本书在前面已适时介绍过，经觉与寻尊的性格正好相反。一言以蔽之，经觉主动，寻尊被动。
寻尊的日记《大乘院寺社杂事记》在战前印成铅字出版，与之相比，经觉的日记《经觉私要钞》最近才刊行。受此影响，研究者们在考察“上流阶级如何看待应仁之乱”时，主要使用的是《大乘院寺社杂事记》。
历史学家看待寻尊的视线是冷淡的。寻尊称应仁之乱是天魔造业，将武士不敬公家、寺社，侵略庄园的行为视为神灵的惩罚。对于应仁之乱的原因，他未能给出有说服力的见解。因此，研究者们给他下了“总之仅仅是作为旧统治阶级一员对世道感到苦闷而已”的结论。
寻尊旁观者的态度也遭到了批判。应仁之乱中，奈良未遭战火荼毒，因此寻尊好像总把战争看成是与己无关的事。他虽挂念生活在京都的本家一条家的人，但对民众的痛苦并不关心。他的反战意识不过泛泛，换言之，“用词虽非常激烈，但言之无物，很没逻辑”。
之所以史学家对寻尊的评价低，原因之一是，战后历史学是以左翼史观为基调的。笔者在前著《日本中世战争史》中也提到，所谓左翼史观，就是把下层被统治阶级对上层统治阶级发起斗争、打倒统治阶级视为进步的历史观。以这一理论来评价应仁之乱的话，寻尊就属于应被打倒的统治阶级一边了。悲叹“下克上”的寻尊，就是无法接受武士和民众成长的现实，无力地只会发些愚蠢牢骚的庄园领主的象征。
但通过读《经觉私要钞》我们知道，不是所有的庄园领主都只知道发牢骚，也有的人像经觉一样主动出击，凭自己的力量克服战乱的影响。因此，单单站在寻尊的角度，强调没落贵族与僧侣的保守性，这一研究倾向是有问题的。
甚至可以说，有了经觉这样一个比较对象，也可以对寻尊的所为进行再次评价。正如第二章所述，在大和的筒井一方和越智一方对立时，经觉坚决站在后者一边。这与同纷争保持距离的寻尊形成鲜明对比。然而，虽然经觉全身投入，纷争却不仅未能中止，反而进一步恶化。在除此之外的很多问题上，经觉的介入都不一定就会带来好的结果。
事实上，大乘院寻尊对自己的前任经觉的做法是持批判态度的。寻尊认为，经觉担任门主期间，不顾将来后果，擅自做出短视的决定，以至于丢失了大乘院下属的大半部分庄园，田租也基本上收不上来了。（《大乘院寺社杂事记》）在寻尊的认识里，他是在给经觉善后。
经觉的判断具有不拘先例、不遵成法的灵活性。但另一方面，他缺乏长远打算，只能应付一时。经觉在越智和朝仓身上费尽心力就是个典型。经觉个人虽无妨，但对兴福寺或大乘院来说，受武士摆布，一定会有所不满的。
在这一点上，寻尊一直沉着冷静。他不会对眼前发生的事情下轻率的判断，而是考察记录，调查了过去的相似事例之后再下决断。这一态度可以说是非常消极的，但大乘院虽然屡遭挫折仍能从大乱中生存下来，靠的正是门主寻尊的慎重。
经觉与寻尊在围绕寻尊继任者教育的问题上产生了分歧。寻尊的继任者就是将担任下任门主，已进入大乘院门迹的政觉。
政觉是二条持通之子，生于享德二年（1453）。宽正三年（1462）四月末，将军足利义政询问滞留京都的经觉，可否让二条家的子嗣做寻尊的弟子。经觉无异议，但仍有一个问题。二条家虽然是摄关家，但与经觉的本家九条家、寻尊的本家一条家不同，其子嗣不曾有过入大乘院的先例。中世的人们不喜欢没有先例的事情。
于是，在经觉提议下，二条家的子嗣做了将军足利义政的犹子。本来也可以做太阁（前关白）一条兼良的犹子，但为避免一条家和九条家因大乘院的控制权产生矛盾，就采取了成为将军犹子这一中立方案。经觉向奈良的寻尊派去使者，一面告诉他继任者确定的事，一面催促他上京，向将军致谢。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）
五月五日，寻尊上京，六日前往将军御所与足利义政会面，赠送了礼品。经觉也一同前去。足利义政命二人“好好照看他，各阶段的法会要好好指导他”。（《经觉私要钞》）而后，寻尊与经觉拜访二条家，与二条持通父子见面。（《大乘院寺社杂事记》）
