部尚书，统筹军务，把轰轰烈烈的农民起义镇压下去。他根据素来的观察，选中了原宣大总督杨嗣昌。当时，杨嗣昌因为父亲杨鹤病死，正丁优在家。朱由检用人心急，特旨“夺情”，起用杨嗣昌为兵部尚书。崇祯十年三月，杨嗣昌到达北京。陛见时，他摆出一幅胸有成竹的样子，侃侃而谈，仿佛他一上任就能把农民起义镇压下去。杨嗣昌为人机警圆滑，深得事君之道。他善于揣测朱由检的意图，奏对时多方迎合。朱由检听得十分入耳，每次接见都谈得很久，对杨嗣昌的建议言听计从，连声说道：“恨用卿晚”。
杨嗣昌上任以后，主要抓了三件事：一是制定战略；二是议兵议饷；三是推荐人材。
在战略方面，杨嗣昌对明廷面临的军事形势作了一个全盘的分析。在兵员和财力都捉襟见肘的情况下，究竟以对付关外的满洲贵族进犯为主，还是以镇压中原的农民起义为主？杨嗣昌主张集中兵力打垮农民军，即所谓“安内方可攘外”。他在崇祯十年四月初二日的《敬陈安内第一要务疏》中说：
“窃臣犬马弩钝，加以草木幽忧，一切失其常度。蒙恩破格起用，叠奉明旨星趋，首以安边荡寇勉臣料理。似乎安边第一，荡寇次之。微臣乃言必安内方可攘外。何也？窃以天下大势譬之人身，京师元首也，宣蓟诸边肩臂也，黄河以南、大江以北中原之地腹心也。人之一身，元首为重。边烽讧肩臂之外，乘之甚急；流寇祸腹心之内，中之甚深。急者诚不可缓图，而深者尤不可忽视也。诚使腹心乂安，脏腑无恙，则内输精血，外运肢骸，以仰戴元首而护卫风寒于肩臂之外，夫复何忧？今腹心流毒，脏腑溃痈，精血日就枯乾，肢骸徒有肤革，于以戴元首而卫肩臂，岂不可为慄慄危惧也哉！以故臣言必安内方可攘外，必足食然后足兵，必保民斯能荡寇，此实今日证治之切，根本之图。非敢缓言攘外也，求攘外之至急，不得不先安内耳……。”
这个奏疏的中心意思，是认定农民起义是腹心之患，而山海关外的满洲贵族只是肩臂之疾。因此，杨嗣昌反复陈言，主张把军事重点放在镇压农民起义上面。为了达到“安内”的目的，他建议集中兵力、财力对农民起义军展开大规模的围剿。为此，他提出了“张十面之网”的反革命军事部署。具体说来，以陕西，河南、湖广、凤阳这四个农民军活动的主要地区为四正，责成这四个地方的巡抚“分任剿而专任防”，即以剿为主，防为辅；以延绥、山西、山东、应天、江西、四川这六个省份为六隅，责成这些地方的六个巡抚“时分防而时协剿”，即以堵击起义军进入自己管辖地区为主，必要时也参加协剿。另以陕西三边总督统率西北边兵，同中原地区的五省军务总理直辖的机动兵力作为主力，“随贼所向，专任剿杀。”
从表面上看，杨嗣昌“张十面之网”的军事部署似乎非常严密，象某些封建史家评述的那样，大有“滴水不漏”之势。实际上这种计划完全是纸上谈兵。起义军经过十年的艰苦奋战，实力和作战经验都已大大提高，杨嗣昌规划的“十面张网”根本不是什么牢不可破的铜墙铁壁，一旦义军在任何方向上破网而出，“滴水不漏”就必然变成决堤洪流。所以，这个部署不过是杨嗣昌一厢情愿的如意算盘罢了。
议兵议饷。杨嗣昌为了实现一举荡平的美梦，建议增兵十二万，具体方案是：凤阳和泗州祖陵官兵五千，承天祖陵官兵五千，各坚守不动；陕西三边总督官兵三万，总理军门官兵三万，作为追剿起义军之用；凤阳、陕西二巡抚官兵各一万，湖广、河南二巡抚官兵各一万五千。兵增加了，饷自然也得随着增加。按杨嗣昌计算，十二万官兵中，步兵七万四千名，每名每天发给饷银五分，一年共需银一百三十三万二千两；马兵三万六千名，每名每天支饷银、草料银一钱，一年共需银一百二十九万六千两，两项合计共需银二百六十二万八千两。后来经过户部尚书程国祥计算，这个饷额只够供十一万名兵员之用，还需增加一万名官兵的饷银十八万两，总计筹饷二百八十万八千两。
