什么是应仁之乱？如本书所述，这场大乱有不同的侧面，但本质上是两大大名联合体的冲突。大乱以这种形式爆发，可以从室町幕府的政治体制中寻找原因。
前著《日本中世战争史》中曾讲到，诞生之初的室町幕府曾备受诸将反叛的困扰。南北朝内乱平息后，幕府命令在地方作战的诸将上京，诸将原则上有在京的义务。这是想要监视、控制他们。另一方面，兼任数国守护之职的实力派武将作为“大名”，被许可参与幕府决策。这就是守护在京制度。曾有研究者将室町幕府定义为大名联合政权，正是出于这个原因。
显然，在京都构筑了宅邸的大名们通过连歌、赏花等活动保持着交流，但不仅是大名与大名个人之间，大名家与大名家之间也有联系。纽带是大名的家臣。譬如说，幕府奉行人饭尾氏同族中，有人担任细川京兆家或赤松氏的在京奉行，细川京兆家的家臣上原氏或药师寺氏的同族当中，也有不少人担任细川氏分家、备中守护家或赤松氏的在京家臣。在京都活动的大名家臣们，通过同族关系与幕府或其他大名家连接起来，维持着以将军和各大名协商为基础的幕府政治的运行。
但是，如果将军领导力不足，大名们的横向联系就会形成派阀。比如嘉吉之变中将军足利义教被暗杀，将各大名团结在一起的核心丧失，细川、畠山两管领家开始争夺主导权。各大名不是集结于将军之下，而是分别投靠两管领家，于是细川派与畠山派的派阀斗争越发激烈。
细川胜元与山名宗全合作是为了压制畠山氏，当畠山氏因为内部纠纷而弱化时，细川氏与山名氏结盟的重要性就降低了。与山名氏领国接壤，备受其压迫的备中守护家等细川氏旁支本来就对与山名氏结盟抱否定态度。山名宗全一边，也对助力赤松氏复兴的细川胜元不信任。最终，新兴势力山名氏挑战霸权势力细川氏，应仁之乱爆发了。
然而，过度强调细川氏与山名氏的对立也是不对的。两者之间因斯波氏问题（山名宗全支持斯波义廉，细川胜元支持斯波义敏）和赤松氏问题（赤松政则与山名宗全敌对，而与细川胜元交好）等存在矛盾，但二者一直互相妥协，避免平衡被打破。两者的合作到文正政变驱逐伊势贞亲为止都还能维持，因此不能说细川氏与山名氏的冲突是注定的（参考第二章）。
第三章讲到，无论东军还是西军，都不是铁板一块。西军核心山名宗全与畠山义就的同盟诞生于文正政变之后，东军中发挥重大作用的斯波义敏和赤松政则迅速接近细川胜元，也是在他们的庇护者伊势贞亲失势之后。文正政变使将军亲信势力下台，政局一下子动荡起来，这时细川对山名的图式才变得鲜明。也就是说，两个阵营都是匆忙拼凑的集团，各大名的两极化并非导致大乱的主因。
那么，应仁之乱为什么爆发？家永遵嗣指出，统治关东的政策对立不容忽视，在偏远地区的竞争中，大名间的利益是相对较容易调和的。对在京的大名来说，比起在关东数度反叛的足利成氏，在畿南横冲直撞的畠山义就是更切实的问题。因而，应仁之乱爆发的直接原因是畠山义就上京。应仁之乱爆发后，足利义政试图让畠山义就回归领国，以此阻止战乱发展，这一事实也可作为旁证。然而，促成畠山义就上京的山名宗全最初的打算是无血政变，并没有要与细川一方打一场全面战争的计划。
让事态无法挽回地恶化的，是山名宗全对御灵之战的介入。即便与畠山政长一对一战斗，畠山义就也能取胜，山名宗全派遣援军之举只不过是画蛇添足。本来，各大名之间的合纵连横是防御性的、保守的，并不具备联合进攻的特征。畠山义就军受山名宗全支援，击破畠山政长，看起来像是细川胜元对政长见死不救，令细川胜元失掉了作为武士的面子。细川胜元之所以做出组织东军开战的决断，不用说，是听了成身院光宣等的进言，同时细川胜元也感到了危机，因为若不诉诸武力，容忍了山名宗全的暴行，就会失掉作为大名联盟盟主的声望。
如果问题只是细川与山名二者之间的利益冲突的话，通过交涉达成妥协是可能的。事实上，文明六年（1474），细川氏与山名氏先于诸将开始媾和，两家根本算不上不共戴天之敌。然而，由于细川胜元与山名宗全拉拢了大多数大名，要想解决参战大名的全部问题，就变得极为困难。而且，战争长期化以后，各大名的受损程度越大，他们就越希望能取得足以抵消所付出的牺牲的成果，战争也就更加长期化，变成了恶性循环。从山名氏手中夺回旧领国的赤松政则反对与西军讲和，就是典型的例子。两军的矛盾核心不明确，两位盟主的领导能力有限，导致将军足利义政的调停不断失败。
