文正元年（1466）十二月二十六日，畠山义就率军上京，在京都北部的千本释迦堂（大报恩寺）布阵。义就的背后，是山名宗全与斯波义廉。畠山政长为与义就对抗，在宅邸四围构筑箭楼，与赤松政则、六角政高一同据守。此外细川胜元和京极持清也支援政长。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）
将军足利义政对畠山义就擅自上京十分愤怒，遂支持畠山政长。文正二年正月初一，管领畠山政长前往将军御所（花之御所），向足利义政进献了垸饭。所谓进献垸饭，就是家臣为主君进献膳食，招待主君的仪式。每年初一，室町幕府首席家臣，即管领会为将军安排垸饭。政长负责垸饭事宜，意味着足利义政对畠山政长的信任。但是，因为要对畠山义就一方的活动保持警戒，畠山政长与细川胜元军沿路设置了警卫。（《后法兴院记》）
然而正月初二，足利义政中止了前去畠山政长宅邸的“御成”，在将军御所与畠山义就会面。（《斋藤亲基日记》）所谓御成，是对贵人外出的尊称，在室町时代主要指将军的外出。
应仁时期京都的上京区域。引自今谷明《日本的历史》卷9《日本国王和土民》，一部分有修改
每年正月初二，将军驾临管领宅邸接受宴会招待，这是幕府的固定活动，被称作“御成始”。对畠山政长而言，迎接将军驾临是昭示自己与将军亲密关系的绝佳机会，如此突然中止，对政长实在是很大的打击。寻尊对此大吃一惊，觉得足利义政“扶持双方”（向政长和义就双方都示好），实在是无节操。（《大乘院寺社杂事记》）
正月五日这一天，是每年将军拜访畠山宅邸的日子。然而足利义政却没有去畠山政长那里，而是去了畠山义就处。因为畠山宅邸处于政长的控制之下，义就借用山名宗全的宅邸迎接了足利义政。（《后法兴院记》《斋藤亲基日记》）足利义视与各大名也随行而往，没有一同前去的只有畠山政长、细川胜元和京极持清而已。（《大乘院寺社杂事记》）
六日，足利义政罢免畠山政长的管领职位，命令他将宅邸让给义就。（《大乘院寺社杂事记》《斋藤亲基日记》）并且，成身院光宣在知晓政长的不利形势之后，率部从奈良上京。（《经觉私要钞》）但到了八日，斯波义廉被任命为管领，十一日新管领斯波义廉走马上任。（《后法兴院记》《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）
起初支持畠山政长的足利义政突然转向畠山义就一边，想必是发现了义就上京之后山名一方的军事力量占优吧。于是十五日，畠山政长、细川胜元、京极持清、赤松政则等拥向将军御所，逼迫足利义政下达讨伐畠山义就的命令（这种各大名胁迫将军的行为被称作“御所卷”）。然而，这一企图被山名宗全的养女、胜元的夫人泄露给了山名一方，山名宗全、斯波义廉和畠山义就以警卫为名占领将军御所。（《经觉私要钞》）山名宗全等以武力将政局的主导权掌握在自己手里，等于发动了军事政变。于是细川胜元谋划拥立足利义视，其意图也被山名宗全掌握，十六日，山名宗全将足利义视等足利同族转移到将军御所。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）
山名一方判断，失势的畠山政长必将逃出京都。正如第二章所介绍的，失去将军信任的大名一般惯例是回到领国禁闭。但是政长却于十七日夜纵火烧毁自家宅邸，北上经糺河原（贺茂川与高野川汇合处的平原，又称“鸭河原”），于十八日拂晓在御所东北的上御灵社（现在的御灵神社）布阵。从糺河原向东，假装出京，实则西进布阵，呈窥伺将军御所之势。京极持清在将军御所南、细川胜元在将军御所西布阵，把山名宗全等据守的将军御所包围起来。（《后法兴院记》《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）