在明末社会经济遭到严重破坏，社会财富高度集中的情况下，要筹集这样一笔庞大的军饷，办法只有让皇帝、亲王、勋戚和大官僚地主拿出银子来。然而地主阶级贪婪吝啬的本性决定了此路不通。朱由检在崇祯十年四月二十七日召对大臣时说道：“去岁谕令勋威之家捐助，至今抗拒，全无急公体国之心。就是省直乡绅也不捐助。及至贼来，都为他所有了。怎么这等愚？”朱由检在指责勋戚乡绅时，颇有点旁观者清的味道，可是一谈到自己的内帑就暴露了他同样财迷心窍。他说：“贼定要大剿，定要用大兵，只是钱粮若不出于民间，就该发帑藏了。目今帑藏空虚。因粮与加派无异，前查约数若干限二日内奏夺，如何不见奏来？”
皇帝带头叫穷，勋戚和乡绅也抗拒不捐，增加的兵饷就只有全部压到髓乾血尽的贫苦农民身上了。杨嗣昌的建议，这二百八十万两银子的主要来源是按田亩加派。在这以前加派的方法是根据卢象升的建议，凡缴纳地亩粮税在五两以上的加征若干。这种方法称之为因粮，其特点是由纳税粮多的地主承担加派。尽管它归根结底还是落到佃种地主土地的农民身上，但一般农民缴纳税粮不可能达到五两以上，也就不在加派之列。卢象升的建议多少考虑到了当时农民的实际状况。他明白，农民们之所以纷纷起义是因为无以为生，再要从他们身上榨取更多的银钱，势必驱使更多的人参加起义。杨嗣昌作为官僚地主的代言人，坚决反对这种“分别贫富”的“因粮输饷”，主张不再区分税粮多少，按田亩一体加征。他说：“因粮输饷，前此卢象升奏行一年，不能应手。良由宦室富民从来飞洒、诡寄，以避大户差徭，如今欲分贫富，其事甚难，只分得个巧拙而已。”崇祯帝急于把农民起义镇压下去，只要能拿到养兵的银子就不计后果，立即同意杨嗣昌的建议，一律按亩均输。这就是许多史籍上语焉不详的“改因粮为均输”的内容。
崇祯十年闰四月，朱由检正式下诏加征剿饷。诏书说：
“流寇蔓延既久，生民涂炭已极。不集兵会剿，贼不能速除；不多措钱粮，兵不能大举。帑部匮诎，设处无方。廷议改因粮为均输，暂累吾民一年，除此腹心大患。筹思再四，万非得已。……今责成所在抚按，大张榜示，备述朝廷为民除残、多方轸恤至意。遍集官吏，严行戒饬，递布乡村，详加劝谕，使远迩尽知，贫富均纳，果能遵行无扰，自然好义乐输，剿功告成，一体叙录。”
加饷二百八十万两，“改因粮为均输”，无异是朱由检、杨嗣昌为代表的反动统治阶级饮鸩止渴。在朝廷讨论增兵加饷的时候，杨嗣昌就说过：“黄河以南，大江以北，东西七、八千里，止有州县城池尚在，其余村落残破难堪。臣昨从湖广荆州·襄阳二府、河南南阳·开封二府过来，亲见地方数百里无一茎青草，人民相食，至不忍言。”下面我们将会看到，实行这种方针的结果，是把数以百万计的农民赶至起义军一边，直接导致了崇祯十三年以后农民起义的大发展。
除了加派以外，杨嗣昌还建议查核“溢地”，说是农民开垦的田地超出了原先的田亩数额，查出之后计亩征税对于解决增饷也不无小补。在当时大面积土地抛荒的情况下，提什么清查“溢地”，简直是痴人说梦。它无非是为了避免大地主增加负担而巧立名目，加紧对贫苦农民搜括的又一法罢了。户部尚书程国祥迎合朱由检和杨嗣昌的意图，别出心裁地引唐代为例，建议税房间架，向城市居民征收门面税。朝廷据此发布诏令说：“暂借民间房租一年”。规定不论大、小户，一律按门面征收税银一钱。有的地方官趁火打劫，自行规定“每门面之内有房一间即税银一钱。”北京城里的小户人家怨声鼎沸，象明世宗时百姓把皇帝的年号嘉靖呼为“家净”一样，他们也“呼崇祯为重征”，借以发泄对朝廷苛捐杂税的不满。
