应仁之乱结束后，控制南山城的西军撤退，畠山政长就任山城守护。如前所述，因权力衰退，幕府无法指望从全国获得收入，幕府于是试图通过强化对附近的山城国的掠夺来达到财政重建的目的。
但是，本应该担负起幕府统治山城重任的畠山政长，在畠山义就的猛烈攻势下疲于防守。文明十四年（1482）末到文明十五年正月，宇治以南的南山城三郡（相乐、缀喜、久世）都成了畠山义就的势力范围，幕府的影响力完全无法波及。
畠山政长的守护统治已然功能不全，幕府只得寻求别的统治山城的办法。文明十三年，足利义政试探赤松政则就任山城守护一事。因为当时赤松政则是侍所所司，而侍所所司兼任山城守护是古来惯例。但赤松政则的回复是：“虽光荣之至，但我身上担子很重，还请原谅。”（《亲元日记》）
不过，这是意料之中的。赤松政则虽然是肩负守卫京都治安之责的侍所所司，却将事务全部交给重臣浦上则宗，自己去了本营播磨。赤松政则正忙着与邻接的山名政清作战，无暇顾及山城的事务。
文明十四年十二月，足利义尚与日野富子打算放弃处于劣势的畠山政长，转而支持畠山义就。足利义政将此方案撤回，父子矛盾再次激化。寻尊感到担忧：“京都怕是要再度爆发大乱了。”难以否认的是，幕府首脑的意见不合，加剧了山城的混乱。
文明十五年正月，足利义政意欲任命若狭守护武田国信为山城守护。国信却拒绝说：“我不出任。”接着又命令在京的浦上则宗，浦上则宗也推辞说：“兵力不足，无法驱逐义就一方的势力。”（《大乘院寺社杂事记》）
既然山城守护一职无人接手，就只有维持已弱化的畠山政长这一条路了。当年八月十五日，足利义政许可畠山政长征收宇治川以南寺社本所领田租一半为军费。二十三日，经足利义政申请，后土御门天皇下发处罚畠山义就的纶旨，义就被指为“朝敌”。（《后法兴院记》）
然而，状况毫无好转。文明十六年九月，足利义政解除了畠山政长的山城守护一职，将山城国改为御料国（幕府直辖），任命幕府财政负责人、政所执事伊势贞宗（伊势贞亲嫡子）为代官。足利义政指示贞宗，要全力保护寺社本所领。（《大乘院寺社杂事记》）
可是，在两畠山军队对峙的战乱状态之下，几乎没有自己的军事力量的伊势贞宗无法管理山城。最终，只要停战不能实现，山城国的收益就无法获取。
文明十七年（1485）七月，奉畠山义就之命驻守南山城的斋藤彦次郎突然反叛，投入政长一方。（《大乘院寺社杂事记》《后法兴院记》）突然反叛原因不明，但据川冈勉所指，原因可能是畠山义就与斋藤彦次郎在南山城管理一事上存在分歧。
最初，畠山义就是侵入山城国的侵略者，但占领南山城后，为了取得当地势力的支持，开始重视起占领行政来。畠山义就强调对寺社本所领的保护，任命奉行三人。但这样的政策，对于依靠对当地庄园的掠夺来获取军费的斋藤彦次郎而言是无法容忍的。幕府向归降的彦次郎承诺，将畠山义就控制的南山城寺社本所领交给他。
畠山政长没有错过机会，转为攻势。没落的政长一方的筒井顺尊等大和牢人也出兵南山城，十月十四日在光明山（位于今京都府木津川市山城町绮田）一带布阵。斋藤彦次郎也从宇治南下呼应，开始进攻义就一方的城池。
畠山义就一方的古市氏也举全军出战。寻尊听说不仅家主古市澄胤，连隐居的古市胤荣也出战了，担心奈良防卫薄弱，试图劝阻，但古市氏断然拒绝，依旧出兵。
畠山政长一方，斋藤、筒井、十市等兵力一千五百，畠山义就的重臣誉田正康所率河内军七百，古市郡三百，义就一方处于劣势。于是，誉田和古市向越智求援，越智家荣之子家令出战。（《大乘院寺社杂事记》）
