那么，我们来看一看两军的阵容。细川一方的布阵在将军御所周边铺开，而山名一方则以钳住堀川之势，在一条大宫一带布阵。细川胜元一方在东，山名宗全一方在西，前者叫作东军，后者叫作西军。此后，我们就使用这两个称呼。顺便说一句，现在京都市上京区一条通以北的地区叫作西阵，就是因西军的阵营所在而来。
细川氏世系略图
参加东军的大名有细川胜元（摄津、丹波、赞岐、土佐守护）、细川成之（三河、阿波）、细川成春（淡路）、细川胜久（备中）、细川常有和细川持久（和泉两守护）、畠山政长（河内、纪伊、越中）、京极持清（北近江、飞驒、出云、隐岐）、武田信贤（若狭、安艺分郡）、赤松政则（加贺北半国）、山名是丰（备后）、斯波义敏。
东军主力是细川同门、畠山政长和京极持清。武田信贤的领地包括安艺国佐东郡、安南郡、山县郡，与安艺守护山名宗全是竞争关系。赤松政则也是因为试图从山名手中夺回原有的领地播磨、备前和美作，而加入东军。至于斯波义敏，则如前所述，他与山名宗全的女婿斯波义廉是对手。也就是说，细川胜元集结同门及盟友政长、持清，以及反山名派所成立的军队就是东军（山名是丰则是因为与父亲宗全不睦，于应仁元年六月从西军叛入东军）。
另一方面，参加西军的大名有山名宗全（但马、播磨、安艺守护）、山名教之（伯耆、备前）、山名政清（美作、石见）、山名丰氏（因幡）、斯波义廉（越前、尾张、远江）、畠山义就（山城）、畠山义统（能登）、一色义直（伊势、丹后）、土岐成赖（美浓）、六角行高（近江）、富坚政亲（加贺）。后面还会提到，后来大内政弘（周防、长门、丰前、筑前）也加入了西军。
西军的主力是山名一族与斯波义廉和畠山义就。据军记物语《应仁记》记载，山名宗全被岳山之战中义就的奋战所感动，于是决心与义就合作，但如前所述，这并不是史实。文正政变后，山名宗全将反细川的畠山义就拉拢入自己的阵营，但二者的关系并不密切，后来的西军因此乱了步调。顺便一提，畠山义统的弟弟畠山政国是畠山义就的犹子。
一色义直与足利义政和伊势贞亲关系亲密，与山名的关系却很淡薄。文正元年（1466）年末，畠山义就上京之际，一色义直还尚未清晰地表明态度。（《大乘院寺社杂事记》）他之所以最终加入西军，是为了把原属于他的三河和若狭从细川与武田两氏手中夺回来（此外，武田信贤的兄长信荣曾杀害一色义直之父义贯，义直的愤恨也是一个原因）。
土岐成赖和六角行高（后来的高赖，此后统称六角高赖）并没有特别的理由要协助山名宗全。两人的势力范围和细川胜元的盟友京极持清的领国北近江接壤，因此他们才为了对抗京极而加入西军的吧。加贺守护富坚政亲，在赤松政则成为加贺北半国守护以后就与赤松政则对立，既然政则投身东军，富坚政亲也就加入了西军。
此外据《应仁记》记载，两军兵力分别是东军十六万骑，西军十一万骑。历来认为这个数字有所夸大，但就畠山义就集结的大和、河内与熊野之兵就有七千骑来看，或许这个数字与真实情况意外地接近。大和的义就一党的核心力量是越智家荣的兵力，有骑兵一百五十、步兵两千。协助义就的熊野势力有一千四五百人（《经觉私要钞》），加上野伏之类的杂兵，义就军达到七千人也是可能的。其他将领也有大致程度的兵力的话，西军总体上便可达数万人。
然而，这个数字不过是总共能够动员的兵力，并不是全军一齐在京都会合，也不能忽略部队兵员的补充和交替。据永岛福太郎推算，开战之时两军加起来也不到五万。西军的兵力就是一二万。六月起，山名一方八国的兵力出发开向京都（《大乘院寺社杂事记》），就此来看，西军的军事动员比较迟，被迫在京都陷入苦战。
东军在获得幕府军的名分之后，于应仁元年（1467）六月六日商讨作战计划，决定以足利义视为主帅，在八日对西军发动总攻。但是因为西军将领中，有像山名宗全的儿子山名是丰那样请求投降的，于是总攻被中止了。这应该是足利义政的意向。足利义政向西军诸将送去御内书，劝他们投降。当日，西军山名教之与东军赤松政则在一条大宫激战，东军获胜。主帅足利义视亲自检验了尸首。（《大乘院寺社杂事记》）足利义政试图抑制战事扩大，足利义视却干劲十足地想积攒战功。面对大乱，这对兄弟的表现截然相反。
九日，土岐成赖、六角高赖、富坚政亲三人通过东军的细川成之透露了降服之意。足利义政怀疑他们是否真心投降，于是回复他们说，在对山名宗全与畠山义就发起进攻前，不与他们见面。（《大乘院寺社杂事记》）事实上，富坚政亲是被东军策反，但土岐和六角确实是诈降。