后来，因大内政弘与斋藤妙椿的奋战，西军取得了局部的胜利，但由于补给线被东军切断，最终西军决定放弃战争。战争以拥戴将军足利义政的东军让叛军西军降伏的形式结束了，但大乱前后幕府的权力构造发生了剧变。特别要提出的是，大乱后大多数大名离开了京都，回到了自己的领国。这是因为能够保证大名管理领国的已不再是幕府对守护的任命，而是大名的实力了。
最近，上田浩介批判了应仁·文明之乱后守护在京制度立即崩溃的定论，认为足利义尚、足利义稙反复命令在领国的大名上京，成功使一部分大名回京这一事实不能忽视。但守护在京制度并不只是实力派守护（即大名）驻留京都，参与幕府活动而已。
重要的是，吸收各大名的意见，反映到幕府政治中的模式已经荡然无存。应仁之乱后不久，畠山政长就任管领，但畠山政长忙于讨伐畠山义就，并不怎么关心幕府政治。此后细川政元继任管领，但多次在就任管领仪式后立即辞职。应仁之乱前，团结各大名并领导幕府政治的管领一职是众人竞相争夺的对象，如今却被如此草率地对待，这一事实极好地体现了各大名远离幕府政治的情况。在各大名家之中，权力已由那些与别的家族有种种关系的在京家臣转移到扎根地方的领国出身家臣手中，在京的好处确实越来越少了。
大乱后勉强维持的守护在京原则，因明应政变而完全崩溃。在京的各位大名一个接一个地回到了领国。政变后仍然存在支持足利义稙的大名，因政变被拥立上台的足利义澄缺乏正统性也是一个问题。即便如此，政变发动者细川政元自己仍不时离京，并没有积极辅佐足利义澄的意思。正如足利义澄感叹的“天下诸侯，各自在领国割据”（《鹿苑日录》），将军的权力基础仅剩下近臣和奉公众等直臣阶层而已了。
根据这样的事实，今谷明提出的细川政元发动政变是为了拥立傀儡将军，自己作为事实上的将军君临天下的说法是无法成立的。正如山田康弘所证实的，政变后主导幕府政治的是伊势贞宗，细川政元是从外部支持幕府。而且本来细川政元是否是明应政变的首谋者就存疑，甚至有一种观点认为，其实是与伊势贞宗关系亲密的细川政元重臣上原元秀说服细川政元发动政变。
从另行任用将军这种夸张的做法来看，我们常常不知不觉就会想象细川政元有垄断幕府政治、树立细川政权的野心。但应仁之乱后的幕府，是否真具有特地夺取的价值，尚有商榷的余地。细川政元参加明应政变的最大动机，应该是担忧因将军长期亲征河内，领国摄津会陷入混乱。从他背叛父亲细川胜元的盟友畠山政长这件事上也可以看出，为掌握幕府而需要高门第人物畠山政长的细川胜元，与把支援缺乏实力的政长视作重担的细川政元两者政治志向的差异。末柄丰指出，细川政元在京是为了以京都为节点，掌控摄津、丹波两个领国。与其他在领国的大名一样，比起幕府政治，细川政元更优先考虑的是领国的统治，这一见解是恰当的。
随着战国史研究的发展，应仁之乱后的将军并不只是装饰，而是具备一定权威和权力的存在，这一点越发明朗。然而不容忽视的是，如神田千里所指出的，战国时代的“天下”一词其实是五畿内的意思。战国时代将军统治区域的“天下”，仅限定在京都周边。一般说的“守护大名”是以将军权威为背景实施领国统治；与之相对，战国大名是依靠自身实力统治各“国”。因此，将军无法干涉战国大名的内政。可以说，幕府变成了一个畿内政权。由于将军出面调停，战国大名之间偶尔也会出现纷争，将军地位高于大名这一点并未发生变化，但这与应仁之乱前将军与各大名在京都通过反复协商阻止战争、维持全国政治秩序的体制已经完全不同了。
室町幕府是各大名推戴将军为领袖的“一揆”同盟，可以这样评价。嘉吉之变后的政局使各大名的同盟一分为二，变为对立的两大阵营，引发了应仁之乱。但讽刺的是，挑起应仁之乱，同时也是应仁之乱主体的两大大名集团，随着战争结束一并解散了。接着，一直在幕府政治中被埋没的守护代阶层和远国守护，作为战国大名登上了历史舞台。以往以京都为中心的政治秩序被迫发生剧变，地方的时代开始了。