文明三年（1471）七月，京都天花泛滥。据十四日经觉从一条兼良那里听到的消息，乌丸季光、武者小路种光、日野胜光等人的儿子都因天花死去。天花蔓延到地方，令世人大为恐惧。经觉听说有种巫术，在纸签上写“麻子疮之种我作”，贴在背上就不会得天花，于是很快制作了纸签分发给周围的人。（《经觉私要钞》）
当月二十一日，后土御门天皇得了天花，于是举行了治病祈祷。（《亲长卿记》《宗贤卿记》《内宫引付》）八月，足利义尚也病倒了。这时，足利义政、日野富子夫妻吵架，足利义政搬到小川的细川胜元宅邸，日野富子则搬到北小路殿居住，听闻儿子重病，他们又慌慌张张地跑回室町殿（将军御所）。但是，两人都感染了流行病，腹泻起来。（《经觉私要钞》《宗贤卿记》）
同时，奈良也发生了疫病，据说死亡六百人。寻尊得了天花，政觉腹泻。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）为了制伏疫病，经觉高挂药师佛像，举行法会。（《经觉私要钞》）但疫病势头愈演愈烈，闰八月山田宗朝死于痢疾，古市胤荣在军中病倒返回了古市。经觉的亲信，与古市胤荣待在一起的畑经胤也得了痢疾，一同返回了古市。
这一年的天花、痢疾肆虐，应该是旱灾与战乱双重原因所致吧。因为饥荒与军役导致粮食不足，人们体力衰减。大量的饿死者与战死者使得都市卫生恶化，导致了疫病。
本来，当权者应当竭尽全力消灭疫病。但由于正处于应仁之乱当中，朝廷和幕府的对策仅限于除病祈祷，毫无实效性。虽说已痊愈，但文明三年这场直接给足利义政带来了影响的疫病，让足利义政与两军首脑强烈意识到了尽早结束战争的必要性。
次年，即文明四年（1472）正月，山名宗全与细川胜元开始和谈交涉。二月十五日，足利义政命令东军赤松政则“和议已成，应从构内退出”。所谓构，就是以将军御所为中心的东军阵地。从中退出，就是解散赤松阵营，解除临战态势的意思。
赤松政则回复“遵命”，于是率军走出阵营，谒见了将军足利义政。赤松政则仅留下最少的兵力，其余兵力在糺河原驻扎。糺河原以东为洛外，即京都之外，象征着赤松军退出洛中，进入休战状态。但是，这个消息仅仅是经古市传到经觉耳中的传言而已，真实性仍值得怀疑。虽说如此，有一个认识被很多人接受了，那就是为实现和议，有必要说服赤松政则，这非常有意思。后面还会详述。
此后，经觉又听到了别的消息。受和议成立的影响，西军畠山义就与大内政弘发誓“绝不背弃对方”，结成一揆之盟。一揆的缔结意味着二者不认可山名与细川之间的和议，选择继续战斗，京都为之骚然。但后来知道仅仅是误传，京中的骚乱也就沉静下来。不止如此，后又证实连和议成立一事也只是误传。二十六日，山名宗全去世的消息传到经觉耳中，经觉大吃一惊，但这也只是个谣言。（《经觉私要钞》）
这个谣言也传到寻尊那里，寻尊在正月二十五日的日记中写道，山名宗全于二十一日亡故，山名一族与大内政弘向足利义政投降。寻尊不知道这是个假消息，还非常高兴地说：“这下子大乱终于要结束了，要进入和平了吧。”（《大乘院寺社杂事记》）
虽说以上的传言都是假消息，但两军期盼结束战争的气氛浓烈。尽管最终失败，但一度有议和的尝试，恐怕是事实。并且，议和是以西幕府向东幕府投降的形式来进行的。坐拥将军足利义政与后御门天皇，收服了朝仓孝景的东军，无论是正统性还是军事力量都胜过西军，这是毫无疑问的。山名宗全去世的谣言也应该反映出宗全丧失作战愿望，期盼议和的心态吧。
产生议和气氛的最大因素是士气低下。这年正月，西军“构”内，一色义直的家臣与畠山义就的家臣击球游乐。所谓击球，就是手执木杆，挥杆将木球打入对方阵内，是一种正月游艺。然而，双方因胜负争执起来，据说共有八十人死伤。游艺是为了排解长期从军的压力，却起了反作用，这也反映出厌战情绪的蔓延。统率他们的大名们纷纷考虑出路，自然理所当然。
本来山名宗全与细川胜元就并无不共戴天之仇。细川胜元之所以与山名宗全决裂，是因为山名宗全协助畠山义就，攻击了细川胜元的盟友畠山政长，反过来说，若搁置畠山问题，双方的和解就是有可能的。