十二月八日，二条家公子从京都出发去奈良兴福寺，进入大乘院，当时十岁。公子在第二年出家，法名政觉。
因为以上的过程，经觉认为自己是政觉的监护人。因而，围绕对政觉的指导，经觉与寻尊产生了分歧。应仁元年（1467）五月二十三日，经觉给寻尊送去书信，质疑政觉的学问（法相宗经典等的学习）没有进步，并提议从下个月起，让宽尊和贤英两位僧侣交替指导政觉，各自教满十五天。二十四日，寻尊回信说：“照您的意思办。我也是这么考虑的。”（《经觉私要钞》）
然而寻尊五月二十三的日记中并没有记录收到经觉的书信一事。寻尊在二十四和二十五日的日记中记录说，命政觉下个月起开始读《成唯识论同学抄》，并让贤英指导他。（《大乘院寺社杂事记》）被经觉挑毛病，慌里慌张地开始为政觉的教育费心这一“不合适的真相”没有被记录下来。
经觉在应仁三年四月二十六日又教训政觉“不好好精进学问，岂有此理”。（《经觉私要钞》）政觉怎么说也是寻尊的弟子，经觉的介入对寻尊来说是越权行为。寻尊在日记里时常写道“自己不是经觉的弟子”，“经觉不过是隐居之身罢了”，他对在各方面插手大乘院内部事务的经觉的不满可见一斑。
说寻尊不考虑政觉的将来纯属无稽之谈。相反，他竭尽全力保证政觉适任门主。虽说是贵种僧，若不能在重要法会上熟练地承担竖义者之职，就没有担任别当的资格。寻尊于十六岁通过方广会竖义考试，十八岁通过法华会竖义考试，十九岁通过慈恩会竖义考试。政觉的经历则是十四岁通过方广会竖义考试，十七岁通过法华会竖义考试，二十岁通过慈恩会竖义考试，几乎与寻尊步调一致，可见寻尊是以自己为先例来安排政觉的学习的。
第一章提到，这个时期的竖义与其说是考试，不如说是仪式，正因为如此，寻尊才对政觉的排场费心不已。准备漂亮的服装、轿子自不必说，还安排了大量的随从，组织了华丽的队列。此外还举行了“大飨”这样的宴会仪式。
举办这一系列仪式的巨大费用，基本通过从大乘院所属各庄园征收的“段钱”解决。所谓段钱，就是以“土地一反征收钱几文”的方式，向百姓们征收的临时税。
宽正三年，迎接政觉入大乘院之际，寻尊征收了入院段钱，然而到了指定的日期，未交的庄园为数不少，寻尊于是命令众徒和国民对其实施武力讨伐。众徒、国民对出兵态度消极，但由于筒井、十市等派出属下去威吓，大多数庄园都交了税金。应仁二年政觉受戒、接受方广会竖义考试时，纵然处于应仁之乱之中，还是征收了段钱。这时众徒、国民也亮出了武力。后世的史学家读到这样的史实，难免对寻尊评价不高，这是可以理解的。
文明三年（1471），政觉接受慈恩会竖义考试时也征收了段钱。然而学侣、六方众表示反对。慈恩会是在法相宗祖师慈恩大师的忌日十一月十三日举行的法会，是兴福寺“十二大会”之一。和兴福寺第一的法会维摩会及仅次于维摩会的法华会相比，规格较低。因而，他们批判道，没有必要夸张到征收段钱的地步。
对此，寻尊反驳说，良家、普通僧侣的慈恩会竖义，与有朝一日将成为门主的政觉的慈恩会竖义的重要性完全不同。且孝圆、经觉、寻尊历代门主在担任慈恩会竖义时都征收了段钱，那么这次也应该征收。虽然寻尊未说出“和你们这些身份低微之辈能一样吗”这种话，但气势汹汹，学侣和六方众或是被气势压倒，只能作罢。
不过，这时候征收段钱十分困难，不得不借助众徒、国民的力量。寻尊在日记中写下了向他们赠送谢礼的屈辱。
寻尊费尽心力征收段钱完全是为政觉考虑。这是为了通过盛大的法会提高政觉的权威。从现代人的角度来看，这无非是些让民众陷入困苦的“无意义的公共事业”，但身份秩序的稳定维持能够带来社会的安定与和平，寻尊的这一想法也并不是不能理解。
应仁之乱之中，大和未沦为战场，这与兴福寺权威尚在并非没有关系。筒井等众徒与国民虽有小规模冲突，但绝不会把他国的武装力量引入大和国来。其中一个原因就是为了确保兴福寺的法会及春日祭这样的仪式顺利举办。夸张点说，兴福寺的存在保障了大和国的和平。