应仁三年（1469），大乱依旧持续。二月末，兴福寺别当东门院孝祐表示要辞任，他的继任者成了个问题。一般的惯例是权别当升任别当，但权别当西南院光淳却说“再等一两年”。于是又有了一乘院教玄再任别当的方案，却遭到了教玄的拒绝。战乱中兴福寺各庄园田租收不上来的现状之下，别当难以维持兴福寺的经营。大乘院寻尊的再任方案也被提出来，但也被寻尊拒绝了。（《大乘院寺社杂事记》）平时令人垂涎的别当之职，在战时却是多劳少得的差使，兴福寺的院主们互相推来推去。
第一章已述，幕府在这个时代也与兴福寺的人事安排有关联。兴福寺别当之职悬而未决，没完没了，对于幕府而言不是件好事。这时以足利义视为首的西幕府已成立，于是幕府越发期望新别当尽快就任。于是最后的办法竟然是拜托七十五岁的经觉再度出任。
经觉已经三次担任兴福寺别当。最初是应永三十三年（1426）二月到应永三十五年三月，第二次是大和永享之乱（参考第一章）激化之时，即永享三年（1431）八月到永享七年十二月，第三次是岳山城之战（参考第二章）时，即宽正二年（1461）二月到宽正四年六月。经觉总是在困难时刻被请出来担任别当，“麻烦的时候就请经觉出山”。
三月二十二日，依南都传奏日野胜光的意思，九条家（经觉出身的家族）家臣信浓小路兼益拜访经觉住处。兼益传达了日野胜光想让经觉出任别当的意思。四度担任兴福寺别当，这是没有先例的，因此是十分光荣的事情，日野胜光试图以这样的逻辑说服经觉。
笔者已多次讲到，经觉一贯是偏向西军的。这是因为他与西军的越智家荣亲近，与东军的成身院光宣敌对。此外，为了保全越前的兴福寺领属庄园，他还与朝仓孝景交涉过，此后也维持着与朝仓的交流渠道。
应仁元年十月，后花园法皇发布处罚山名宗全的院宣，为与其对抗，西军诸将联名发布文书弹劾细川胜元。这一文书在送往兴福寺别当（当时是孝祐）处时，朝仓孝景委托经觉代为转交，可见二者之间联系之紧密。（《经觉私要钞》）对日野胜光来说，偏向西军的经觉出任别当绝不是他期望的，但此刻也别无他法了。
即使是经觉，这时也还是对出任别当一事犹豫了。天下大乱之中，兴福寺领名存实亡。收入贫乏的现状之下，法会看起来也是无法运行的。加之经觉年事已高，对能否承担别当繁重的工作存有不安。经觉拒绝了。
然而日野胜光无视经觉的推辞，又通过朝廷下功夫。结果，朝廷于三月三十日任命经觉为兴福寺别当（第一章已述，兴福寺是官寺，形式上别当的任免权在朝廷手中）。四月四日，寺门杂掌（兴福寺驻京都代表）柚留木重艺来到经觉所在的迎福寺，向他传达了这一讯息。
经觉表示抗议：“我既已拒绝，仍擅自任命我为别当，真是岂有此理。”重艺并不让步：“当今之困局，其他人断然挺不过去。您年事已高，托您出山我亦于心不安，但为天下计，请您鼎力相助。这是朝廷和幕府的考虑。还有比这更光荣的事情吗？”经觉说：“让我想想。”重艺于是离开了。（《经觉私要钞》）
但是，经觉 “让我想想”这话只是形式上的应付，他心里已经决定出任了。当天，经觉向寻尊派去使者，对他说：“之前对出任别当表示推辞，但现在已被强行任命了，没有办法，只得就任。无论何事，今后拜托了。”寻尊约定相助于他。（《大乘院寺社杂事记》）
四月十日，经觉招来柚留木重艺，命他上京，托他转交其给日野胜光的回信。（《经觉私要钞》）经觉具有领袖气质，勇于任事，若是热心地请他出山，他便会应允。这一点与沉着冷静而万事慎重的寻尊正好相反。
