文明十七年（1485）四月，因为与将军会面的顺序，幕府的奉公众与奉行人产生了分歧。（《后法兴院记》）奉公众就是将军的亲卫队，是武官；而奉行人则全权负责文书行政，是文官。奉行人本来身份低微，但随着幕府机构的扩大，其重要性日益增加，于是也谋求提升自己的地位。两者的争执扩大，除了一人，奉行人全体罢工了。
五月十七日，在东山山庄隐居的足利义政对此深感忧虑，于是命令奉行人的首领布施英基隐居，布施英基表示拒绝。（《十轮院内府记》）布施英基、饭尾元连准备袭击奉公众，将宅邸改筑为要塞，修筑箭楼。（《亲长卿记》）将军足利义尚将其视为对自己的反抗，遂命令奉公众制伏布施英基。（《十轮院内府记》）二十三日，奉公众数百骑穿戴甲胄，拥向布施宅邸，但因细川政元调停，没能打得起来，细川政元让家臣放跑了布施英基。（《亲长卿记》《实隆公记》《十轮院内府记》）
当月二十五日，因为奉公众攻击布施英基宅邸，饭尾元连等四十余奉行人愤而出家，躲藏起来，幕府政务陷入停滞。（《亲长卿记》《实隆公记》《十轮院内府记》）也因为这件事情的缘故，六月十五日足利义政也出家了。（《大乘院寺社杂事记》）
八月十五日，三十三名奉行人响应足利义政的召回，还俗、复职。（《亲元日记》）看起来事情算告一段落了，但因为足利义政允许事件当事人布施英基复职，引发奉公众反抗。十二月二十六日，布施英基与其子善十郎赴东山山庄与足利义政会面，随后前往足利义尚的小川御所，在那里被奉公众暗杀，其理由是“东山殿（足利义政）或许会饶恕他的罪过，但室町殿（足利义尚）还没有饶恕他”。（《大乘院寺社杂事记》《亲长卿记》《实隆公记》《荫凉轩日录》）奉公众在殿中实施暴行，是受到足利义尚认可的吧。
这一事件直接体现了大乱后室町幕府的权力构造，此事历来被研究者重视。寻尊敏锐地评价道：“东山殿（足利义政）是奉行一方，室町殿（足利义尚）是近臣一方。”这一事件是足利义政、足利义尚父子对立，与奉行人、奉公众对立相结合的结果。
应仁之乱以前，维持着室町幕府的是兼任多国守护的在京大名们。（参见拙著《日本中世战争史》）镇压大和永享之乱与畠山义就讨伐战中，讨伐军的主力是大名的军队，因而说是大名联军并不过分。（参见第一章、第二章）
然而，应仁之乱结束后，大名们一个个回到领国。从斯波义敏、义宽父子对越前的统治被朝仓孝景取代的例子可以看出，守护将领国统治交给守护代，自己留在京都，已经是有百害而无一利了。前面谈到赤松政则，他到了让重臣浦上则宗留在京都，自己回到领国的地步，发生了堪称“逆转”的现象。如此一来，文明十五年还在京都的大名仅剩下细川一族和一色义直了（畠山政长正与畠山义就交战中）。在大名们不在京都的状况下，幕府内奉公众和奉行人的存在感就相对提高了。
于是，奉公众与奉行人会争夺主导权就是理所当然的了。但在平时，作为行政官员的奉行人明显更有利。稍微有些被压制的奉公众会接近被足利义政压制的足利义尚，可以说是必然的。足利义尚想要亲自决断，但奉行人并不立即写成文书，而是“暗中请示东山御所（足利义政）的意见”，想取得足利义政的许可。（《松尾神社记录》）足利义尚因此十分不快。而且，足利义尚与文化人足利义政不同，是个爱好射犬、猎鹰，喜好武力之人，因此和奉公众更容易亲近。足利义尚与奉公众积压的不满，导致了布施英基暗杀事件。
事件之后，足利义政更加失去对政务的兴趣，他向周围人透露：“既然没有人听我的命令，我以后再不过问政事。”长享元年（1487）七月，相国寺万松轩的住持宗山等贵向足利义政上诉，希望认可其对若狭国向笠庄（今福井县三方上中郡若狭町向笠）的直辖管理（驱逐反抗的现任代官），足利义政却闭门不见，表示：“我现在已经不再过问诉讼之事。”（《荫凉轩日录》）这样，原本被足利义政和足利义尚一分为二的将军权力集中到足利义尚一人身上。