两军在山城国久世、缀喜两郡边境对峙。因为双方都集结了全部兵力，都不轻举妄动，对峙长久持续，仿佛京都的应仁之乱一样。古市澄胤要负责春日社的神事工作，打算回大和，但被担心战力受损的誉田阻止。寻尊听闻此事，愤怒地说：“总有一天神明要惩罚他。”
双方未能找到决胜战机，无所作为，坚守不出。两军四处设立关卡，实施盘查，京都与奈良的交通被阻断，两军对庄园的侵略也在激化（征收民夫、物资）。寻尊记录谣言说“细川政元被任命为山城守护”，这也反映了寻尊的期待吧。让坐拥最大军事力量、对山城有极大影响力的细川政元收拾局面，是最现实的选择。
但打破局面的不是细川政元而是南山城的国人（地方武士）。十二月，他们结成“国一揆”同盟，要求两畠山军撤退。国一揆施加压力，若哪一方不接受要求，就对其发起攻击，两军无可奈何，只得撤兵。（《后法兴院记》）这就是著名的“山城国一揆”。若打个比方，大概相当于瑞士的“武装中立”吧。
两军的长期对峙，不仅给在南山城有庄园的兴福寺、石清水八幡宫等庄园领主带来困扰，也给山城国的国人带来极大麻烦。因为两畠山的进驻，他们无论答不答应都被卷入战争中，并无积极作战之意。两军的主力是河内、大和、伊贺等他国的武士，自己的领地遭到他国武士的肆意践踏，山城的国人甚感苦恼。像狛氏、水主氏等这样连自己的居城也被夺去的山城国人也并不罕见。
国一揆打出的主要政策是：第一，禁止两畠山军再次侵略山城；第二，归还寺社本所领；第三，禁止设立新关卡。寻尊的继任者政觉听到第二条，欣喜万分。（《政觉大僧正记》）寻尊基本也表示欢迎，但对南山城国人结成“一揆”，驱逐两畠山这种“下克上”的行为抱着复杂的心情。对尊重秩序的寻尊而言，这并不是能够放手支持的结果。
事实上，国一揆之所以宣布归还寺社本所领，并不是为了寺社本所而考虑。这些山城国人所谓的寺社本所领归还，具体来说就是不得任命大和众徒、国民等“他国人”为庄园代官的意思。（《狛野庄加地子方纳账》）
两畠山军进入南山城时，他们凭武力就任各庄园的代官，“合法地”征收田租。国一揆的方针是驱逐这些“侵略者”，恢复寺社本所的“直务（直辖）”，但在这个时代，直辖管理是极为困难的。虽一度实施直辖管理，但最终大部分还是任命山城的国人为代官。现在山城国一揆的成员狛氏，希望出任次年，即文明十八年兴福寺下属狛野庄的代官，这与执着于直辖的寻尊的观点产生了冲突。因此，山城国一揆的寺社本所领归还政策，与足利义政的寺社本所领返还政策一样，真实目的都是扩大自己的利益而已。
文明十八年二月，山城国人在宇治平等院集会，制定“国中掟法”。（《大乘院寺社杂事记》）此后，南山城国人开展自治。自治的机构被叫作“总国”。对此，足利义政任命伊势贞陆（伊势贞宗嫡子）为山城守护，终归还是要表明幕府直辖山城国的意思。（《大乘院寺社杂事记》）
但是，他对“总国”没有采取强硬的武力镇压之策，而是事实上默认了国人的自治。到目前为止，南山城在畠山义就的军事占领之下脱离了幕府的统治，因此足利义政判断现在义就撤兵是状况的“改善”吧。南山城“总国”成员进藤氏是伊势氏的家臣，幕府通过进藤氏对“总国”做工作是可能的。
此外，以畠山义就撤出南山城为契机，当年三月，足利义政、义尚二人决定赦免畠山义就。（《大乘院寺社杂事记》《后法兴院记》《长兴宿祢记》）应仁之乱爆发后约二十年，畠山义就终于被赦免了。应仁之乱的战后工作自此结束。一般往往认为乱后的幕府走向衰退，但不可忽视的是，至少在畿内（山城、大和、河内、和泉、摄津）地区，一定程度的政治安定还是实现了。
关于山城国一揆，战后长时间被视为“居民的自治共和国建设运动”，其反权力斗争性质得到了高度评价。但到了二十世纪八十年代，有学者提出细川政元黑幕说，即细川政元暗中指使山城国人，将畠山势力从南山城排除出去，试图将其置于自己的控制之下。