此前的研究强调山名宗全与畠山义就的关系，这一理解很大程度上受到了军记物语《应仁记》叙述的影响。事实上山名宗全不过是为了自己的政治策略才把畠山义就拉过来，在西军明显处于劣势的情况下，就再没有和畠山义就共命运的道理了。山名宗全已六十九岁，步入老年，他对自己死后山名一族的走向很关注，对他而言，是到了抛弃畠山义就，与细川胜元和解的时候了。
另一方面，以细川胜元为顶点的细川一门在应仁之乱后几乎维持了自己的领国，他们所失去的较少。若以山名宗全投降足利义政的方式结束战争，对细川胜元也是有面子的事情，可谓正中他的下怀。
文明四年（1472）二月十六日，山名宗全向西军各将领派遣使者，提议与东军议和。据寻尊从自京都回来的柚留木重艺那里听来的消息，诸将表示赞成，特别是畠山义就和大内政弘，二人表态欢迎。（《大乘院寺社杂事记》）
然而这是误传，或者是渴望早日结束战争的寻尊的误解。寻尊虽然不像经觉那样，但也倾向于相信顺耳的谣言，做出对自己有益的解释。
原因是，只看前后经过的话，就会发现畠山义就与大内政弘正是热心的继续作战派。他们二人原本就没有答应和议的动机。在东军占优势的状况之下议和，畠山氏的家督地位就会落入政长手中，这是畠山义就无法容忍的。打算与政长对战到底的义就心中没有结束战争这一个选项。
大内政弘呢，答应议和对他来说没有直接损害。而大内政弘之所以反对议和，正如末柄丰所指出，是为了阻止细川胜元的霸权。和与细川胜元长期合作的山名宗全不同，细川胜元与大内政弘在濑户内海制海权方面是竞争关系。答应议和将导致细川胜元掌握幕府政治，长远来看对大内政弘是不利的。
大内氏原本并不深切关注幕府中央政治，是个全力经营领国的地方独立型大名。但大内政弘因参加应仁之乱上京后，就一直待在京都，他的中央政治志向传递给了其子大内义兴，而后大内义兴拥立足利义尹（足利义视嫡子）为将军，对幕府政治施加影响力，此事的原委超出了本书的范围，在此割爱了。
根据寻尊的日记，在文明二年六月的时候西军诸将已对持续作战十分消极，积极作战的仅有畠山和大内两人而已。因畠山、大内两军放火，京都、东山、西山的神社和寺院悉数化为灰烬，寻尊对此感叹道：“如此暴行，闻所未闻，真是佛法、神道之敌人。”再没有比二人更糟糕的人了，上天总会惩罚他们的，寻尊这样痛骂了他们一顿。（《大乘院寺社杂事记》）
东军的赤松政则反对议和。（《亲长卿记》《大乘院寺社杂事记》）赤松政则一直在为将赤松氏旧领播磨、备前、美作三国从山名氏手上夺回来而努力。然而若山名、细川两氏主导的议和实现，播磨、备前、美作就会成为山名氏领国了吧。这样的话，自己为何参加东军，殊死作战，意义就不明了了。赤松政则会反对，理所当然。
文明四年四月，山名家臣太田垣向在京都作为西军活动的畑经胤送去了书信。据这封书信称，山名宗全精神错乱，家臣担心他是不是被狐狸附身了。（《经觉私要钞》）此外寻尊记录说，传言五月山名宗全试图切腹自尽，幸而家臣奋力阻止才保住性命。（《大乘院寺社杂事记》）
此事真伪不明，但山名宗全精神失常的谣言四起这件事本身也充分反映出他作为领导的统率能力在弱化的状况。特别是家臣太田垣四处散布主君的病情，十分异常。应该是山名家臣团意图通过让宗全引退，来实现与细川氏的媾和吧。也就是所谓的“主君放逐”。
同时，细川家中也出了事。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）细川胜元、胜之父子剪短了发髻，家臣十余人也效法之。这是表示隐居的意愿吧。细川胜元曾从细川野州家请来胜之为嗣子，这一回胜之失去了继承人的地位。事实上就是废除继承人。这样，细川胜元的正室，也就是山名宗全养女所生的聪明丸（后来的细川政元）被选定为细川氏家督。根据樱井英治的推测，这件事是送给山名宗全的和解信号。宗全的外孙若担当细川氏的家督，山名氏将与细川氏结成稳固的纽带。宗全也在八月将家督之位让给其孙山名政丰，这样两军主帅都一齐引退了。
二人承担开战的责任，一同隐居。这样一来，山名与细川之间的芥蒂消除了。但是，随着两军首脑退出舞台，约束诸将的角色也就失去了。山名宗全与细川胜元真正应该做的是说服诸将，开始正式的和谈，但二人却各自抛弃政局，一走了之。诸将各随己愿，继续战斗，大乱于是延续了下去。