但足利义政并非一直贯彻他的初衷，此后也反复无常地过问过政治。比较典型的一件事是，足利义尚已许可奉公众佐竹光明担任相国寺领地美浓国西山口乡的代官，却因相国寺反对，足利义政宣布足利义尚的任命无效。（《荫凉轩日录》）足利义政要求足利义尚撤回他的裁决，却被足利义尚拒绝，于是足利义政独自裁定将西山口乡归还相国寺。实施这样的“调停”，足利义政会从寺院收到谢礼，因而可见他并不是完全放弃了自己的权力。
足利义尚就任将军后，足利义政依旧参与政务，原本的理由是辅佐年幼的足利义尚。但足利义尚成年后，足利义政虽几度宣告引退，却依旧干预其执政。对于渴望以唯一绝对将军的身份实施单独统治的足利义尚而言，父亲足利义政的存在如今已完全是个障碍了。
长享元年（1487）九月，为了讨伐近江守护六角高赖，将军足利义尚亲自率军出兵。京都的群众聚集前来观看，看到青年将军英姿飒爽的样子之后，纷纷双手合十而拜。“这是真的征夷大将军啊。”欢声雷动。（《鹿苑日录》）连对足利义尚的资质没有信心的寻尊，在知道近江的兴福寺领属庄园被归还后也十分感激，特地上京送足利义尚出征。“一天中独一无二的光景，莫过于此。”寻尊在日记中这样写道。
正如一条兼良在《樵谈治要》中所说：“在守护等不遵命令之时，征夷大将军应该兴起义兵，速战速决。”世间对将军的认识，不是足利义政那种闭门不出的文化人，而是临阵指挥的武家首领。事实上，如果足利义政作为东军主帅出战，应仁之乱或许能早早结束。足利义尚把父亲视作反面教材，希望成为一个理想的将军。
讨伐的公开理由是：“六角高赖趁应仁之乱占领近江的寺社本所领和奉公众的领地，幕府数度下达归还命令，却拒不听从。”（《亲长卿记》《长兴宿祢记》）换言之，本次出兵是足利义政以来的寺社本所领返还政策的延续，因此寻尊也很高兴。但是，足利义尚的真实目的并不在此。本次出兵的契机是，七月，领地在近江的四十六名奉公众向足利义尚状告六角高赖的暴行，称六角高赖掠夺他们的领地，有人甚至因此饿死。（《荫凉轩日录》）也就是说，寺社本所领返还不过是旗号而已，现实的重点是恢复奉公众的领地。
足利义尚命令返回各自领国的大名们上京，参加六角高赖讨伐战。即便如此，诸位大名多数仅派遣子嗣或家臣代其参战，自己并不出动。（《常德院殿样江州御动坐当时在阵众着到》《亲长卿记》《荫凉轩日录》）将领国内的寺社本所领、奉公众领地编入守护麾下的，不止六角高赖一人，其他大名也是一样。（《长兴宿祢记》）明天就轮到自己了，有这种担心的诸位大名对六角讨伐战犹豫不决是自然而然的事。细川政元也只是作为管领不得不追随足利义尚出战而已。百濑今朝雄评价说，讨伐军的主力是奉公众，是奉公众把足利义尚从京都抬到了近江。
兴致高昂的大名为数不多，斯波义宽是其中之一。斯波义宽率五千兵力参战，被足利义尚任命为讨伐军主将。如前所述，投靠东军的朝仓孝景以尊奉斯波义宽为主君的名义获得了大义名分，得以驱逐西军甲斐氏，成功控制越前。但随着越前局势逐渐安定，朝仓孝景开始反抗斯波义宽。应仁之乱结束后，朝仓孝景与斯波义宽为越前的控制权大打出手。朝仓孝景死后，战斗仍在持续，直到斯波义宽终于放弃争夺越前，于文明十五年（1483）去了自己领国之一的尾张国。斯波义宽试图通过六角讨伐战积攒战功，让足利义尚准许自己恢复对越前的统治。