兴福寺别当有权任命自己的下属。四月十日，经觉就立即着手人事安排了。负责堂舍建筑和桥梁修理的修理目代继续让成身院光宣留任。经觉虽不喜欢光宣，但现在东西两军势力在伯仲之间，想要排除光宣等筒井一方势力单独运营兴福寺是不可能的。
其他的人事安排也很顺利，但意想不到的是，供目代的人事安排出现了困难。供目代是法会的执行人，在法华会、慈恩会、三藏会等论义法会之中负责确认学侣出席情况等事务。不仅如此，供目代肩负促成学侣集会等使命，政治意义重大，在众多目代职位中也是最高级的。经觉想任命专心为供目代，也私下向他传达了这一想法。专心是个在诸法会中积攒学识经验的法会执行僧，具备担任供目代的资格。
然而，学侣一方却中止了他的计划。四月十日，两名使者代表学侣一方造访经觉，祝贺经觉出任别当，而后对专心出任供目代示以难色。专心出自番条氏，故无法同意。
番条氏是侍奉大乘院的众徒。大乘院的良家松林院兼雅以荒莳庄（今奈良县天理市荒莳町）为抵押，向番条的长怀法师借了钱。但是松林院兼雅不还钱，于是变成了死当。借款转移到学侣一方头上，学侣们遂要求长怀归还荒莳庄，长怀表示拒绝。（《经觉私要钞》）因此学侣一方与长怀陷入对立，虽经筒井顺永调停，但仍然不行。（《大乘院寺社杂事记》）应该是长怀受到六方众的支持而有了底气，变得强硬。这样，学侣一方就对专心出任供目代表示反对。
学侣一方虽然有理，但从经觉角度来说，刚刚上任别当就被泼冷水，不是件有趣的事情。经觉已经决定在十三日举行任命仪式了，如今再要延期，会损害他作为别当的权威。于是经觉提议说：“专心若长时间担任供目代，别当可能会偏袒番条一方，但如果任命之后立即让他辞任，就没有问题了吧。”
如经觉的提议，十三日专心就任供目代。本来计划是专心立即辞职，但继任候补兼实却推辞道：“出任供目代所需的费用没有准备好。”（《经觉私要钞》）一旦就任供目代，就必须要大开宴会，请客吃饭，给那些照顾过他的人送礼，开销很大。最终，以专心起誓“不支持长怀”为条件，学侣一方承认了专心的在任。（《大乘院寺社杂事记》）
四月二十日，藤氏长者一条兼良的任命书送到，二十一日在古市的迎福寺举行了交接仪式。这样经觉正式成为别当，但他并没有回到兴福寺，而是继续住在古市。经觉这波澜起伏的第四次别当之旅开始了。
作为学侣对番条长怀的惩罚，他们采取了“封印名字”这一措施。“封印名字”是什么意思？根据植田信广和酒井纪美的研究，把反抗寺社者的“名字”写在纸片上，将其封印，实施诅咒，就是“封印名字”。目前仅能在兴福寺、药师寺、东大寺等大和国寺院看到这种情况。这里选取兴福寺的事例。
由于僧侣的名字有时也被“封印”，这里的“名字”不是指苗字，而是指能够指定诅咒对象的名（元服、出家等时接受上位者命名的情况称作“赐名字”）。封印名字的场所多种多样，或放入洗手池中，或封入内阵中，或钉在神社前。封印后，僧侣们聚集于南圆堂，念诵大般若经，实施降伏祈祷。封印名字与降伏祈祷是一个组合，两者都实行完毕后诅咒才结束。
实施封印的主体是学侣、六方众，或学侣与六方众一同，门主不能私自实施封印名字的行为。学侣或六方众要先举行“神水集会”，才能封印。集会之时，如果不获得全员赞同，共饮神水，对神起誓，也就是说不结成“一揆”的话，是无法决意行事的。因此，封印名字的行为并非私刑，而是学侣、六方众这样的兴福寺决议机构依照一定的手续实施的“公”罚。
