与两军最初的设想相反，战事陷入长期化的背景是战法的变化。首先是防御设施的进步，其中的代表就是井楼。所谓井楼，就是为在战场上侦察敌情，用木材堆成井字形而建造的瞭望台。但井楼不只是瞭望台，后面将提到，井楼上也备有武器，可以击退接近的敌军，也就是所谓的箭楼。本章第一节开头讲过的畠山政长的箭楼就是这样一个东西。
井楼与箭楼的使用并非从应仁之乱开始。应永六年（1399）的应永之乱中，固守和泉国堺（现大阪府堺市）的大内义弘，为防备幕府军攻击，构筑“井楼四十八、箭楼一千七百”。（《应永记》）幕府进攻乏术，足足花了三周来攻克堺。
然而应仁之乱中修建的井楼规模更大。据禅僧太极的日记记载，应仁二年（1468）四月十四日，西军山名宗全修筑的井楼高达七丈（约二十二米）多。（《碧山日录》）但是经觉则记录说，这个井楼的高度是一丈二尺（约三点六米）。（《经觉私要钞》）现在的两层楼住宅，从地面到屋顶横梁的高度超过六米。一丈二尺有些低，但七丈又太高了，经觉的记录应该更接近真实情况。四月二十五日，大内政弘在相国寺鹿苑院东南修筑“大西（井）楼”。（《碧山日录》）五月二十七日，东军也修建了大井楼。据说登上井楼便可以眺望“各军营”。（《碧山日录》）
根据经觉的记载，山名宗全在井楼上准备了石头和火箭。更有趣的是，经觉还记述说该设施是为“进攻细川城”而建造的。（《经觉私要钞》）也就是说，经觉认为这并不是防御设施，而是攻城设施。
细想的话，井楼是在攻击敌城时也能派上用场的建筑物。为从与城墙同高或比其更高的位置发动进攻而修造的攻城塔，无论古今东西，都被广泛使用。在前面提到的应永之乱中，幕府军在强攻失败后，就修造了“井楼、箭楼”来攻击堺城。（《应永记》）此外结城之战（第二章开始处有介绍）中，攻击结城城的幕府军也修造了“十余丈井楼”。（《镰仓持氏记》）“十余丈”应该是带有文学性的夸张，但攻城之际使用井楼却是事实。应仁之乱的巷战之中攻方也使用井楼，这一点历来并未引起关注，却是非常有意思的。
应仁之乱中还使用了攻城兵器。应仁二年正月，东军从大和国召集工匠，制作“发石木”。（《碧山日录》）这就是投石机。
禅僧太极在听说此事后说：“李密（隋末战争中的起兵者之一）曾制作攻城武器‘机发石’。”介绍了中国的类似事例。太极甚至拿出自己的学识，继续追溯更早时代的例子：“曹操也曾制发石车破袁绍，因其威力，被称作霹雳车。”（《碧山日录》）这说的是《三国志》里面的插曲，说曹操军使用发石车（霹雳车）击毁了袁绍军的望楼。太极似乎想说，投石机是中国自古以来就有的兵器，没什么特别需要惊奇的。但反过来想，这却是被当时的日本认为稀罕的“新兵器”。应仁之乱促进了战术层面的革新，这是毫无疑问的。
前一节已有提到，在有关应仁之乱的日记资料中出现了“城”这一词汇，譬如“细川城”“宗全之城”（《碧山日录》）等。这个“城”是什么呢？既然事实上已有攻城兵器的使用，这个“城”就不仅仅是一种文学性的修辞。
对于西军的布阵，寻尊记录道：“掘开大路、小路，以为城郭。”（《大乘院日记目录》）也就是挖开道路筑成的壕沟。东军也在以将军御所为中心的诸阵营外围挖掘了壕沟，筑成要塞。当时的史料称之为“御构”“东构”“东城”等。这种“御构”将公家、武士的宅邸乃至数百平民的居住区包围了起来。
随着战事的发展，京都各处筑起“构”，即要塞。东西两军帮助公家筑造了壕沟。公家们出于自卫的目的，有的也自发地在宅邸周围挖掘了壕沟。为对付土一揆的来袭与盗贼，防备恶化的京都治安，在大乱以前，公家们已经在宅邸四围挖掘了壕沟，大乱爆发以后可以说实施的是扩建工程。高桥康夫从各种史料中发现了京都“构”的存在，据他的研究，主战场上京（京都二条通以北）就有武卫构（斯波义廉宅邸周围）、实相院构、白云构、田中构、柳原构、赞州构（细川成之宅邸周围）、御所东构、山名构、伏见殿构、北小路构、御灵构等。
笔者在前著《日本中世战争史》中也提到，本来巷战大多数是短时间决胜的。镰仓时代在镰仓都市区的战斗一天到两天就结束了。新田义贞灭亡镰仓幕府时，攻入镰仓之前奋力苦战，但攻入街区之后仅一日就将镰仓幕府军击破。南北朝内乱中时不时出现的京都争夺战中，最长的也无非半个月左右就能决出胜负。