足利义政担心卷入战事，命令山名和细川不得军事介入两畠山氏的争斗，试图让事情以义就和政长一对一结束。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）足利义政打算静观其变，支持胜方的态度与墙头草无异，在目前为止的畠山氏内讧中，足利义政基本只支持处于优势的一方。这么说或许有些讽刺，但足利义政一以贯之的原则就是，根据形势的变化不停转换自己的方针。依靠某种灵活性，足利义政勉强避免畠山氏内讧失控，这一次，他大概仍然想继续保持局外中立，以此防止战乱扩大吧。
上御灵社，现在正式名称是御灵神社
十八日傍晚，畠山义就的军队朝着畠山政长布阵的上御灵社涌过来。（《后法兴院记》）细川胜元听从足利义政的命令，未发兵援助政长。然而，山名宗全和斯波义廉却发兵相助义就，好似对胜元的迂腐报以嘲笑一般。（《大乘院寺社杂事记》）畠山政长战败，依光宣计，藏入胜元宅邸。（《大乘院日记目录》）山名一方未能掌握政长的行踪。（《经觉私要钞》）
山名宗全顺利夺取了政权。二十三日，他通过幕府奉行人饭尾为数，命令大乘院（寻尊）、一乘院（教玄）搜捕畠山政长及其家臣。（《大乘院寺社杂事记》）然而，山名宗全发兵援助义就给日后的政权留下了祸根，并让细川胜元痛恨不已。因为山名军参战，细川胜元就成了抛弃盟友政长的人，风评大减。（《大乘院寺社杂事记》）这不仅是伤了细川胜元自尊心的问题，也是关乎胜元作为派阀领袖立场的问题，细川胜元必须以某种方式洗刷污名。
从目前的战绩来看，恐怕畠山义就仅凭自己的力量也足以击败畠山政长。事实上，在朝仓孝景等援军到达之前，义就已经击破政长军，朝仓孝景不过是追击了逃走的政长而已。（《经觉私要钞》）如果是一对一，哪怕政长败了，细川胜元可能也能接受这个结果。山名宗全为了确保义就的胜利而出兵相助，他付出的代价是高昂的。山名一派正在欢庆自己的春天到来之时，细川胜元已经着手准备反击了。
御灵之战后，细川一方与山名一方的小规模战斗虽仍在持续，但也算渐渐恢复了平静。三月五日，由于京都发生战乱（御灵之战），文正这个年号显得不吉利，于是改元应仁。四月十日，后花园天皇、足利义政和足利义视等被请到日野胜光（日野富子的兄长）的宅邸，举行了和歌会。（《后法兴院记》《经觉私要钞》）当月二十三日，足利义政前往管领斯波义廉宅邸，日野富子和足利义视随行。（《后法兴院记》）朝廷、幕府的仪礼及活动并无滞延，皆顺利进行，人们根本无从预料大乱将至。
然而到了五月份，形势开始起变化。细川一方在全国各地发起军事行动。赤松政则侵入山名宗全的领国播磨（嘉吉之变以前是赤松的领国），斯波义敏侵入斯波义廉的领国越前。（《大乘院寺社杂事记》）据说山名氏领国伊贺也发生了战斗。（《经觉私要钞》）此外据军记物语《应仁记》记载，细川一方的土岐政康（土岐持赖之子）攻入山名一方一色义直的领国伊势，细川一方的若狭守护武田信贤将国内的山名一方势力（邻国丹后的守护是一色义直）逐出。寻尊感叹道：“东西南北，没有一个平静之处。”但是，这些作战的性质显然是佯攻，细川一方真正的目标是控制京都。
五月十六日，细川胜元家臣池田充正率领甲（正规军）十二骑、野伏（农民兵）一千从摄津上京。（《后法兴院记》）另一方面，二十日，山名宗全、畠山义就、一色义直等聚集在管领斯波义廉的宅邸，商讨应对之策。（《后法兴院记》《后知足院记》）
寻尊与经觉此刻也开始感到忧惧，担心山名与细川的对立会发展为京都的战乱。寻尊引用一本不足为信的预言书《圣德太子未来记》，表示对佛法、王法行将灭亡感到十分害怕。对此铃木良一说：“看起来他的害怕还并不那么真切。”对其加以批判。也就是说寻尊是不通世俗的，对现实没有兴趣。
但是实际上，比起经觉，寻尊更早地对京都的战乱做出了预测。五月十八日，寻尊对经觉说：“传言说细川胜元将再度发兵，强行让足利义政下达义就讨伐令。”经觉却认为细川胜元等人并没有这么大的胆量，对传言不屑一顾。（《经觉私要钞》）经觉观察，如今在山名一派的势头之下，纵使是细川胜元也占不了优势。不用说，寻尊与经觉谁的预测更准确，显而易见。