斯波义廉也想投降东军，但足利义政要求他“除非交出朝仓孝景的脑袋，否则不允准”。（《大乘院寺社杂事记》）朝仓孝景是斯波义廉的重臣，也是义廉军中的大将。此外，在山名同族的增援部队还未到达京都时，朝仓军其实是西军的主力。所以这是义廉无论如何也不能接受的条件。
足利义政仍然给斯波义廉保留着管领的位置，我们看不出他对义廉有什么厌恶。给斯波义廉开出如此苛刻的投降条件，并非足利义政的本意，应该是受足利义视和细川胜元等人的意见影响的结果。对细川胜元来说，其他的武将暂且不论，若不能给予山名宗全和斯波义廉打击，那么开战就没有意义了。足利义视也一样，在建立突出的军功之前他是不愿意收手停战的。这样一来，停战的道路就被封死了。
足利义视掌握着将军御所，将与山名一方有亲缘关系或者关系紧密的女官和近臣全都驱逐出去。十一日，暗通西军的饭尾为数父子被处死。（《大乘院寺社杂事记》）
足利义视在三年前才还俗，并没有固有的权力根基。因此，他利用大乱这一“有事”之机，专权跋扈，为自己出任下任将军打实基础。但是足利义视的行动招致了想让自己的儿子义尚担任下任将军的日野富子的反对。结果，被孤立的足利义视退出将军御所，回到了自己的宅邸（今出川殿）。（《应仁记》）
无论兵力还是大义名分，东军都胜出西军一筹。但由于畠山义就和朝仓孝景等西军诸将奋起反抗，对付起来颇为棘手，东军也未能获得决定性的胜利。东军慢吞吞地攻击之时，西军的兵力却得到了增强。
应仁元年（1467）六月二十八日，安艺、石见、备前、但马、备后、播磨六国大军经丹波进入京都。属于东军的西冈（京都西郊）武士试图阻止西军入京，因寡不敌众，惨遭突破。据说西军的援军有八万人。听到这个消息，经觉抱有疑问：“八万人太多了。”（《经觉私要钞》）也有消息说援军的一半都在丹波待命，但即便如此，上京之数也达四万。过万的大军已经到达，这一点可以看作事实。
但是对于西军而言，最为重要的事当然是大内政弘的入京。二月的时候就有传言说大内政弘东进，细川胜元对此并未足够关注。（《毛利家文书》）细川胜元之所以要违背足利义政力主议和的意愿也要固执地讨伐西军，是因为他想在大内政弘上京之前取得较大战果，为东军赢得决定性的胜利。在胜元眼中，西军诸将的请降，无非是在为大内政弘上京争取时间罢了。
据说大内政弘于五月十日从根据地周防山口（现在的山口市）出发。此乃细川胜元等起兵之前之事，因为不太可能是大内政弘事先察觉了细川胜元等的计划，应该是为了维持强化正月的政变后所建立的新体制，应山名宗全的催促上京的吧。
大内政弘出发后，京都的战事开始了，因而大内政弘将军队分为海陆两队，花了两个月时间，缓慢进军。他是在观望京都的局势吧。七月十九日，大内军先头部队到达播磨室津（现在兵库县龙野市）。军船据说有五百艘。（《经觉私要钞》）二十日，大内政弘本人抵达兵库。（《大乘院日记目录》）政弘率周防、长门、丰前、筑前、筑后、安艺、石见、伊予八国武士随行。（《经觉私要钞》）据传总人数达数万人。（《大乘院日记目录》）
东军想要在大内军到达之前攻下斯波义廉宅邸，于是连日发动猛烈攻势（《应仁记》），然而却未能攻克。（《后法兴院记》）八月三日，大内政弘从兵库出发（《大乘院日记目录》），计划从陆路上京。细川胜元试图阻止大内军上京，因摄津池田市被策反，未能成功。（《后法兴院记》）
大内政弘于当月二十三日率三万大军上京，在京都南部的玄关位置东寺布阵。（《宗贤卿记》《经觉私要钞》）永岛福太郎推测，三万人中包括苦力等非战斗人员，战斗人员为一万余人。二十日，东军知晓大内军靠近之后，解除了对斯波义廉宅邸的包围，二十三日将后花园上皇和后土御门天皇转移到将军御所。（《宗贤卿记》）这是为了不让上皇和天皇被西军劫走而采取的措施。
得知大内军入京，足利义政的亲信中有人和西军暗通款曲。震怒的细川胜元包围了将军御所。足利义政将与西军暗通者二十余人一起从御所驱逐出去，他们在糺河原被细川军袭击，三四人被杀，其余逃走。（《宗贤卿记》《经觉私要钞》）顺便一提，二十三日夜，足利义视逃往伊势国。（《公卿补任》《经觉私要钞》）他可能是害怕西军的报复。