关于用人，杨嗣昌大力推荐两广总督熊文灿接替王家桢为总理。他在疏中说：“臣思总理一官，与总督专任剿杀，须得饶有胆智，临机应变之才，非见任两广总督熊文灿不可。”值得注意的是，杨嗣昌同熊文灿过去并没有在一起共过事，自然也谈不上有什么真切的了解。那么，他为什么这样斩钉截铁地断言，负责中原“平寇”事宜的总理一职非熊莫属呢？原来其中另有文章。熊文灿本是个大言无实的人，自诩知兵，在福建巡抚任内招抚了“海盗”郑芝龙，升为两广总督，以后又平定了“海盗”刘香，颇得朝廷赏识。两广物产丰盈，又是对外贸易的门户，各种奇珍异宝、新巧物事都从这里流入中原。熊文灿深悉宦途奥妙，经常收罗财宝献给朝廷里的权贵，希望长期保住两广总督这个肥缺。崇祯帝生性多疑，他对刘香的下落和熊文灿的为人都不大放心，于是派出一名亲信太监借口前往广西采办药材，实际上是来广东密访。熊文灿不了解朱由检的真实意图，单凭这位太监是皇帝的亲信，又施展出他那套笼络手段，送上大批财货，大排宴席“留饮十日”，弄得这位太监乐不可支。一天喝酒的时候，太监谈到“中原寇乱”，不胜感慨地说“无人为朝廷尽力”。熊文灿多喝了几杯酒，一时忘乎所以，拍着桌子骂道：“此行间诸臣误国耳！若文灿往，讵令贼至是乎！”太监见熊文灿义形于色，当即站了起来推心置腹地说：“某非往广西采办者也，衔上旨观公。公信有当世具，非公不足了此事。某请覆命，召且旦暮至，公宜思办寇速装。”熊文灿大出意料，自悔失言，乃转而摆出客观上有“五难四不可”，说自己虽有能耐也无可奈何。太监笑道：“此数事某见上立请之，若主上通行无所吝者，即公亦不得谢矣。”熊文灿没得推托了，只好硬着头皮答应。太监回朝后，果然在朱由检面前把熊文灿的才器和抱负吹嘘一番。朱由检信以为真，准备任命熊文灿为总理。杨嗣昌探得朱由检的意图所在，就上章荐举。
为了保证新加剿饷真正拿到手，杨嗣昌建议在户部内添设总督省直剿饷侍郎一人，推荐傅淑训担任，“得自用吏分部郡县，不及额者以乏军兴论。”
经过一番密锣紧鼓的策划，到崇祯十年十月，杨嗣昌认为兵、饷事宜都已就绪，正式上疏请求皇帝下达总围剿令。他神气活现地写道：
“今则网张十面，刻值千金，断断不容磋过矣。臣计边兵到齐，整整在十二月、正月、二月为杀贼之期。除凤、泗、承天祖陵所在理应防守外，确确以河南、陕西为杀贼之地。然陕西有闯、过等贼大夥盘桓，未能剿绝，不当驱关东之贼与之合势也。臣之愚计，要使陕抚断商、洛，郧抚断郧、襄，楚抚断德、黄，皖抚断英、六，凤抚断颍、亳，而应抚之兵仍堵潜、太，江抚之兵急堵梅、济，东抚之兵直堵徐、宿，晋抚之兵横截陕、灵，保抚之兵飞渡延、津一带。然后总理提边兵，监臣提禁旅，豫抚提左（良玉）、陈（永福）等兵，同心并力，合剿中原，为不尽不休之势。倘闯、过大贼透出关东，则秦督提左（光先）、曹（变蛟）、祖（大弼）诸帅之兵与之俱出。下三个月苦死功夫，了十年不结之局。是在我皇上赫然一震怒间耳。……断断乎可三月而平贼也。”
这个所谓“三月平贼”的狂妄计划，经朱由检批准后正式下达。
杨嗣昌入主中枢以来，明朝廷的反革命部署是迫使农民拿出钱来养兵，凭借日益庞大的军事机器去屠杀起来反抗的农民，竭力挽救摇摇欲坠的地主阶级统治。杨嗣昌等人所采取的措施，在一个短时间内确实起了强心针的作用，使明王朝这个病入膏肓的患者，在临近灭亡之时出现了一阵回光返照。这既表现在崇祯十一年至十二年初，明政府的加紧剿杀取得了某些成效，也表现在农民起义队伍中一些不坚定分子见官军来势凶猛，便误以为明廷的力量不可低估，甚至在这种假象面前迷失了方向，滑入了妥协投降的歧途。