六角高赖一战战败，很快就躲藏起来，此后仅有少数六角家臣进行零星抵抗。然而足利义尚并不打算回京，而是继续待在军中。足利义尚出兵时，向寺社本所承诺把被六角氏夺走的领地归还他们，此时却把寺社本所领的田租征收为军费使用。（《后法兴院记》《长兴宿祢记》）这样一来，寺社与公家没得到一点好处。
奉公众应该也不愿长期出兵，因此，把六角讨伐战单纯解释为足利义尚应那些在近江有领地的奉公众的愿望发兵是解释不通的。足利义尚应该有明确的目的。
这里需要注意的是，不仅是在京的奉公众，连身在京都以外的奉公众也出兵了。因为应仁之乱的缘故，为了维持领地而离开京都的奉公众不断出现，作为近臣侍奉将军的奉公众人数减少。足利义尚利用亲征近江的机会，试图让应仁之乱中离散的奉公众重新集合到自己的麾下。这一军事动员不单要恢复奉公众的人数，也要提高奉公众的素质，通过在战场上共同作战，强化将军与奉公众的主从关系。
这还不只是对奉公众的政策，足利义尚还把奉行人也带来了。足利义尚滞留的钩之阵（位于今滋贺县栗东市），事实上是个行政机关，奉行人在此工作。但是，伊势贞宗、饭尾元连、松田数秀等足利义政政务中的关键吏员留在了京都。足利义尚费力把幕府的政治机关搬到近江，以摆脱足利义政的干涉。
然而，如设乐熏所指出的，近江的奉行人也有依照足利义政的指示行动的情况，足利义政的影响力并没能完全排除。足利义尚为了切实掌控奉行人，不得不继续驻扎在近江。
但是，驻扎近江的时间越长，足利义尚与诸势力的摩擦就越多。反对屯军近江的诸势力之首就是细川政元。细川政元的消极态度广为人知，他在大津三井寺驻屯，并不鲁莽地前进到钩之阵，而且还有传闻说正是政元重臣安富元家与上原元秀引路放跑了六角高赖。（《长兴宿祢记》）长享元年十一月，细川政元向足利义尚进言撤往坂本（今大津市坂本），却未被接受。（《大乘院寺社杂事记》）
十二月，细川政元弹劾专横的足利义尚亲信结城政广、尚隆兄弟，二阶堂政行等，要求足利义尚处罚他们。（《大乘院寺社杂事记》）但是，足利义尚非但没有排斥他们，甚至更加倾向亲信政治了。加上富坚政亲回到加贺，斯波义宽返回尾张等，诸位大名优先考虑领国事务离开战场，已经没有别的道路留给足利义尚了。
将军的亲信近臣势力与诸位大名的对立是必然的，也是无可奈何的。但是，结城政广等狐假虎威，借将军之名追逐私利，奉公众也十分反感。（《大乘院寺社杂事记》）他们这些将军亲信，应该是连接奉公众与足利义尚的纽带，却并非一定代表奉公众的利益，反而游离在奉公众之外。
长享三年（1489，八月二十一日改元延德）三月，足利义尚（长享二年六月改名足利义熙）病重。母亲日野富子慌慌张张地跑到钩之阵看望。（《后法兴院记》）足利义尚的病因可能是饮酒过量，据说他在病床上仍饮酒不止。（《大乘院寺社杂事记》）二十六日，足利义尚病逝（终年二十五岁），讨伐军未能实现目的便护送着足利义尚的遗骸回京了。失去庇护者的结城兄弟与二阶堂政行不知去向。
虽然足利义尚未尽其志就倒在半途，但即便他能够延长些寿命，目标能否实现也令人怀疑。足利义尚与细川政元等大名之间的隔阂很深，亲信近臣与奉公众的关系也在恶化。可以说，病魔把足利义尚从四面楚歌的境地解放出来了吧。
足利义尚亡故，下任将军由谁继任成了话题。除了足利义尚，足利义政并无男嗣，只能从近亲属之中选择继任者。候选人有足利义政的弟弟足利义视的嫡子足利义材，和足利义政庶兄政知的儿子清晃（已出家，在天龙寺香严院）。换言之，足利义政的两个侄子成了候选人。