但到了应仁之乱中，两军修筑壕沟与井楼等防御阵地，京都的巷战成了真正意义上的“攻城战”。两军不得不放弃了突击敌阵（敌城），一举攻克敌人据点的念头。阵地越成为要塞，双方就越倾向于使用弓箭或投石机等进行远距离作战。
众所周知，在第一次世界大战中，尽管两大阵营的首脑和国民都相信战争能很快结束，但因为战壕的使用，战争陷入长期化。应仁之乱也因为防御方处于优势地位，战况日趋胶着。
在这样的状况下，为打破僵局，新的战斗力量登上了舞台，这就是足轻。足轻指不着甲胄的轻装步兵。应仁二年（1468）三月中旬，东军动员足轻火烧下京（京都二条通以南）。这次作战的目的是对西军驻屯地及物资存放地予以打击，阻断其兵力和军粮补给。（《后法兴院记》《后知足院记》）指挥此次作战的足轻大将，就是在《日本中世战争史》中也介绍过的那位著名的骨皮道贤。（《碧山日录》）
骨皮道贤在应仁之乱前被室町幕府侍所（维持京都治安的警察组织）雇用，称为“目付”。之所以他会被幕府任用，是因为他非常了解盗贼的动向。（《碧山日录》）可能是因为他自己本来就是盗贼出身吧。总之，这是与江户时代“目明”（冈引）类似的群体。
应仁之乱前后的侍所所司（长官）是京极持清，这其实算是个名誉职位，所以由京极持清的重臣多贺高忠担任所司代，全权负责实际工作。根据二木谦一的研究，多贺高忠未从主君京极持清那里获得一兵一卒，为维持治安，他雇用了牢人、恶党等。其中一人便是骨皮道贤，道贤协助东军，应该也是因为与多贺高忠的关系。道贤以伏见稻荷神社为据点，集结了三百名足轻，断了西军的粮道。（《碧山日录》）
掠夺真如堂的足轻，《真如堂缘起》局部。真正极乐寺（京都府）藏
西军对此感到担忧，于是在三月二十一日，派遣大军包围了稻荷山。（《碧山日录》《后法兴院记》《后知足院记》）西军本来的目的是处置协助骨皮道贤的稻荷社神官，结果很偶然地，道贤也在场。道贤正欲逃走，被畠山义就家臣所擒、斩杀。神官们的住宅也被放火，稻荷神社因此烧毁。偏袒西军的经觉评论道贤的结局为自作自受，寻尊却批判了畠山义就火烧稻荷社的行为。（《经觉私要钞》《大乘院日记目录》）
道贤死后，东军继续使用足轻。六月八日夜，东军足轻火烧宗全宅邸的高楼，据说因此受到了细川胜元的奖赏。当然，西军也雇用了足轻。西军足轻大将中有位知名人物叫御厨子某，他本是东福寺门前町的居民，好勇斗狠，不继承家业，而是追随畠山义就。他纠集足轻，神出鬼没，通过游击战让东军吃了苦头。（《碧山日录》）
笔者在前著中介绍过，近年的研究将足轻的活跃看成一种大都市问题。也就是说，在慢性饥荒的过程中，大量人口从周边村落流入都市，形成了都市下层居民，人口逐步增加的都市下层居民就是足轻的最大来源。此外不容忽视的是，足利义教时期以后，因为将军肆意裁决，许多大名家反复起起落落。随着大名家的没落，失去职务的牢人等武士阶层也参加进来，下层居民和饥民们作为土一揆被组织起来，形成了强大的战斗力量。
另一方面，一些人则作为讨伐土一揆的力量被多贺高忠与浦上则宗（赤松政则的重臣）雇用。随着应仁之乱爆发，他们也成为足轻，被组织起来。土一揆与足轻，名称虽不同，但参加者的行动（掠夺、放火）却是一样的，两者是相近的群体。
足轻最被期待的功能是切断敌军补给、破坏补给设施。足轻发挥其机动性，掠夺、放火，疲敝敌军。但是，被掠夺和纵火的不仅是敌军，居住在京都的公家、寺院、神社和平民也遭受了巨大的损害。足轻的大量动员进一步导致了京都的荒废。
截至应仁二年（1468）前半年，战斗在京都的街区进行，进入后半年，主战场转移到东山、山科、鸟羽等京都周边地区。这是为了确保本方补给线的同时，切断敌军补给线。
当时的京都是一个特别的大都市，为了养活庞大的人口，必须依靠从外部输送的物资。嘉吉元年（1441）发生嘉吉土一揆时，土一揆军封锁了京都的七个出入口（七口），陷入“京都之饥荒令人不能容忍” （《公名公记》）的惨状，这也成为幕府屈服于土一揆，听从他们的要求颁布德政令的原因之一。从这样的情况我们可以知道，如果运输线被敌军占据，驻守京都的军队势必陷入饥饿之中。随着应仁之乱的长期化，掌握京都近郊地区，便足以左右战况局势。
