众所周知，应仁之乱使将军的权威一落千丈。寻尊在日记中说：“虽说应仁之乱结束了，但值得庆幸的事情一件也没有。如今，还听从将军命令的地方，日本是再也没有了。”
纵然如此，足利义政并不像坊间所说，是个无能失策的人，相反，他在为幕府的重建而努力。其核心就是寺社本所领返还政策。这是指，守护等武家势力要将从“寺社本所”，也就是寺社、公家等庄园领主手中夺来的领地归还回去。足利义政在应仁之乱前就热心推动寺社本所领的返还，但因应仁之乱爆发，被迫中断。大乱结束后，他又重新推行这一政策。
由于寺社本所领返还政策侵害了守护的既得利益，要实行起来并不容易。于是，首先是和旧西军的诸位大名交涉。作为饶恕西军大名反幕府之罪的条件，他们必须将领国内的寺社本所领归还回去。文明十年（1478），美浓的土岐成赖、斋藤妙椿接受这一要求，于是得到赦免，他们遂向京都派去了谢恩使者。然而，能登的畠山义统由于在没有答应归还之前就派出了使者，所以足利义政接见了土岐与斋藤的使者，却拒绝与义统的使者会面。（《亲元日记》《晴富宿祢记》）
为何足利义政如此执着于寺社本所领返还政策呢？在这个时代，把土地归还给本来的所有人，被视作“德政”，也就是善政。足利义政希望通过实现理想政治，来提高将军权威，这样的推论一定程度上是站得住的。
但另一面，因为各国的御料所（幕府直辖领地）被守护或守护代以下夺去，足利义政决定征收山城国内寺社本所领田租的五分之一来填补。（《大乘院寺社杂事记》）这遭到了寺社与公家的强烈反对，遂撤销。但自文明十四年建造东山山庄（后来的慈照寺，即银阁寺）开始，足利义政又命令向山城国寺社本所领庄园征收工程费和人力。足利义政一方面增大寺社与公家的负担，一方面同时推行寺社本所领返还政策，看上去是矛盾的。
我们认为，足利义政推行寺社本所领返还政策的动机不是基于某种理念，而是出于现实考虑。纵使幕府下达了归还寺社本所领的命令，守护势力也不会轻易听从，寺社与公家若想实现对领地的控制，必须依靠幕府的支援。
举一个例子。应仁之乱前的越前长禄之战中，守护代甲斐氏势力衰退，于是兴福寺试图推进河口庄与坪江庄的直辖管理。但最终，将军亲信大馆教氏、熊谷持直、籾井信久等就任代官。依靠自己的能力无法驱逐守护势力的兴福寺，于是寻求将军的支持。
从这里我们知道，寺社本所的领地归还运动，最终大部分造成了将军势力对寺社本所领的侵入。足利义政的寺社本所领返还政策绝不是什么慈善事业，而是他抑制守护势力、扩大自身利权以强化将军权力的一举两得之策。
正因如此，守护对寺社本所领归还政策的反抗非常强烈。次年，即文明十一年，播磨、备前和美作三国守护赤松政则，因迟滞归还领国内的寺社本所，被勒令停止出仕。朝廷的下层官僚小槻晴富很讶异：“不响应归还命令的大名不止一个，为什么将军只对赤松一人发怒呢？”赤松政则是为数不多的把大乱中衰败的诸位大名甩在身后，扩张了自己势力的大名，因此足利义政才觉得有警告的必要吧。
文明十一年（1479）十一月二十二日，十六岁的足利义尚举行“判始”。（《长兴宿祢记》）所谓判始，就是在文书上画上自己花押的仪式。在中世，拥有自己的花押，是一个人成为具有法律上责任能力的成年人的证据。足利义尚已经元服，被任命为征夷大将军，但因为没有自己的花押，所以无法参与政治。通过判始，他才能够以将军的名义发布文书。
然而，此后足利义尚也没有发布文书的机会，这是因为他的父亲足利义政依旧把持政治。文明十二年五月，对此不满的足利义尚突然剪断发髻，奔出将军御所，试图出家。此前足利义尚就曾拔刀四处追着砍人，有种种怪异举止（《大乘院寺社杂事记》），想必是相当抑郁了。足利义政慌了，于是安慰义尚，和他约定近日之内就把政务移交给他。
重新振作后，足利义尚向一条兼良咨询如何做政务准备，于是一条兼良写下政治意见书《樵谈治要》，七月献给足利义尚。这里面尽是“尊敬佛法”“任用清廉之人”“审判要公平”这类冠冕堂皇的话，缺乏实践的、具体的建议。足利义尚觉得不满意，后来交给了自己的弟弟三宝院义觉。顺便说一句，一条兼良之子寻尊，对足利义尚是否具备为政者的资质抱有怀疑，讽刺这本劝诫义尚做理想君主的《樵谈治要》是“对牛弹琴”。
文明十三年正月，足利义政表示要“隐居”，人们到御所来拜年，他也避而不见。表面上看好像是践行了将政务移交足利义尚的诺言，但实际上足利义政突然表示引退，让周围人十分困惑。或许是因为与不响应寺社本所领返还命令的大名们的摩擦，与妻子日野富子的不和，与儿子足利义尚的不和（父子为德大寺公有的女儿相争）等原因。（《大乘院寺社杂事记》《长兴宿祢记》《宣胤卿记》）
与其说是政务移交，这样的政务丢弃不如说是种讽刺，足利义尚不悦，再度剪断发髻，拒绝与前来拜年的人会面。统治天下的足利将军家父子竟然同时避居不见，这种事闻所未闻，寻尊很惊讶地写道：“岂有此理。”（《大乘院寺社杂事记》）因此，辅佐足利义政的日野富子代行政务。可是，乱设关卡、经营高利贷、中饱私囊的日野富子的名声以前就不好，这样的政治体制无法长久持续下去。
当年十月，足利义政在京都北郊长谷（京都市左京区岩仓长谷町）圣护院隐居。对不听号令的诸位大名，以及自己那屡教不改的儿子义尚，他已经厌倦了。次年，即文明十四年五月，足利义尚搬到足利义政留下的小川御所。七月，足利义政正式宣布移交政权，足利义尚的执政开始。然而，正如下一节及以后所述，足利义政仍然保持着幕府最高统治者的地位，对足利义尚权力的制约还在持续。