被封印名字的对象主要是众徒、国民等武士，平民是不会被封印的。众徒、国民等若妨害兴福寺的庄园控制，就被断定为兴福寺的敌人（“寺敌”“佛敌”），遭到封印。
被封印了名字的人将会遭遇发病、发狂、猝死这样的灾祸。在那个时代，得病猝死者并不稀奇，如果是被封印名字的人猝死了，人们就会认为是诅咒在起作用。换言之，封印名字的行为，就是利用了中世人们对神佛的恐惧和信仰，是一种宗教制裁。但是，正如笔者在拙著《一揆的原理》中讲到的，中世的人们对神佛的信仰亦非绝对，若过多强调宗教性的恐惧，也是有问题的。
植田氏认为，将封印名字这一事实公示出来，不仅仅能发挥咒术上的作用，也带有剥夺其武士身份的意思。虽然是否称得上身份剥夺，尚有讨论的余地，但实施者应该是期待该仪式所带来的贬低封印对象的社会效果的。
长怀的情况是，他的名字被封印在“五社七堂”。（《经觉私要钞》）五社就是春日社本殿的四殿和若宫，也就是指春日社全体，七堂指兴福寺七堂，即兴福寺全体。可能是被封印于兴福寺及与其一体的春日社境内各处了吧。然而，兴福寺寺僧并非一致团结排斥长怀，因为六方众（据寻尊的记载是六方众的一部分）支持长怀，所以对他的宗教和社会制裁并不彻底。
文明元年（1469，应仁三年四月二十八日改元）五月末，筒井顺永与古市胤荣的仲裁收到了效果，双方达成和解。长怀向学侣提交起请文，起誓约定归还荒莳庄。于是学侣使节三人将封印于五社七堂的名字取了出来，诅咒被解开。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）
八月，为了集齐从长怀手中购回荒莳庄的款项，兴福寺向奈良居民征收临时税。然而筒井顺永贪污了这笔钱，长怀大怒，和议于是破产。十月，兴福寺命令荒莳庄的农民：“长怀若来收取田租，不予理睬，直接交给学侣。”并命令邻接的布留乡（今奈良县天理市布留町），若长怀用暴力来取布留乡田租，布留乡五十余村一齐出击，支援荒莳庄。布留乡答应了，学侣们天真地开心起来：“太好了，太好了。”寻尊却很冷静，他在日记中说：“借农民的力量，不是在助长损伤兴福寺权威的‘下克上’行为吗？有什么可庆贺的。”这是比起即时性更重视长远影响的寻尊的感想。
这个问题一直纠结到文明元年末，最终如何收场无从得知。幕府劝慰学侣说：“京都的战事结束了就来击退长怀。”（《大乘院寺社杂事记》）然而战争仍然看不到尽头，这也就是个口头约定罢了。或许长怀就这样继续控制着荒莳庄了吧。
为处理以上这一系列争端，大乘院门主寻尊四处奔走，但我们看不到经觉积极参与的样子。对好管闲事的经觉而言，这倒是稀罕。松林院兼雅是大乘院的良家，番条长怀也是大乘院的众徒，所以经觉是在顾虑寻尊吧。
就任别当之后，经觉立即着手重设兴福寺的管理。如前所述，经觉派遣柚留木重艺到京都，向日野胜光传达他答应出任别当一事，同时附加了就任的条件，那就是要求幕府支援管理改革。
兴福寺下辖众多庄园，大部分仅由代官代为管理，兴福寺并不能了解当地的状况。若代官能认真交纳从庄园收上来的田租的话，当然没什么问题，但由于战争带来的混乱，田租交不上来。为了改善这一状况，除了任命新的代官之外，时不时向庄园当地派遣调查员，视察当地的情况，考察代官的工作，就是有必要的了。这种不靠代官，由庄园领主直辖管理的情况称作“直务（直辖）”。然而，具有既得利益的代官当然会反抗。要排除他们的反抗，就必须有幕府做后盾。足利义政收到日野胜光的报告后表示“若有反抗者，应向幕府报告”，答应了经觉的条件。