细川政元推戴清晃。一旦足利义材继任将军，其父足利义视无疑将上京，担当足利义材的监护人。应仁之乱中，细川氏是东军主力，与被西军推戴的足利义视有仇。因此，细川政元对能够造成足利义视复出的义材将军方案表示反对。（《大乘院寺社杂事记》）与二十四岁的足利义材不同，清晃才九岁，年纪尚幼，便于驾驭，细川政元应该也有这样的考虑。顺便一提，清晃的父亲政知担负统治关东的重任，去了伊豆（堀越公方），很难上京。
然而，日野富子支持足利义材，因为义材是她的妹妹日野良子所生。足利义政与日野富子态度一致。（《大乘院寺社杂事记》）因细川政元的阻挠，身在美浓的足利义视、义材父子没能参加四月九日足利义尚的葬礼。（《宗贤卿记》）他们于十四日抵达京都。十九日，足利义材前往小川御所，与日野富子会面。（《后法兴院记》《亲长卿记》《实隆公记》）下任将军已非他莫属。但是细川政元又再度反扑，义材的将军就任一事暂停，政务由足利义政处理。（《大乘院寺社杂事记》）
次年，即延德二年（1490）正月七日，足利义政去世（终年五十六岁）。这样，足利义材出任将军只是时间问题，其父足利义视掌握了幕府实权。公家与武士接连祝贺义视、义材父子。寻尊也于当月十六日上京，十八日与足利义视、义材父子会面，赠送太刀。
然而，因为小川殿的归属问题，日野富子与足利义视、义材父子的关系急剧恶化。小川殿是细川胜元所属的一处宅邸，应仁之乱中的文明三年（1471）起由足利义政使用。足利义政把将军之职让与足利义尚后，改筑小川殿，将其作为自己的隐居之所（小川御所）。不久后日野富子搬进小川御所，之后足利义尚也过去了，但最终足利义政、义尚与日野富子不和，搬出小川御所，于是文明十五年以后这里便成了日野富子的宅邸。日野富子想把这处宅邸归还给细川政元，但细川政元却推辞道：“（足利义政、义尚）两代将军都曾在此居住，您将它归还于我，实在惶恐之至。”于是日野富子在四月二十七日将宅邸交给了清晃。（《荫凉轩日录》）
日野富子之所以把小川御所交给清晃，是出于对推戴他为将军的细川政元的关照吧。但是，这一决定刺激了足利义视、义材父子。小川殿虽然原本是细川氏的宅邸，但现在已被视为“将军御所”。小川御所到了清晃手上，其象征性意义不小。足利义视听到传言，说日野富子与细川政元欲扶清晃上位，于是在清晃进入小川御所之前，将小川御所捣毁。（《后法兴院记》《北野社家引付》）日野富子对足利义视的暴行大为愤怒，遂敌视足利义视、义材起来。
由于与日野富子不和，足利义材的将军就任推迟了，直到七月五日才获得朝廷的任命。将军判始等仪式需要管领出面，细川政元虽未拒绝，但仪式一结束，他就辞去了职务。（《延德二年将军宣下记》）他是在表明，自己不愿协助足利义视、义材父子执政。伊势贞宗也因为其父伊势贞亲与足利义视势同水火，对义材就任将军表示反对，于是将家督之位让给弟子贞陆后隐居，表态不合作。（《大乘院寺社杂事记》）
如上所述，足利义材的执政从一开始就具有众多不稳定因素。雪上加霜的是，十月，其母日野良子去世；次年正月，其父足利义视也以五十三岁之龄逝去。失去了作为后盾的双亲，足利义材越发陷入孤立。
足利义材在幕府内没有根基，于是同前任将军一样，倒向了亲信政治。足利义材的亲信中有名的几位是叶室光忠、种村视久、一色视房。叶室光忠是在应仁之乱前就与足利义视有交往的公家，种村视久和一色视房是在大乱前就侍奉足利义视的武士。奉行众中则有饭尾为修、矢野贞伦等原西幕府奉行人被重用。但是正如设乐熏所说，足利义材这样的人事安排招致老幕臣更大的反感，足利义材反而更加孤立。不满并没有迅速浮出表面，却为日后的破局埋下了隐患。