位于山城国中西部的乙训郡（现京都府向日市与长冈京市全境、乙训郡大山崎町、京都市南区及西京区、伏见区一部分）与葛野郡（现京都市右京区及西京区一部分）组成的一大片地区，在中世被叫作“西冈”。西冈分布着众多领主不同的庄园和村落，对桂川水资源的利用使得各村之间的联系加深了。这里的武士（当时称之为“侍”）非常团结，被称作“西冈众”。
西冈也是从西日本经西国街道或丹波道进入京都的必经之地。因为东西两军都要通过西冈，所以无论西冈的武士们愿不愿意，他们都被卷入了战乱之中。
西冈众在战乱前多数追随细川氏，大乱爆发后从属东军。应仁元年六月，西军畠山政国为救援畠山义就，率河内和纪伊武装向京都进军时，野田泰忠等西冈众试图阻止，遂率兵迎战。（《镇守八幡宫供僧评定引付》《野田泰忠军忠状》）西冈有东寺领属庄园上久世庄、下久世庄，这些庄园的百姓也相助武士们，与畠山政国军交战。因此，西军的斯波义廉利用自己身为管领的身份向东寺施加压力，要求他们不得协助东军。（《东寺百合文书》）应仁元年八月，大内政弘从兵库向京都进发时，西冈众进军摄津的神南山（今大阪府高槻市神内山）、芥川、入江，与西军交战。（《野田泰忠军忠状》）
虽然如此，西冈等京都近郊追随山名宗全或畠山义就的势力仍为数不少。于是，野田泰忠等就担负了在东军上京时，阻挡西军的干扰，确保去京都的交通线畅通的任务。这一任务在当时的史料中被叫作“向导”。（《野田泰忠军忠状》）
八月末，东西两军都盯上了这年新收获的稻米，于是纷纷出动。山名宗全向东寺要求“将上久世、下久世今年的田租收入作为军粮借用”。虽说是借用，但并没有要归还的意思，事实上就是征收。东寺向山名宗全送去礼物，得以免除征收军粮。（《镇守八幡宫供僧评定引付》）
然而，经细川胜元申请，幕府认可胜元对西冈实施“半济征收”。所谓半济，就是在战时将庄园田租的一半充作军费。也就是说，将原本需要交纳给寺社或公家等庄园领主的稻米的一半，交到细川胜元的手上。西冈的农民在受到幕府命令之后，开始将田租稻米搬运到细川阵营里去。在西冈的细川一方阵营中等待着的，当然是野田泰忠等西冈众。所以，这次半济征收，直接得利的并不是细川胜元，而是胜元麾下的西冈众。可以说这是对他们的奖赏。
斯波义廉知道这一情况之后大怒，招来东寺杂掌（负责涉外事务），对其表示郑重抗议，要求“命令上久世、下久世庄的农民不得向东军阵营运送粮食”。（《镇守八幡宫供僧评定引付》）
夹在东西两军之间左右为难的东寺试图单单取消西冈各庄园中上久世和下久世庄的半济征收，于是贿赂幕府的官僚，获得了免除征收的许可。然而西冈众无视免除命令，仍欲实施半济征收。经上久世、下久世庄代表五人与西冈众交涉后双方达成妥协，两庄向西冈众支付五千匹（五十贯文钱），西冈众遂承认了半济的免除。东寺在向庄园运送五千匹的同时，也给五名交涉代表支付了报酬。（《镇守八幡宫供僧评定引付》）
到了应仁二年的收获时节，围绕田租稻米的争夺，双方展开了更为激烈的斗争。八月末，根据西军准备进攻西冈的军报，东军派遣援军，西冈众也与之会合。（《野田泰忠军忠状》）东军准备战斗，并开始在西冈征收军粮。因此，上久世、下久世庄取消向东寺交纳田租一事，令东寺十分为难。（《镇守八幡宫供僧评定引付》）
十月，战斗终于爆发。西军自京都而下，攻击西冈、鸟羽、下桂等。（《碧山日录》《后法兴院记》）西冈之中，上久世庄是特别的攻击对象。
原因出在这时担任上久世庄公文（庄园当地的管理人员）的寒川氏身上，寒川氏出自赞岐国，在细川氏的支持下得以就任公文一职。十月九日，西军“足轻众”攻入上久世庄，放火烧了各家，而后割了田里的稻子。寒川氏自己放火烧了宅邸逃走，二十二日夺回上久世庄。（《镇守八幡宫供僧评定引付》）
另一方面，下久世庄的公文们则在东寺与西军私自交涉，承诺交纳半济，于是免于遭受西军的攻击。（《镇守八幡宫供僧评定引付》）战乱中的人们如此顽强、坚强地生存了下来。