山城国狛野庄是别当领地，经觉在第三次担任别当之时，将其交给东北院俊圆。此后的别当也认可俊圆对此庄的控制。于是在这次的别当更替之后，文明元年（1469）四月二十八日，俊圆仍希望继续管理狛野庄。
对此，经觉在书信中这样说：“以前担任别当时，兴福寺管理顺畅，因而将狛野庄交给你。现在很多别当领地已有名无实，神事、法会经费不足，因此请您归还此庄。直辖管理的方针也是得到了幕府的认可的。”经觉送去书信，拒绝了俊圆的请求。
但是，俊圆执拗地希望保留狛野庄的管理权，终于表示“如此，我就向幕府上诉”。事实上俊圆是日野胜光的叔父。显而易见，足利义政会做出对俊圆有利的裁决。五月二日，经觉不得已承认了俊圆对狛野庄的控制权。俊圆向经觉送礼钱一千匹（十贯文钱），并承诺以后再呈上一千匹。（《经觉私要钞》）
接下来经觉盯上了龙门庄。龙门庄本是龙门寺（奈良县吉野郡吉野町的寺院）的庄园，龙门寺成为兴福寺的下属寺院之后，兴福寺别当获得了龙门庄的管理权。然而应永年间（1394—1428）以后，兴福寺委托多武峰寺管理龙门庄，多武峰寺每年向兴福寺上交一百五十贯文钱。因为当时判断，龙门庄离兴福寺远，委托离此庄近的多武峰寺管理会更有效率。
但宽正年间（1460—1466）起，田租的交纳常有拖欠。其中一个原因是经觉曾妨碍多武峰寺参与日明贸易（多武峰寺如此认为）。简言之就是出于对经觉的愤恨，拒交田租。经觉向幕府寻求支援，但由于中央政界的混乱与大和的战乱，事情未能很好解决，经觉未能如愿，就从第三次担任的别当职位上退职了。
第四次出任别当，干劲满满的经觉积极推进龙门庄的直辖。正当经觉寻找新的代官时，文明元年五月二十二日，一个叫岩坂狛源五郎的人毛遂自荐而来。他放出豪言：“若将龙门庄的管理交给我，每年田租能收八百石左右。”粗略估计，按中世的行情，米一石等于一贯文钱。即便从八百石中扣除必要经费，也达到多武峰寺上交数额的三四倍。由于这话说得太好听，经觉在日记中写道：“若真是事实的话，倒也是极好的。”
在委托多武峰寺管理之前，龙门庄是由兴福寺别当松林院长怀管理的。于是经觉于五月二十四日，向松林院兼雅借阅了松林院保管的有关龙门庄的古记录和文书。反过来说，目前为止的兴福寺别当对龙门庄的情况一无所知，甚至不想知道。
最终，小野、丸尾二人被选为龙门庄的代官。六月十一日，两人为致谢经觉，前来拜谒他。二人带了土特产酒樽和瓜果。经觉的亲信畑经胤与他们会面，两人将离开时，经觉也露了个脸，并赐给他们各自一件小袖。这是非常特别的优厚待遇，可见经觉对龙门庄的直辖管理是很有热情的。
此后经觉也向当地派遣使者，继续参与龙门庄的管理。即便如此，经觉仍对田租是否顺利上交很不安，八月二十四夜，他梦到龙门庄送来两棵松树，种在了道场东边。经觉写道：“也不知是吉梦还是凶梦。”
经觉的不安不幸成为现实。八月二十九日，龙门庄来报，正要向兴福寺交租时，多武峰寺说：“多武峰寺原本就是龙门庄的代官，这是兴福寺任命的，赶紧把田租交给我们。”收到报告之后，学侣回复“任命多武峰寺为代官并非事实”。学侣生怕夜长梦多，于是叮嘱经觉：“请不要再这样不和我们好好商量就任命代官了。”
经觉与学侣协作，继续催促田租上交，却遭到多武峰寺的妨碍，以失败告终。（《经觉私要钞》）在天下大乱这一糟糕的外部环境面前，纵使经觉绞尽脑汁，也无能为力。