这一说法的主要根据是，据《狛野庄加地子方纳账》，主导国一揆的“国中三十六人众”大部分效力于细川政元。细川政元是个阴谋家，日后与日野富子携手，胆大包天地发动明应政变（第四节详述），因此认为细川政元与山城国一揆有关也并非没有可能。
然而，找不到细川政元介入山城国一揆的痕迹。或许可以反驳说，正因为他是个巧妙的阴谋家，才没在史料上留下痕迹，但到底还是太不自然。若细川政元觊觎山城领土，那就应该图谋出任山城守护，暗中操纵山城国一揆这种方法也太过绕弯子了。
细川氏与山城国人的关系，本来就不是细川政元这一代建立起来的。康正三年（1457）九月，曾经发生过畠山义就军以奉幕府之命为名讨伐山城国人木津氏，出兵南山城的事件。当时，越智家荣为呼应畠山军，意图进军木津，“山城众十六人”遂结成一揆同盟，协助木津氏，木津氏的主君细川胜元也摆出了支援木津氏的态势。（《经觉私要钞》）最终证实，讨伐木津的命令是畠山义就散布的谣言，事情于是了结。畠山义就擅自发动军事行动，使将军足利义政大怒，这也是畠山义就失势的原因之一。
大概就是这时， “山城众十六人”为了对抗畠山义就的压力而投入了细川胜元麾下。应仁之乱爆发后，他们中多数参加了细川胜元率领的东军。但西军大内政弘军进攻南山城时，“山城国十六人众”的大部分投降了。应仁之乱结束，大内军撤退，山城国人再次投靠细川氏。可能在这一过程中，“山城国十六人众”扩大为“国中三十六人众”了吧。这样似乎可以说明细川氏与山城的国人早有来往，但他们之间的关系绝对称不上牢靠。
并非一定是山城国人不忠诚。中世武士并不需要对主君保持绝对忠诚，主君若不能尽保护家臣之义务，那么家臣即便抛弃主君，也不会受到非议。（参见拙著《一揆的原理》）以前的定论认为，守护积极地将国人纳为家臣，建立自己的王国，这就是“守护领国制论”，但近年来学术界一般认为，主动与守护等实力派结成主从关系的其实正是国人一方。通俗地说就是“家臣选择主君”。
在南山城与两畠山的对抗之中，细川政元并没有积极支援“国中三十六人众”，仅仅对他们的艰难处境抱以旁观态度而已。这样的细川政元会唆使“国中三十六人众”发动一揆，是不可能的。由于在南山城“总国”成立后，“国中三十六人众”依旧与细川政元维持来往，所以将山城国一揆看成反权力斗争这种传统解释无疑是站不住脚的。然而，细川政元暗中操纵山城国一揆这种说法，则过度轻视了国人的自立性和主体性。国人凭自己的力量驱逐两畠山，取代守护统治南山城，他们的历史意义应当得到正当评价。
并且，细川政元对救援“国中三十六人众”踯躅不前，应该是不希望介入两畠山的纷争。从细川政元身为幕府管领的立场来说，他理应支援畠山政长，讨伐悖逆幕府的畠山义就。但细川政元试图避免让军事上处于优势地位的畠山义就成为敌人。
细川政元的这种消极态度以前也曾出现。文明十四年（1482）三月，为讨伐从河内到摄津不断扩张势力的畠山义就，细川政元与畠山政长联军从京都出击，但七月，细川政元与义就单方面停战了，条件是畠山义就把摄津欠郡（西成、东生、住吉三郡）割与细川政元，细川政元则将河内十七处庄园群归还义就。（《大乘院寺社杂事记》）
换言之，细川政元的态度是利己的，只要畠山义就不插手自己的领国摄津国，他发动的军事行动就与自己无关。因此，畠山政长夺回河内的作战失败了。此后细川政元不愿插手南山城攻防战，应该也是出于同样的理由。细川政元不愿收拾局面，于是反而是山城国一揆奋起反抗。细川政元与畠山政长之间出现裂痕，为明应政变埋下了伏笔。