大内军参战使西军声势大振，转守为攻，将武田军据守的三宝院义贤（满济的继任者）宅邸（法身院）烧毁。大内政弘从东寺北上，将阵营移到北野船冈山。（《经觉私要钞》）足利义政担忧战事激化，于九月八日再次向畠山义就送去御内书。内容是：“虽然可能违背你的意愿，但为天下计，还请与山名宗全商量，各自回到自己领国去。河内国交给义就和政长两位分割治理。”（《畠山文书》）
相国寺
足利义政仍然认为大乱的根本原因是两位畠山的争斗，只要政长和义就议和，战乱就将结束。毕竟东军大将细川胜元与西军大将山名宗全算不上不共戴天的仇敌，前一年他们还是盟友。争端持续十余年的唯有畠山氏而已，只要畠山氏的问题处理好，问题就能解决。足利义政会这么判断也不无道理。
然而足利义政的讲和方案错过了时机。如今大内政弘已入京，靠畠山义就抽身就能结束战乱已不可能。西军无视议和方案，继续猛攻东军。特别是十月二日至四日，战况尤为激烈，将军御所以东的相国寺被完全烧毁，将军御所也被烧了一半。（《宗贤卿记》《后法兴院记》《经觉私要钞》《东寺长者补任》）
原本处于劣势的西军虽然转为优势，却未能给予东军决定性的打击。相国寺之战以后，洛中（京都中心部）没有再发生大规模战斗，战况陷入胶着。虽然这时候正是议和的好机会，但西军攻击将军御所的举动已令足利义政态度变得强硬。十月三日，应足利义政的请求，后花园法皇（九月二十日，上皇感到对大乱爆发负有责任而出家为僧）下达了处罚山名宗全的院宣。（《经觉私要钞》《大乘院日记目录》）
东军谋划先发制人，拥足利义政，意图一鼓作气，一决胜负。西军召来大内政弘，毅然实施大反攻。双方都已经用掉了王牌，却未能决出胜负。短期决战的尝试受挫，战况陷入胶着。翻了年，战事依旧不止，心生厌倦的足利义政觉得现在是实现议和的时候了。
应仁二年（1468）八月，足利义政派遣使者去伊势，催促足利义视上京。为结束战争，有必要把所有利益相关者全都集中到京都来。足利义视应足利义政的邀请上京，九月二十二日进入东军阵营。于是足利义视向足利义政呈递谏言，请求他排除佞臣。（《碧山日录》）其中一位据说是日野胜光。（《后法兴院记》）
日野胜光是足利义尚派的首领，足利义视出于个人愿望想排斥他是理所当然的。然而，足利义视的请求让足利义政不高兴。足利义政非但没有接受足利义视的请求，反而在闰十月十六日让伊势贞亲重归政坛。（《后法兴院记》）
大乱爆发以来，足利义政一直未能发挥他的领导能力，这是因为他的好帮手伊势贞亲不在身边。再次任用伊势贞亲，应该是为真正推进战争结束做的准备。实际上，足利义视上京的九月下旬到十一月上旬，两军未在京都交战，寻尊甚至预想和平可能到来：“天下将太平了吧。”可是寻尊却对伊势贞亲重归政坛深表担忧，担心足利义政与义视的关系将会因此恶化。（《大乘院寺社杂事记》）
寻尊的不祥预感不幸言中。十一月十三日，感到危险的足利义视化装成平民逃出京都，逃往比叡山。（《后法兴院记》）当月二十三日，足利义视从比叡山回京，竟然进入了西军斯波义廉的阵营。二十四日，大内政弘等西军诸将前来参见足利义视，尊他为将军。这样，事实上出现了两个将军并存的局面。西军模仿幕府，建立了自己的政治机构，这就是西幕府。
足利义政一面将足利义视召回京都，一面又把他逼入绝境，这种举措说实话很难理解。非要推测足利义政心里的想法的话，恐怕是他太小看足利义视这位没有自己权力基础的人物了吧。据说细川胜元曾劝说足利义视出家（《大乘院寺社杂事记》），这应该是斟酌了足利义政意向的提议。终于，此前还在担任东军主帅的足利义视，变成西军拥护的对象。对足利义政来说，这种结果完全是个意外。
足利义视虽然为了积累战功而积极讨伐西军，但他并没有实际参加战斗，也并不讨厌山名宗全这个人。根据家永遵嗣的考察，战前足利义视与山名宗全关系很好。对于西军而言，若拥立足利义视，头上那顶叛军的帽子就算摘掉了，这样的诱惑实在够大。足利义视与山名宗全利害一致，这个因私交与谋算而组成的令人震惊的组合诞生了。
正如目前为止各位所看到的，足利义政依势而动，立场上偏向东军，但对讨伐西军并不一定积极，反倒是在寻找议和的可能性。然而，随着西幕府的诞生，足利义政态度大变。十二月五日，依足利义政上奏，朝廷褫夺了足利义视及与他合作的公家们的官位（《公卿补任》），甚至下发了讨伐足利义视的院宣，足利义视成为“朝敌”。（《大乘院寺社杂事记》）和平变得越来越遥远了。