应仁元年（1467）五月二十五日晚上，京中的武士们开始慌慌张张起来（《后法兴院记》）。二十六日上午，武田信贤和细川成之袭击了将军御所对面的一色义直宅邸并放火，一色义直逃到山名宗全府邸去。（《宗贤卿记》《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）据说制定奇袭一色宅邸计划的就是细川胜元与成身院光宣。（《大乘院日记目录》）很显然，这是为了占领将军御所而布下的一步棋。以这次战斗为契机，细川一方与山名一方爆发全面冲突。为请求援军，光宣派遣传令兵到大和的箸尾和筒井那里，经觉也就是在这时候知道了开战的消息。
二十六日整天，京都各处都有战斗，多处放火，呐喊声不绝，双方死伤都不可计数，然而胜负未分，战斗延续到次日。（《后法兴院记》《后知足院记》）因双方火攻，京都北部（船冈山以南、二条以北）多处武家、公家宅邸和寺院被烧毁。（《大乘院寺社杂事记》）
五月二十八日，将军足利义政命令细川胜元与山名宗全“暂且休战，等待指示”。（《后知足院记》《经觉私要钞》）停战命令似乎收到效果，二十八日以后虽有弓箭对峙与放火，却无大规模战斗。（《后法兴院记》《后知足院记》）
受到军记物语《应仁记》的影响，很多研究者认为细川一方在开战之后就立即占领了将军御所，对将军足利义政施加了巨大压力。寻尊派去京都的部下也报告说“细川侍候将军（细川在将军身侧）”，这段记载看起来是前面说法的旁证。
但是，足利义政吸取正月政变时御所被山名一方劫持的教训，这次紧闭将军御所大门，将亲随分成三队，交替守卫御所。即便是大名拜访足利义政，也不允许率兵进入御所以内，只允许本人单独进入。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）因此，正如石田晴男所指出的，虽说将军御所已被细川一方团团围住，但御所以内并无细川胜元一方的一兵一卒，因此足利义政仍然保持着一定程度的自主性。
足利义政于五月二十六日向畠山义就送去了御内书，试图说服他：“本次的事件（细川胜元等的起兵）毫无道理，决不允许。请暂且前往河内，回避争端。”（《畠山文书》）足利义政判断，畠山义就若离开京都，细川胜元等也就只好罢兵收手了。足利义政维持中立，努力想让双方坐下来和谈。
然而，六月一日细川胜元向足利义政请求颁发将军旗帜与处罚山名宗全的纶旨，并要求任命足利义视为讨伐山名军大将。（《后知足院记》《大乘院寺社杂事记》）这是因为文正政变以后，足利义视和细川胜元走得近的缘故。
但是，足利义政的亲信日野胜光表示反对：“将军旗帜是在讨伐反叛将军者时使用的，本次的战事，不过是细川与山名的私斗而已。”（《经觉私要钞》）看起来言之凿凿，其实这话不过是借口，实际上日野胜光与山名宗全交好。（《后法兴院记》）日野胜光、富子兄妹对文正政变后足利义视的存在感上升心怀戒备，为牵制足利义视，日野胜光遂与山名宗全合作。御灵之战前后山名宗全巧妙奔走，也是因为有日野兄妹的协助。
但最终，足利义政还是在六月三日将旗帜交给了细川胜元。（《后知足院记》）八日，将军御所的四足门挂起了将军的旗帜。（《大乘院寺社杂事记》）足利义政态度转变，不必说，当然是因为细川胜元等的压迫，很大程度上也应该有弟弟足利义视推波助澜的因素。
后面会提到，足利义视纵然对山名宗全等毫无厌恶之感，却仍积极讨伐山名一方。百濑今朝雄评价说“足利义视是个认真且严厉的人吧”，但这不单是性格方面的问题。足利义视算得上下任将军候补了，他可能把这场大乱视作显示自己领导才能的绝佳机会。正如铃木良一所说，为压制足利义视，足利义政想要把伊势贞亲召回来，对于足利义视而言，如何树立自己的权威，确实是迫在眉睫的问题。
因为将军失掉了中立的地位，战争的调停者也就消失了。如果不迅速把已打上“贼军”烙印的山名一方镇压下去，战争就没有办法很快结束了。